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第八识所含藏的种子无量无数。
依三性说：有善种、恶种、无记种，都属有漏。
有漏法种又有三种：１、名言种子、２、我执种子、３、有支种子（业种）。
又种子的异名今略举七种：１、种子、２、习气、３、功能、４、界、５、随眠、６、粗熏、７、亲因缘。
５、阿赖耶识
《成唯识论》云：“或名阿赖耶，摄藏一切杂染品法令不失故。我见爱等执藏，以为自内我故。此名唯在异生有学，非无学位不退菩萨有杂染法执藏义故。”（《大正藏》卷三十一，十三下）
“或名阿赖耶”，译为藏，有能藏、所藏、执藏三种意思。是梵文？laya的音译，意为横躺於底层，是（？－li埋没）这个梵文动词所衍生出来的名词。例如，hima雪，t？laya埋没之处，合成一词为himalaya喜马拉雅，意为大雪山。为雪所埋没之处。
能藏、所藏、执藏，为阿赖耶识自体之相，今略说之。
（１）能藏义：阿赖耶识自身是能藏，前七识心心所法及其他一切法的种子是所藏，是此第八阿赖耶识所执藏故。一切法必有种子为因缘，方能生起，所以此识是宇宙的本体。我们造的业种子和我们的名言习惯心识活动的种子，为此阿赖耶识所摄藏，后遇缘时方能生果，故此识亦为人类生命之本体。在未生果前，这些种子摄藏在阿赖耶识中，不失不坏。我们举心动念都会熏成种子，经云：“若人散乱心，入於塔庙中，一称南无佛，皆共成佛道。”这念佛的一念，就是一个种子，作将来成佛的因。可是这一念种子，经无量劫而不失不坏，就是因为它摄藏在第八识中的缘故。
（２）所藏义：第八识自身是所藏，前七识行转识及其相应诸法，是能藏。因为在现行的果位即现生命上，第八异熟果识被前七转识所熏所缘，故第八识又是所熏、所缘，前面七个心心所法，又是能熏、能缘。我们现在所活动的、所觉察的一切心理现象，就是前七识的活动。第八识被包围在这些活动之中，故为所藏。因为它是无记性，故能受熏成种子。现行果法，就是我们现在的这个生命的总体。这总体的活动在表面上只有前六识最明显，第七识就不易觉察了。但是第七识对第八识是亲切缠缚著，因此我们前七识活动为能熏，就是能藏；阿赖耶识表面上无力活动，是所熏，就是所藏了。依此二义，这第八识——阿赖耶识是遍一切法的，与一切法和合不离的，就是宇宙万有之心体，也可以名为宇宙心。
（３）我爱执藏：这正是说明第七识与第八识的关系。第八识是永远相续不断的，乃至成佛亦不断灭。人生的观念，总以为有个常住不断不坏的生命存在，这个常住的生命总体，就以为是“我”。这就是第八识被第七识执持以为“自我”。所以这第八识体就是“我体”。人生的我执我见，自他分别，物我不平等的观点，就是从此发源的。第八识是所爱执藏著，第七识是能爱执藏者。“我爱”本指第七识相应的我爱自私心理。由此，我爱也就表示了第七识的特性，是爱“我”执“我”的；第八识被此我爱心理所执藏，故云我爱执藏。人类的“私我”观念从此种心理关系上所产生，故阿赖耶识作“我爱执藏”。以上的三藏义，是说明阿赖耶识的自体之相。
这个阿赖耶识的名，可说唯在凡夫“异生”（指一切众生且包含有不同种类各异故）位及二乘“有学”位才有。因此大乘唯识的立场说，凡夫从无始来，有此识之名存在，固不成问题，但就大小乘行者方向，可分开而言。就小乘行者言，从开始修学到有学圣者；就大乘行者言，从开始修行到七地菩萨，不论时间经过多久，於中此识皆名阿赖耶，累它一睦为现行我爱之所缘。可是到了八地以上的不退菩萨，和二乘无学的极果，那时第七识不起我执现行，亦即它不再为现行我爱所缘，不再有“我执”，因而第八识就不得再名为阿赖耶识，所以《成唯识论》说“非无学位，不退菩萨，有杂染法执藏义故”。也就是说，到了无学圣者，八地以上的不退转菩萨，就不再起我爱执藏。
６、异熟识
《成唯识论》云：“或名异熟识，能引生死善不善业异熟果故。此名唯在异生、二乘、诸菩萨位，非如来地犹有异熟无记故。”（《大正藏》卷三十一，十三中）
