王敦之祸称帝之后，司马睿继续对王导、王敦加封了官职，但是态度上十分冷淡。凡是重要的军国大计，他只与尚书令刁协及调外任丹阳尹却仍兼侍中的刘隗密议。在刁、刘二人的策划之下，司马睿制定了一系列限制大族势力、加强皇权的所谓“刻碎之政”（《晋书·刘隗传》）。在太兴元年（318）一年之内，司马睿两次下诏整饬吏治。第一次的时间在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面却又表示要惩办不法官吏。第二次下诏在七月。司马睿的语气转变为十分严厉，除命令各级官吏“祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实户口，劝课农桑”外，还要求“州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪惏秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪；有而不知，当受 塞之责”（《晋书·元帝纪》）。他还亲自下令处决了桂阳太守程甫、徐州刺史蔡豹等几个违制的官吏，其中程甫是王敦的亲信。显然，司马睿在杀鸡给猴看。
对于司马睿的行动，王导很快作出反应。他派遣八部从事巡行扬州诸郡。在听取他们归来的汇报时，王导对顾和的议论大加褒扬。顾和出身于吴郡望族。他反对朝廷对各级官吏所进行的调查，主张“宁使纲漏吞舟”，不“以察察为政”（《晋书·顾和传》）。这种纵容官吏贪污、豪强兼并的主张正是王导施政的主导思想。王敦的反应远比王导激烈。他写了一封言辞激烈的上疏给司马睿。在上疏中，王敦夸耀他们弟兄在草创东晋政权中的功劳，为王导在朝内所受的冷遇鸣不平，并发泄了对司马睿的强烈不满。他还威胁说：“圣恩不终，则遐迩失望；天下荒弊，人心易动”（《晋书·王敦传》），表示要采取适当的行动。
王敦自恃专任阃外，手握强兵，有大功于江左，一向看不起司马睿。司马睿称帝之时，王敦曾有心废他。矛盾激化后，王敦逐渐滋生了取而代之的政治野心。他一直不敢贸然起兵，主要是畏惧两位同样掌握军权的外藩：梁州刺史周访和豫州刺史祖逖。
周访升任梁州刺史是在建武元年（317）十月。当时在荆州竟陵（今湖北潜江）地区有一个以杜曾为首独立的武装力量。杜曾曾多次打败过陶侃，并北袭襄阳（今湖北襄樊）、宛城（今河南南阳），使王敦派去的荆州刺史王廙无法进入江陵。时任豫章太守的周访受命救援。在沌阳，周访以少胜多连败杜曾，得封梁州刺史。太兴二年（319），司马睿以王廙在州滥杀引起民怨为由，将其调入建康，改派周访为荆州刺史。王敦害怕周访据大州对他构成威胁，遂自领荆州。当初，王敦惧怕杜曾，曾对周访许愿说，如能擒杀杜曾将荐举他为荆州刺史。就在司马睿调王廙入京之前，周访攻灭了杜曾，但王敦并不履行诺言。周访对王敦的出尔反尔，食言而肥，非常气恼。他在襄阳努力务农训兵，修养生息，伺机对王敦进行报复。
祖逖打败石虎收复谯县后，陆续降服了许多中原坞主和割据武装，黄河以南的土地皆归晋有。祖逖士马强盛、粮储丰足，随时准备推锋越河，扫清冀朔。祖逖的兵力虽然全部集中在北方前线，但是他的威望和影响却对王敦有着巨大的震摄力，使得王敦不能不有所顾虑。
太兴三年（320）八月，周访病死。王敦消除了一块心病，遂起用沈充、钱凤等人积极谋划起兵前的部署。
与此同时，司马睿一面继续排斥王导，削弱他的实际权力；一面努力布置对王敦的防范。这年年底，他拒绝王敦以沈充为湘州刺史的请求，派遣宗室谯王司马承出镇湘州。临行前，司马睿对叔父讲，王敦图谋不轨已经公开暴露，惠皇帝受制于强臣的命运，离自己不会太远了。湘州据大江上游，控驭荆交广三州，位置十分重要。他希望叔父去那里能够牵制王敦的行动。鉴于东晋政府的绝大部分军队皆掌握在各地的外藩手中，司马睿迫切地需要扩建能为自己所用的军队，以对付王敦。大兴四年（321）五月，在刁协的建议下，他下诏调发沦落到扬州地区大族家为奴或者为客的北方平民，免除他们的奴客身分，编入兵籍。司马睿将他们分别配给亲信刘隗和戴渊所统领的军府。为保证诏令的顺利执行，司马睿颁布了给客制度。给客制度是在西晋荫客制度基础上，根据东晋社会的实际制定的政策。给客制度除对第一、二品官职荫佃客户数的规定比旧制有所减少外，以下各品皆有大幅度的增加，如第三品由原来的十户增至三十五户，第四品由七户增至三十户，最低的八品、九品也由原来的一户增至十户、五户。