寂光惹巴说：“从尊者和空行的训示，以及火烧不着遗体的种种因缘看来，惹琼巴一定很快就回来的。我们还是恳切祈祷吧！”大家把圣体移回洞中，都又一致恳切的祈祷。
却说，惹琼巴那时正在罗若多寺修法。一天晚上的后半夜，在光明与睡眠混然一体的觉受中，他看见在曲巴地方，有一座水晶塔放出了周遍虚空的光明；无数空行拥着这个宝塔，迎请着向他方世界去了；地上到处都是自己的金刚兄弟和尊者的施主们。天神与空行的歌声响遍了天空，到处都是不可思议的大供养云。惹琼巴就向宝塔顶礼，忽然间尊者的面庞从宝塔中现了出来，对惹琼巴说道：“儿啊！虽然你没有照我的话及时赶回来，但是如果我们父子能够再见一面，我是非常快乐的。你我父子今后恐怕不能常常见面了，不要再失去这难得的机会，让我们父子好好的谈一次话吧！”说完了，尊者就把手放在惹琼巴的头上，满面含笑的看着他。惹琼巴心中又悲又喜，生起前所未有的信心和稀有难得的感觉。
惹琼巴醒了以后，想起了尊者从前对他说过，要他在某时回去的话，心中大为惊惶道：“难道尊者涅槃了吗？”顿时生起难以忍受的悲哀和猛利的信心。乃一心向尊者祈祷道：“上师啊！我没有及时赶到，真是后悔哟！但是我马上就要回来了！”正想间，空中出现了两个少女，对他说道：“惹琼巴！尊者要到净土去了！你要不赶快走，恐怕今生再也看不见尊者了！快点走吧！”
惹琼巴这时心中专念着上师，归心似箭，立刻就起身回去。罗若多寺的鸟雀，这时正在吱吱的报晓。
惹琼巴一心祈祷上师，一面运起气功，如箭驰一样的飞来。驴马须走两月的路程，半个早上就飞过了。到了亭日和布林交界的钵赛山顶时，天才大亮，太阳刚刚出来。他就坐下来，稍微休息了一下。抬头一望，到处都是祥云异彩；特别是尊者入寂的山顶上，有一个广无边际的大云伞盖，放出万丈的光芒。无数天神、空行正在以五欲供云大兴供养。有的天人在祈祷，有的在发愿，有的在礼拜，有的在唱着赞美歌。惹琼巴见了，心中又悲又喜，怀疑地向一个天神问道：“你们这样供养礼拜，是为的什么呀？”
天神答道：“你这个人难道耳聋了么？眼瞎了么？这样人天兴供的非常缘会，你都不知道吗？这是密勒喜笑金刚大士到空行刹土中去，天人大众对他都在供养祈祷，难道你不知道吗？”
惹琼巴听了这个话以后，心如刀割，向尊者入寂的山窟处飞跑而来。跑到曲巴一处像宝塔形状的平地时，像作梦一样，看见尊者满面含笑的向自己说道：“是不是我的儿子惹琼巴来了啊！”
惹琼巴一见，心中说不出的欢喜，以为尊者并没有涅槃，连忙上前顶礼尊足，祈祷问安。惹琼巴又向尊者问了许多的问题，尊者都回答了。最后尊者对惹琼巴说：“儿啊！我先走了，你随后来吧！将来我会来接你的！不要忘记我的话呀！”说完，忽然一刹那间，尊者就不见了。
惹琼巴心中七上八下地向曲巴赶来，到了尊者入灭的山窟前，看见徒众施主们正在尊者的遗体旁边悲哀地祈祷环绕。有许多新来的徒弟们，他们从来没有见过惹琼巴，就阻挡住不要他进洞走近尊者的遗体。惹琼巴心中说不出的哀痛，痛哭流泪，唱了一只七支供养歌：
三世诸佛的悲心，十方众生的依怙；
我恩重的慈父上师啊！
您那无缘大悲的心智中，难道听不见徒儿的哭诉？
您那无缘大悲的心智中，难道不悲悯您徒儿的痛苦？
唉！我慈父的上师啊！
停了一下，惹琼巴又继续唱道：
如今父子成死别，我心恻恻不胜悲；
为瞻尊者遗容故，无福弟子来朝谒。
大悲上师宁不见，慈父见儿宁不悯？
大慈大悲雄力父，无异三世诸佛陀！
弟子三门敬礼赞，如教修持为供养；
罪业邪见我忏悔，所有善业皆随喜。
请转甚深妙法轮，哀求住世莫涅槃；
一切修行所作善，回向能满上师意。
愿此回向得圆满，令我下劣恶根者，
得睹尊者之遗容。
昔为尊者之爱徒，如今不能见师颜；
虽无现前谒师福，愿见上师之遗容。
由见尊者遗体故，愿生亲见之觉受；
修行二种次第时，愿赐除障之口诀。
我此悲痛之祈请，尊者慈心宁不护？
不悲弟子复悲谁？愿父无缘大悲钩；
恒常钩摄勿舍我，平等性中常悯我！
薄慧劣根惹琼巴，慈父三世慧眼视；
