参、众两院各通过了改革特种部队的议案，组成了专门委员会对两个议案进行协调。与会的参议员和众议员达成了一个折中的方案：要求建立一个统一的特别作战司令部，由一名四星上将任司令；设一名特别行动和低度冲突国防部长助理，在国家安全委员会中设同级别的低度冲突部；并制定一个专门针对特种部队的财政计划（ＭＦＰ－１１，被称为“特种部队支票簿”）。关于由文职人员领导的代理机构方案，众议院勉强作了让步，但坚持ＭＥＰ－１１财政方案，以保障特种部队的军费开支。最后的议案，作为１９８７年国防授权法案的附本，以《高华德－尼可斯重组法案》的修正案写进了法律。
在美国历史上，这是第一次国会要求总统成立一个联合作战司令部。国会的意图很明显，就是要迫使国防部和内阁正视过去失败的事实和新的威胁，迫使国防部和内阁执行新的法律，国会随后又通过了两个附加法案，以确保新的法律能正确实施。
新的立法确保在几个方面加强特种部队。一经实施，ＭＦＰ－１１财政计划保证，在进行现代化的过程中，特种部队具有较充分的财政自决权。此外，由一个司令指挥各兵种的特种部队，将极大地增强特种部队间的相互协作性。最终，一名四星上将和一名特别行动与低度冲突国防部长助理，使特种部队在国防部最高级别的首长联席会议上有了一席之地。
特别行动部队司令部的组建颇具传奇性。为了尽快解决人员和场地问题，国防部决定撤消一个当时的司令部。美国作战准备司令部在早期是一个常常被误解的部门，根据《高华德－尼可斯重组法案》，它原有的任务已不复存在，而且它的总司令詹姆斯·林德塞有一些指挥特别行动的经验。１９８７年１月２３日，参谋首长联席会议正式向国防部提议，将作战准备司令部改建为特别行动部队司令部。
１９８７年４月１３日，罗纳德·里根总统批准成立新司令部。４月１６日，国防部宣布特别行动部队司令部成立，并向参议院提名林塞德将军为第一任总司令，参议员对这一提名没有任何异议。
１９８７年６月１日，特别行动部队司令部举行了庆祝成立大会。国防部长助理威廉·塔夫特和安德迈·威廉·Ｊ·考文在庆祝大会上发表了讲话，这两个人当初对《努·考安修正案》的态度截然相反。在讲话中，安德迈·威廉建议林德塞将军的新司令部，与军队的主流保持一致，他说：“在特种部队和其他部队之间，多多少少存在着一些隔阂，有些人希望这些隔阂变得更深，现在，我们首先是要打破它们，其次，要教育所有官兵，要使他们认识并理解到做什么、为什么要这样做和这样做的重要性。每一支部队都要竭尽全力，以提高美军的作战能力。”林德塞将军知道，鉴于国防部此前对建立特别行动部队司令部的态度，采纳这一建议将会是一个挑战。
特别行动部队司令部历任总司令，从１９８７年，从首任总司令林德塞将军开始，迄今已有７任总司令。后６任为：詹姆斯·Ｊ·林德塞（１９８７年４月１６日－１９９０年６月２７日）卡尔·Ｗ·史延纳（１９９０年６月２７日－１９９３年５月２０日）华纳·Ａ·唐宁（１９９３年５月２０日－１９９６年２月２９日）亨利·Ｈ·萨通（１９９６年２月２９日－１９９７年９月２５日）彼德·Ｊ·斯古梅克（１９９７年１１月５日－２０００年１０月２０日）查尔斯·霍兰德（２０００年１１月至今）每一任总司令在任期内都面临着不同的挑战和机遇。特别行动部队司令部自成立以来，国际局势发生了许多重大变化，前苏联解体、美军缩编、出现新的敌对国家、地区不稳定因素、大规模杀伤性武器数量增加等等，特种部队担负着越来越艰巨的任务，常规部队、美国驻各国大使和其它国家部门越来越多地使用特种部队。
按１９８７年《参谋首长联席会议手册》第７１～８１页所描述的，特别行动部队司令部的职责，是完成所担负的常规任务，在总统和国防部长的直接授权下，计划和领导特别行动。主要任务是：最后两项任务，“根据ＭＦＰ－１１财政计划，提出、落实预算计划”和“发展、实现特殊行动所需装备、材料、供给和服务保障”，使特别行动部队司令部比其他任何一个联合司令部都特殊，在承担责任的同时，它拥有相应的权力。国会赋予特种部队司令部异乎寻常的权威，它能够独立控制特种部队的结构、装备和资源。
