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另外，对刘邦和萧何之间微妙的君臣关系，司马迁也做了较充分的描写。刘邦认为萧何的功劳卓著，但又时刻提防萧何反叛。汉三年、十一年、十二年，鲍生、召平以及那个不知名的说客，先后为萧何敲了警钟，提出了具体的防范措施。萧何为了保全自己，采纳了鲍生等人的建议，博得了刘邦的欢心；但因为民请命，又遭牢狱之灾；最后“素恭谨”的萧何又得到了刘邦的赦免。司马迁这些一波三折的描写，生动地刻画出了萧何的性格特点。
萧相国萧何，沛县丰邑人。他通晓法律，无人能比，是沛县县令手下的官吏。
汉高祖刘邦还是平民时，萧何多次凭着官吏的职权保护他。刘邦当了亭长，萧何常常帮助他。刘邦以官吏的身分到咸阳服役，官员们都奉送他三百钱，唯独萧何送他五百钱。
秦朝的御史到泗水郡督察郡的工作时，萧何跟着他的属官办事，经常把事情办得有条有理、清清楚楚。萧何于是担任了泗水郡卒史的工作，公务考核中名列第一。秦朝的御史打算入朝进言征调萧何，萧何一再辞谢，才没有被调走。
等到刘邦起事做了沛公，萧何常常做为他的助手督办公务。沛公进了咸阳，将领们都争先奔向府库，分取金帛财物，唯独萧何首先进入宫室收取秦朝丞相及御史掌管的法律条文、地理图册、户籍档案等文献资料，并将它们珍藏起来。沛公做了汉王，任命萧何为丞相。项羽和诸侯军队进入咸阳屠杀焚烧了一番就离去了。汉王之所以能够详尽地了解天下的险关要塞，家庭、人口的多少，各地诸方面的强弱，民众的疾苦等，就是因为萧何完好地得到了秦朝的文献档案的缘故。萧何向汉王推荐韩信，汉王任命韩信为大将军。此事记载在《淮阴侯列传》中。
汉王领兵东进，平定三秦，萧何以丞相的身分留守治理巴蜀，安抚民众，发布政令，供给军队粮草。汉二年（前205），汉王与各路诸侯攻打楚军，萧何守卫关中，侍奉太子，治理栎阳。制定法令、规章，建立宗庙、社稷、宫室、县邑，萧何总是禀报汉王，得到汉王同意，准许施行这些政事；如果来不及禀报汉王，有些事就酌情处理，等汉王回来再向他汇报。萧何在关中管理户籍人口，征集粮草运送给前方军队。汉王多次弃军败逃而去，萧何常常征发关中士卒，补充军队的缺额。汉王因此专门委任萧何处理关中政事。
汉三年（前204），汉王与项羽对峙于京县、索城之间，汉王多次派遣使者慰劳丞相萧何。有个叫鲍生的人对丞相说：“汉王在前线风餐露宿，却多次派使者来慰劳您，这是有怀疑您的心意。为您着想，不如派遣您的子孙兄弟中能打仗的人都到军营中效力，汉王必定更加信任您。”于是萧何听从了他的谋划，汉王非常高兴。
汉五年（前202），已经消灭了项羽，平定了天下，于是论功行赏。由于群臣争功，一年多了，功劳的大小也没能决定下来。高祖认为萧何的功劳最显赫，封他为酂侯，给予的食邑最多。功臣们都说：“我们身披战甲，手执兵器，亲身参加战斗，多的身经百战，少的交锋十回合，攻占城池，夺取地盘，都立了大小不等的战功。如今萧何没有这样的汗马功劳，只是舞文弄墨，发发议论，不参加战斗，封赏倒反在我们之上，这是为什么呢？”高帝说：“诸位懂得打猎吗？”群臣回答说：“懂得打猎。”高帝又问：“知道猎狗吗？”群臣说：“知道。”高帝说：“打猎时，追咬野兽的是猎狗，但发现野兽踪迹，指出野兽所在地方的是猎人。而今大家仅能捉到野兽而已，功劳不过象猎狗。至于象萧何，发现野兽踪迹，指明猎取目标，功劳如同猎人。再说诸位只是个人追随我，多的不过一家两三个人。而萧何让自己本族里的几十人都来随我打天下，功劳是不能忘怀的。”群臣都不敢再言语了。
