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起初，改革志士还对幕府抱有幻想，提出了“尊王攘夷”的口号，希望借助天皇的权威，改革幕府政治的落后状况，唤起人们抵御外侮的勇气和热情。但是随着精神权威天皇和政治权威幕府之间分立的加深，改革幕府的企图招致了幕府保守势力的反对和镇压。1858年9月，幕府突然采取行动，大肆搜捕、迫害尊攘派领袖，制造了所谓“安政大狱”，使“尊王攘夷”运动遭受沉重打击，并由此转入了低潮。这一事件让许多尊攘志士在充分认清了幕府反动面目的同时，开始认真反思改革运动存在的一系列问题。正如在“安政大狱”中被捕的吉田松阴所说：今日之幕府、诸侯皆已为醉人，无扶持之术，非草莽崛起之人无所望矣。刑场上，他慷慨陈词：
吾今为国死，死不负亲君。
悠悠天地事，鉴照在明神。
就义时，他年仅29岁。
正当“尊王攘夷”运动陷入低潮之时，一些眼界开阔的改革派志士通过对世界形势的深入了解，慢慢认识了日本与西方的差距所在，领悟到只有推翻落后的幕府统治，走学习西方、富国强兵之路，才能使日本摆脱被列强奴役的命运。在他们的竭力劝说下，改革派逐渐摒弃了盲目排外的思想，将斗争目标由“尊王攘夷”演变成“倒幕开国”，而西南强藩也成为倒幕运动的根据地。
1865年春，长州藩尊攘派领袖高杉晋作提出了武装倒幕的决定。在倒幕维新的大旗下，以长州、萨摩为首的西南强藩捐弃前嫌，很快结成了军事同盟，掀起了武装倒幕的高潮。他们的行动不仅得到了即位不久的天皇睦仁（1867年~1912年）和广大群众的支持，也得到了英国等列强的默许或援助。1868年1月3日，睦仁天皇发布《王政复古大号令》，宣布废除幕府，一切权力归天皇，并成立新的天皇政府。《大号令》对倒幕斗争的公开支持，无疑加速了倒幕形势的发展。1月27日，以萨、长两藩为主力的天皇军在西乡隆盛的指挥下，于京都附近的伏见、鸟羽与幕府军展开激战。结果以少胜多，大败幕府军队，取得了武装倒幕的关键胜利。经过1年零5个月的战争，倒幕运动取得了最后的成功。这场倒幕战争历史上称为“戊辰战争”。经过戊辰战争，日本彻底结束了延续700多年的幕府统治，打击了封建保守势力，清除了维新道路上的最大障碍。同时，改革派武士在新政府中的领导地位得以巩固和加强，为下一步明治维新的顺利进行创造了必备的条件。
1868年4月6日，睦仁天皇率公卿百官，在京都御所的紫宸殿祭祀天地众神，以神前宣誓的形式发表了《五条誓文》，即：广兴会议，万机决于公论；上下一心，大展经纶；官武一途，以至庶民，须使各遂其志，人心不倦；破历来之陋习，立基于天地之公道；求知识于世界，大振皇基。作为新政府的开国宣言，《五条誓文》昭示了推行公议政治、开明进取的施政纲领和方针。尽管其中明显包含了封建保守思想，但其历史作用更为突出，它为日本走上资本主义强国之路指明了基本的方向。
在宣读《五条誓文》的同时，还向全国发布了天皇的亲笔诏书，进一步清楚地表明了新政府的远大抱负。诏书宣称：“朕与百官诸侯相誓，意欲继承列祖伟业，不问一身艰难，亲营四方，安抚汝等亿兆，开拓万里波涛，布国威于四方。”这一番豪言壮语不仅代表了天皇个人的心声，也代表了整个日本民族的呼喊。所谓“开拓万里波涛，布国威于四方”，既反映出民族意识高涨的日本国民奋发进取的精神面貌和渴望国家强大的迫切心态，同时也表达了他们对于国际强权政治现实的理解以及扩展势力和影响的勃勃野心。自此以后，这一主张基本成为了日本对外政策的主导思想，并且在明治年代之后，为大正、昭和两代天皇所沿用。在当时的多数日本人看来，唯有实力和强权才是最重要的。正如木户孝允所说：“皇国兵力不足以与西洋强国相匹敌，兵力未整之时，万国公法固不可信也。以公法为名向弱国谋利者不鲜也。故余曰：万国公法者，侵夺弱国之工具也。”正是基于这样的认识，明治初年，日本就相继出兵台湾（1874年），并吞琉球（1879年），还把侵略的矛头指向同自己有着相似遭遇的朝鲜（1875年）。
