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江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就能化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但其子方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。其实到了这个时候，人们应该已经可以看到，无论江南新进举人是不是真的作弊，部分人的结局必将是悲惨的。江南历来为财赋重区，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要严厉惩治，杀一儆百，一是警告那些敢与抗清势力有关联的江南人士，二是警示、驯服所有的汉族士子。刚好，北方大臣刘正宗发动的新一轮荼毒南方士子的党争完全遂了他的心愿。
转眼到了顺治十五年（1658），先是正月十五日顺治皇帝亲自主持顺天闱中举考生复试，取中一百八十二名，只有八人因文理不通被革去举人。正月二十四日，顺治皇帝最宠爱的皇四子病死，出生不足百日，连名字都还没有来得及取。眼见爱妃董鄂妃悲痛欲绝，皇帝的目光一下子变得呆滞了许多。
到了二月，朝廷大员陈之遴等人结交通贿大太监吴良辅（在协助顺治皇帝肃清多尔衮亲党势力的过程中起了重要作用）东窗事发。顺治皇帝鉴于明朝太监擅权亡国的教训，曾设立铁牌，宣称太监如有犯法干政、窃权纳贿、嘱托内外衙门、交结满汉官员、越分擅奏处事、上言官吏贤否者，即行凌迟处死，决不姑贷。陈之遴因此被立即革职，家产籍没，与父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之后死在戍所。而吴良辅作为此案的核心人物，犯了太监干政的大忌，不但受到顺治皇帝庇护，没有被凌迟处死，还恩宠不衰，继续作威作福，后来更是作为心腹代替顺治皇帝出家为僧。由此可见，南方大臣陈之遴的倒台不过是一场有计划的阴谋，既是北方大臣刘正宗等人从中推波助澜，也有顺治皇帝本人的意愿在其中。陈之遴走了，朝廷再没有人能出面为南方士子说话。
就在这个时候，掌河南道御史上官（崇祯十六年进士，山西翼城人。《清史稿》中记为上官铉，实为误作）奏参江南同考官舒城县知县龚勋出考场后曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏说：“江南新榜举人，啧有烦言，应照京闱事例，请皇上钦定试期，亲加复试。”顺治皇帝立即批准，打算复试江南举人。但此时参加江南乡试的举子大多已经回乡，于是各府县出动人马，到处拘索，扰攘四方，动静极大，很是费了一番工夫。这些已经金榜题名的江南举子，“师生牵连就逮，或就立械，或于数千里外锒铛提锁”，刚刚还志得意满，转瞬天降横祸，“家业化为灰尘，妻子流离”。
这批命运多舛的举子中，就有之前提到的江南才子吴兆骞。他跟方章钺一样，参加了顺治十四年丁酉科江南闱乡试，并顺利中举。本来江南闱发榜后，满城风雨，关于主考官通同作弊的谣言满天飞，一些考生还趁机闹事，但吴兆骞本人自负才高，兼之顺利登榜，也没有太把这些流言当回事。倒是他的好友尤侗愤愤不平，写了一出《钧天乐》的杂剧，影响极大，连远在京城的顺治皇帝都找来《钧天乐》的刊刻本认认真真地读了。后来方章钺被刑部派员役逮往京师，吴兆骞一度忧心忡忡，但那也是出于对朋友的关切，完全没有想到自己也会卷入其中。因而，当如狼似虎的官差来逮捕他时，虽是复试的名义，他却不由得不惶惶然了。
由于顺治皇帝要亲自复试，江南举人都要被押往京师，吴兆骞也在被押送北上之列。此时正是初春季节，草长莺飞，尤其对从未到过北方的吴兆骞来说，是难得的经历。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的风景也无心欣赏。半路上，他写了一首诗：“自许文章堪报主，哪知罗网已摧肝。冤如精卫悲难尽，哀比啼鹃血未干。”语调委屈凄楚，怅恨报主无门。正是因为这首诗，吴兆骞的人格后来受到了怀疑。