给客制度保留了旧制的荫衣食客人数，又增加了荫典计人数的规定。给客制度进一步明确了“客皆注家籍”，“皆无课役”，“其佃谷皆与大家（主人）量分”（《隋书·食货志》）等规定。给客制度再一次从法律上肯定士族地主私占人口的权力，反映了东晋时期士族地主的强大以及皇权对它的软弱和依赖。当然，这一制度同样反映了地主国家同地主分子在劳动人手方面的激烈争夺。因为司马睿颁布给客制度的主要目的是限制大族对国家人口的过度侵吞，并把他们超过规定的私占人口强征为国家所有。通过征客为兵，司马睿得到了大量的兵员，配给刘、戴两个军府的人数各在万人以上。由于这一措施使许多大族蒙受损失，引起他们普遍的怨愤，以至后来在王敦兵犯宫阙之时，这些人大多持默许的态度。当年七月，司马睿以尚书仆射戴渊为征西将军、都督司兗豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；以丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史、镇淮阴。戴、刘二人假节领兵出镇，名义上是对付北方的少数族，实际上是司马睿在继司马承出镇湘州后的另一防范王敦的重要军事部署。
在戴渊为都督的四州中，包括祖逖所在的豫州。朝廷对祖逖在北方所受的艰辛向来不闻不问，而在披荆斩棘收复了大片河南领土之后，却派人对他进行管辖，这使得祖逖怏怏不快。他认为，戴渊虽有才望，但由于是江南人，素无宏图远见，对北伐事业既会不关心，也可能不理解。特别是祖逖得知王敦与朝廷的矛盾已是一触即发，戴渊出镇是专为对付江州而来时，更感到灰心丧气。祖逖预感到，东晋将有一场内战，北伐事业难以成功了。他悒愤成疾，终于发病而死。祖逖之死，使王敦如释重负。对于发动兵变，他再没有任何可顾忌的力量了。
永昌元年（322）正月，王敦以诛刘隗为名，从武昌起兵向建康进攻。在王敦为刘隗开列的大量罪状中，最主要的一条就是取奴为兵。显然，王敦以此争取大族对他起兵的支持。王敦声言，他身为宰辅，不能坐视刘隗误国。他还指斥司马睿“弃忽忠言，遂信奸佞”，并表示，不杀刘隗绝不罢兵，“隗首朝悬，诸军夕退”（《晋书·王敦传》）。在王敦起兵的同时，他的心腹沈充从吴兴起兵进行响应。
三月，王敦带兵行至芜湖，复上书司马睿要求惩办刁协。司马睿一面命令刘隗、戴渊还军保卫建康，一面下诏讨伐王敦。
王敦突然起兵，给王导带来很大困难。他每天一早就带上兄弟子侄在皇宫门前请罪，以避免举族受诛。
在周f 的申救下，司马睿任命王导为前锋大都督，同时，他加封戴渊为骠骑将军，周f 为尚书左仆射，王邃为右仆射，分别统领军队。司马睿又加封周札为右将军，与刘隗分别守卫建康城的两个军事要塞——石头城和金城。司马睿还授以梁州刺史甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆梁二州诸军事的职务，改调陶侃为江州刺史，命令他们各率所部攻打王敦的后方。
王敦的军队到达建康，周札不战而降，石头城落入王敦之手。司马睿连派刁协、刘隗、戴渊等人反攻，结果都未能成功。
王敦攻入建康后，对司马睿不理不睬，却放兵四处劫掠。司马睿的人身安全受到威胁，他派人转告王敦说：“如果你没有忘掉朝廷的话，请马上息兵。你要有别的打算，我可以退居琅邪国为你让路。”司马睿见到败退回宫的刘隗、刁协，拉着他们的手，痛哭流涕。他亲自准备了马匹、人力，催促他们逃走。后来，刘隗逃奔到石勒那里；刁协则中途为人杀死。不久，在建康之外反对王敦起兵的各路州镇也陆续遭到失败，湘州刺史司马承、梁州刺史甘卓先后被杀，陶侃则退回广州。
王敦控制了朝政。他先后将戴渊、周f 等人杀死，并“改易百官及诸军镇，转徙黜免者以百数，或朝行暮改，惟意所欲”（《资治通鉴》卷九二）。他还把司马睿软禁在宫中，取消了人身自由。四月，王敦退军还武昌，临行前又在京城设置了留府，以控制朝廷。不久，王敦加领宁益二州都督，并把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。在王敦看来，改朝换代已是唾手可得的事情了。
永昌元年十一月，司马睿由于极度痛苦，心力交瘁，病死在宫中，时年四十七岁。
