11月15日，讨伐指导部下达“满作命第25号”，开始了为期一个月的第二期讨伐。讨伐的重点地区是临抚地区的抚松、临江、长白三县。12月上、中旬重点讨伐临江、长白一带的抗联。抗联有时避其锋芒，有时主动出击。在此期间的主要战斗有：五道河战斗、十三道沟战斗、七道沟战斗、黑瞎子沟战斗等。
12月下旬，敌讨伐重点转向吴义成部。敌人判断，吴义成“在瞎子河南方地区”，遂分几路向吴部基地进攻。吴义成部受到很大损失。
1937年1月敌开始第三期讨伐，到3月末基本结束，重点是在临抚地区围剿抗联，在临抚以西地区围剿王凤阁部。
1936年12月31日，讨伐指导部下达“满作命第48号”，部署伪军进行讨伐。抗联为了粉碎敌人的计划，决定只留一部分主力在长白和临江县坚持斗争，以吸引敌人；其余部队转移到抚松县境，跳出了敌人的包围圈，并相机打击敌人。从1月至3月，2军各部进行了小夹皮沟伏击战，明水沟伏击战等战斗，到3月下旬，基本上粉碎了敌人的讨伐，抗联2师、4师、6师主力在抚松县东满大牛沟密营会师，总结了1936年秋季以来反讨伐斗争的经验。
敌在临抚地区围剿抗联部队的同时，在临抚以西地区疯狂搜剿王凤阁部，1937年1月，敌下达“满作命第50号”，要求“全力搜捕匪首王凤阁，同时彻底歼灭小匪团”。敌此次讨伐采取拉大网的办法。集中10几个旅团四面围剿王凤阁。敌人如此兴师动众，搜寻两个月，始终未能找到王凤阁。到3月上、中旬，敌终于“得到了王凤阁部队约100余人在八道沟东北山地密林中活动的情况”；于是出动2000余人将老虎顶子团团围住，激战三昼夜，王凤阁部损失严重，迫不得已于3月26日夜突围，进入通化县第三区六道沟东方约6公里的王凤阁沟。敌又跟踪追来。由于连日苦战，已经人困马乏，弹尽粮绝，王凤阁及其妻儿和5名战士在突围中终于被俘。4月1日在通化被杀害。
历时半年的东边道“独立大讨伐”至此基本结束。
四三江地区“特别大讨伐”
东边道“独立大讨伐”基本结束以后，日伪将讨伐重点移向三江地区。
伪三江省，辖14个县。当时，抗联的11个军，除1军、2军在南满，10军在五常、舒兰、苇河一带外，其他8个军，基本上都集中在三江地区。
1937年3月8日，关东军司令官植田谦吉下达“关作命第965号”命令及所附《1937年度关东军治安肃正计划纲要》。其“方针”是“除三江省外，满洲国全部地区，准备在日本军人后援下，初步以满洲国各机关的力量，独立担任肃正工作。”“对三江省，在适当的时期进行特别工作。”这是因为，在三江地区，抗联部队集中，不仅数量多，军政素质也较好，战斗力较强。所以，关东军在《纲要》的“方针”中，不得不把伪三江省除外。对三江地区，还是得关东军亲自出马，赤膊上阵。而且不仅指挥军事，连伪行政权也一并统揽，带有非常时期的军事管制性质，即所谓“具有浓厚的军政色彩”。与其他地区相比，这些都是特别之处，所以叫“特别大讨伐”。
1937年6月11日，植田谦吉又下达“关作命第995号”命令，及所附1937年7月至1938年3月《东北防卫地区治安肃正计划纲要》，部署伪三江省特别大讨伐。根据这一命令，关东军特派当时在东北的5个主力师团之一第4师团前往三江地区，第4师团长松井任东北防卫地区司令官，全面负责三江地区的特别大讨伐。与此相适应，又调整了伪军管区司令官，派遣日本顾问进行指挥。
特别大讨伐，仍采取“治本”与“治标”相结合的办法，大体分为两个阶段进行。
1937年7～10月，为第一阶段，以治本工作为主。治标工作主要是分散配置部队，收集情报，就地进行讨伐。
治本工作以建设集团部落为主，妄图隔绝群众与抗日武装的联系，以断绝粮道，切断情报来源，使抗日武装陷于困境。日伪特别修订了集团部落建设计划，将康德4年（1937年）度预定数目78个增加150个，共228个。集团部落的建设，给抗日武装在粮食、衣物和药品的补给、情报的获取以及作战行动等方面，造成了很大的困难。
1937年11月，敌人的军事布置已基本完成，对集结在三江地区的抗联部队形成包围之势。于是开始进入治标为主的第二阶段。所谓治标，就是武力讨伐。日伪军武力讨伐的主要目标有两个：一是破坏密营，妄图消灭抗联的根据地；二是捕捉抗联部队，妄图消灭抗联的有生力量。