江南举子到达京师时，两江总督郎廷佐的调查结果也出来了，一共举报了八名举子“显有情弊”，其中包括方章钺在内，不过并没有吴兆骞。顺治皇帝立即下令逮捕这八人。但有个名叫程度渊（出自著名的安徽徽州歙县槐塘程氏，程氏既是当地望族，也是富甲一方的盐商）的举子在逃，大概是确实有作弊事实，情知不妙，已经抢先逃走。
三月，顺治皇帝照顺天闱的例子，亲自复试了江南举人。这次地点不是太和门，而是瀛台，顺治皇帝亲出的考题就叫《瀛台赋》。瀛台位于西苑中海之中，明朝时称南台，清朝顺治时因其三面临水，如海中仙岛，改称瀛台。此处波光荡漾，垂柳依依，风光迷人。然而，参加复试的举子却一个个失魂落魄、战战兢兢。也难怪如此，复试的环境极好，复试的氛围却极度压抑。清人李延年在《鹤微录》中描述说：“试官罗列侦视，堂下列武士，锒铛而外，黄铜夹棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名举子身边还各有两名护军监视，持刀相向，如临大敌。这哪里是复试的样子，分明是要兴师问罪，是以与试的举人无不吓得“栗栗危惧”。
瀛台复试结果，武进举人吴鸣珂成绩优异，被取为第一名（解元），准予参加当年的会试；汪溥勋等七十四人通过考试，仍准做举人，但不得参与本科会试；史继佚等二十四名，也算通过考试，准做举人，但“罚停会试两科”，要到六年以后才能再次参加会试；方域等十四人因文理不通被革去举人功名。本来诗名已经传遍京城的吴兆骞则再次声震京师，这次不是因为他的才华，而是因为他竟然在瀛台复试中交了一张白卷。
关于惊才绝艳的江南名士吴兆骞为何会交白卷，时人说法颇多。有人说吴兆骞恃才傲物，不满清廷所为，不愿意在刀棍威逼下为文，故意如此。还有人说吴兆骞并没有那份傲骨，他其实是真的被吓倒了，所谓“书生胆小当前破”，刀枪环顾下，惊魂不定，“战栗不能握笔”。但无论如何，一张白卷，令吴兆骞被认定当初乡试时有请托作弊的嫌疑，迅即“享受”到与方章钺等八名被举报有作弊行为的举子同等待遇，被逮捕下狱，交给刑部审讯。
江南举人复试告一段落后，顺治皇帝于四月了结了顺天科场案，将四十名已经判了死刑的案犯改为流徙尚阳堡。传说顺治皇帝此举有为重病中的爱妃董鄂氏祈福的意思。
关于董鄂妃的身世来历，有许多说法：有人说她就是秦淮名妓董小宛，被掳进宫，为掩人耳目，冒称为董鄂氏；而其夫江南名士冒襄为免杀身之祸，不得不诡称董小宛已经病死。也有人说她本是旗人，为顺治皇帝之弟襄亲王博穆博果尔的福晋。
不论真实情况如何，姿容绝代的董鄂氏自入宫后便宠冠后宫，顺治皇帝的五位蒙古后妃全部失宠，这当然引起了孝庄太后的警惕。孝庄太后出身蒙古王族，满蒙联姻素来是清朝加强与蒙古关系的关键纽带，顺治皇帝的第一位皇后便是政治联盟的产物，为孝庄太后的亲侄女（蒙古科尔沁卓礼克图亲王吴克善女）。但结婚仅两年，顺治皇帝便不顾母亲面子上难堪，以夫妻二人志意不协调为由，坚持将皇后降为静妃，改居侧宫。此谕旨下后，北方大臣核心人物冯铨和南方大臣首脑陈名夏难得地采取了相同的口径，相继上疏，表示皇后“母仪天下”，关系甚重，不能轻易废弃，恳请顺治皇帝深思详虑，慎重行动。他们还举例说：汉光武帝、宋仁宗、明宣宗虽然都是贤主，但均因废掉皇后而受到批评。结果，顺治皇帝接到奏疏后勃然大怒，声言自己此举是废掉无能之人，严厉斥责上疏大臣不关心国家政务，反在无益之处沽名钓誉，“甚属不合”。尽管有孝庄太后和蒙古王族的支持，诸大臣还是未能说服顺治皇帝，他的任性、偏激、妄为由此可见一斑。
顺治皇帝是清朝入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。