列侯均已受到封赏，待到向高祖进言评定位次时，群臣都说：“平阳侯曹参身受七十处创伤，攻城夺地，功劳最多，应该排在第一位。”高祖已经委屈了功臣们，较多地赏封了萧何，到评定位次时就没有再反驳大家，但心里还是想把萧何排在第一位。关内侯鄂千秋进言说：“各位大臣的主张是不对的。曹参虽然有转战各处、夺取地盘的功劳，但这不过是一时的事情。大王与楚军相持五年，常常失掉军队，士卒逃散，只身逃走有好几次了。然而萧何常从关中派遣军队补充前线，这些都不是大王下令让他做的，数万士卒开赴前线时正值大王最危急的时刻，这种情况已有多次了。汉军与楚军在荥阳对垒数年，军中没有现存的口粮，萧何从关中用车船运来粮食，军粮供应从不匮乏。陛下虽然多次失掉崤山以东的地区，但萧何一直保全关中等待着陛下，这是万世不朽的功勋啊。如今即使没有上百个曹参这样的人，对汉室又有什么损失？汉室得到了这些人也不一定得以保全。怎么能让一时的功劳凌驾在万世功勋之上呢！应该是萧何排第一位，曹参居次。”高祖说：“好。”于是便确定萧何为第一位，特恩许他带剑穿鞋上殿，上朝时可以不按礼仪小步快走。
高祖说：“我听说推荐贤才要受上等的奖赏。萧何的功劳虽然很高，经过鄂君的表彰就更加显赫了。”于是根据鄂君原来受封的关内侯食邑，加封为安平侯。当天，萧何父子兄弟十多人都封有食邑。后又加封萧何两千户，这是因为高祖过去到咸阳服役时，萧何多送给自己二百钱的缘故。
汉十一年（前196），陈豨反叛，高祖亲自率军到了邯郸。平叛尚未结束，淮阴侯韩信又在关中谋反，吕后采用萧何的计策，杀了淮阴侯，此事记载在《淮阴侯列传》中。高祖已经听说淮阴侯被杀，派遣使者拜丞相萧何为相国，加封五千户，并令五百名士卒、一名都尉做相国的卫队。为此许多人都来祝贺，唯独召平表示哀悼。召平原是秦朝的东陵侯。秦朝灭亡后，他沦为平民，家中贫穷，在长安城东种瓜。他种的瓜味道甜美，所以社会上的人称它为“东陵瓜”，这是根据召平的封号来命名的。召平对相国萧何说：“祸患从此开始了。皇上风吹日晒地统军在外，而您留守朝中，未遭战事之险，反而增加您的封邑并设置卫队，这是因为目前淮阴侯刚刚在京城谋反，对您的内心有所怀疑。设置卫队保护您，并非以此宠信您，希望您辞让封赏不受，把家产、资财全都捐助军队，那么皇上心里就会高兴。”萧相国听从了他的计谋。高帝果然非常欢喜。
汉十二年（前195）的秋天，黥布反叛，高祖亲自率军征讨他，多次派人来询问萧相国在做什么。萧相国因为皇上在军中，就在后方安抚勉励百姓，把自己的家财全都捐助军队，和讨伐陈豨时一样。有一个门客劝告萧相国说：“您灭族的日子不远了。您位居相国，功劳数第一，还能够再加功吗？您当初进入关中就深得民心，至今十多年了，民众都亲附您，您还是那么勤勉地做事，与百姓关系和谐，受到爱戴。皇上之所以屡次询问您的情况，是害怕您震撼关中。如今您何不多买田地，采取低价、赊借等手段来败坏自己的声誉？这样，皇上的心才会安定。”于是萧相国听从了他的计谋，高祖才非常高兴。
高祖征罢黥布军队回来，民众拦路上书，说相国低价强买百姓田地房屋数量极多。高祖回到京城，相国进见。高祖笑着说：“你这个相国竟是这样‘利民’！”高祖把民众的上书都交给相国，说：“你自己向百姓们谢罪吧。”相国趁这个机会为民众请求说：“长安一带土地狭窄，上林苑中有很多空地，已经废弃荒芜，希望让百姓们进去耕种打粮，留下禾秆作为禽兽的饲料。”高祖大怒说：“相国你大量地接受了商人的财物，然后就为他们请求占用我的上林苑！”于是就把相国交给廷尉，用镣铐拘禁了他。几天以后，一个姓王的卫尉侍奉高祖时，上前问道：“相国犯了什么弥天大罪，陛下把他拘禁得如此严酷？”高祖说：“我听说李斯辅佐秦始皇时，有了成绩归于主上，出了差错自己承担。如今相国大量地收受奸商钱财而为他们请求占用我的苑林，以此向民众讨好，所以把他铐起来治罪。”王卫尉说：“在自己职责范围内，如果有利于百姓而为他们请求，这确是宰相分内的事，陛下怎么怀疑相国收受商人钱财呢！况且陛下抗拒楚军数年，陈豨、黥布反叛时，陛下又亲自带兵前往平叛，当时相国留守关中，他只动一动脚，那么函谷关以西的地盘就不归陛下所有了。相国不趁着这个时机为己谋利，现在却贪图商人的钱财吗？再说秦始皇正因为听不到自己的过错而失去天下，李斯分担过错，又哪里值得效法呢？陛下为什么怀疑宰相到如此浅薄的地步！”高祖听后不太高兴。当天，高祖派人持节赦免释放了相国。相国上了年纪，一向谦恭谨慎，入见高祖，赤脚步行谢罪。高祖说：“相国算了吧！相国为民众请求苑林，我不答应，我不过是桀、纣那样的君主，而你则是个贤相。我所以把你用镣铐拘禁起来，是想让百姓们知道我的过错。”
