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继后，由于康藏众生共同恶业成熟，发生战争事变。从准噶尔方面嘉补霍台吉发动大军与藏王拉桑（即拉藏汗）藏军混战于荡地的时候，班禅生起悲心，不辞劳顿前往荡地不惜许多财物，以作调解之用，但调解无效。准噶尔军四千人直奔拉萨，藏军败溃，藏王拉桑（即拉藏汗）王臣等只好坚守布达拉。这时班禅驻拉萨请准噶尔诸军官到自己座前，面求免藏王拉桑王臣眷属等生命危险。诸军官允以此情转求嘉补霍台吉。班禅喇嘛虽出巨大财物为拉桑求情，但后来所得答覆仍须拉桑本人亲到准噶尔统帅泽仁敦珠前澄清是非后，始能允如所求，除此外别无他法等语。嘉补霍台吉覆说：“我们不顾牺牲自己的许多生命财物而发动大军的举动，完全不是我霍台吉的自愿。这完全是由于西藏一些坏人对于宗喀圣教作了很大的损害，以此心中难忍，为救护圣教的原因而发动我们的军队。只能允拉桑本人免生命危险。”班禅喇嘛仍盼能救藏王拉桑生命为念，设想许多方便，自己继续驻拉萨来营救。但后来藏王拉桑从布达拉突围而出，交锋时，准噶尔兵不识谁为藏王，以此藏王拉桑遭不幸，无法挽救。班禅喇嘛复听得霍台吉将处分西藏方面的许多要人时，想继续在拉萨驻下去，希望能救活这些人的生命。但是准噶尔诸军官都郑重地请求班禅不要继驻拉萨，速即返回后藏。因此，班禅喇嘛无法可设，只好返回后藏。那时，人们所乐求的虽是安乐，然而对于应取应舍，每多误解，以此招致很多苦因，甚至有一些被剧烈的痛苦所迫害。
班禅喇嘛对于住在苦及苦因中的浊世众生，心生忧苦而作出这样的悲哀歌偈说：
“南无姑如曼殊廓喀雅。
导师中尊释迦王，补处佛位宗喀巴，恩德无等本师前，从心虔诚以皈依。
获此难得暇满身，究竟宏愿若不修，等弃大宝取膺品，空手返回祈慈视。
观今众生盛衰相，心曲谄诳变态多，犹如虚空浮动云，虽见然不发出离。
对难信依世财富，常用贪绳以缠缚，此为蜜蜂所积蜜，自积财富被他用。
从生即入死主口，纵进恶业利獠间，仍然勤行此世欲，大义颠倒真狂者。
虽多亲眷富资财，死时撒手独自去，除佛法外无所益，资财反是地狱薪。
上从有顶至地狱，三毒业浪掀有海，应思生老病死苦，常时迫害等情况。
所有积蓄与聚合，决定分离盛终衰，生即趋向死方面，现应勤修长远愿。
显见八法善欺骗，浊世人寿如空电，阻入恶趣险处方，现应即时勤修学。
观世圆满如狱火，为利众生发菩提，勤修佛子伟大行，愿诸众生脱有海。”
此后，班禅返扎什伦布寺为各方前来聚会之无数善信人士，随其根器，不断传赐正法甘露；直至海洲，所有善信人士，都对班禅供养一切财物，或亲谒慈颜，或求法来会，班禅都令其满愿，自亦获得富拥如虚空之宝藏（言有随意的一切财物）。以此为令佛教长久住世及饶益有情起见：以金、银诸宝及缎、绫等物资铸造身之所依（身像）铜铸鎏金的所有菩提道次第承传诸师之像，并建造奉安诸像之佛殿等；建造语之所依（佛经）以纯金书写全部佛经《甘珠尔》等无量经藏；为使扎什伦布寺僧众和睦、戒精、说修骈增起见，建造意之所依（佛塔）“分离复合”塔等，难以数计之佛像、佛经、佛塔。并对各派寺僧，常时不断地作布施供养。
