色随业力而变现的。至于修行而有的清净法种，依《摄论》说仍是藏于赖耶识中的，并对杂染法形成了“对治”，当杂染法种全无，独有清净法种时，所以赖耶便是“无垢”的，而此时的识就不叫染污的“阿赖耶识”，而是叫“无垢识”。大圆镜智是佛果位上的功德，其功能与赖耶大致相似，如《佛地经》说：
“大圆镜智者，如依圆镜众像影现，如是依止如来镜智，诸处境识众像影现……”＇98＇
《成唯识论》也说：
“一、大圆境智相应心品：谓此心品离诸分别，所缘行相微细难知，不妄不愚一切境相，性相清净离诸杂染，纯净圆德现种依持，能现能生身、土智影，无间无断，穷未来际，如大圆镜现众色像。”＇99＇
“能现能生身、土智影”、“如依圆镜众像影现”，可知大圆镜智的主要作用便是变现佛身、佛土，这与阿赖耶识变现有情的根身、器界是不谋而合的。依此，我们可以看出“赖耶说”在各个时期的变化：最初是对第七末那识“执我”为具体含义的阿赖耶识，随之便与一切种子心识结合，取代了“阿陀那识”的地位而成为有情结生相续的主体；再到《摄论》时不仅说它是有情根身的所依，又多出了器界也是赖耶之所变现，并由世间的形成原理再推演到出世间，而说“涅槃证得”。《成唯识论》则是在《摄论》的基础上，对出世间也是依于赖耶的这一说法进行了修正，其原因是“涅槃证得”并非大乘所独有，而四智却为大乘佛果位上的功德，再加上“大圆镜智”的功能在原理上是与阿赖耶识基本相同的，所以说清净的赖耶识——无垢识，是与大圆镜相应的，此智是由赖耶转得的，旨在解释出世佛身、佛土形成的所以然。是故《成唯识论》在引经偈时说：
“如来无垢识，是净无漏界，解脱一切障，圆镜智相应。”＇100＇
总之，“阿赖耶识说”到了《成唯识论》的时候，在理论上已告完备，从部派佛教的“真我说”、“细意识说”等到《深密》的“阿陀那识”，以及《瑜伽》、《摄论》对阿赖耶识的补充、诠释，再到《成唯识论》对阿赖耶识说的综合，这其间经过了一个极其漫长的演变过程，才使得我们今天见到如此成熟、完备的“赖耶说”。
四、阿陀那识与阿赖耶识之异同
有情在三界中死此生彼，流转不息，这都是由造作善恶业之所招感的。流转三界，也就是所谓的轮回，是由善恶业种子成熟而感的苦乐等果。其中有情流转生死时，谁作为业种子的保存者，谁又作为有情结生相续的主体？佛法在解决此类问题时，便开展出了“本识论”。此本识论在部派佛教中仅仅是处在一种萌芽状态，并且在理论上又是多偏于“实在论”的，而到了瑜伽唯识学的时候，在部派佛教理论的基础上，综合“种子说”，而发展出了“一切种子心识”的“阿陀那识”说。此阿陀那识不仅是将有情的业种子进行保存，以使其不失外，也对有情根身执受，以令其不坏。于此之外，还扮演了有情流转生死时作结生相续的角色。但到了中后期唯识学的时候，便将阿陀那识与原本只有“执我（藏）”义的阿赖耶识合说，以阿陀那识为阿赖耶识的异名，这样阿赖耶识便占据了“本识论”的主导地位，阿陀那识便成为阿赖耶识的附属。通过上面对阿陀那识与阿赖耶识的考察，可知阿陀那识为阿赖耶识的先驱，在本识论中占有重要的一环。说阿陀那识为阿赖耶识的异名，这是后期唯识学的主张，虽如此，但它们之间在思想上还是有很大差异的，现试图通过初、中、后三期唯识学的解释，来对二者进行一番简略的比较。
（一）阿陀那识在初期唯识学典籍《解深密经》中，是承部派佛教“轮回说”而开展的“本识论”，依之建立“一切种子心识”，认为阿陀那识的功能有四：①有情种子的保存者；②有情根身的执持者；③有情结生相续的主体；④前六识的生依止。阿赖耶识在《深密》中并非占有“本识论”的主导地位，而是只具有后期唯识学所说“三藏义”中的执藏义。这是阿陀那识在初期唯识学中与阿赖耶识最大的区别。