五毒所恼惹琼子，慈父五智慧眼视；
一切众生祈勿舍，悲视汝子惹琼巴。
惹琼巴的歌声刚一传进洞去，尊者的遗容突然大发光彩，面貌如生。尊者的遗体忽然自己生起火来。寂光惹巴、雁总顿巴和各大弟子施主们一听见惹琼巴的歌声，都赶快出来迎接。但是惹琼巴因为新来那些弟子不认识他，不要他进去，心中非常难过，所以没有立时进去。等唱完了七支供养歌之后，才走进洞内。因为惹琼巴热情和至诚的歌声祈祷感动了尊者，虽然尊者已经趋入了光明法性的大涅槃，这时又从光明而起，坐了起来，对那些新来的徒众们说道：“你们初修的徒众啊！莫要这样做！惹琼巴是人中狮子，你们应该敬重他。”又对惹琼巴说道：“儿啊！你不要这样难过，到你父亲的身旁来吧！”
大家见了这种奇迹，都惊叹不已，心中生起无量的欢喜。
惹琼巴马上走到尊者遗体的前面，抱住尊者放声痛哭。因为过度的悲伤，惹琼巴竟晕倒在地上。等到他醒转来的时候，看见徒众施主们都环绕在祭坛的周围，尊者的无垢金刚双运身并没有倒下，在八叶莲花形的火聚中，安稳的坐着，尊者的身体就好象花朵中的蕊一样，坐在八瓣莲花的熊熊火叶之中，右手持说法印下垂压于火尖，左手托住面腮，作唱歌的姿态，对着惹琼巴和众弟子们说道：“你们听我这个老人的最后一个歌吧！”就在祭坛上唱了一首六种心要歌：
我之爱子惹琼巴，听我遗嘱最后歌：
三界轮回火海中，五蕴幻身是关键；
贪着衣物事奔走，世事永无了结期；
舍世法兮惹琼巴！
于此幻化身蕴中，无体自心是关键；
此心若为身所使，法性实相永难证；
善持自心兮惹琼巴！
心物取舍之微义，本来智慧是关键；
追逐变化诸缘起，永难得证无生义；
善观无生兮惹琼巴！
此生他生之取舍，中阴心识是关健；
常伴有身或无身，永难得证实相义；
善观实相兮惹琼巴！
六道迷乱无明城，罪障恶业如山聚；
贪瞋烦恼不除灭，永难证入平等性；
舍贪瞋兮惹琼巴！
万千诸佛刹土中，诸佛善巧说似法；
若依权巧相似理，永难解悟究竟义；
舍权教兮惹琼巴！
上师本尊与空行，作一体观而祈请；
正见胜行与正修，三无差别而修行；
此生来世与中阴，作一体修而熟谂。
我今传汝最后诀，此为最后之遗言；
舍此更无他心传，依此修行是我子。
尊者说完最后的教训，又趋入光明法性之中。尊者刚一圆寂，祭坛就放出光明，变成一个四方形的越量宫，种种光明伞盖、彩霞、宝幢等丰盛的供养，无尽庄严。光明中又化现出无数的天女，在美妙的音乐中唱歌起舞。在祭坛上的虚空中，天子和天女捧着满盛甘露的宝瓶为尊者供养。徒众和施主们，有的看见祭坛中尊者是喜金刚，有的看见尊者是上乐金刚，或密集金刚，有的看见是金刚亥母，依各人的因缘根器不同，各各看见不同的佛身。
这时，遍满虚空的无数空行，一齐同声唱道：
如宝至尊入灭时，人天大众同此悲；
或乃痛哭泪如丝，或乃眩蹶不自持。
自生之火自燃烧，焰作八叶莲花形；
具有七宝八吉祥，如意斋供万千现。
琴瑟管弦诸乐具，演出无量众妙音；
火中化出众天女，陈献广大内外供。
妙香环绕气氤氲，宝伞雨盖与华鬘；
吉祥天女为献供，奉骨归去有净身；
蕴身不留一微尘，上师遗骨稀有甚。
法身若与虚空等，悲愿报身如法云；
化身事业如花雨，无尽成熟诸有情。
法性空寂本无生，此中既无可生者；
空性亦离生灭相，生灭亦即是空性；
于此甚深‘空有’义，幸勿有疑生谬见。
空行们唱完了这只歌，时间已近黄昏，天渐渐地黑了，祭坛上的火也已熄灭。但是祭坛内外却是一片透明的光。徒众们觉得非常奇怪，向祭坛里面看，原来在祭坛的中央，出现了一个光明的宝塔。宝塔的中央，有人看见上乐金刚，有人看见亥母或喜金刚，有人看见金刚铃、杵、宝瓶、手印、身、口、意的种种字形。有人看见一片金色的光明，有人看见一片海水，或一团烈火，也有人什么都看不见。
