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至19世纪70年代中期，由于受国内自由民权运动的冲击，以及欧洲普法战争德国胜利的影响，山县有朋、桂太郎等军阀头目认为，为防止政治运动波及到军队，加强天皇对军队的实际统帅权，应当仿效德国的兵权独立主义，将军令机关独立出来。1878年12月，由太政官发布命令，撤销了原隶属于陆军省的参谋局，新设了天皇直辖的参谋本部。根据条例规定，参谋本部长作为天皇在陆军军令方面的最高参谋长，负责处理规定的军令事项，即有关用兵的军令权从太政官制中独立出来。这是军部独立的重要一步。1886年军部机关进行改组，成立了陆海军联合的中央军令机关。该机关在皇族参谋长之下，由陆海军将官各一名任副参谋长，其下并列设置了陆军部和海军部。但这种军令统一只经历了三年，明治宪法颁布不久，陆海军军令机关分开，陆军恢复为军令独立的参谋本部，而海军参谋本部重归海军大臣管辖，海军仍实行军政、军令一元化组织。
随着军国主义的发展，日本加紧进行对朝鲜和中国发动侵略战争的准备，为此1893年日本军事机关进行了一次重大调整。一是成立海军军令部，实行海军军令机关独立；二是制定了《战时大本营条例》，确定战时实行以参谋总长任长官、由陆海军的军令、军政机关首脑组成的统一军事体制。第二年日本就发动了甲午战争，随即第一次成立了大本营。至此，日本军事机构的框架基本确立起来。这是军部“独立”的重要标志。
与军部机构确立相适应，军部的权力内容也发生了变化。其根本点就是所谓“统帅权独立”。狭义的统帅权是指用兵权，即军令权，包括制订国防方针、作战计划，动员、调动、指挥部队等。广义的统帅权是指包括军令、军政等军事事务的权力，军政权包括编制、训练、后勤保障等内容。我们说军部的“统帅权独立”是指广义的统帅权。
近代天皇制国家的军事权力的法律基础是由明治宪法确立起来的，宪法规定，“天皇统帅陆海军”（第11条，指军令权），“天皇规定陆海军之编制及常备兵额”（第12条，指军政权）。即天皇掌握国家的根本军事大权，这种军事大权的实际运用是通过辅佐天皇的军事机关进行的。这种军事机关基本上可以分为三种。一种是在战时集中军令、军政大权，统一军事的机关，即大本营。第二种是军令机关。即参谋本部、海军军令部（1933年改为军令部）。第三种是军政机关，包括陆军省、海军省、教育总监部等。这些军事机关通过相应的法律、条例，各自执行部分统帅权。概括地说，日本近代天皇制国家的统帅权是指由天皇总揽，由各军事职能机关运行的国家军事权力。
所谓“统帅权独立”，就是指国家军事权力从国家政治中分立出来，脱离政府的制约，独自推行其政策的历史现象。军部的“统帅权独立”主要有两个方面和两种方式。
在军令方面，军部主要是通过“帷幄上奏权”方式取得“独立”。如前所述，在1878年之前，军令权由太政官掌握。作为军令权的运用机关，早在兵部省时期就设立了陆军参谋局，它的成立表明军令机构开始出现了“独立”的萌芽。1878年参谋本部的设立，标志着军令权独立的开始。但这只是陆军军令权的独立，当时海军的军令权机关是海军省内的军务局等，仍然由海军卿负责掌握海军的军政、军令权。1886～1889年，曾出现过短暂的陆海军联合参谋部时期。到1889年明治宪法的颁布，标志着军令权由国家根本法确定下来。即天皇行使军令权，不受国务大臣的辅弼，而由军令机关长官（颁布宪法时为参军，后为参谋总长和管辖海军参谋部的海军大臣，后为军令部总长）进行帷幄辅佐。就是说有关军令的事项，参谋总长和军令部总长可以不经过内阁直接上奏天皇。这种权力被称为“帷幄上奏权”。至1893年海军军令部成立，标志着军部的“帷幄上奏权”完全确立。
