第100部队的人员来自日本在中国的各作战部队，一般经常保持在600～800人。
该部队下设第一至第四部和总务部，并管理一个实验农场和牧场。
第一部，主要以关东军所属部队的军马为研究对象，同时重点研究各种动物的血浆。通过对军马和动物血浆的研究，取得并总结制造鼻疽菌、痈疽菌、传染性贫血菌的方法；研究能导致马匹迅速死亡的病菌和生产这些病菌的方法。该部下设有若干分部，各分部的细菌研究工作在关东军兽医处处长高桥隆笃的亲自监督下进行。
第二部，也称生产部，主要从事进行细菌战的研究工作，是第100部队的关键部门。部长更换了几任，村本少佐、穗坂中佐、雄板中佐等数人曾任该部部长。1943年前，该部下设5个分部：第1分部为“细菌分部”，主要研究与繁殖各种传染人畜以及植物的病菌，如伤寒、霍乱、赤痢、副伤寒等疫菌；第2分部为“病理学分部”，重点研究鼻疽、羊痘、牛癣、炭疽热等牲畜病毒。第3分部是管理用来实验的动物的分部，其实验材料不仅包括牛、羊、马和江豚、白鼠等动物，而且也包括用来做细菌实验的活人；第4分部为“有机化学分部”，主要研究与生产化学毒物和毒药，以及这些药物的防治、解毒方法等。第5分部为“植物学分部”，主要研究毁灭植物和农作物的毒物、毒菌，“负责探求用细菌毒害或传染植物的方法”。
1943年，第731部队石井四郎确认鼠疫武器为主要细菌武器，并得到日本参谋本部批准。为了配合第731部队加紧鼠疫武器的生产，关东军司令部决定将原先属于第1分部的职能以及其他各分部的一部分职能和人员转交给新成立的第6分部，委任军医中尉平樱全作为第6分部部长。专门生产、制造细菌武器。
第三部，与该部队对外称谓完全相符，即真正负责关东军所属各部队的军马防疫与饮水问题的研究。
此外，还有总务部、资材部和训练部，其职能与731部队有关的部门大致相同。总务部不仅管理部队的日常事务，其下还设有设计分部、研究分部等部门。此外还管辖一处占地60多垧的“实验”农场和一处占地20多垧的牧场。被拘禁在守卫处禁闭室内用来进行细菌试验的人，也归总务部管辖。
训练部也称教育部，主要负责本部队人员和关东军各部队人员在使用研究细菌武器方面的培训。原第100部队队员三友一男，就曾到训练部培训过，他在苏联伯力受审时说：“我进入该部队后，进过炭疽热菌和鼻疽菌培养训练班。”后来，他一直从事这些细菌的培殖工作。
第100部队科学技术人员占人员总数的2/3。平樱全作在苏联伯力受审时供认：仅第二部人员中就“计有官佐20名、科学工作员30名及技术人员50名”。担任该部各分部部长职务的“都是细菌学专家、植物学专家、有机化学专家或病理专家，其中有些是现役军官，有些则是受雇的科学工作人员”。
前关东军兽医处处长高桥隆笃也承认：“第100部队各支队及各兽疫部队长均由细菌学医生充任。”
第100部队建立后，它同第731部队一样，也在总部之下设立了若干支部。据资料记载，第100部队分别在大连、拉古（位于牡丹江市市郊）、克山设立了3个支队。1941年7月又在四平设立支队。同时在关东军司令部所指挥的部队里，还奉令建立了军团兽医部队，分驻在克山、东安、鸡宁、东宁、四平等地区。
由于第100部队也是日军部用来进行战争的保留项目，因而它也成了日本军部的宠儿，其经费是十分充足的。据原关东军兽医处处长高桥隆笃在苏联伯力受审讯时供认：第100部队“经费有两个来源：一部分是日本陆军省拨给该部队人员的给养费，另一部分是日本陆军省拨给关东军制造防疫药品的费用”。而“研究和生产细菌武器的款项是按关东军秘密经费开支路线，由第二侦探部发给的”。与第731部队的经费一样，这是国会议员所无法知道的一笔巨大开支。第100部队仅在1944年4月至1945年4月一年时间内，上面就拨给给养费和防疫药品制造费共计60万日元，拨给研究和生产细菌武器费共计100万日元。高桥隆笃供认说：“这个数目并没有限制过我们，因为必要时可按需要增拨款额。”
二关东军第100部队的细菌战实验
第100部队主要研究、制作针对动物、植物的细菌武器，同时，也研制人畜并用的细菌武器。所以，在第100部队，动物、植物、被捕犯人都被称为“实验材料”，第100部队利用这些“实验材料”进行各种细菌实验。