异熟，梵文vipaka，愿意为“与前因异时的结果已经成熟了”。“以前的因”指的是过去的业（行为），而“已经成熟的果”就是阿赖耶识。所以众生在生死轮转中所感受到的苦乐果报，就是由此识去感受。如作善业，就感受快乐果报，如作恶业，就感受痛苦的果报。虽因中所造的或善或恶有所不同，但到受果报时有“无覆无记”，所谓“因是善恶，果唯无记”。换句话说，现在的自我生命其存在主体的本质如同一张白纸没有善恶，所以任何东西才能摄入其中。
一般的宗教中分为善、恶二种，而佛教却别立了一种从任何一方面也无法判定其善恶，亦即不属善也不属恶的价值观；例如肚饥而食，无属善恶是无记性，此为佛教价值观的一大特色。
异熟识是阿赖耶识的果相，因为异熟是从果上立名的，要具备三个条件才能叫异熟果识。（１）业果义：其自身一定是善恶业所感召的果报；（２）不间断义：谓一期果报不断，就是一个生命，从生至死，虽是有期限的，但从入母胎起至死亡为止，名日一期果报。虽可明见，但这只是这个身体的生与灭，其实，生命体是无限的，不间断的，不因身体的死亡而间断。（３）遍三界义：此异熟果必遍三界九地，如今生在欲界，来生或可到色界、无色界。前五识则不能遍三界，如鼻识与舌识色界就没有了，无色界中五识皆无。故《成唯识论》云：“此是能引诸界趣生、善不善业，异熟果故。离此，命根众同分等，恒时相续，胜异熟果不可得故……此识果相虽多位多种，异熟实不共故偏说”（《大正藏》卷三十一，七下）
此异熟识，不论是凡是圣，其所有果报，皆由善恶业的感，没有哪个可超出此范围。可是到了佛果，此识成纯善无漏，不再成为有漏业所支配招感的无记异熟果。因此论云：“非如来地犹有异熟无记法故。”
７、无垢识
《成唯识论》云：“或名无垢识，最极清净诸无漏法所依止故，此名唯在如来地有；菩萨，二乘及异生位，持有漏种可受熏习，未得善净第八识故。”
无垢识，或称为阿摩罗识或庵摩罗识，是无漏净分的第八识，真谛三藏另立第九识为无垢识。此识与大圆镜智相应，由於是最清净的，所以是诸无漏法之所依止。所依止的识是无垢清净的，能依止的诸法当亦是清净无垢，所以叫做无垢识。
此无垢识依《成唯识论》上所言只有在最高的如来地才有，菩萨、二乘及凡夫众生由於仍然执持有漏种子，而且还受前七识现行的“薰习”，所以尚未得无垢的“善净第八识”。第八识有净分亦有染分（杂染有漏），吾人之所以会为无明烦恼所系缚，皆因此第八识常被第七识执之为我，且爱之不舍。如同守护财宝者，严守不失。
第八识有三相，自相、果相、因相。今将三相、三位、三名之关系死表如下：（略）
阿赖耶识，依心理学说，是一种潜藏意识，或曰无意识。前者说明其功能作用潜伏而不显现，后者是说无第六意识之活动作用。虽如此，但此识在唯识学上名为“不可知”，说明其作用微细而不可知，但是它亦有它的功用，含藏善、恶、无记种子，执持色身（由於有第八识的存在我们才得以保持色身不坏、会思考活动）；去缘宇宙界的一切现界。
此第八识是我们的生命根源，这生命体从无始以来乃至成佛皆不坏，只是转变性质而已。如《解深密经》卷一云：
“於六趣生死，彼彼有情，随彼彼有情众生，或在卵生，或在胎生，或在湿生，或在化生，身分生起，於中最初一切种子心识成熟，展转和合，增长广大……。”（《大正藏》卷十六，六九二中）
经文中的“一切种子”即是阿赖耶识的因相，由於此义，阿赖耶即是人的生命本源，经论上言，“根本识”、“究生死蕴”、“有分心”、“爱阿赖耶”等都是就生命体上说的，是属精神方面。又《摄大乘论》卷上云：
“復何缘故，此识说明阿赖耶？一切有生杂染品法，於此摄藏为果性故。又即此识於彼摄藏为因性故，是故说名为阿赖耶识，或诸有情摄藏此识为自我故。”（《大正藏》卷三十一，一三三中）
又在《摄大乘论》中立“所知依”，不是在说明宇宙万有诸法，若染、若净、若精神、若物质、若无形、若有形都是要依托此阿赖耶识方能生起。由此我们可说阿赖耶识是人生与宇宙的总合体，精神和物质的总聚体。
四·善与恶的本源
阿赖耶识是存在和认识的根源本体，同时也是形成善或恶的根本。