在军政方面，军部主要是通过现役武官专任制以示“独立”。这主要是指作为内阁构成部分的陆军省和海军省。在太政官制度时，对于担任军事机关长官的资格并没有明确的规定，1872年陆军省和海军省成立时，出任第一任海军大辅（相当于海军次官）的胜安芳就是文官。随着军部势力的增强，军部也不断强化在军政方面的“独立”地位，但到内阁制度实行前，也只有陆军卿规定为“将官”，海军卿并没有明确的规定。1885年内阁制实行后，在陆海军官制中规定“职员由武官担任”。这是第一次陆海军同时在法制上确定了武官专任制。但是到明治宪法颁布后，这种情况又发生了变化，1890年修改海军军官制时，对海军大臣的任用资格没有明文规定。1891年改革陆军军官制时，也取消了另表中大臣和次官的任用资格限于将官的条文。这样直到1900年陆海军大臣的武官专任制在制度上并没有明确规定。这是因为在民主主义运动的冲击下，军部不得已做出了某些妥协。但从实际情况看，陆海军官制，明文规定其大臣的次官只能由现役将官担任。至此军部的武官大臣一直由武官担任。1900年藩阀山县有朋内阁时期，便伺机修改了陆海军官制，明文规定其大臣和次官只能由现役将官担任。至此军部的武官专任制正式确立起来。然而到20世纪10年代初期，日本民主运动再次出现高潮。资产阶级民主派对军阀统治进行了猛烈的抨击。在舆论的压力下，山本权兵卫军阀内阁不得不做出让步，将陆海军大臣、次官的任用资格放宽，规定可由预备役将官担任。但这只是策略上的妥协，实际上仍继续由现役将官充任陆海军大臣和次官。不过从法制角度看，武官专任制中止了很长一段时间。直到1936年军部法西斯政权确立之后，才恢复了军部大臣武官专任制。同时也标志着近代天皇制在政权形式上进入了最反动的时期。
军部的“独立”，表明军部势力在近代天皇制统治结构中占有特殊的地位。究其原因，主要是由于明治维新的不彻底，明治政权一开始就是以天皇为元首的带有浓厚封建性和军事性的政权。把持政权者基本上是藩阀、军阀和官僚。他们之间有着千丝万缕的联系和共同的利益。他们主张天皇集权的专制主义，当然不肯将作为国家重要政治权力的军事权拱手让给资产阶级民主势力。另一方面，由于资产阶级民主力量的薄弱，资产阶级民主运动虽然出现过几次高潮，对近代天皇制及军部专权给予了很大的冲击，但总体上仍然很难撼动天皇制。再者，第一次大战后形成的无产阶级革命运动，其自身发展存在很大缺陷，没能引导人民联合资产阶级民主派形成统一战线，也就未能对天皇制产生有力的冲击。相反与共产主义和资产阶级民主相对抗的法西斯主义，与天皇主义和军国主义相结合，在日本形成了一股反动逆流，特别是统治阶级上层的法西斯主义倾向日益严重，使天皇制军国主义朝着法西斯天皇制的方向发展。天皇制的独裁日益增强，军部“独立”的政治地位也自然得到加强。
3军部的政治化过程
如果说军部“独立”所显示的特殊政治地位是静态考察的话，那么军部政治化就是军部“独立”的动态过程。在这个意义上，军部“独立”意味着什么呢？那就是政府对军部的要求和行动无法制约和控制，相反军部可以利用其权力和手段干涉或主导国家政治，从而造成国家政治二元化。这也是近代天皇制政治的一个特点。
按照西方政治学原理，国家政治应该是一元化政治，国家的内政、外交等方针、政策应该是统一的协调一致的。因此作为国家权力的统一，应实行政府一元化领导。军队应是政府的工具应服从政府的领导。这就是所谓“兵权从政主义”。与此相匹配，就要实行“差别主义”。所谓“差别主义”，就是在履行宪法和所规定的权利和责任方面，军人与普通公民有所差别。要求军人不得干预政治，应采取中立主义。这一点在明治宪法、选举法、陆海军刑法等法律中都有规定。但另一方面法律也规定了“帷幄上奏权”和“武官专任权”。所以法律本身就是矛盾的。而在政治实践中，权力的转移和消长，并不完全依赖于法律的规定。法律所确定的差别主义原则，在实际上由于缺乏文官控制的必要条件，可行性基础薄弱。差别主义在根本上无法抑制军部的“独立”，相反军部倒是利用“介入主义”，不断增强自身地位和实力，控制了国家政治权力。
所以说，军部政治化就是突破差别主义，干预国家政治，实行军人专权，军部左右政府的过程。而“帷幄上奏权”和“武官专任权”则是军部政治化的两把利剑。军部政治化的范围包括内政、外交两大方面，其发展过程可以分为三大时期，即从明治维新到甲午战争是第一个时期，从甲午战争到“九·一八”事变是第二个时期，从“九·一八”事变到日本战败投降是第三个时期。各时期还可分为若干阶段。