第100部队以动物为细菌实验的主要对象，在20余栋房舍、1万多平方米的场地里，饲养了大批动物，其中以鼠和马为最多。
1950年，长春市政府两次组团到第100部队遗址实地调查，他们从饲养场地规模及设备、装置情况推算：可养20日鼠、荷兰猪、家免等几万只以上。尤其20日鼠1个月可繁殖一代，拿1万只来计算，去掉死亡雄鼠，月可增至15万只，经常保持1万只活的，那么每月最低也要有5000只20日鼠供试验使用。
第100部队每年可有1万匹马供试验使用。在该部队本部的后面有专门的马匹实验室，内设做免疫血清用的解剖台5个，但固定架只有1个，这说明饲养动物，并不是为了抽血做血清，而是为了试验细菌。每个实验室里都有焚烧炉，这毫无疑问是为做细菌试验而备，试验后，“实验材料”就烧掉，避免移动感染。
第100部队对牲畜的实验过程是这样的：他们有意将染有传染病菌的牲畜驱赶到附近的村庄和牧场，以试验这种病菌的传染效能。第100部队有自己的牧场，设在距本部10公里外的八家子一带。这里是对牲畜进行细菌实验的一个重要场所，牧场附近从来不准中国人通行。第100部队所属2630支队技术员桑原明供认：1945年8月该支队将鼻疽菌掺和到燕麦里，喂给60匹马吃。然后，将其全部驱赶到附近村庄和牧场，结果，致使这些村庄和牧场的大批牲畜死亡。
第100部队对利用植物进行细菌实验也是非常重视的。部队内有高级植物学家和专业人员组织针对植物的细菌研制工作。第100部队从毗邻驻地的大广乡农民手中掠夺了60多垧土地，作为对植物进行细菌试验的“农场”。据当地农民回忆，“农场”里的庄稼长得“挺怪”，有的长势非常好，有的却非常糟；有的果实累累，有的却颗粒不结。第100部队的“农场”实际上是其毁灭农作物的试验田。
第100部队在频繁的牲畜及植物的细菌试验中，取得许多“可喜”成果。原关东军司令部兽医处长高桥隆笃曾向梅津美治郎总司令官汇报了第100部队的生产能力。他说：“第100部队在一年内能制造的细菌数量是：炭疽热细菌1000公斤，鼻疽细菌500公斤，锈菌100公斤。”可见该部队生产规模之巨大。
第100部队最丑恶、也最鲜为人知的活动是它同第731部队一样，也用活人做细菌实验。
第100部队有一个“牲畜掩埋场”，距本部很近，位于西北侧，东西约半华里，南北约1公里。1949年春天，大广乡的农民到这里挖取马骨（卖钱或做肥料），结果挖出来的有马骨头也有人骨头。他们还在焚尸炉旁挖出个大竹筐，里面装满了人骨灰。这些死难者的尸骨暴露了第100部队用活人做细菌实验、残杀无辜的罪恶秘密。日本战犯的供词、耳闻目睹者的控诉也证实了这一血的事实。
日军曹长（上士）实验员三友一男供认，他在第100部队里，经常参加用活人做细菌感染或毒物药杀活动。他证实：“用活人做实验，通常都以‘实验材料’称呼他们。”第100部队与第731部队也有不同处，即除留少数人继续做实验用外，大多数人是“实验”后被枪杀。
特别是研究与制造化学毒物时，第100部队大多是用活人做实验。1944年8月，三友一男奉命在两周内对“实验材料”进行多次实验。他遵照松井技师的吩咐，曾给“实验材料”注射了氰化钾。在注射前，谎称是给“实验材料”治病，从不同剂量的氰化钾注射中寻求效果数据。经过连续实验，结果，一些“实验材料”被实验折磨而死。
实验员木章供认：“第100部队曾用家畜和活人来试验细菌效能。这个部队内专门饲养马匹、乳牛及其他牲畜。并且还单独拘禁有一些活人。我之所以知道这点，是因为我亲自看见过。”
兽医师福住光田供认：“为了确定这种毒药的效能，曾用动物和活人来进行实验。”
曾参观过第100部队的韩尉在《日军细菌杀人罪行的见闻》中写道：“我听说过100部队是设在长春市郊（石虎洞）的一个专门研究生物细菌的特种保密部队，也听说过有些乞丐被弄到里面去不能活着出来。”在第100部队工作过的中村吉二也对韩尉说过：“日本宪兵队，每星期都往100部队送活人做实验。”《吉林文史资料》第14辑。
曾参观过100部队的李野光（他当时是伪满军政部直属陆军军需学校学员）回忆说：“那位军医大尉领我们到一间陈列室门前……满屋又粗又高的玻璃缸，黄色的福尔马林药水里浸泡着人头、手臂、大腿、心、肝、脾脏和生殖器等，简直令人无法看下去……”