从1937年11月至1938年6月，敌多次向抗联密营发动进攻。例如：1937年11月上旬，敌2000余人进攻七星砬子，抗联第8军4师、6师和第11军的密营遭到破坏。其中5军某连在抗击日伪讨伐中谱写了壮烈篇章。1938年3月，敌300余名向5军密营进攻。我军3师8团1连在小孤山顽强战斗，激战竟日，敌始终未能突破。是役击毙日军27名，伪军20多名。我1连连长李海峰、指导员班路遗等12人壮烈牺牲。为了纪念12名烈士，第2路军总指挥在追悼大会上宣布，将小孤山命名为“十二烈士山”。
面对敌人凶猛的攻势，为了打破敌人“聚而歼之”的阴谋计划，跳出包围圈建立新的游击根据地，打通与其他抗联部队的联系，1938年4月，中共吉东省委决定第2路军向西南远征。敌得知我军动向，四处围追堵截，我军损失严重，但仍英勇抗敌。其中，1938年10月发生了“八女投江”的壮烈事迹。至年底，4军军长李延平、副军长王光宇先后牺牲，部队全部溃散。第5军也损失惨重，第二路军西征失败。
1938年6月，中共北满临时省委决定，组织抗联第3、6、9、11军，向西北进行第二次远征。以3军、6军为主体的西北远征部队一路上摆脱敌人的尾追，冲破敌人的堵截，经过千辛万苦，浴血奋战，终于跳出了日伪军在三江地区的包围圈，保存了抗联的一部分主力，粉碎了“聚而歼之”的企图。于年底分别抵达海伦县境，在黑嫩平原开辟了新的游击区。1939年1月，成立了东北抗日联军西北指挥部，将两次远征到西北的抗联部队，编为4个支队，决定依托小兴安岭山区，在黑嫩平原地区开展游击战争。
1938年初，日伪军开始向饶河地区大举进攻。抗联第7军为了避敌锋芒，决定除留军部与敌周旋外，1师、2师转至同江、富锦地区，3师转至宝清与5军3师共同开展游击战争。
抗联各部队在反讨伐战争中，在防御作战的同时，也相机出动进攻，积极打击敌人。例如：1937年8月，在5军副军长柴世荣的指挥下，抗联各部向刚刚驻在三道通的日军发动进攻，击毙击伤敌人40余名。8月20日，抗联5军、8军和独立师各一部，在周保中的指挥下，在桦川县孟家岗截击日军黑石部队，击毙敌300余人。1938年9月28日，抗联第7军参谋长兼代军长崔石泉率部，在挠力河下游的西风嘴子，伏击了归敌日野支队支队长日野武雄少将的汽艇，击毙敌日野以下39名。
敌人对抗联在军事围剿的同时，还加强了政治瓦解工作，由日伪宪警组成的田中工作队和日军各部队中的特设游击队，通过侦察、诱降等手段，围剿抗联。第8军军长谢文东，第9军军长李华堂等，就是在敌人的“特别工作”下叛变投敌了。
1937年7月至1939年3月，历时21个月，日伪军出动数万之众，对三江地区的抗日联军进行的大讨伐，虽未完全达到“聚而歼之”的目的，但也使抗联部队遭到严重的损失。在三江地区的8个军，有3个军（4军、8军、9军）完全解体，其他各军也受到不同程度的损失。特别严重的是损失了不少优秀指挥员，他们绝大多数是在战斗中英勇牺牲，也有个别病逝和被叛徒杀害的。
日伪军三江大讨伐基本结束以后，转战到黑嫩平原的3、6、9、11军部队，成立了东北抗日联军第3路军，继续开展游击战争。第2路军的5军在牡丹江下游和穆棱、宁安一带，7军仍在虎林、饶河、抚远、同江地区，坚持战斗。
五“东南部治安肃正”
在日伪军开始三江地区“特别大讨伐”的同时，日本帝国主义在关内先后发动了“七·七”事变和上海事变，把从“九·一八”开始的侵华战争，扩大为全面侵华战争；对此，中国也开始了全面抗战。随之，东北抗日游击战争的战略地位也发生了变化，由局部的独立抗战，变成了全国抗战的一部分。因此，在日伪军三江地区“特别大讨伐”期间，抗联第1路军为了配合全国抗战和策应三江地区抗联部队的反讨伐斗争，在南满和东满地区，积极地进行游击作战，以牵制敌人。他们四处伏击火车和汽车，破坏交通线，袭击伪警察署、分驻所和集团部落以及进攻城镇和日伪军据点。例如：1937年10月25日，魏拯民指挥2军夜袭辉南县城，打死日伪军数十名，缴获大批物资；10月31日，杨靖宇指挥1军，在宽甸县双山子和四平乡之间伏击日军守备队，击毙水出大队长、陆岛小队长以下20多人；6月6～12日杨靖宇和魏拯民，共同指挥了伏击伪军李（景清）旅的战斗，歼敌140多人。由于抗联1军1师师长程斌于1938年6月底叛变投敌，1军和2军改编为3个方面军和1个警卫旅。1938年8月2日，杨靖宇指挥所部，在老岭山区长岗，痛歼伪李旅，伪旅长李景清仅带少数残兵逃走。至此，这个号称“满洲剿匪之花”的伪军李旅，被抗联消灭殆尽，对敌人的打击是很沉重的。