（二）虽阿陀那识与阿赖耶识在《解深密经》中有如此大的思想差异，但到了《瑜伽》的时候，即将赖耶与阿陀那识进行了会通，主张阿赖耶识为前六识的生依止，为种子的执持者，为结生相续的主体。这样刚好与《解深密经》主张阿陀那识为前六识的生依止、为种子的执持者、为结生相续的主体相反。
（三）阿陀那识一名首见于《深密》，为〈心意识相品〉的核心思想，《瑜伽》虽也有此名，但其重心是在“阿赖耶识”之上。所以《瑜伽》并未对“阿陀那识”的含义作出具体的定义。《摄论》在承《瑜伽》“阿赖耶识”的基础上，对《深密》“于身随逐执持”而解“阿陀那识”说：
“执受一切有色根故，一切自体取所依故。所以者何？有色诸根，由此执受无有失坏，尽寿随转；又于相续正结生时，取彼生故，执受自体。是故此识，亦复说名阿陀那识。”＇101＇＇101＇
《摄论》的这种解说是多同于《深密》的，唯一不同的是没有讲阿陀那识执持种子。为什么《摄论》不讲阿陀那识执持种子？这跟讲阿赖耶识是有关的。《摄论》主要还是在“种子说”上建立阿赖耶识，通过“熏习”的道理来解释现行诸法与阿赖耶识的关系，从而建立阿赖耶识的因性和果性。也就是阿赖耶识与现行诸法辗转相熏相生，其种子就是藏于赖耶识之中的，这也是《成唯识论》说有能所二藏的所以然。
（四）《深密》以阿陀那识为有情结生相续的主体，这仅仅是就有情界而论的，是在解决轮回中的问题。而阿赖耶识不仅是在解决有情界轮回的问题，也在解决器世界的形成和出世间成立的问题。所以阿赖耶识的功能在世间便有“内变根身、外变器界”之说；在出世间则“涅槃证得”，转为无垢识及大圆镜智，变现清净的佛身、佛土。
结 论
通过上面对阿陀那识的思想根源及其思想演变的论述，总结起来，可得以下几点：
一、业感的轮回说，这是佛法最为原始的缘起观，是单就有情在世间生死而说的。谁是世间生死相续的主体？轮回中的业种子为何不失？“十二缘起”中“行缘识，识缘名色”，可以说是对此类问题的肇始，其中“行”是如何“缘识”的？“识”又是如何“缘名色”的？依前者便开出了种子说；依后者便开出了“本识论”。部派佛教的实我论、细心说、有分识、穷生死蕴、根本识等就是对此本识的讨论，主张本识是有情流转中的主体，是辗转三界的联系。初期的大乘佛教是重般若、性空的，对业感轮回的缘起说——本识论，并没有什么特别的说法，在本识论上并无实质性的发展。
二、《解深密经》一切种子心识的阿陀那识，可以说是轮回说、种子说的综合者。经中所说的“一切种子心识”，实际上就是《显扬》所说的“一切种子异熟识”，是因为阿陀那识所执持的业种子成熟，方能随缘变现中有身入于母胎。这样，阿陀那识既是一切种子的保存者，也是有情结生相续的主体。
三、无论是部派佛教的本识论，还是《深密》的阿陀那识，这都是多就有情业感轮回而说的，是以有情为本的缘起说。随着瑜伽唯识学的发展，将以阿陀那识为主的本识论，发展成以阿赖耶识为主的本识论，从而在理论上将以有情为本的缘起说扩展到器界也是依赖耶而缘起的，依此《摄论》便建立了“所知依”。世间是依赖耶缘起的，那么出世又是依谁缘起的？《摄论》引经说“涅槃”是依赖耶证得，其理论是“种子对治”，但这并不完满。《成唯识论》在《摄论》的基础上说大乘“转依”，认为世间是依“识”，是染污的；出世间是依“智”，是清净的。有情在未成佛之前，赖耶识中的染净法种是并存的，净法种对染法种形成对治，直至净法种圆满，染法种尽净，即转阿赖耶识为无垢识、大圆镜智。这样，将以有情业感轮回说的阿陀那识，过渡到器界也是依此而缘起的，再进一步说出世间也是依此而成就。此即为阿陀那识在印度佛教思想史上的演变历程。