后来班禅听得满清将军等统帅大军已临近藏地的消息，（译者按：《清史》载：命皇十四子允禵为抚远大将军，屯青海之木鲁乌苏，治军饷。平逆将军延信出青海，定西将军噶尔弼出四川，分两路捣藏……噶尔弼招抚里塘巴塘番众，进东察木多，夺隆宗、嘉玉桥之险……用副将岳钟琪以番攻番计，招土司为前驱，集皮船渡河，直捣拉萨。）他心生大悲，不忍众生受苦，原想亲自前往劝解时，奈身染疾病，只得派遣大管家携带大量财物及班禅盖印长信前往交涉，请勿以兵戎相见，求和平解决。但以众生共业所感，终归无效。清军及青海军大队直捣拉萨，准噶尔军失败绕天池退回原地。青海方面敦真旺等许多官吏及以达赖（第七世）为首许多官吏合请班禅喇嘛前来拉萨。那时班禅身虽有病，然以一切生中达班互为师徒，誓戒有如金刚杵链紧扣不离之缘起，并希望能解救多人的生命，以此不辞劳顿应请前往拉萨。满清大皇帝所派将军等官及数以千计的僧俗人等前来迎接班禅喇嘛至布达拉宫安驻。达班两大师见面，大将军供班禅银五千两及无量珍物请为众生住世。继有色拉、哲蚌、甘丹三大寺及上、下密院等前藏各寺喇嘛首要执事人等，及大将军、青海官吏、达赖喇嘛之父亲等恭请班禅喇嘛大转法轮。达赖喇嘛也极力启请班禅大师传授一切显密法要，并特请班禅喇嘛为他作传授沙弥戒的亲教师。班禅喇嘛对这些启请都欢喜应允。于是在布达拉宫的日光旋耀室为达赖喇嘛授沙弥戒，取名洛桑格桑嘉措（义为慧贤贤劫海），继为达赖喇嘛传授《菩提道次第广论》等经教。当时，“噶伦”扎喜哲巴等许多西藏高官显宦已遭受清廷严令申斥，班禅企图拯救这些人的性命，百般设法营救，终未得救。在这时班禅眼见由于五浊滋甚，尊卑荣枯变迁特多，多数众生如堕苦海中，同时对于崇高大师、显赫名位十分灰心！他曾经这样说：“由于我对于我这高贵的名位很厌憎，我的心情变得十分沮丧！在这些时间里，总的说来，我对于轮回苦况是难忍受；我特别对于现今一切众生被五浊魔力所麻醉，生起怨亲和尊卑荣枯的幻变；由于被三毒之酒所醉狂，走到可怖的三涂险处，还在欢舞高歌，取舍颠倒，与及对于一些衰损痛苦如火如荼的行为，十分悲痛。”而作出悟道歌颂说：
“南无姑如牟尼咿扎雅。
金山晃耀相好身，超梵六十妙音语，洞察一切诸法意，悲浊世众释迦王。
佛经中说大海中，飘浮轭木有洞窟，盲龟寻遍钻窟眼，此难喻如得善趣。
我辈虽得奈福薄，生此非法黑暗区，导师能仁佛日光，已没山阴早西沉。
诸大菩萨尊者众，于各刹土等舍住，教证二种正法灯，亦如烧薪将尽火。
无边轮回大海中，三毒恶业浪汹涌，难忍之苦如猛鲸，常时不断来迫害。
拥有增上福德主，大梵帝释遍入天，未得自在狱火焚，三有之乐难信依。
富有安乐诸资具，大宝转轮圣王辈，亦难保不堕轮回，迷恋三有无把握。
前生亲眷起怨仇，此中怨仇后生眷，刹那刹那转变多，轮回世法实难依。
悦意知心诸亲友，顷刻分离感痛苦，对此常各离别众，噫嘻心中极可哀。