1868年9月8日，日本新政府改年号为“明治”，定都江户，并改称为东京。“明治”二字取自中国《易经》中“圣人南面听天下，向明而治”的句子。这似乎预示着一个沉寂多年的东方岛国将以新的面貌出现在世界历史的舞台上。从此，日本开始了“明治维新”的历史。
明治初期的破旧之举
就在戊辰战争爆发之时，日本新政府以颁布《王政复古大号令》为起点，迈出了维新变革的步伐。当时，新政府中的改革派武士大都非常年轻，在著名的“维新三杰”之中，西乡隆盛年近40岁，大久保利通37岁，而木户孝允仅有34岁。他们凭借年轻人的热情和胆识，以积极进取、勤奋好学的精神克服了治国经验不足的缺陷。新政府实行太政官制度，确保天皇拥有无限的权力，明确规定：“天下之权力皆归太政官，使政令无出于二途之患。太政官之权力分为立法、行政、司法三权，使无偏重之患。”由此建立了日本的君主专制制度。直到1885年，太政官制才被内阁制所取代。
早在倒幕战争进行当中，新政府已经开始了没收幕府封建领地的工作，为废除封建领主制度、建立现代国家进行积极的准备。在以大久保利通、木户孝允为首的改革派推动下，西南强藩率先提出了“奉还版籍”的请求。“版”指土地，“籍”指户籍（人口），“奉还版籍”就是把对藩属领地和人民的控制权交还天皇。1869年，明治政府宣布接受各藩奉还版籍的请求，并不再予以封授，同时任命原藩主为藩知事，负责掌管地方事务。在此基础上，明治政府于1871年发出了“废藩置县”的命令，将全国划分为3府302县，后又改为3府72县，至1888年并为3府43县。按照规定，府、县知事由中央任命；旧藩主一律迁居东京，享受国家的俸禄。这样一来，就完全剥夺了封建藩主所保留的对藩领的控制权，消除了长期的封建割据，实现了中央集权在政治上的统一，为继续推进改革创造了条件。1872年，在“废藩置县”的基础上，明治政府实行了土地改革，使更多的农民成为了真正的土地所有者；解除了长期以来禁止土地买卖的禁令，促进了新兴地主阶级的发展。同时，明治政府还统一了全国的货币，废除了各藩之间设立的关卡。这些措施无疑为日本国内商品经济的繁荣和资本主义的发展提供了巨大的帮助。
幕府时代以来延续多年的封建等级制度，早已成为制约日本社会进步的积弊。因此，在进行“废藩置县”改革的同时，明治政府也逐渐废除了封建身份等级制度，比如废除武士的称号和武士阶层曾经拥有的特权，改称他们为“士族”；将藩主、公卿改称“华族”；取消在通婚、迁徙、征兵和职业选择等方面存在的种种限制等等，由此建立起较为平等的身份制。这些措施，不仅有利于移风易俗，而且为资本主义的发展提供了更多的劳动力资源。经过改革以后，华族和上层士族日益转化为近代资产阶级或官僚，而日趋没落的下层士族，则逐渐成为了无产阶级。
封建等级制度的改革对武士阶层冲击最大。明治初年，日本约有武士40万户，武士连同家属有近200万人。每年支付武士薪俸的消耗约占政府财政支出的30％，成为政府的经济负担。同时，这一封建阶层本身也早已失去了存在的价值。因此，明治政府采取了渐进手段，取消了武士薪俸，彻底清除了武士阶层赖以存在的经济支柱。改革触动了武士阶层的根本利益，引发了不满武士的多次叛乱。就连西乡隆盛、江藤新平这样的倒幕维新骨干人物，也加入了叛乱的行列。对于这些叛乱，明治政权给予了毫不留情的镇压。在平定西乡隆盛叛乱的过程中，政府军的伤亡人数甚至超过了戊辰战争的损失，足见改革代价之巨大，也显见明治政府破除旧制、锐意改革的决心之巨大。素有“维新三杰”之称的一代英豪西乡隆盛最终战死沙场，倒在了不断前进的改革车轮之下。他个人的悲哀也恰恰反衬出明治维新时代的日本迅速崛起的脚步。
废藩置县的顺利进行推动了日本的地税改革。1873年7月，日本颁布了《地税改革条例》等一系列改革地税的法令，但却遭到了广大农民的强烈反对。一时间各地农民起义不断。开始，明治政府企图通过暴力镇压，推行新税制，但收效甚微，于是被迫做出了大幅度的调整，才暂时满足了农民的要求。到1881年，日本的地税改革已基本完成，这对日本的发展具有深远的影响：实现了实物地租向货币地租的转变，确立了日本近代土地所有制；增加了政府的财政收入和资本积累，为政府发展工业和军事提供了重要的资金来源；提高了地主和自耕农、半自耕农从事农业生产与经营的积极性，促进了日本农业和工商业的发展；同时也稳定了天皇统治的社会基础。地税改革也给地主加大剥削量和兼并土地提供了有利条件，因而从中受益的不是广大农民，而是新兴的寄生地主阶级，农民们的租税负担却是有增无减。