佛教所谓的恶，一言以蔽之，即以贪（贪婪）、瞋（愤怒）、痴（无智）为代表的“烦恼”（Kle？a）（音译：吉隶舍）。这些罪恶的一切心理状态，都从阿赖耶识之中的烦恼种子所生，这些恶产生完毕之后，新的邪恶种子同时又种植於阿赖耶识之中。换言之，阿赖耶识就像取之不尽，不断喷出罪恶热汤的水壶。虽然如此，但是阿赖耶识同时也是使我们从罪恶迈向良善的桥梁。吾人通过阿赖耶识，驼为媒介体，可以达到舍恶趋善之境。阿赖耶识之中虽藏有恶的种子，但是也存在著善的种子，所谓善的种子就是生长善法的潜在力。这个善的种子经由某种机缘而发芽、结果、最后留下新的种子。像这样，善的种子经过几百年、几千年不断的增长培植，等到阿赖耶识全部都充满善的种子的时候，生命的存在（精神和肉体）从根源上即完全变成善与美。更一步来看，不仅自己的生命如此，因为阿赖耶识能生出一切万法，换言之，宇宙整个存在都达到完美的状态。
在我们日常生活当中，一个平常看起来很忠厚老实的人，一旦发起脾气来，好像完全变了一个人似的——甚至还会开口骂粗话。又前不久有对夫妇上山来礼拜，做太太很虔诚地在佛前祈求道：“请佛菩萨能感化我先生，请他脾气不好时勿伸手打人……”原来那位先生生平时很体贴，但一发怒，六亲不认出手很重，以致家中不宁。恳谈了几次，并告诉他们可以请一幅观音菩萨画像回去，之后夫妇俩常常顶礼拜并虔心端详庄严慈悲的菩萨圣容，如今其先生已不再出手打人，家庭又恢复和乐的气氛。转恶念为善念，有时因为业力的牵引很不容易达到，但可请求佛菩萨加被，自己平常若能多修持佛号，行善多与人结缘，自然幅报增长。语云：“福至心灵”，凡事多为人著想，不怕困难，多承担责任，福德积越多，做人处事也越有心得，越顺利，越有人缘，心就开窍了，智慧也随之增长。这种心理变化的过程即属阿赖耶识。
阿赖耶识是人类最深层的心理意识，虽飘渺幽深，但却是化平凡的人生为不平凡之要键。
《六祖大师法宝坛经》云：
心平何劳持戒？行直何用修禅？
恩则亲养父母，义则上下相怜。
让则尊卑睦，忍则众恶无喧。
若能钻木取火，淤泥定生红莲。
苦口的是良药，逆耳必是忠言。
改过必生智慧，获短心内非贤。
日用常行饶益，成道非由施钱。
菩提只向心觅，何劳向外求玄。
听说依此修行，西方只在目前。
这可说是用永恒的眼光，来看日常伦理的世界，真可谓不离此峯，而达彼峯。由凡入圣，融合平常心与佛心为一炉，此种心境亦是由第八识所生。
阿赖耶识是我们由恶转向一个媒介，是动力之根源，从这方面来看，阿赖耶识也被视为具有伦理性、实践性等意义，所以称其为生命之根源。
五·初能变——转第八识成大圆镜智
第八阿赖耶识是人类最深层的心理意识，虽飘渺幽深却是化平凡的人生为不平凡之要键。由凡入圣，融合平常心与佛心为一如之心境，亦在此识。阿赖耶识又名种子识，贮存了很多善的种子和恶的种子，这些种子现行时却成为一种影响人们行为之根源。行为过后又成为经验的种子再一次地贮存到第八识中，等待适当时机再起作用。
因此《唯识三十论颂》云：
初阿赖耶识，异孰一切种，不可知执受，处了常与触——第三颂
作意受想思，相应唯舍受，是无覆无记，触等亦如是——第四颂
恒转如瀑流，阿罗汉位舍。已说初能变。（《大正藏》卷三十一，六十中）
这首偈颂是说明阿赖耶识的体相和作用及其能变性。而“实能变”是在说明经由过去所累积的经验种子使得含藏在人们内心的存在价值，能去改变眼前的世界。
例如几个人共同欣赏一幅风景图片，曾经去旅游过和从未去过的人，感受一定有差别。如果在那个名胜区里邂逅了现在的如意夫人，那看画人的感受是甜蜜蜜的。若是在那儿丢了钱或遭遇抢劫，再一次使其忆起不愉快之事，对此风景画一定不具好感。
又当你喜欢上一个人时，他的缺点在你眼中尽是可爱的，虽生著一张麻脸，在你看来却是一个美丽的酒涡。所以谚云：“情人眼里出西施”这并非是我们用内心去看外界的一切，实在是内心的影子把外界给改变了。曾在高职夜间补校上过课的老师说：“有次新学期开始他一进教室，正要开讲课，却发现一位女学生一直在流泪；事后关询方知，年纪已三十几岁的她因这计贫困一直无力就学，要到工厂上班养家，每天经过学