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对于丽产生的变化，碇源堂既痛恨又悔恨，他原本以为丽是不可能对人类产生感情，不可能产生人类该有的“心”的，所以此前他才会放心地让真嗣去接触一下丽！谁知道…在与真嗣的接触过程中，凌波丽这个原本比傀儡好不了多少的女孩，竟然产生了一颗人类女孩的“心”！这一个事实出现后，现在的这个凌波丽已经如同脱轨的火车、脱缰的野马，完全地失去了人为的控制，完全不受碇源堂的掌握了…
在意识到这一点后，碇源堂早已经开始处心积虑地筹划着除掉现在这个丽，准备让丽的记忆完全被抹去，然后重新掌握丽这张最关键的底牌！暗中杀掉丽显然不行，这会让另一个计划重要人物碇真嗣完全与自己翻脸，导致自己的计划失败…所以碇源堂最终确定的办法就是借使徒之手来除掉现在的丽，无论是对真嗣的处罚，还是对傀儡系统的坚持使用，都是碇源堂早就想好的事情！
没有了真嗣操纵的初号机，就没有人有机会去保护现在的丽，那么只要零号机与使徒遭遇的话…只要零号机这台可有可无的实验机以及里面的驾驶员被消灭，碇源堂就会以最快速度出动初号机，以暴走状态的初号机去对付使徒！目前来说，碇源堂的计划很顺利，唯一出现意外的就是眼前的事情了：初号机完全不接受傀儡系统的启动…
碇源堂内心已经很清楚初号机此刻的情况，所以也没想过让明日香来驾驶初号机…因为他知道，现在的初号机就算是丽来驾驶也不一定能够启动~“为什么！？为什么你不接受傀儡系统！？一直都在抗拒我！你到底在想什么……唯！！”碇源堂自认为伪装得很好，表情诚恳地乞求着初号机中的某个女人…
沙沙…沙！碇源堂听到了周围的沙沙声，顿时一阵冷汗地抬起头，长大了嘴巴，目光惊异地看着前方墙面上的一个个屏幕…沙沙~只见一个屏幕中出现了一个模糊的身影，紧接着实验室里墙面上、操作台上的所有屏幕全部出现了一模一样的模糊身影，渐渐地身影逐渐地清晰起来，屏幕像素构成了一个身穿白色短袖衬衫的少年影像…屏幕图像中的少年，正是此刻正往NERV本部基地赶来的碇真嗣！
“怎…怎么可能！？”碇源堂满脸惊骇地看着眼前众多屏幕里出现的少年影像，紧接着又慌忙将视线转向其他墙面的屏幕，最后环顾四周，发现所有的屏幕都是少年的影像后，终于脸色铁青、头冒冷汗、目光呆滞地喃喃自语着，下一刻又有些歇斯底里地怒吼了起来：“啊哈哈…哈哈！这…这就是…他就是你的答案吗？”实验室周围很多职员看着碇源堂有些失态的言语表情，以及周围屏幕上突然出现的异常现象，都不敢大声地说话，毕竟碇源堂的积威很剩…
嘟嘟~突然间实验室里的一个通讯器诡异地响了起来，同时眨眼间就接通了，然后从里面传出一道令碇源堂恨得咬牙切齿的声音：“啊嘞！？我号码拨错了么…还没嘟一声呢，怎么就通了…喂喂！那边有人在吗？是NERV的哪个科室啊，能帮我转接碇司令吗？”
“我是碇源堂~什么事？”在听到真嗣的声音之后，碇源堂先是一阵怒气上涌，不过很快他就将自己的怒气彻底的压制了下去，使得自己的语气中完全听不出任何的愤怒情绪…“呃~原来是碇司令啊…赫赫赫！能拜托你发射一下初号机吗？看起来已经来不及等我进入到机库了，所以能把初号机弹射出来吗，我在外面直接上去驾驶~”真嗣态度很好地说道。