明治前期是近代天皇制藩阀政治时期，执政者多是长州、萨摩等藩出身的维新功臣。他们既是藩阀、又兼有军阀、官僚的性质，因此军阀（军部）与藩阀是浑然一体的。军部势力依附于藩阀，尚未显现出独立的政治势力。毋宁说统治阶级所担心的是防止“军部政党化的危险”《明治军制史论》下，第505页。。军部势力处于孕育阶段，还谈不上政治化的展开。
明治后期，特别是甲午战争之后，军部政治化已开始崭露头角。这主要表现在对外关系特别是殖民地政策上。甲午战争后，日本将中国台湾变为其殖民地，设立了台湾总督府进行殖民统治。总督由武官担任，掌管军政、民政大权甚至还有立法权。这样军部政治化首先在殖民地打响了第一炮，“军队把台湾变成了自己的独立王国”《日本军国主义》（三）第64页。。这种总督制成了日本进行殖民地统治的模式。后来日本在朝鲜、关东州（旅大租借地）进行的殖民统治都是这种模式的翻版。这种模式的重要特点是，军人总督勾结军部中央，越过政府推行自己的政策。因此可以说军部通过总督统治的殖民地，已经掌握了日本对外政策主动权的一大半。
进入20世纪，随着“武官专任制”的确立，军部干预国家政治更加有恃无恐。其中一个重要的举动是1907年制定的《帝国国防方针》，这个方针及相关文件属于国家政治的重大方针政策；远远超出了“军令”的权限。但是在“方针”确定之前，军部既不与内阁协商，也不向议会报告，而利用“帷幄上奏权”单独上奏天皇后，再由天皇下旨给内阁总理，作为国家的意志和方针确定下来。日本学者井上清对此评论道：“国家存亡攸关的最高政治方针——国防方针，只由军部来策划，首相只能就天皇下达的方案发表意见，这就等于首相只能承认陆海军的决定。”《日本军国主义》（三）第72页。这样，军部将其权力置于政府之上，擅自决定国家大事，露骨地干预国家政务。因此可以说军部是“政府之上的政府”。
此外，像军部利用“武官专任制”倒阁事件也不胜枚举。如1912年，因西园寺内阁不赞成增设两个师团，陆相上原勇作单独辞职。而军部拒绝推荐后继人选；致使内阁垮台。还有在对外政策方面，特别是对华政策，军部介入国际政治的趋势日益增强。
这一时期军部势力增强及其政治化的一个重要表现，是日本在乡军人会的成立。前面提到军部政治化不只是统治上层的政治权力的转移，而且包括对社会基层的政治控制，通过在乡军人会自下而上地推动军部政治权力的强化，是军部政治化的重要途径。早在甲午战争后军部就产生了组织在乡军人会的想法，日俄战争后民主运动和工人运动的兴起，对统治基础的农村产生了很大影响。统治阶级认为这是“国民思想的恶化”。为解决这一问题，军部提出了“良民良兵主义”（即以良民来保证良兵），于1910年建立了在乡军人会。这个组织既是军国主义的战争后备力量，也是军部政治化的基层力量，在从思想上组织上控制国民方面发挥了很大作用。特别是第一次世界大战以后，随着军部法西斯主义的“高度国防国家思想”的形成，在乡军人会成了军部政治化的极端形式——军部法西斯化的重要工具。
但是，军部政治化过程并不是一帆风顺的。一方面资产阶级民主势力代表人民的呼声，反对军部干预国家政治。另一方面统治阶级内部也为争夺权力互不相让，因此军部政治化在某个时期、某个方面也表现出退缩和妥协。特别是从第一次世界大战前后到20年代末，在世界格局变化的影响下，日本国内的各种矛盾斗争错综复杂。民主主义、共产主义、法西斯主义的思想和运动此起彼伏。日本社会政治处于一种变动的过渡时期。这一时期军部政治化在一些方面表现出退缩。如1913年军部大臣现役武官制扩大到预备役军官，1919年殖民地官制改革中军政与民政的分离，以及20年代的两次裁军，都是军部退缩和妥协的表现。还有出兵西伯利亚的惨败，更使军部威信扫地。但是这种退缩并没有从根本上动摇军部的政治地位。同时军部势力加紧与民间法西斯势力勾结，积蓄力量，伺机反扑。
1929年世界经济危机的爆发，标志着世界资本主义总危机的开始。这种历史的冲击，给军部政治化创造了条件。从1930年伦敦裁军会议引发的所谓“干犯统帅权”问题开始，军部法西斯展开了全面的反扑。特别是1931年军部法西斯发动“九·一八”事变，把日本的国家政治引上了战争的