成了两个对立的派别：布朗基派和巴尔贝斯派。起初，布朗基分子占少数。巴尔贝斯恰恰相反，他的周围聚集了那些反对布朗基和迫害布朗基的人。有一个时期布朗基甚至担心有生命的危险。他曾经建议同巴尔贝斯进行公开的辩论，但遭到了后者的拒绝，慢慢地，布朗基团结了大部分犯人，主要是工人囚犯。他们中间有许多人都来听布朗基讲解政治经济学。
1851年2月，在二月革命三周年的时候，布朗基写了一篇给在伦敦的法国流亡者的著名“献词”，题目为：“人民要警惕”，他谴责了路易·勃朗、赖德律—洛兰和其他1848年“社会主义者”的叛变行为。当时马克思住在伦敦，他把这篇“献词”译给了德国共产主义者看。马克思认为，这篇“献词”是对不久以前的阶级斗争的总结。
在贝尔岛，布朗基读了许多书，研究了哲学、政治经济学、自然科学和地理学，而他最喜欢的是地理学。他的母亲和姐妹给他寄了许多书籍和地图。布朗基常写一些文章、新书评论，并且和他的朋友们通信。他熟悉监狱外面发生的事情。1851年11月，他写给曾在贝尔岛监狱中囚禁过的鲁日埃（Rouget）的一封信中，就预言法国发生政变近在眉睫，果然，1851年12月2日政变就发生了。1853年，他就提到克里米亚战争是不可避免的了。
在监狱里度过半生的布朗基，对监狱环境有着惊人的抵抗力。象他这样衰弱的身体竟能经得住如此多次的考验，实在使人感到惊讶。由于他有一种罕见的精神力量，使他能够摆脱日常生活中的琐事，全神贯注于自己的内心世界。他规定了一套日常饮食起居的制度，严格地加以遵守。他注意体育锻炼，严格控制饮食：——不喝酒，少吃肉，尽量多吃乳制品、蔬菜和水果。在贝尔岛监狱，他花费了许多时间和劳动来种植窗前的一小片菜园，种植了草莓和蔬菜。
1852年底，布朗基准备越狱。那时，他母亲和他十五岁的儿子来到贝尔岛。他母亲为他的越狱作了一切必要的准备。但是，内务部截获了他放在一个渔夫篓子夹层里的一封信，知道了这件事情。因此，布朗基单独被关进了地牢，看管也更加严了。
1853年，布朗基和关在他隔壁牢房的卡扎旺重新准备越狱。他们想逃到英国去。于是他们设想了一个大胆的计划，要实现这个计划需要很长的时间。布朗基和卡扎旺在他们牢房里放了两个假人，穿着他们的囚衣，象他们平常那样坐着。为了使他们的越狱不被立即发现，在一个长时期里，他们两人不再回答看守的问话和点名。看守们不久习以为常，便不再注意他们了。1853年4月5日，布朗基和卡扎旺冒着倾盆大雨越狱。他们到了一口井边，沿着绳索滑到井水的水面，在这井里一直待到巡逻兵走过，然后，他们爬出水井，翻过围墙，摸索一整夜才穿过了小鸟，最后，走得精疲力竭，才到了预定的地点一个渔夫的小屋，躲藏在阁楼上，一直等到天明。那个渔夫已经从布朗基和卡扎旺手中得到一笔巨款，答应把他们送到大陆去，但他出卖了他们，向监狱当局告发了他们的越狱逃跑。布朗基又被投入贝尔岛富凯监狱的地牢，不久，他被转到政治犯监狱，但是受到较前更为严密的监视。
1854年秋，巴尔贝斯获释，监狱中两个对立党派之间的关系有了改善。1857年，布朗基和三十一个难友一起被押送到科西加岛的科尔特，在这里，他们受到了当地人民的热烈欢迎。
布朗基被关在阴暗、潮湿的科西加监狱，直到1859年4月2日。后来，根据1858年颁布的所谓公共安全法，布朗基被送到非洲的麦斯卡拉。1859年8月16日大赦之后，布朗基才获准重返巴黎。但在返回巴黎途中，他在土伦又二次被捕，有被流放到开云去的危险。后来，在他姊姊昂土瓦恩夫人的协助下，终于获得了释放，返回巴黎。在巴黎，他见到了他的儿子。这时候，他儿子已经二十四岁。布朗基在坐牢的岁月里，仅仅和他儿子见过五、六次面。他儿子是一个鼠目寸光、精神空虚的人，和他父亲毫无相同之处。他对他父亲的了解如此不够，以致要他父亲抛弃政治斗争，和他一起过小市民的生活。在巴黎，布朗基又遇到另一件不愉快的事情：他得悉他保存在母亲那里的手稿——长年累月的劳动果实，已经按照他母亲1858年逝世时的遗嘱被烧毁了。这消息使布朗基极为伤心。