特别行动部队司令部的结构，是首任总司令林德塞将军建立的，它沿用了典型的“联合首长”制。１９８８年６月，他对这一结构做了两处调整：Ｊ８（资源）首长负责执行ＭＥＰ－１１财政计划，增设Ｊ９首长，负责心理战和民间事务。
对司令部任务的陈述，涉及地理政治学的变化。随着前苏联的解体和地区不稳定因素的增加，对特种部队的能力提出了新的要求。为适应形势的发展，反映出特种部队大量参加维和与人道主义援助的新特点，１９９３年，唐宁将军修订了特种部队司令部的行动纲领：“在和平时期和战时，随时有效地在世界范围内领导特别行动、民间事务和心理战行动，服务于地区作战司令、美国大使及所在国家军队和其他政府机构。”
特种部队的行动纲领中，还增加了反大规模杀伤性武器、信息战和控制冲突，加强了防御措施，增加了反恐怖主义的任务。为了更有效地使用特种部队，萨通将军继续对司令部的任务、目标和前景进行了修订。１９９６年１０月，他对特种部队的行动纲领作了较小的变动：“在和平时期和战时，为国家总指挥权、地区作战司令、美国驻各国大使，及所在国家军队提供特别行动部队，在世界范围内有效地领导特别行动、民间事务和心理战行动。”
１９９７年１０月１日，萨通将军荣升参谋首长联席会议主席，新当选的总司令斯古梅克将军继续了对行动纲领的修订，他为特别行动部队提出了新目标：“要成为世界上现存的最有能力、适应性最强的特别行动部队，立志拥有最卓越的官兵和最高的专业水准。”
尽管不断修订，行动纲领的本质是保持不变的。但对于司令部总部的结构，斯古梅克将军要大刀阔斧地进行改革。他的前任在机构改革方面已经作了一些尝试，如合并职能相似的部门、实现流线型办事程序和重组人力资源等。作为一个前下属部队的司令，斯古梅克将军认识到，司令部总部没有把工作的重心放在关键的部门，而那些被忽视的部门才是特种部队的核心所在。他大胆撤消了传统的“Ｊ－首长联席制”，将作战与后勤部门合并为５个“完美中心”，每个中心各由一名一般军官、高级军官或高级文职执行官负责。重组保证了司令部总部的工作以战略作战为中心。Ｊ３和Ｊ５处合并为行动、计划和政策中心（ＳＯＯＰ）；作战模拟和准备处（Ｊ７）与计划和审计处合并为军事结构、准备、资源和战略评估中心；情报和信息行动中心（ＳＯＩＯ）包括命令、控制、通讯、计算机和资讯系统处（Ｊ６）、情报处（Ｊ２）和信息行动处（Ｊ３）；准备中心和后勤处组成了特别行动后勤采购中心（ＳＯＡＬ）；指挥服务中心包括人事处（Ｊ１）和特别参谋办公室。重组后的司令部总部确保各种资源的合理应用，使它能更好地为特种部队、地区总司令和美国驻各国大使服务。
要使特别行动部队司令部真正发挥作用，它下面要有所属部队，这是无可争议的。组建司令部的有关法律这样规定：“除国防部长的指令外，所有驻扎在美国的现役和预备役特种部队，都接受特别行动部队司令部的领导。”当时的国防部长肯斯帕·温伯格签署了命令，确定了他下属的三个司令部和大部分部队：驻扎在佛罗里达赫尔伯特的第２３航空军，总部设在加利福尼亚圣地亚哥的海军特别作战司令部，和驻扎在北卡罗来纳布拉格基地的陆军第一军。１９８７年８月１４日，特别行动部队司令部成立之后，温伯格又签署命令成立了联合特别行动司令部，此后，它变成了特别行动部队司令部下属的一个部门。
划归到特别行动部队司令部时，第一军是负责美国陆军所有特别行动的部队。它的任务是准备、提供、支持陆军的特种部队，领导对外协助防御、非常规作战、特别情报、心理战、突击行动以及其他相关的特别行动。它的下属部队包括第一、第七和第十特别行动队，第四心理战队，第９６民间事务部队，第７５游骑兵团，第１６０特别行动航空大队，预备役部队的国防军部队以及约翰·肯尼迪特别作战中心。
但是，这些单位并非全部归属到特别行动部队司令部。温伯格部长保留了心理战和民间事务部队。１９８７年年初，国防部长办公室建议成立一个独立、级别低于特别行动部队司令部的联合司令部，专门负责心理战和民间事务。和其他特种部队的遭遇一样，在２０世纪７０年代和８０年代，心理战和民间事务特种部队被大大削弱，因此，一些支持者担心，把这两个单位并于特别行动司令部，将不利于它的发展。林德塞将军反对这个计划，他认为，将其划归特别行动司令部，有利于保护特种部队的资产和资源，参谋长联席会议主席阿德迈·科隆同意他的意见。１９８７年１０月１５日，温伯格部长签署命令：包括现役部队和预备役，所有陆军、空军的心理战和民间事务特种部队，都划归特别行动司令部领导。
