快要走了。”于是徒众们就预备了会供轮，大家向尊者祈请问法，质疑口授。最后智贡巴和萨问日巴二人启禀尊者说道：“上师老人家啊！由您的话看起来，您很快就会涅槃了，我们简直不能相信。请您长久住世，可以多作利生的事业啊！”
尊者说道：“我的世寿将要尽了，应该化度的众生，也已经化度完了。凡物有生必有死，其实，生亦不过是死的表征罢了！”
过了几天，尊者果然现出生病的征象，弟子雁总惹巴因为尊者生了病，就集合所有的施主及所有的徒弟前来，祈求上师、本尊、空行护法，举行会供。同时对尊者说：“上师啊！您老人家是知道长寿法和药物疗治等法的，现在请您本着慈悲来用一下好吗？”
尊者说道：“从根本上讲起来，瑜珈行者是用不着修什么法的！一切逆、顺境界莫不是道，病也可以，死也可以。尤其是我密勒日巴，把大恩上师马尔巴的法都已经修完了，现在用不着修法求神来帮忙；我可以将仇敌做为心爱的伴侣，还要修法求菩萨做什么用？若说那些妖魔鬼怪呢，早经我降伏，都已变成守护佛教的护法了，所以念咒降妖摇铃打鼓这一套法更用不着。我已经转五毒（‘五毒’即贪、瞋、痴、慢、嫉五种烦恼；此五烦恼即是五智如来或五如来的自性）成五智如来（‘五智’是成所作智、平等性智、妙观察智、大圆镜智、法界体性智。‘五如来’是不动佛、宝生佛、阿弥陀佛、不空成就佛、大日如来佛），还要医药六味何用？现在时间已到，生起次第的幻化佛身，法尔要趋入圆满次第的光明法性中，这是无庸更改的！
“世上的人，由于从前所作恶业的果报，今生受生、老、病、死等等的痛苦，虽然用医药来治疗或是求佛修法，仍旧不能够解除痛苦。无论国王有怎样的权势，勇士有怎样的雄力，富豪有怎样的资财，美人有怎样的姿色，聪明人有怎样的机智，和演说家有怎样的辩才，他们都要终归幻灭和死亡，这一切都不是用任何息、增、怀、诛的方便所能挽救的。你们如果怕痛苦、喜安乐，我有一个方法，可以使你们不受痛苦，常享安乐。”
弟子们说：“那么请上师告诉我们吧！”
尊者说：“轮回的一切法，成者终将坏，聚者终将散，生者终将死，爱者终将离。能于此理有决定的觉悟，就应彻底放弃招致苦果的作业：不求财，不营利，依止一位条件具足的上师，依教修行无生法要。你们要知道修行无生空观，是一切修行中最殊胜的。此外我还有其他要紧的话，以后再对你们说。”
大弟子惹巴寂光和总惹巴两人齐向尊者说道：“上师！您老人家如果身体健康，长久住世，不是可以多救度一些众生吗？您也许不受我们的请求，住世百年；但是无论如何要请您修一修秘密真言乘的殊胜仪轨，服一点药物，早一点恢复健康。”他们再三的这样恳求。
尊者就说：“如果不是时节因缘已经到了，我原可以照你们二人的话去做。可是如果不是为了利他的原故而求自己长寿，利用真言仪轨请佛菩萨降临，就等于把皇帝从王座上请下来当佣人使唤一样，这是有罪的。所以你们不应该为了自己，为了此生，而修真言法。如果是为了利益众生的原故而修真言法，那自然是很好的。我为了一切众生，在无人山中终生修习最了义的仪轨，所以我也再用不着修其他任何的仪轨了。我的心境已经达到了与法界体性一如、不可分离的境界，故不需要再修什么住世法。依着马尔巴上师的口诀良药，把我的五毒完全拔除净尽了，所以我更用不着任何医药。你们如果不能以逆缘为助道，则不能算是真正的学人。如果时节未到，遇见逆境，障碍菩提道，那么服药修法都是应该的。像这般除遣逆缘转成助缘的时节，并非没有。为了超度下根众生的原故，世尊释迦牟尼也曾经受耆婆童子（JivakaKumara）医师诊病服药。但是时节因缘一到，佛陀自己也示现入了涅槃。现在呢，我的时节因缘已到，所以根本用不着服药修法了。”
两大弟子又请问道：“尊者一定要为着利他的原故到他方世界去，那么就请您告诉我们尊者身后和涅槃时供养的方法，怎样料理遗体，怎样做像建塔。此外，再请您告诉我们徒众，如何以闻、思、修而行道修习。”