如同其他八旗亲贵一样，顺治皇帝自小形成了纵情声色的恶习，好色淫纵，即使在结婚之后，“人们仍听得到他在道德方面的过失”（传教士汤若望）。不过，自遇到董鄂氏后，顺治皇帝突然起了惊人的变化，恶劣脾性大为收敛。他仰慕汉族文化，而五位蒙古后妃均目不识丁，彼此自然没有什么共同语言。董鄂氏却“不用金玉，诵《四及《易》”，又精通书法，与顺治皇帝志趣相投。顺治十三年（1656）八月二十五日，顺治皇帝力排众议，册封新入宫的董鄂氏为贤妃。当年九月二十八日，即晋为皇贵妃。才一个月的功夫，董鄂氏便由妃子升为地位仅次于皇后的皇贵妃，升迁速度之快，史所罕见。不仅如此，当年十二月初六，顺治皇帝还特意为董鄂氏举行了隆重的册妃典礼，并下诏大赦天下。终清一朝，这是唯一一次因册立皇贵妃而大赦天下的例子。
董鄂妃温婉贤淑，对政治并无兴趣，但由于皇帝对她的宠爱，她的一举一动给清初政局带来了巨大的影响。尤其是当她生下皇四子后，顺治皇帝更将她们母子捧到了天上，并一心要立皇四子为太子。倘若真是如此，董鄂妃之子将来为皇帝，董鄂妃将来就是皇太后，势必对满蒙贵族间的政治关系构成威胁。孝庄太后从长远的利益着想，决意置董鄂妃于死地，但以她的老谋深算，自然不会明目张胆地下手。她有意在董鄂妃刚刚生产之时，宣称“圣体违和”，养疴于南海子，并要后妃们随身伺候。董鄂妃不敢悖旨，被迫拖着极度虚弱的身子前往南海子，没日没夜地侍奉太后的寝食，经过一番折腾，健康状况急剧下降，很快就“形销骨立”。不久，董鄂妃的儿子早殇，不少野史记载说这名尚不足百日的皇子是被毒死的。皇四子之死对董鄂妃的打击是致命的，她很快就倒下了，从此缠绵于病榻。
正因为董鄂妃的病情以及后宫复杂的矛盾，导致顺治皇帝在顺天科场案结案后没有立即追究江南科场案。皇帝没有心情，刑部自然也没有太当回事，有意迁延观望。
至于江南闱科场案的相关案犯，两名主、副考官方猷、钱开宗自然脱不了干系。尤其是二人在离开京师前，顺治皇帝亲自召见叮嘱，还弄出了这样满城风雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章钺在内的七名举人（程度渊在逃），有两江总督郎廷佐的调查报告，当然也是难逃处罚。剩下比较难办的是吴兆骞，他被逮捕下狱是因为在瀛台复试时交了白卷，按理该与另外十四个文理不通的考生一样，革去举人功名完事，不必再单独立案审讯。然而他当场交了白卷，大大激怒了更年轻也更气盛的顺治皇帝，要深究之前南京乡试时有没有通弊嫌疑。问题是这位吴兆骞是名满天下的才子，任谁都不会怀疑他会靠作弊中举。最初，人人都以为吴兆骞最多不过被除名，最后还是无罪释放，但偏偏有好事之徒在这个时候踩了他一脚。
之前曾经提到过江南有慎交社和同声社门户恩怨之争，主持慎交社的吴兆骞曾与同声社重要成员王长发有隙，王长发见吴兆骞被逮，趁机落井下石，挟嫌诬告。这就是后来吴兆骞父吴晋锡所说的“不意仇人一纸谤书，遂使天下才人，忽罹奇祸，投荒万里，骨肉分离”（《归来草堂尺牍》），以及吴兆骞子吴桭臣所称的“讵知变起萧墙，以风影之谈，横被诬陷，致使家门倾覆，颠沛流离”（《宁古塔纪略》）。当时得宠的北方大臣刘正宗“与慎交水火”（《清诗纪事》），也趁机在其中兴风作浪。不过，尽管有王长发的告状，有刘正宗的暗中支持，刑部审到最后，结论还是“审无情弊”，于是将吴兆骞与之前被告有通弊的七名举人关在一起，打算最后革除功名了事。
顺治十五年（1658）十一月，距离江南乡试作弊案案发一年后，刑部将审实的结果上报顺治皇帝，奏请将正主考方猷斩首，副主考钱开宗处以绞刑，同考官叶楚槐等人流配尚阳堡，被告八名举人并吴兆骞革去举人功名。处置结果是比照之前的顺天闱科场案。
不料，在顺天闱案中还网开一面的顺治皇帝看到结果后大发雷霆，不但下旨将主考和副主考立即正法，而且将该场乡试所有同考官共十八人（其中卢铸鼎已死）均处绞刑，妻子家产抄没入官。已经死去的同考官卢铸鼎也没有放过，其妻子家产也籍没入官。同时将方章钺、吴兆骞等八人革去举人，责打四十大板后，流徙宁古塔，不但家产俱籍没，父母、兄弟、妻子也令流徙宁古塔。
对于在逃的举人程度渊，顺治皇帝也不能容忍有漏网之鱼，责成两江总督郎廷佐和漕运总督亢得时尽快抓捕程度渊，倘若抓不到，郎廷佐和亢得时二人就有受贿作弊、有意买放的嫌疑，必须受罚。此谕一下，郎廷佐、亢得时后悔不