下一代皇帝亨利四世统治了五十年（1056—1106年）。起初他还未成年，由母后阿格尼斯摄政。司提反九世作了一年教皇，他死后红衣主教们选出了一位教皇；当时罗马人重申他们早已放弃的选举权，选出了另一位教皇。太后支援了红衣主教们，他们选立了一位教皇号称尼古拉二世。虽然他的统治只有三年，但这一时期却极其重要。他和诺曼人媾和，从而减轻了教廷对皇帝的依赖，在他掌教期间，教皇的选出是由一项教令来决定的，按照这项教令选举首先由罗马市郊六个红衣主教管区的红衣主教们进行，然后再经由其他主教，并最后通过罗马城中的僧侣及市民。据人推测，僧侣及市民的参与，只是形式而已。实际上教皇的选举者只是罗马市郊的六个红衣主教。如果可能，选举必须在罗马举行；但如遇有困难或不适宜在罗马举行的情况时，也可以在其他地方举行。
在整个选举过程中皇帝是没有份的。这项教令经历了一场斗争之后才获得人们的承认，它是使教皇制脱离俗界控制的一个必要的步骤。
尼古拉二世严格执行了一项教令，确定今后凡经由圣职买卖而获得的圣职一概无效。但该项教令并不追及既往，因为这样作就势必牵扯到大多数在职祭司的任职问题。
尼古拉二世任期内，米兰开始了一场有趣的斗争。该地的大主教追随安布洛斯的传统对教皇要求了一定程度的独立自主。他和他的僧侣联合了贵族阶级，坚决反对革新。商人和下层社会，与此相反，希冀着僧侣的虔诚；这时发生了支持僧侣独身运动的一些暴动和一次名叫帕塔林，反对大主教及其支持者的强大革新运动。为了支援革新教皇于公元1059年把赫赫有名的圣彼得·达米安作为自己的代表派往米兰。
达米安是《·论·神·的·全·能》一书的作者，该书主张说上帝能作出与矛盾律相反的事物，并能撤消过去（这种见解曾受到圣托马斯驳斥，并自此不再属于正统教义）。他反对辩证法，并把哲学说成神学的侍婢。有如我们所知，他是罗穆阿勒德隐士的信徒，素来厌烦处理事务性的工作，然而他的圣洁，却是教廷可贵的财宝，致使教廷不遗余力地争取他协助革新运动，而他也终于听从了教皇的劝说。公元1059年他在米兰的僧侣集会上作了一次反对圣职买卖的演讲。起初听众们激怒得几将危害他的生命，但他的雄辩终于感动了他们，使他们一个个恸哭流涕地认了罪。而且还约定自此效忠于罗马。在下一位教皇的任期内，皇帝与教皇关于米兰教座发生了一次争端，在这次争端中，教皇由于获得了帕塔林派的支援，取得了最后的胜利。
公元1061年尼古拉二世死去时，亨利已经成年了。他和红衣主教间发生了一场有关教皇继承问题的争执。皇帝从未承认有关教皇选举的教令，同时也不准备放弃他在选举教皇事宜中的权利。这场争执持续了三年之久，但最后还是以红衣主教们的选择成为定局。皇帝与教廷之间并未进行决定性的实力较量。形势之所以一变，主要是由于红衣主教们选出的这位教皇的卓越的品德。他是一位既有德行又有经验的人，除此之外还曾受业于朗弗兰，亦即以后的坎特伯雷的大主教）。公元1073年这位教皇，亚历山大二世死去了，继他选出的是希尔得布兰得（格雷高里七世）。
格雷高里七世（1073—85年）是历代教皇中最杰出的人物之一。他早已显露头角，并对教廷政策给予很大影响，正是由于他，教皇亚历山大二世才为征服者维廉征服英格兰的企图祝了福。他还褊袒过在意大利和在北方的诺曼人。他曾是为了制止买卖圣职首先买到教皇职位的教皇，格雷高里六世门下的被保护者；教皇格雷高里六世被废后，希尔得布兰得过了两年流亡生活。他余生的大部分时间住在罗马。他不是一个有学问的人，他却从他素所崇拜的英雄，大格雷高里间接学到了圣奥古斯丁的教义，并为此受到极大鼓舞。当他作了教皇以后他相信自己是圣彼得的代言人。这曾给予他某种程度上的自信，但这种自信若以世俗尺度去衡量则是无从首肯的。他认为皇帝的权威也是出于神授：起初，他把皇帝和教皇比作两只眼睛；当他和皇帝发生了争执以后，他便把二者比作太阳和月亮，——教皇当然是太阳。教皇在道德方面必须是至上的，因此，假若皇帝无道，教皇就有权废除皇帝。世上没有什么比反抗教皇再不道德的了。所有这些他都深信不疑。