但是，温伯格部长的决定并没有完全解决心理战和民间事务部队的问题。在史廷纳将军的任期内，他解决了另一个有关这两支部队归属的长期存在的问题。国防军的领导人认为，这两支部队只有在战时才归特别行动部队司令部领导，而平时应归属国防军领导。史廷纳将军经过艰苦努力，促使国防部１９９３年３月通过了一项决议，正式明确了这两支部队的归属问题。这一决定确保特别行动部队司令部在和平时期同样有权力指挥和使用这两支部队，司令部全权负责它们的军费开支、训练、装备和组织。
１９８７年４月１６日，海军创建了海军特别作战司令部，它的下属单位仅有海军特别作战中心（训练司令部）。海军第１特别作战队和第２特别作战队（海陆空三栖特种部队即海豹部队及特种艇部队）没有划归到特别行动部队司令部，因为海军方面认为这两个部门和下属部队分别属于太平洋和大西洋舰队，因此不可能划归特别行动部队司令部指挥。海军部长詹姆斯·韦伯和海军的高级将领们都认为，那样做的结果会使海军特战部队失去与舰队的密切联系。
林德塞将军坚持认为这些驻扎在美国本土的部队应该归特别行动部队司令部领导。他提出的理由是，海军特别行动部队与舰队的联系，不同于它们与专业特别作战机构相联系，特种部队司令部能够更好地发挥这些部队的作用，因为它们可以和其他的特种部队协同作战。１９８７年１０月２３日，温伯格部长把天平倾向了特别行动部队司令部一边，他签署命令：从１９８８年３月１日起，海陆空三栖特种部队（海豹部队）、特种艇部队和海军特别作战部队全部移交给海军特别作战司令部，到１９８８年１０月１日，这些部队由特种部队司令部全权负责。
空军第２３军是一个很特别的组织，它承担着两个不同但相互联系的任务：它归军事空运司令部（ＭＡＣ）领导，又作为特别行动部队司令部下属的空军单位。温伯格部长只把第２３军的特别行动部及下属部队划归特别行动部队司令部，包括它的后备国防军和空军特别行动学校。第２３军依然承担着ＭＡＣ的一些任务（比如医药空运、营救、气象侦察及其他紧急空运任务）。林德塞将军希望所有的下属单位都是同级别的指挥部门，因此这种设置就带来了一些问题。
最初，特别行动部队司令部希望第２３军只担负纯粹的特别行动任务，ＭＡＣ同意这个要求。林德塞将军最关注的是：他调整改革第２３军的计划必须通过ＭＡＣ才能实施，目前的行政隶属关系，对建立国会所要求的指挥司令部是一个阻碍。他认为，解决的办法是将第２３军升格为空军作战指挥部，空军参谋长兰瑞·威尔士同意了这个方案。１９９０年５月２２日，空军第２３军成为空军特别行动司令部（ＡＦＳＯＣ）。军费预算和项目发展，对国会和林德塞将军来说，ＭＦＰ－１１财政计划意味着特种部队在军费预算上拥有特权。尽管《努·考安修正案》所催生的ＭＦＰ－１１财政计划是专门针对特种部队的军费预算，但对法律条文可以有不同的解释，国防部的一些办公室认为，新的司令部不应该有自己的计划项目备忘录。林德塞将军和其他一些人持相反的意见，经过艰苦的努力，司令部终于争得了做预算和计划项目备忘录的权力。但争论一直在继续，直到１９８８年９月，参议员努·考安对国会的意图作了阐述：法律明确表明，特别行动部队司令部司令有权单独制定项目计划备忘录。同月，国会颁布了《公共法１００－４５６》，明确规定特别行动部队司令部总司令直接向国防部长提交计划项目备忘录。
１９８９年１月２４日，国防部长助理威廉·达福特签署备忘录，使特别行动部队司令部拥有基于ＭＦＰ－１１的预算权。随后，１９９０年１０月１日，国防部长办公室将ＭＦＰ－１１的选择权授予特别行动部队司令部。１９９１年１０月，又授予其对ＭＦＰ－１１的全部权力。至此，在美军历史上，一个兵种的总司令首次有权作出军费预算和计划项目备忘录。
为了作出全部所属特种部队的预算和项目计划备忘录，司令部要建立一套项目计划和预算的