尊者说：“我依着上师马尔巴的恩德，轮回、涅槃一切作业皆已净尽。身、口、意三业在法性中解脱了的瑜珈行者是不一定要留下尸体的；你们用不着造像，也用不着建塔。我没有贪爱寺庙的执着，既没有庙宇，就用不着嘱咐什么人来作住持。你们将高山雪山无人寂寞之处来当做自己的寺庙好了。在高山上你们为了悲悯六道众生而修行，这就是四时最殊胜的造像。了达一切法本来清净，即是修塔建幢。心口如一，从内心的深处发起祈祷就是最胜的供养。
“如果甘与烦恼及我执深重的人为伍，作损恼众生的事情，那就是违背了学佛人应有的操守了。如果是为了降伏五毒和利益众生，表面上好象是在作恶业，实际上却是在行佛道，这是没有关系的。
“仅是了解佛法而不实际修行，虽然多闻却反成障碍；结果一定堕落在三恶道的深渊里去。所以要思维人命无常，对自己所知道的善恶业努力警策与防护，即使绝命亦决不作恶事。简单的说来，学佛人要对自己知耻，才能行道。你们这样地去修行，可能与某一些宗旨乖谬的论典和书籍所说的话相违反；但是这样做去，是与诸佛菩萨的本意相契合的。所有一切闻思的心要，略言之亦不过如是。我也以为这样就足够了。你们若能按照我的话去做，我也就心满意足。你们对轮回、涅槃的一切作业，也可以达到究竟。否则以世俗的眼光和方式来满足我的心愿，是毫无利益的。你们且听我唱一只如何有益歌：
敬礼恩师马尔巴前，在此集会诸徒众，
听汝老父密勒歌，最后咐嘱应谛听！
依于上师马尔巴恩，瑜珈行者我密勒，
一切作业皆已毕。汝等后学诸徒众，
应如我教而修行；十方诸佛皆欢喜。
我及诸佛欢喜故，自他事业皆成就；
违我所教诸行业，自他二利俱难成；
坏自他故我不喜。
若师不具净传承，求得灌顶有何用？
自心与法不相合，手持法典有何用？
若不舍弃世间法，依诀修观有何用？
三业与法不相合，念诵仪轨有何用？
恶语利嘴不对治，修行忍辱有何用？
亲仇爱怨不舍弃，纵行供养有何用？
自利之心若不除，徒行布施有何用？
不识六道皆父母，寺庙虽佳有何用？
此心不生清净见，修造佛塔有何用？
若难四时修瑜珈，造佛形像有何用？
心坎深处不祈祷，依时供养有何用？
心中若不化口诀，自讨苦死有何用？
死时不生大信心，观摩佛相有何用？
不生悲哀出离心，舍此弃彼有何用？
不修爱人逾爱己，口说慈悲有何用？
若不降伏烦恼因，承事供养有何用？
若不持续上师教，徒众虽多有何用？
无用无益之作业，招损恼故应舍弃！
所作已作我密勒，于诸烦扰无聊事，
无须多作可休矣。
弟子们听了尊者的歌唱，深为感动，大家都把这个训示铭记在心。
不久，尊者示现疾病沉重。那时，操普博士带了很精美的酒肉假装着要来供养尊者；来到尊者的面前，讥笑的说道：“唉！像尊者这样的大成就者，是不应该害这样重病的啊！你怎么也会害起病来了呢？如果病能够分给别人的话，你可以分给各大弟子；如果病可以转送的话，就请你把病转送给我吧！您现在是一筹莫展，怎样了局呢？”
尊者安祥地微笑着说道：“我本来不必生这一场病的。目下不得不生病的原因，你应该很清楚吧！一般凡夫的生病原与瑜珈行者的生病性质不同，缘起亦不同。我现在的病，实为佛法庄严之表现，让我唱一只歌来给你听：
生死涅槃一切法，法界体性显光明；
以大手印印一切，诸法无二等一味；
我知顺逆皆法性，心无挂碍大自在。
魔病罪恶一切障，安住气脉明点处（气、脉、明点是密乘身金刚的三要素，也是人的三种基本：‘气’即是动能，包括呼吸气息及现代的所谓电波电子作用；‘脉’凡管状的器官及神经系统均属之；‘明点’是一切内分泌）；
为我修持作庄严，为我德行作庄严；
愿大罪人罪清净。此病原可作移转，
而今可以不必矣。
操普博士心中想着：尊者似乎在怀疑着他，可是不敢决定。因为尊者说病可以转移，这一点，是决定不可靠的，天下哪里有病可以移让给人的事呢？于是他就说道：“我对于尊者的病因不很清楚。如果病由魔鬼附身而起，就应该修驱魔法；如果是由四大不调和而起，就应该调身服药。如果病真的能够转移到别人身上来，就请尊者把病移到我身上好了。”
尊者说：“有一个大罪人，心中的魔鬼跑出来损伤我，使得我四大不调生了病。这场病你是无此能力把他除掉的。我这个病虽然可以移给你，只是恐怕你一刻都受不了，所以还是不移的好。”