大广村农民也耳闻目睹了一些第100部队残杀活人的暴行。
家住大广村的农民刘万仁被第100部队拉去做苦力，有一天，他亲眼看到一位姓杨的马车夫被日本军医拖进隔离室，诬说他得了传染病。当这个姓杨的从隔离室推出来时，浑身已缠上白布，以后，再也没放出来。大广乡农民王会回忆；“1945年，眼看苏联红军快到了，日本鬼子连忙给每个劳工注射一针。当时有300多人，死了十分之二三，能够出去的，也染上严重的‘虎列拉’，这批劳工是双阳县的。”大广村农民也成为第100部队实验的对象，有时，第100部队藉注射为名，说是给农民打针防病，实际上却是抽一大管血。日本投降前夕，大广村农民阎洪喜被日本军医抓了进去强行给注射了一针药物。阎洪喜回家后不久便得了伤寒病，并传染给了家人，一个三代五口之家，最后只剩下祖孙两人。
第100部队不仅在本部利用活人做细菌试验，在支队也是如此。第100部队在公主岭的支队就设有监狱和禁闭室。在这里的实验，经常由水野、木二人执行。在一次化学毒物实验中，就有3名“实验材料”被毒死。
第100部队到底用了多少活人进行细菌实验，通过细菌实验残杀了多少人？现在还无法统计。不过，从农民挖出的死难者尸骨和火化炉旁积存的人骨灰看，被第100部队杀害的人是大量的！
第100部队不仅在实验室条件下和野外实验场条件下进行各种细菌攻击武器的实验，而且还组织别动队（关于“别动队”，在第100部队中有各种不同的称呼，如“演习队”、“远征队”、“特殊考察队”、“侦察队”等等）；多次深入前沿阵地进行各种活动，尤其是日本即将战败之时，其活动更为猖獗。
前第100部队别动队队长平樱全作在苏联伯力受审时供称：“第100部队长若松少将曾告诉我说，在一旦发生战争时，日本空军就会根据我所收集的情报，在毗邻苏、蒙边境的各区域内，散播鼻疽菌、炭疽热菌、牛瘟菌等，以便传染牲畜。”
为此，关东军司令部发出作战命令，要求别动队在中苏边境选择地点，做一次假想的“远征演习”。1942年夏季，第100部队奉关东军兽医处处长高桥隆笃的命令，组织了由村本少佐率领的别动队。于三河地区结尔布勒河一带进行了细菌传染实验。不仅动用牲畜做各种细菌实验，而且对河流、水井也进行实战投放细菌实验。目的是在最近似苏联国境的气候条件下来检验细菌武器的效能。1944年3月，关东军司令部责成兽医部长、中将高桥隆笃命令第100部队组织“远征队”到海拉尔地区，侦察附近的道路、夏冬牧场、贮水池，以及当地饲养的牲畜头数和分布状况。其目的是：一旦日苏战争爆发，便在中苏边境进行细菌战，制造牲畜死亡和居民点混乱。
这次“远征队”写在军部档案上称“别动队”。队长由少将若松次郎部队长下令，委任中尉军官平樱全作担任。委任令则由第二部长中佐惠坂下达。同时配备了7名士兵和技术员。并要求队员万一阴谋失败，也不要暴露出去。
1944年6月，高桥隆笃再度命令，第100部队组织别动队到兴安北省地区进行活动。其主要任务是调查“毗邻苏联及蒙古的各地区居民的牲畜数量”，确定“这些牲畜的情形，夏季和冬季牧场所在地，收割牧草地段，道路和蓄水池情况等”。其活动目的是“为了一旦与苏联作战时，便能大量传染牲畜，藉以进行细菌破坏活动”。1945年3月间，第100部队又到南岗河一带进行了又一次远征活动。这次活动先由雄坂中佐领导，后由山口少佐代替。参加这次远征的有20余名科学工作员。
第100部队在上述整个活动过程中，曾先后4次向其部队长若松次郎少将和关东军兽医处长做过汇报。关东军兽医处处长高桥隆笃对第100部队的“远征”活动，自始至终听取汇报，做指示，并将综合情况3次向关东军司令官山田乙三大将汇报。山田乙三听取了汇报后，分别命令关东军第731部队、第100部队加紧研制各种烈性细菌和药物，探求大批毒杀人和牲畜的办法。
1945年8月9日，苏军突破中苏边境的日军防线。第100部队虽按原计划执行，将染有病毒的牲畜全部赶到苏军后方，但他们自己却没有逃脱惩罚，被苏军捕获，送上远东军事法庭审判台。
血腥屠杀——关东宪兵队及其暴行关东军进行化学战的罪恶