总之，从新政府成立到地税改革的完成，明治政府仅用了10年左右的时间就基本实现了对封建幕府体制的破旧改革。尽管这些改革还不够彻底，也遗留了很多问题，但对于日本自身的发展而言，其积极因素无疑是占主要方面的。它为日本迅速走上资本主义的道路扫清了障碍。日本的改革者深知破旧更需立新的道理，因此，在打破旧体制的同时，这些民族的精英分子也开始了探索强国之路的新的实践。
三、上下一致学西方
求知识于世界
戊辰战争结束之时，日本可谓百废待兴。尽管一系列破除旧制度的改革都相继展开，使政府对于国家政权的掌控能力逐渐恢复，但日本如何实现强国梦想的问题，一时却难以回答。关键时刻，“求知识于世界，大振皇基”的誓文解决了人们心中的迷惑，学习西方迅速成为日本精英阶层的共识。在他们的全力推动之下，日本国内掀起了一场上下一致学习西方的热潮。
经过精心准备之后，1871年12月23日，以太政大臣岩仓具视为特命全权大使的日本使节团登上了美国公司的轮船，从横滨出发奔赴美国和欧洲。使节团成员共有48人，几乎涉及政府机构中的每个重要部门，其中包括了木户孝允、大久保利通、伊藤博文、山口尚芳这样的重量级人物。此外，随使节团出行的还有一支由近60人组成的留学生团队。临行前，明确规定了使节团出访的目的：一是交涉修改不平等条约；二是考察各国情况，学习治国经验和各种优长。当轮船在礼炮声中渐渐离开海岸的时候，出访的人们长久地伫立在甲板上，远眺着美丽的富士山，心中充满了对获取知识的渴望和对日本未来的美好憧憬。
岩仓使节团先后访问了美、英、法、比、荷、奥、德、俄、丹、意、瑞士、瑞典等12个国家，历时22个月。每到一国，团员们都本着认真学习的态度，对该国的情况进行细致的研究，并把搜集的信息和心得感受通过书信及时发回国内。岩仓使节团的规模之大，周期之长，考察之详细的确世所罕见。使节团回国之后，根据他们的日记、书信和整理的资料，编辑了长达100卷、共2110页的《美欧回览实记》，于1878年出版发行，在日本民众中起到了很好的介绍和宣传作用。
尽管原定的修改条约的设想因阻力巨大而未能实现，但岩仓使节团还是收获丰富：不仅使明治政府的领导层开阔了眼界，更新了观念，认识了日本与欧美的差距，从而坚定了全面学习西方的决心，而且通过亲身接触，确实学到了许多有价值的具体而实用的经验，寻找到了适合日本自身条件的切实可行的方法。在考察过程中；使节团对普鲁士由小变大、由弱变强的经验尤感兴趣。特别是“铁血宰相”俾斯麦和参谋总长老毛奇所说的“方今世界各国；虽以亲睦礼仪相交；但皆是表面名义；于其阴私之处；则是强弱相凌；大小相欺”，“万国公法；也是系于国力强弱；局外中立而唯守公法者；乃是小国之事；至于大国则无不以其国力来实现其权力”等言论；更给他们留下了深刻印象；使他们认为在当时的国际环境中；以实力求强权才是唯一正确的逻辑和法则。
以欧美之行的收获为基础，木户孝允等人提出了“文明开化”、“殖产兴业”、“富国强兵”三大政策，作为指导国家建设的总方针。这无疑给日本的发展指明了方向，一幅精心描绘的宏伟蓝图就此展现在日本的面前。
师从西方，文明开化
所谓文明开化，也就是提高国民的知识水平，按照当时的理解就是要以西方为师，在教育、思想、观念甚至生活习惯等方面进行全面彻底的变革。事实证明，这的确是明治政府最具战略眼光的决策之一。
日本历来重视对先进文化的学习和引进，这一点在中日两国古代的交往史上有深刻的体现。到了近代，儒学地位不断降低，使得日本逐渐加强了对洋学的引进。对日本影响较早的洋学主要是“兰学”，即以荷兰语为媒介的西方近代文化。因其主要涉及自然科学和实用科学，适应了当时日本社会发展的需要，因此“兰学”受到人们的重视，“