马司睿死后，其子司马绍嗣位，是为明帝。明帝即位后二年，依靠其他大族的支持，将第二次起兵企图篡夺帝位的王敦击败。
司马睿是中国封建皇朝中最少权威的一位开国之君。他之所以能够称帝于江南一隅，不是凭借他本人的权威或者实力，而是因为他出身的西晋皇室在当时已成为汉族政权的象征。只有在这一旗号之下，北方的大族才能在江南立足，南方的大族才能■■来自北方的各种势力。在拥立司马睿的大族中，琅邪王氏的势力最强，影响最大，在司马睿建立东晋朝的过程中，他的所有政治活动和各项政策都与王氏家族的关系极大。后来司马睿试图摆脱扶植者对他的控制，但是由于双方力量对比悬殊，这种努力不但没有成功，还终于引发了王敦之乱，导致他的受辱身亡。
第二节王导①身世西汉时期，琅邪临沂县（今山东临沂）住着一家王姓大族。远祖王吉好学明经，西汉宣帝时征为博士、谏议大夫，出任益州刺史。从此，王家渐渐发迹，子孙代代为官。传至第八代，王家又出了个远近知名的孝子，名王祥。东汉末年，中原战乱，王祥扶老携幼，举家南迁庐江，隐居二十余年，直到后母谢世后才出来做官，其时已年近六十。因为他出身高门，又以孝道扬名，故官运亨通，从扬州别驾很快升为大司农，晋武帝时官拜太保，荣登三公高位，进爵睢陵公。弟王览也先后作过清河太守、太中大夫、宗正卿、光禄大夫等高官，赐爵即丘子。西晋末，王祥族孙王衍又累官至司徒、司空、太尉，是朝中数一数二的头面人物。西晋一朝，王氏家族冠冕盛门，声势显赫。王导乃王览之孙，王裁之子，是王氏大族中的第十代。
王导（276—339）字茂弘，小名阿龙，从小有远见，才智出众，度量宏大。十四岁时，陈留高士张公见他相貌不凡，惊奇地对他的堂兄王敦说：“此儿容貌志气，真是将相之才！”初袭祖父爵位即丘子，司空刘寔推荐他为东阁祭酒，朝廷让他作秘书郎、太子舍人、尚书郎，他都谢绝了。后来，作了东海王司马越的军事参谋。
投靠司马睿王导自幼跟随父兄周旋于司马氏皇室之间，与琅玡王司马睿的关系尤为密切。晋惠帝时，皇室内部爆发了一场大混战，史称“八王之乱”，王导知天下将乱，遂一心推奉司马睿，暗怀中兴晋室之志，司马睿对王导也特别器重，两人如同挚友。当时洛阳战火纷飞，一片混乱，王导多次劝司马睿离开洛阳，回到自己的封国去。不久，司马越命司马睿为平东将军、监徐州诸军事，出镇下邳。司马睿求之不得，立即请王导担任司马，委以军事。王导尽心竭力，军谋密策，知无不为。永嘉初年，司马越又以司马睿为安东将军、都督扬州江南诸军事、假节，镇建业。司马睿以安东司马王导为谋主，推心置腹，委以重任，事事都要征求他的意见。
联合南北士族司马睿移镇建业后，三吴的大族豪强都不肯依附，过了一个多月，士大夫们一个都没来，王导十分忧虑。正在这时，王敦来到建业，王导赶紧与他商量说：“琅玡王虽有很高的仁德，但是知名度不高。兄的威风远扬，应该予以匡助！”三月三日这天，王导利用司马睿要去水边观禊的机会，精心准备了一副肩舆，让司马睿高高坐在上面，派人抬着，两旁排列仪仗，自己与王敦等名流骑着骏马紧紧跟随，前呼后拥，好不威风。三吴大族中的代表人物纪瞻、顾荣等人目睹此状，又惊又惧，一齐拜倒道旁。王导趁机向司马睿献计：“顾荣、贺循在本地最有名望，应该引荐他们出来作官，以结纳人心。① 本节材料主要依据《晋书·王导传》，下引此传者，不另作注。
这俩人来了，其它人就没有不来的了。”司马睿立即派王导亲自拜访顾荣、贺循，二人皆应命而至。于是，以贺循为吴国内史，以顾荣为军司马、加散骑常侍，凡军府中的大事，都与他们商量。果不出王导所料，顾荣、贺循出仕后，三吴的大族豪强纷纷投靠司马睿。
王导又带头与江东士族联姻。他曾向陆玩请婚，陆玩却说：“小地方长不出大松柏，香的薰草和臭的莸草不能放在一个容器里。我陆玩虽然不才，也决不首先做乱伦的事。”王导只好作罢。陆玩拒绝与王氏联姻，也许是三吴习俗所致，也许是对这批亡国失守之士的藐视和戒备，或者兼而有之，反正王导这次碰了个软钉子。但王导并不灰心，仍坚持与陆玩往来。一次，陆玩到王导家作客，王家用北方人爱吃的酪浆招待客人，陆玩吃得稍微多了些，回去后就病倒了。第二天，陆玩致书王导，信中说：“仆虽吴人，几为伧鬼。”①“伧”、“伧父”、“伧鬼”是南人对北人的蔑称，陆玩之言颇为幽默，也未必认真，但却不无轻鄙之情。王导是中原人士，不通三吴方言，为了加强与江东人士的感情联络，常常自学吴语。名士刘惔第一次见王导，