“已经不需要你驾驶了，DummySystem正在做最后的调试，等一下就会出击！而且第三适格者，你已经违反了对你的处罚条例，擅自接近NERV本部并且还进入到基地市之中~仅仅这些触犯就足以让保安部去控制你了…虽然现在是使徒入侵的非常时期，但是没有总司令的命令，你是无权进入此地的！”碇源堂心中的恶魔终于还是让他做出了决定，在众多的职员前众目睽睽之下，对真嗣说出了这番话~
“呃…这样啊？那随便你了，发射权在你手里嘛~”通讯器里的真嗣不再跟碇源堂废话，直接挂断了电话…而真嗣不知道的是，通讯器另一边的碇源堂，早已经露出了计划得逞的渗人寒笑！…啪嗒~碇源堂在真嗣挂断电话后，将通讯切到了中央指挥室，很快就接通了那边的通话：“我是碇源堂~赤木博士在不在？”…“嗯~您稍等~”里面传出的是青叶茂的声音。
“有什么事吗碇司令？初号机的启动出现了问题，我在想是不是该把真嗣叫…”通讯中传出律子的声音，结果还没等律子的话说完，碇源堂就立刻打断了她：“现在先不用等第三适格者了，让丽马上驾驶零号机迎击使徒，不需要等在那里浪费时间！一定要给我拖住使徒！”…“是…明白了~”律子虽然有些疑惑碇源堂突然出现的要求，不过丽和零号机本来就要出击了，现在遵循一下总司令的意见也没什么……
通讯器的另一头，关掉通讯后的碇源堂，终于露出了一丝病态的诡笑！在他看来，没有初号机的协助，丽驾驶着零号机单机去对抗第十四使徒，肯定是必死无疑的事情！而且丽和二号机里的驾驶员有很大的不同，那个驾驶员是普通人类，在EVA二号机失去反抗力量之后，使徒并不会浪费时间专门去杀她…可是零号机若是战败，那么处在里面的驾驶员凌波丽，就不一定会那么好运了，毕竟她可是莉莉斯的…使徒眼中的第一击杀目标，说的就是丽和初号机这种“东西”！
——“那个白痴…他在搞什么呢？明明使徒已经快攻到他眼前了，结果依然坚持用傀儡系统…一个会暴走的破系统就想战胜最强的力天使，简直就是白日做梦！”真嗣将手机揣进兜里，便准备直接前往初号机机库，强行进入初号机启动迎战！
嘟嘟~嘟嘟！就在真嗣准备钻进前往地下机库的隧道时，突然NERV金字塔基地的不远处，一个紧急出击舱门突然间打开了，而从中出现的EVA机体，却是让真嗣忍不住骂街！“哈！？零号机！”真嗣目瞪口呆地看着从地底冒出头的零号机，不用怀疑里面的驾驶员就是丽了！真嗣看看远处被切成残废的二号机，再看看眼前不远处出现的零号机，顿时脸色铁青：“该…该死的碇源堂！明明知道单机EVA是不可能对战力天使的，竟然只派零号机单独出战！他不会是想让残废的二号机和零号机配合着与使徒作战吧！？这不是坑人么…呃，坑人！？他不会是想借此机会……”
在臭骂了碇源堂一句后，真嗣脑中瞬间闪过了无数个应该可以连成一条线的念头：处罚…傀儡系统…远离NERV本部…禁止驾驶初号机…力天使来袭…零号机单机出击…碇源堂阻拦初号机出击…零号机被击败…零号机驾驶员是莉莉斯的…使徒最痛恨的…必杀！
“呵~呵呵呵！我说呢~你干嘛要千方百计阻挠我驾驶初号机出击，原来最终是这个原因啊…哈哈！果然够狠，果然够辣！丽拥有了人类的意志，不再适合被你掌控，所以你就千方百计想要…哼！上次准备用九百多枚N2爆雷炸我的旧恨还没了结呢，现在就想添加点新仇了啊，碇源堂！？”真嗣看了看一边通往地下机库的深邃通道，再看看乘坐大型升降装置出现，已经有半个身体露出地面的零号机，脸上的冷笑越来越盛…