布朗基回到巴黎不久，又访问了伦敦。在这里住着许多避难的法国政治家，其中有布朗基的朋友拉康勃勒（LacamAbre）和巴特尔米（Barthélemy）。回到巴黎以后，布朗基又从事革命活动，积极重建一个社团。他巧妙地躲开警察，但警察追踪不放，最后还是逮捕了他。1861年6月，他被控告参与组织一个秘密团体，而被判处四年徒刑。这一判决引起了广大革命人士的愤慨。马克思和恩格斯对布朗基有很高的评价，把他看作是“法国革命党”的代表，因此，他们在经济上帮助他的朋友德隆维耳（Denonville）出版一本揭露对布朗基进行卑鄙陷害的小册子。
布朗基又一次被关进圣彼拉奇监狱，早在1832年为十五人案件辩护和在1835年“家族社”案件后，他就在这里坐过牢。这个监狱曾经监禁过许许多多法国的政治家。在1793年就关过罗兰夫人和一些吉伦特党人；随后又有贝朗热（Béranger），保罗·路易·库里埃（Paul－Louis Courier）、马拉斯特（Marrast），歌德弗乐·卡芬雅克、陶米埃（Daumier）、拉梅耐（Lamennais）、费利克斯·皮阿特（Félix Pyat），1848年的革命者们。
布朗基沉默寡言，不爱交际，对不相识的人存有戒心，然而他象一个磁极那样吸引了牢里的犯人，他们中间有些人成了他的朋友或者忠实的信徒。他那渊博的知识，坚强的性格，长期“被监禁”的命运，对革命事业的无比忠诚，和对议会共和党所采取的尖锐批评的态度，都使他的威信不断提高。
布朗基同居斯塔夫·特里东（Gustave Tridon）和医学院学生维尔纳夫（Villeneuve）、克雷门梭（Clemenceau）等人的关系特别密切。在这里他也同阿尔杜尔·朗克（Arthur Ranc）很接近，正是这个朗克把自己的《浪漫主义密谋》一书献给了布朗基，有一个时期成了狂热的布朗基主义者。也就是在这圣彼拉奇监狱里，诞生了布朗基派。
1864年，布朗基患了病。人们把他送进耐格医院，放在一间单人病房，受着警察的监视。他的朋友们常常去探望他。就是在这里，他认识了沙利·龙格（CharlesLonguet）①。
①沙利·龙格是法国新闻记者，工人运动的参加者。六十年代中，他在巴黎出版了一些反政府的报纸，如《学派报》、《左岸报》等。这两种报纸都被查封。龙格流亡到了比利时，继续出版《左岸报》。1866年1月，龙格被选进第一国际总委员会，代表法国参加洛桑、布鲁塞尔和海牙会议。积极参加巴黎公社。在巴黎公社遭到镇压后逃到伦敦，到1880年才回国，并接近激进分子，同克雷门梭合办《正义报》。他曾把马克思的著作《法兰西内战》译成法文。他是马克思的女婿。
1865年初，布朗基参加了《诚实报》的出版工作，该报主编是布朗基的得意门生居斯塔夫·特里东。布朗基用苏珊美耳（Suzamel）（苏珊恩·阿美利是他妻子的名字）的假名在《诚实报》发表了几篇有关哲学和科学的文章。但是，该报只出版了八期，报社就被查封，领导人也被逮捕。
布朗基试图从医院里逃走。他重新在晚餐和点名时缺席，并且使得监视者对于这件事渐渐习惯。有一天，他装上淡色的假发，戴上宽边的帽子，混在他朋友卡扎旺、朗布兰（Lamblin）和勒夫劳（Levraud）兄弟中间，在看守他的警察面前走过，乘火车顺利地到达布鲁塞尔。
布朗基逃脱的第二天给巴黎报界写了一封公开信；信里说，被判处四年监禁却坐了四年零六个月的牢，“责任迫使他谢绝这一百天追加的赠礼”。他因为害怕在监禁期满后被送往开云监狱，因而不得不逃跑。
在布鲁塞尔，他住在他朋友瓦托博士（Dr．Watteau）家里。在这里他认识了许多人，又见到他的朋友沙利·龙格，龙格这时在布鲁塞尔编辑《左岸报》。1865年在列日召开的国际学生代表大会①上，布朗基遇见了特里东，认识了保罗·拉法格（Paul Lafargue）②和格朗日（Granger），格朗日后来成了布朗基最亲密的朋友。在这几年里，布朗基写了许多文章。他在六十年代末所写的一些研究政治经济学、哲学和社会主义问题的文章，在他死后编成两卷出版，书名叫做《社会批判》。
①国际学生代表大会（1865年10月29日到11月1日）在列日召开。巴黎代表们回去后就被学院理事会叫去询问，受到了各种不同的纪律处分。1865年12月底，在大学里引起了巨大的骚动。各学院的课程都暂时停止了。