萧何一向不跟曹参和睦，到萧何病重时，孝惠皇帝亲自去探视相国病情，趁便问道：“您如果故去了，谁可以接替您呢？”萧何回答说：“了解臣下的莫过于君主了。”孝惠帝说：“曹参怎么样？”萧何叩头说：“陛下得到合适的人选了！我死也不遗憾了！”
萧何购置田地住宅必定处在贫苦偏僻的地方，建造家园不修筑有矮墙的房舍。他说：“我的后代贤能，就学习我的俭朴；后代不贤能，可以不被有权势的人家所夺取。”
孝惠二年（前193），相国萧何去世，谥号为文终侯。
萧何的后代因为犯罪而失去侯爵封号的有四世，每次断绝了继承人时，天子总是再寻求萧何的后代，续封为酂侯，功臣中没有谁能够跟萧何这种情况相比。
太史公说：相国萧何在秦朝时仅是个文职小官吏，平平常常，没有什么惊人的作为。等到汉室兴盛，仰仗帝王的余光，萧何谨守自己的职责，根据民众痛恨秦朝苛法这一情况，顺应历史潮流，给他们除旧更新。韩信、黥布等都已被诛灭，而萧何的功勋更显得灿烂。他的地位为群臣之冠，声望延及后世，能够跟闳（ｈóｎｇ宏）夭、散宜生等人争辉比美了。
萧相国何者，沛丰人也。以文无害为沛主吏椽①。
高祖为布衣时，何数以吏事护高祖。高祖为亭长，常左右之②。高祖以吏繇咸阳③，吏皆送奉钱三，何独以五。
秦御史监郡者与从事④，常辨之⑤。何乃给泗水卒史事，第一。秦御史欲入言征何⑥，何固请⑦，得毋行。
①无害：无比，无人能胜。②左右：帮助。③繇：通“徭”，劳役。这里指服劳役。④监郡：监督、检查郡的工作。⑤辨：辨别。这里指办事有条理，对各种事项分辨得清楚。⑥征：征召。⑦请：这里是辞谢的意思。
及高祖起为沛公，何常为丞督事。沛公至咸阳，诸将皆争走金帛财物之府分之，何独先入收秦丞相御史律令图书藏之。沛公为汉王，以何为丞相。项王与诸侯屠烧咸阳而去。汉王所以具知天下厄塞①，户口多少，强弱之处，民所疾苦者，以何具得秦图书也。何进言韩信，汉王以信为大将军。语在《淮阴侯》事中。
①厄塞：险要之地。
汉王引兵东定三秦，何以丞相留收巴蜀，填抚谕告①，使给军食。汉二年，汉王与诸侯击楚，何守关中，侍太子，治栎阳。为法令约束②，立宗庙社稷宫室县邑，辄奏上，可，许以从事；即不及奏上，辄以便宜施行③，上来以闻。关中事计户口转漕给军④，汉王数失军遁去，何常兴关中卒，辄补缺。上以此专属任何关中事⑤。
①填（ｚｈèｎ，振）抚谕告：安抚民众，发布政令。填，通“镇”安定。谕告，发布政令，告知百姓。②约束：规章，法度。③便（ｂｉàｎ；变）宜：酌情处理。④转“漕”：运送粮食。古时车运为“转”，水运为“漕”。⑤属（ｚｈǔ，主）：委托。
汉三年，汉王与项羽相距京索之间，上数使使劳苦丞相①。鲍生谓丞相曰：“王暴衣露盖，数使使劳苦君者，有疑君心也。为君计，莫若遣君子孙昆弟能胜兵者悉诣军所②，上必益信君。”於是何从其计，汉王大说③。
①劳苦：慰劳。②胜兵：胜任军事，能够打仗。③说：同“悦”。
汉五年，既杀项羽，定天下，论功行封。群臣争功，岁余功不决。高祖以萧何功最盛，封为酂侯，所食邑多。功臣皆曰：“臣等身被坚执锐①，多者百余战，少者数十合，攻城略地②，大小各有差。今萧何未尝有汗马之劳，徒持文墨议论，不战，顾反居臣等上，何也？”高帝曰：“诸君知猎乎？”曰：“知之。”“知猎狗乎？”曰：“知之。”高帝曰：“夫猎，追杀兽兔者狗也，而发踪指示兽处者人也。今诸君徒能得走兽耳，功狗也。至如萧何，发踪指示，功人也。且诸君独以身随我，多者两三人。今萧何举宗数十人皆随我③，功不可忘也。”君臣皆莫敢言。
①被：同“披”。②略：夺取。③宗：宗族。
列侯毕已受封，及奏位次，皆曰：“平阳侯曹参身被七十创，攻城略地，功最多，宜第一。”上已桡功臣①，多封萧何，至位次未有以复难之