“嘿嘿~以为限制我接触初号机，禁止我进入机库，就可以禁止我驾驶初号机吗？还真是好了伤疤忘了疼了，他难道不知道上次机体交换实验发生的事了？”真嗣淡淡地摸着下巴，一点都不着急…“唔，有可能是律子帮忙瞒过他了…不过还真是不幸啊碇源堂，相信不久之后你就可以尝到极端自私自我之后的众叛亲离滋味了！”
“哈！吃了那么多的S2引擎，一直在那里藏着掖着，相信莉莉斯和妈妈都已经不耐烦了！肯定嘲笑过我是个废物…”啪啪啪！啪啪~真嗣冷笑着将拳头互相捏了捏，筋骨里发出一阵阵噼噼啪啪的声音…“到手了恐怖的神器，也不敢拿出来试试威力…明明拥有着超越EVA和使徒的恐怖战斗力，却一直无法发挥出来！哼哼~看来这次出现的力天使，还是有着一个不错的作用嘛，至少可以让我和初号机真正地同步战斗一次！从另一个角度来说，这个使徒绝对是初号机最好的陪练、最好的对手和最好的踏脚石！力天使塞路儿…你的S2引擎，我就提前预定了！”
轰~一阵钢铁的闭合声响起…看着零号机已经完全升出地面的巨大身影，以及他怀中抱着的那枚巨大的N2导弹，真嗣不禁苦笑了起来：“还真是让我猜中了，丽竟然真的准备用同归于尽这招对付这个让人绝望的使徒呢…等战斗结束了一定要把她抓起来打…屁…屁！好好教育一下这个不听话的笨妹妹！唔~看起来现在，我得快点给她们一点希望才行啊！”…真嗣站在通道的地面出口处，轻轻地闭上了眼睛，用新得到的力量配合自己的思绪，向地下机库里的初号机发出了召唤，只见他嘴角噙笑地呓语呢喃：“妈妈…还有，初号机…帮帮我！”
咻！在GeoFront通道口的真嗣话音落下的瞬间，实验机库中初号机的双眼顿时闪烁起一阵橙色的光亮！“傀儡系统启动！？启动成功了？”看到初号机的陡然启动，碇源堂微微振奋了一下，他第一时间以为是初号机的傀儡系统启动成功…不过下一刻下属的报告让碇源堂的脸瞬间漆黑了下来：“不…不是傀儡系统！是…是初号机在自启动！啊！？”
汇报情况的职员在突然发出一声惊叫，引得碇源堂赶紧跑出房间看向实验机库，而眼前的一幕却是完全让碇源堂说不出任何话来~噼噼啪啪！轰~只见初号机竟然在没人驾驶的情况下启动，一瞬间便挣脱了多道束缚装置的制约，直接以风驰电掣的速度前往GeoFront……
——当零号机抱着N2导弹出现在地下城市的地面时，正在中央指挥室中的美里和律子通过主画面也是看到了~“零号机！？出击了么…竟然连枪都不带？”美里下意识地看向零号机手中抱着的武器，顿时惊出了一身冷汗…“N2武器…难不成，她是想近距离爆破使徒！？”律子也是惊骇地张大了嘴巴…“不行！”美里很快想到了真嗣，立刻打开通讯阻止道：“停下！快点停下，丽！”
“……”坐在零号机驾驶舱中的丽任由美里在那边喊着，将周围所有的声音都置若罔闻，操纵零号机抱起怀里的巨大N2导弹，拼尽全力冲向第十四使徒的背后…“A。T。field全开！”丽表情冷肃地盯着前方的巨大黑色身影，驾驶零号机毫不犹豫地冲了上去：“绝对不会让你威胁到真嗣的！哪怕只能拼掉你一部分的力量，我也要全力去做！”