②保罗·拉法格（1842—1911年），法国社会主义者、哲学家和政论家。年轻时代信仰蒲鲁东的思想，后来信仰布朗基的思想。1865年同马克思认识后，成了马克思主义者，后来终身广泛宣传马克思的思想。他同盖德一起建立了法国社会党，拉法格写了许多批判资本主义社会的杰出的文章。拉法格的理论著作中最有名的有《马克思的经济决定论》、《语言和革命》。拉法格是马克思的女婿。——译者
在这时期，布朗基继续同他巴黎的朋友们通信。就在这个时期，在法国成立了布朗基战斗队，队员都是经过严格挑选的。到1870年，战斗队的人数达到二千五百人。布朗基经常秘密来到巴黎呆一个短时期。后来，当组织活动大发展时，布朗基有时还在巴黎住上几个月。
1867—1868年，布朗基写了《有关武装起义的指示》，详细阐述了革命和巴黎专政建立后应该采取的措施，说明了他的斗争计划，指出应该在哪些街道上修筑街垒，提供了告人民书和告军队书的典范，等等。布朗基的朋友催促他转入反对帝国的公开斗争，他们认为全国总形势和人民对现政府的普遍不满情绪有利于起义。但是，布朗基由于害怕再度失败而采取慎重的态度。在为被波拿巴家族的一个成员杀死了的那个年轻记者维克托·努瓦（Victor Noir）举行葬礼的那天，布朗基还试图举行起义。但是这次尝试没有成功；尽管议院和人民中的情绪慷慨激昂，但广大群众和军队之间并没有发生冲突。
1870年普法战争时期，法国军队一开始就节节失利，引起人民群众对帝国的极大愤慨。人民聚集在协和广场上公开表示愤慨不满。布朗基派认为，此刻可以轻而易举地推翻帝国，于是急忙把布朗基从布鲁塞尔叫来。布朗基在8月12日抵达巴黎。预定14日在工人区中心拉维莱特大街举行起义，他们打算占领拉维莱特大街的消防队兵营，夺取武器，然后宣布成立共和国。但这次起义又遭到失败。大部分起义的倡导者被捕，有些人被判处死刑但是没有执行。9月2日拿破仑三世在色当投降以后，帝国就垮台了。9月4日法兰西共和国宣告成立，由阿拉戈（Arago）、克莱米约（Cré－mieux）、法弗尔（Favre）、甘必大（Gambetta）、加尔涅－帕热斯（Garnier－Pagès）、洛许福（Rochefort）、儒尔·西蒙（Jules Simon）和特罗胥（Trochu）将军等人组成的国防政府在巴黎成立。
在9月4日革命后不久，布朗基建立了俱乐部，并出版了《祖国在危急中报》。在9月7日该报第一期上，布朗基号召人民群众支持政府；在共同敌人面前应该消除一切分歧。他不懂得资产阶级政府由于它的反革命本质是不可能保卫祖国的，是不会按照民族利益行事而只会按照阶级利益行事的。
布朗基办报最亲密的合作者特里东、勒夫劳兄弟、雷格那（Regnard）、格朗日和魏莱（Verlet）也同样号召人民联合起来保卫祖国。报纸从9月7日到12月9日一共出版了八十九期，每一期布朗基都发表了文章、号召或声明，指出应该如何保卫巴黎，以及为了保卫巴黎必须采取哪些措施。这些建议显示了布朗基的高度智慧，他的高瞻远瞩和丰富的军事知识。
每天晚上，布朗基在俱乐部里揭露政府的错误和罪恶，并指出应采取措施来建立一支国民军。
9月，在一次国民自卫军集会上，布朗基发表了演说，之后被选为第一百六十九营的司令。但他担任这一职务的时间并不长，因为特罗胥将军在10月19日解散了这个营。布朗基在一期《祖国在危急中报》中写道：“国防工作的第一个行动应该是撤换那些使国防瘫痪的人。”国防政府和领导巴黎武装力量的特罗胥将军在法国人民面前暴露了他们民族叛徒的真面目。10月31日，当麦茨投降的消息传到巴黎时，人民群众表示极大愤慨。麦茨的投降使巴黎受到威胁；必须不惜任何代价来保卫首都。10月31日，人民群众和国民自卫军的各营占领了市政厅，并准备在逮捕政府阁员之后，组织临时委员会来负责保障公共安全和确定市政选举。布朗基和他的拥护者领导了10月31日运动，布朗基被提名为新政府的候选人。但是，10月31日运动和以前历次运动一样遭到了失败，国防政府把持了政权，但保证不追究起义的参加者。布朗基仍旧留在巴黎。在他继续发行的报纸中，他号召全体武装公民保卫巴黎，谴责政府不采取行动：
合法的权力属于坚持抵抗的人，今天的选票就是子弹。
布朗基和他的伙伴在1871年2月22日为推翻国防政府而举行的示威游行中起了积极作用。但是巴黎无产阶级这次的示威游行也和其他示威游行一样，因为缺乏充分的准备而遭到失败。
甚至在巴黎投降和1月28日签订