操普心想：“这个家伙根本不能把病让给什么人，所以故意说这些风凉话。非使他出丑不可！”于是就再三坚持请求尊者一定要把病转让给他。
尊者就说：“你既然这样坚持请求，我就暂时把病移向对面那扇门上去。倘若移给你，你是受不住的！你看好了！”尊者就以神力把病苦移到对面那扇门上。门最初发生吱吱的响声，似乎是要分裂的样子，一会儿真的裂开来成为许多的碎片。再看尊者，果然现出无病健康的样子来。
操普博士心里想：“这根本就是障眼法的魔术！骗不了我。”就说道：“啊！这真是稀有啊！但是还是请尊者把病移给我好啦！”
尊者说：“你既然这样苦苦的要求，我就把病的一半移给你好了。全部移给你，你决无力承受的！”尊者便把病苦移了一半给他。操普博士顿时痛得要昏了过去，颤抖都不可能，呼吸也出不来。差不多即要断气的时候，尊者就把移给他的病收回了一大部分，又问他道：“我才给了你一小半病，怎么样？受得住吗？”
操普亲自尝试过这一场剧痛之后，心里生起了猛利的忏悔心。跪下来，顶戴尊足，满面流泪的哭道：“尊者！尊者！圣人！圣人啊！我诚心的忏悔了！求您饶恕我啊。我把所有的家产一切都供养给尊者，我的罪业果报，请尊者想办法啊！”操普哭得非常的伤心。
尊者看见他是真心忏悔，非常高兴，就把他身上还剩下的一小部分病也收了回来，对他说道：“我一生从不要田宅财产，现在快要死了，更用不着这些了。你保留着好了。以后就是断命也莫要再作恶事了。你这一次所作罪业果报，我答应替你消除好了。”于是尊者就唱了一个歌：
敬礼具相马尔巴师，五无间罪虽已作，
疾速忏悔得消除。依我善业与功德，
三世诸佛善愿力，众生罪业愿除净。
汝之一切大痛苦，我皆代受愿清净。
上师恩重如父母，毒害恩师实可悯；
此业所招异熟果，我愿代受净汝罪。
于一切时一切处，愿离罪业之伴侣；
生生世世任何时，愿常伴遇善知识。
不以恶业而聚财，亦不损恼任何人；
愿尽法界众有情，皆发慈悲菩提心。
操普听了尊者的歌以后，非常感动欢喜，对尊者说道：“我从前作恶的原因，大半都是为了钱财，我现在也无需任何财产了。尊者自己虽然不要，但是尊者的弟子们修行总是需要资粮的，请您替他们收下了吧！”他虽然这样请求，尊者还是没有接受。后来弟子们接受了，就把这笔财产作为集会供养之用。到了现在，曲巴地方还有这个集会供养。操普博士此后果然放弃他一生的贪恋，成为一个很好的修行人。
尊者对弟子们说：“我所以要住在这里，就是要令这个大罪人真心忏悔从罪苦中解脱。如今此事已毕，我该要走了。本来大修行人在村镇中圆寂，就如同皇帝在平民家中死去一样，所以我要到曲巴去找死的地方了。”
弟子色问惹巴就说：“上师啊！您老人家这样重的病，走去实在太辛苦了，我们去弄一个轿子来抬您走吧！”
尊者说：“我不一定真是在害病，我死也不是真的死，只是示现病相、死相而已！用不着什么轿子。年青的徒弟们，你们先到曲巴去吧！”
等到年青的弟子们走到了曲巴的时候，尊者早已在炽结崖洞等候他们了。许多年长的徒弟们说：“是我们伴随着尊者一起来的。”另一个人说：“尊者在毒龙顶窟上害病休息。”曲巴村后到的施主们却说：“我们看见尊者在著卡顶窟说法。”又有些施主则说：“是我们和尊者一同来的。”还有许多人却都说：“我们各人在自己的家中都有一个尊者前来承受供养。”那些最先从曲巴来的人就说：“尊者先到曲巴去的！是我们侍候尊者一起来的！”于是后来的，看见尊者说法的，和承事供养尊者的，大家各执一词，争辩起来，不知谁是谁非。尊者听了笑道：“你们都是对的，我之所以如此，不过是同你们开一开玩笑罢了！”
尊者在炽结窟示现病态。那时天空中出现了像说法时一样的虹彩、花雨等瑞征。于是大家就知道尊者真的要到他方世界去了。寂光惹巴、雁总巴、色问惹巴等弟子就请问尊者说：“尊者涅槃以后，到哪一个净土中去？我们徒众们应该向何处祈祷？”
尊者说：“你们随便在什么地方祈祷都是一样。只要有信心，虔诚祈祷，我一定会在你们的面前的。你们祈求的事，我一定赐给。
“这一次，我要到东方现喜净土去朝礼不动如来。我从前曾提起过还有话对你们说，那就是我的遗嘱。我密勒日巴死后，除去极少的几件用品外，什么财产也没有