为了强制僧侣独身，格雷高里七世比以前任何教皇尽力都多。在德意志教士们起而反抗，由于这一原因以及其它，他们倾倒于皇帝的一方。然而，俗众却到处渴望他们的祭司过独身生活。格雷高里煽起俗众暴乱用以抵制结婚的祭司和他们的妻子，这时僧侣夫妻经常遭到令人发指的虐待。他号召俗众不去参加那些拒不听命的祭司为人举行的弥撒。他申令既婚僧侣举行的圣礼概为无效，并且禁止这样的僧侣进入教会。所有这些都曾激起僧侣们的反抗，和俗众的拥护；即便在教皇们过去经常遭遇生命危险的罗马，他却受到群众的欢迎。
在格雷高里任期中开始了有关“授职礼”的大纷争。当一个主教被授予圣职的时候，即被授予一个指环和一支手杖作为其职权的标帜。这些东西向来是由皇帝或国王（按其地区而定），以该主教的封建统治者的身分，而授予主教的。格雷高里坚持这些东西应由教皇授予。这场争执是使教阶制度脱离封建体系的工作之一。这场争执持续了很久，但最后却由教廷获得了全面的胜利。
导致卡诺萨事件的纷争起因于米兰的大主教教区问题，公元1075年皇帝因有副主教们的协助任命了一个大主教；教皇认为这是侵犯他的特权，遂以破门和废黜来威胁皇帝。皇帝在沃尔姆斯召集了一个主教们的宗教会议来进行报复，会上主教们声明不再效忠于教皇。他们写信控诉他犯有奸淫罪，伪证罪，和（比这些更严重的）虐待主教罪。皇帝也写给他一封信主张皇帝应超越一切地上的裁判。皇帝和他的主教们宣布格雷高里已被废黜；格雷高里则给予皇帝和主教们破门处分，并宣布他们已被废黜。于是一场闹剧便这样开始了。
在第一幕里，胜利归属于教皇。撒克逊人以前曾背叛过亨利四世，随后又和他言归于好，但以后又叛变了；德意志的主教们也同格雷高里讲了和。皇帝对待教皇的态度使得举世为之震骇。因此，翌年（公元1077年）亨利乃决心去寻求教皇的宽恕。在严冬季节他带着妻子幼儿和少数扈从越过塞尼山口，来到教皇居住的卡诺萨城堡前苦苦哀求。教皇让他穿着悔罪服，赤着脚在堡外等候了三天。他终于被引见了。在他表示过忏悔并宣誓将来一定按照教皇指示对待教皇在德意志的敌对者之后，才承蒙赦罪并恢复了教籍。
然而教皇的胜利却落了空。他受到了自己神学戒律的束缚，在这些戒律中有一条要求对悔罪者给以赦罪。说也奇怪，他竟然受到亨利的欺骗，误认亨利的忏悔出于真诚。不久他便察觉了自己的错误。他已不能再去支援亨利的德意志敌对者，因为他们觉得教皇已经出卖了他们。从这时期事情开始转变得对他不利起来。
亨利的德意志敌对者为了对抗，选出了另外一位皇帝，名叫卢多勒夫。开始时，教皇一面主张帝位归属问题应由他来决定，但一面却又拒绝作出任何决定。公元1080年当他体会到亨利的悔过并无诚意，才终于宣布卢多勒夫为皇帝。然而约在这时，亨利在德意志已制伏了他的大部分敌对者。同时并借重他的僧侣拥护者选出一位敌对教皇。他带着这位敌对教皇于公元1084年进入罗马。他这位敌对教皇正式给他行了加冕礼，但他们二人却不得不在营救格雷高里的诺曼人阵前溃退，诺曼人大肆劫掠了罗马，并挟持格雷高里而去。直到他于翌年死去为止，实际上作了他们的俘虏。
这样看来，他的一切策略就象落了个不幸的结局。但事实上这些策略却依然为他的继承者以更缓和的方式所沿用。
当时虽然达成了一项有利于教廷的协议，但这种冲突本质上却是无法协调的。关于该冲突以后的发展我们将在以下章节中有所论及。
现在我们有待叙述一下公元十一世纪的理智复兴。除去盖尔伯特（教皇赛尔维斯特二世，公元999—1003年）以外（甚至他也还更多地是个数学家而不是哲学家），公元十世纪中根本没有什么哲学家。但随着公元十一世纪的进展便开始出现了真正的哲学的杰出人物。这些人中最重要的有安瑟勒姆、罗塞林和其他一些值得叙述的人物。所有这些人都是与革新运动有关的修道僧。
他们中间的最年长者，彼得·达米安，已见前述。图尔人贝隆嘎（死于公元1088年）作为某种程度上的唯理主义者是饶有兴趣的。他主张理性高于权威，为了支持这种观点，他引用了约翰·司各脱的理论，并使得约翰为此而遭到了死后的谴责。贝隆嘎否定化体说，并为此两次被迫撤消己说。朗弗兰在他的著作《·论·基·督·的·血·与·肉》一书中曾驳斥了他的异端。朗弗兰生于帕维亚，曾习法律于勃罗纳，并在后来成为第一流的辩证学者。但他竟为神学而放弃了辩证法，从而进了诺曼底的贝克修道院，并在这里主持一所学校。征服者维廉于公元1070年任命他为坎特伯雷大主教。