总之，在日伪军进行三江地区“特别大讨伐”期间及其以后，抗联第1路军，在南满地区积极作战，给敌人很大打击。因而，到1939年3月日伪的“治安肃正三年计划”，虽然随着三江地区“特别大讨伐”的结束而告结束，但远未达到“大致实现确保全国治安”的预期目的。于是，日伪不得不以抗联第1路军为目标，继续进行所谓“东南部治安肃正”。
“东南部治安肃正”，亦称“通化、吉林、间岛三省日满军警联合大讨伐”，又因其讨伐的头目叫野副昌德，所以也叫野副大讨伐。在引文中，为了方便，将视情况分别使用。
“东南部治安肃正”，早在1938年底就开始策划了，1939年5月，在吉林市成立了讨伐司令部，司令官为第2独立守备队司令官野副昌德少将。
参加讨伐的日军有：独立守备队，6个大队，约6000人。伪军有：7个旅，2个教导队和1个团，约25万人。讨伐的对象是杨靖宇、魏拯民领导的抗联第一路军，据敌人掌握“约有3000余人”。讨伐的范围，为伪通化省和间岛省全境以及吉林省东部。
在讨伐正式开始以前，敌人进行了充分的准备。一是调动、编组和部署部队；二是出动军警强迫农民在9月末以前进行秋收，严禁粮食外运，以断绝抗联的粮源；三是搜索无人区，摧毁山寨，使抗联无处藏身；四是向整个讨伐地区的居民发放按有指纹的居民证，以便在讨伐过程中搜捕潜伏在居民中的抗日人员。
整个讨伐，从其过程来看，大体分为四个阶段。
第一阶段，从1939年10月至1940年3月。讨伐的主要目标是杨靖宇及其率领的第1路军司令部、警卫旅和第1方面军。
敌讨伐开始后，1路军决定采取化整为零，分散游击的办法，粉碎敌人的讨伐。杨靖宇率军部及警卫旅，转战于桦甸、金川、江等地，多次粉碎了敌人的追剿。1940年初，由于叛徒出卖等原因，杨靖宇行踪被敌发现。敌集结重兵追捕。2月23日，在江县三道崴子，杨靖宇与敌进行了最后的英勇搏斗，壮烈牺牲。尔后，第1方面军余部仍在艰苦环境下坚持斗争，直到4月损失严重而解体。敌在集中兵力讨伐抗联第1方面军的同时，也对第2、第3方面军进行了讨伐。第2方面军主力，在金日成的指挥下，于敦化、抚松、桦甸等地与敌周旋。1940年2月又转进和龙、安图，打了几个漂亮的伏击战和歼灭战，取得了反讨伐斗争的胜利。第3方面军以团为单位，进行游击战争，在敦化、延吉、桦甸、宁安等地，时而隐蔽，时而出击，粉碎了敌人的讨伐。
第2阶段，1940年3～9月，杨靖宇牺牲以后，日伪军认为在伪通化省的讨伐任务已基本完成，3月开始把讨伐重点转向吉林省东部和伪间岛省北部地区，伪第2混成旅调归伪第2军官区指挥，伪通化省的警察大队，大部调到间岛省。讨伐的主要目标是第一路军政委兼副司令魏拯民、第2方面军指挥金日成和第3方面军指挥陈翰章。
这一阶段第1路军各部仍分散进行游击活动。
警卫旅一部由政委韩仁和率领，转战桦甸、敦化、安图、延吉、和龙等地。警卫旅另一部约200人，由旅长朴德范率领，在东宁至汪清间活动。9月朴德范在汪清县天桥岭西方被敌逮捕叛变。
第2方面军活动于安图、抚松、敦化、珲春等广大游击区，在极其艰苦的情况下与敌周旋，较好地保存了自己，并取得了一系列的胜利。
第3方面军为避敌锋芒，于1940年春由敦化向五常远征。7月，为了寻找魏拯民，陈翰章率部回师敦化，与敌几次战斗，损失很大。去敦化不成，遂转入宁安县活动。
第3阶段，从1940年10月至1941年3月。这一期间，魏拯民因病在桦甸县抗联密营休养，金日成率领第2方面军，韩仁和率领警卫旅活动在敦化、宁安一带；陈翰章率领第3方面军活动在镜泊湖地区。
敌人为彻底剿灭上述“匪首”，制订了《1940年度第二期修正讨伐肃正计划纲要》。规定，讨伐重点是伪间岛省，特别是伪牡丹江、间岛、吉林3省省境和汪清、珲春、东宁、穆棱4县县境地区。
根据这一“纲要”，日伪调集大批部队，组成4个地区讨伐队，日伪军警