徒众们于是打开祭坛的门，让热气散发，以备第二天来取舍利子。这时又出现了许多不可思议的异征。当日晚上，大家都把头朝着祭坛的门，在地下睡着了。次日一早，惹琼巴刚刚醒的时候，看见五部空行母们拿着缨络骨饰众宝庄严及种种五欲供养品，进入祭坛来行供养。一会儿，看见五个主要的空行母，从祭坛中捧着一团光明的东西飞了出去。惹琼巴正看得出神，忽然想起，必是空行母们把尊者的骨灰舍利子拿走了，心中一急，连忙赶出来，这时空行母们已经捧着舍利，腾在空中。惹琼巴立刻回去把所有的师兄弟喊醒。大家打开祭坛的门，向里面一看，连一颗舍利子都未留下！惹琼巴悲痛忧伤万分，就请求空行母慈悲分一点舍利子给人间的弟子们。
空行母说道：“你们这些大弟子们，已经得到了最殊胜的舍利，亲见法身了，如果这个还嫌不够，可以祈请尊者，尊者自然会给你们的。至于其他的人们，比起光明如日月的尊者来连萤火虫还不如，这些人给他们舍利子作什么？这些舍利子是属于我们的。”说完就停住在空中不动。徒众们听了空行母的话后，大家一想，这个话说得不错，心生懊悔，殷切的祈祷道：
至尊依止上师时，敬信如教而行故；
获致甚深了义诀，成就有缘令解脱；
愿赐舍利作福田，一切众生求悯怜。
至尊山窟独居日，断离贪着精进修；
现得神通大成就，名称普耀于十方；
愿赐舍利作福田，悲护所有见闻者。
至尊摄受弟子时，亲疏普及无偏私；
神通智慧复何限，善巧慈悲利生衍；
愿赐舍利作福田，悲悯有缘诸弟子。
至尊莅止诸法会，广大慈悲恩普盖；
一切有缘令解脱，悲摄业重者为最；
愿赐舍利作福田，悲摄我等诸蒙昧！
至尊舍此幻身时，示证空行大成就；
化现象界成法身，一切空行尊为首；
愿赐舍利作福田，与会弟子咸蒙悲。
大家这样悲痛殷切的祈求以后，就看见空行母的手掌中放出五色毫光，尊者的舍利子大如鸟蛋，降落在祭坛上。弟子大众看见舍利子降下来，都伸手想去拿，舍利子忽然又飞到空中，重新溶合到空行母掌中所发的毫光里去了。忽然毫光又分为两道，一道变成为日月座垫的狮子座，另一道变成一座内外透明的琉璃宝塔，塔中放出红、白、蓝、黄、绿五色光明，遍照三千大千世界，由一千零二尊佛四周围绕着，中间端坐至尊密勒日巴。亿万空行海会云集，供养赞叹，有两个天女在塔的下面捧着宝塔。尊者密勒日巴唱道：
徒子乐获与寂光，雁顿总巴等弟子；
具足善根诸惹巴，诚心祈祷呼我名。
舍利本是福田因，为众有情而施舍；
若由至诚祈祷力，能见三身三舍利；
则能不堕诸恶趣，若生信心当成佛。
法身明彻本一味，舍利乃是佛因依；
我与我所尚不得，何有彼境及彼住？
法尔真理虽如是，然尔至心所祈祷；
诸佛大悲定摄受，此是如来三昧耶。
上乐父母本尊佛，尸林骨饰为庄严；
坛城遍满大虚空，勇父空行法云绕；
圆满受用智慧尊，灌顶当得速成就。
若能于彼勤恳祷，当得不思议加持；
此是空行三昧耶，法身事业能成办。
万千化身随意观，于此琉璃宝塔周；
显教千佛作围绕，密教本尊四部现。
现前降临甚希有，若得诚心作祈祷；
事业广大自然成，此是护法三昧耶。
上师三身本无别，能现不思议神变；
小中能显广大境，如是神变甚希奇。
若能一心而恳请，当得殊胜大成就；
此是一切成就者，誓语金刚三昧耶。
若能善持密宗戒，一切具誓赐成就；
若能独自山中修，空行慈母常围绕。
于法若无谄媚心，身当速得成就相；
内心若不贪欲乐，烦恼根本立时断。
若不执我不执物，鬼魔障难即时除；
若不执着宗派见，一切见解自清净。
若了生死本来空，一切修观自清净。
内心持戒若有恒，一切所行悉清净。
若得上师之授记，一切誓戒皆清净。
若能利益诸众生，一切果利悉清净。
师徒心意如合一，一切因缘悉清净。
若见成就殊胜相，心境自然生净信；
维护禁戒得暖相，汝等徒子应受持。
尊者说完了，空行母捧着宝塔，便准备迎请尊者到空行刹土中去。这时寂光惹巴心中想道：“我应该为人间众生福田计，恳求空行母赐下这个宝塔，作为人间弟子供养之用。”就哀痛迫切的祈请道：
上师慈父应化身，圆满受用瑜珈士；
法性无生普遍满，祈请至上法身前！
空行手中之宝塔，恳祈赐予我徒众。
若欲朝觐获加持，礼拜师尊即成办；
无价之宝瑜珈士，祈请究竟清净者；
空行手中之宝塔，恳祈赐予我徒众。
供养