圣安瑟勒姆有如朗弗兰，不仅是意大利人，当过贝克修道院的僧侣，而且也作过坎特伯雷的大主教（公元1093—1109），作为大主教，他追随格雷高里七世的原则和国王发生了争执。他成名的主要原因，在于他发明了有关上帝存在的“本体论论证”。他的持论有如下述：我们把“上帝”定义为最大可能的思维对象。假如一个思维对象不存在，那末另外一个，和它恰恰相似，而确实存在的对象，是比它更加伟大的。因此，一切思维对象的最伟大者必须存在，因为不然，就有可能还有一个更伟大的对象。因此，上帝是存在的。
这个论证从来未被神学家所公认。它首先受到当代的驳斥；以后便一直被人遗忘到十三世纪的下半叶。托马斯·阿奎那驳斥了它，从此阿奎那的论点便一直盛行于神学家当中。
但它在哲学家当中却有着较好的运气。笛卡尔以稍加修改的形式复兴了它；莱布尼茨认为通过一个补充证明上帝是·可·能·的便可以使它变为有效。康德认为他已把它一劳永逸地摧毁了。然而在某种意义上，它却构成黑格尔及其学派哲学体系的基础，并重新出现在布莱得雷所说：“凡可能存在与必须存在的，就存在”这一原则之中。
显而易见，具有这样一段出色历史的论证，无论其自身妥当与否，是应该予以重视的。真正的问题在于：有没有一件为我们想到的任何东西，仅凭我们能够想到它这一事实即证明其存在于我们的思维之外，每个哲学家都会·愿·意说：是，因为一个哲学家的工作与其说是凭借观察毋宁说是凭借思维去发现有关世界的事物。假如“是”是正确的回答，从纯粹的思维到事物就有一道桥梁；假如不然，那么二者中间就没有什么桥梁可言。柏拉图即以这个概括的形式应用一种本体论的论证来证明理念的客观实在性。但在安瑟勒姆以前却从来无人以该论证赤裸裸的逻辑纯洁性来阐述这个论证。在获得纯洁性的同时它失掉了似真性①；然而这也还是安瑟勒姆的功绩。
此外，安瑟勒姆的哲学主要导源于圣奥古斯丁，它从奥古斯丁那里获得了许多柏拉图的因素。他相信柏拉图的理念，从这里他推出有关上帝存在的另一证明。通过新柏拉图主义的论证，他声称不仅证明了上帝，而且还证明了三位一体。
（我们还记得普罗提诺哲学中有一个无法为基督徒认为正统教义的三位一体。）安瑟勒姆认为理性从属于信仰。继奥古斯丁之后他说“为了理解我相信”；他认为人无信仰就不能理解。
他说“上帝不是·公·义·的而是·公·义”。我们曾记得约翰·司各脱说过类似的话。其共同的来源则出于柏拉图。
圣安瑟勒姆有如以前的基督教哲学家们。与其说属于亚里士多德的传统，毋宁说属于柏拉图的传统。因此，他没有在托马斯·阿奎那体系中登峰造极的那种所谓“经院哲学的”明显特征。这种哲学不妨被认为是起始于罗塞林，这人和安瑟勒姆同时，但比安瑟勒姆年幼十七岁。罗塞林标帜着一个新的开端，我在下章里就要论及他。
当我们说，直到公元十三世纪为止的中世纪哲学主要属于柏拉图派的时候，我们应该记住，除了《·蒂·迈·欧·篇》的哲学片断以外，人们只是间接地，或再度间接地知道柏拉图而已。设若没有柏拉图，约翰·司各脱就不可能持有他所持有的见解，但他的大部分柏拉图式的观点却来自伪狄奥尼修斯。
这个作者的年代已不可考，但他却很可能是新柏拉图主义者普洛克鲁斯的弟子。约翰·司各脱也还有可能从未听说过普洛克鲁斯或读过一行普罗提诺。除了伪狄奥尼修斯以外，中世纪中，柏拉图主义的另一来源便是鲍依修斯。这种柏拉图主义在许多方面同一个近代学者直接从柏拉图著作里得来的有所不同。它几乎把与宗教无显著关系的一切东西都删去了，并且在宗教哲学里它更扩大并强调了某些方面而牺牲了其它方面。普罗提诺早已对柏拉图的观点进行了这种改篡。人们对于亚里士多德的认识也是片断的，然而其方向却相反：直到公元十二世纪，为人们所知的全部亚里士多德只有鲍依修斯翻译的《·范·畴·论》和《·正·谬·论》，因而亚里士多德仅被认为是一个辩证家，而柏拉图则仅被当作一个宗教哲学家兼理念学说的倡导者。在中世纪末叶以上两种偏见，尤其是关于亚里士多德的观点，逐渐得到了修正。但有关柏拉图的这一过程，却要到文艺复兴时才得以完成。
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