呯！零号机展开的A。T。field作用在N2导弹上，化为箭头的模样，与使徒的强大A。T。field屏障对冲在了一起…吱吱哧哧！一阵阵火光四溅中，使徒强大的叠加相转移空间没多久就占据了对冲的上风…哔轰~零号机及时点燃了手中导弹的尾部喷射器，四道笔直的火柱从喷射器中喷发而出，瞬间产生了巨大的推动力，堪堪抵住了使徒的A。T。field压迫…不过这终归不是最好的解决途径，因为使徒的实力可不仅仅只是这种程度！
咻咻！果然，在喷射器产生的冲击力开始衰减的时候，使徒身体前方的相转移空间很快便开始了变化，一个A。T。field漩涡出现，一股巨大的斥力渐渐地酝酿着，逐渐将N2导弹的弹头挤压得变了形，眼看就要作用在零号机身上，将他像二号机那样排斥出去了…
“不行！单架EVA根本无法突破那种程度的A。T。field！”中央指挥室中美里紧紧地盯着主画面紧张地说道…此时她只能寄希望于零号机在导弹射出后能够及时跑开，不然她真的要没脸见真嗣了，而站在美里身边的律子也是这个想法，甚至零号机的出击命令就是她下的，要是丽真的出了什么事，那么她肯定是没脸再去见真嗣！
“丽！你一定要好好的…千万不要出事！不要！妈妈…妈妈已经那样了，求求你…求求你千万不要死！”站在中央指挥室一边的明日香突然抓起一个通讯器对零号机里的丽喊道。身在零号机中的丽听到明日香的叫喊声后，微微一笑轻柔地说道：“没关系哦~明日香…谁都没有死，你妈妈没死…我也不会死，因为现在的我死了，还会有很多的替代品出现的…”
“八嘎！你这个笨蛋！”身为EVA驾驶员，明日香很明白丽此刻的心情和决心，但是…八——嘎~真嗣！你在哪里啊！？你妹妹都快死了！明日香在心中大声地呼喊着！嗷吼~一阵苟延残喘的低沉咆哮声响起，就在零号机被使徒的块状A。T。field压迫得濒临失败时，一道豺狼一样的红色身影出现在零号机身边，低吼着张开巨大的兽嘴，一口咬在了使徒厚实的相转移空间壁上…哧啦！一声撕裂声后，使徒一层相转移空间壁被完全撕碎！
哧啦！哧~一道道空间屏障竟然被不知何时重新爬起来的二号机不断撕碎，很快使徒的块状A。T。field竟然真的被他咬出了一个窟窿！“二号机…最后的工作了，坚持住！”玛丽看着时间所剩不多的倒计时，疯…狂地叫道：“还差…最后一张！”嗷呜~左臂被切断，右肋被完全击穿，头颅右脑被砍掉一块，冒出一股股脑浆的严重战损二号机，在玛丽的顽强意志下竟是真的帮零号机开辟出了一个巨大的防御空洞！
嗷吼！哧哧~二号机竭尽全力地扑在使徒最后一张相转移空间壁上，奋力地撕咬下去，终于配合着零号机将使徒的防御全部撕碎！嗖…嘭！在使徒的防御被撕碎的一瞬间，零号机抱着的N2导弹直接轰在了使徒的核心附近，只是谁也没能发现，在N2导弹轰上去的瞬间，使徒已经用核心周围的躯体物质完全地包住了核心，恐怕N2导弹也已经难以获胜了…
嘭~在松开N2导弹的瞬间，零号机将一边的残破二号机拉住往后面一甩，同时丽平静地向玛丽说了一声：“快走！二号机的驾驶员…谢谢你~”…“呃~咳咳！第一适格者么…”玛丽微微震惊地看着零号机的动作，在听到里面的驾驶员淡然面对死亡危机的平静语气时，连她都有些自愧不如了…
战损二号机被零号机远远地丢