可羞恶语罪恶辈，刻薄吝啬所积财，虽一麻粒无权取，速往穷荒心悲痛。
业风吹送过余年，黑暗阎魔速来迎，无法逃避将往彼，可怖险处时已至。
死时方悔昔恶业，未勤作善心懊丧，罪恶重担肩负往，中有险处孤独忧。
由彼可怖阎魔力，引至难忍狱火中，受尽无间燃烧苦，无法可设以脱离。
直至不趣轮回间，浪游三界轮回时，纵已获得善趣身，彼仍未离苦自性。
四百颂中有颂说：‘诸智虽获增上果，仍同地狱可怖畏，何时亦无乐可言。’
从始世间险途中，生老病死恶业力，有如旋轮常轮转，剧烈痛苦岂可忍。
有为无常如秋云，诤劫人寿似闪电，亲友欢会如商旅，财物受用蜂积蜜。
邪见人们心狂乱，贪嗔害意与欺诳，作诸非法不善业，堕入地狱定无疑。
浊世僧众被魔迷，由贪骈长心颠倒，喜作骄横具财势，王臣权贵等之仆。
身著蒙装悬刀剑，极恶凶狠遍侦游，喜食血肉贪杯酒，安置众生痛苦中。
六道难忍诸痛苦，如此人身全俱足，安乐园会之众生，能修佛法如晨星。
现应觉悟轮回性，无义可言正好修，决定志趣成佛愿，正好忏净免悔迟。
轮回难忍如牢狱，应离贪著世富心，依有惭愧之圣财，勤修获得解脱方。
苦恼众生皆我母，慈恩难量抚我身，痛苦常迫害诸母，如我实难作饶益。
上师佛尊诸菩萨，祈念发心诸誓戒，对我无怙诸众生，祷师佛尊作怙主。”
继后，班禅喇嘛续传达赖喇嘛以上次未传完的《菩提道次第广论》及《宗喀巴论著拾零》、《坝日百法随赐灌顶》所有范本经教等广大灌顶、经教、秘诀。继因班禅喇嘛身体十分劳顿，以此对各方前来求学诸人，只结少许法缘，没有作广大传授。班禅喇嘛继愿起程返后藏，于是对达赖喇嘛复传授了《江丝护法神随赐灌顶》，并详细地嘱咐达赖喇嘛应发心弘持宗喀圣教，主要是严持戒学，暂时宜精勤闻法。效法宗喀巴大师遗风德行，这样畅谈后，也就起身回后藏。随即安抵扎什伦布寺，对寺中僧众及静修僧伽，复赐摩顶加持，并传授甘露正法。
此后，在癸卯年六月初十日，班禅喇嘛寿满六十一岁，扎什伦布寺措钦，大纠察师噶钦．邓珠嘉措启请班禅喇嘛慈悲允赐本寺海会僧众以一种大灌顶，并请观察讲授何种甚深法要。班禅喇嘛认为：“过去对大会僧众虽是已传授过密集、胜乐、能怖三种大灌顶，但是阎曼德迦红黑二种大灌顶的法传，现今是十分难得。特别是我的云增师父索朗扎巴（义为福称）的遗嘱中说：‘将来须得对本寺大会僧众传授阎曼德迦红黑二种大灌顶。’我愿圆满上师意旨，以及饶益文殊宗喀圣教法传，现在我允传授阎曼德迦红黑二法大灌顶。”就这样班禅欢喜地应允后，即于初十日对三千多僧众传红色阎曼德迦加行灌顶；十一日传正行灌顶；于十七日传黑色阎曼德迦加行灌顶，十八日传正行灌顶。并渐次对大地诸方隅所有具信人士前来朝拜欲求正法甘露，特别是来求传授出家比丘戒的，都接连传赐。中间有一段时间为帕巴拉活佛传授沙弥戒，及能怖金刚大灌顶等许多法要。
继于丙午年达赖喇嘛为圆满多闻灌顶、教授、秘诀等法的心愿，启请班禅喇嘛启程来前藏。班禅喇嘛虽年岁已高，身体衰迈，但是想到文殊宗喀巴上师圣教法传，遂不顾疲劳，来到前藏。那年的四月十五日，在拉萨幻化佛殿释迦牟尼佛像前，为达赖喇嘛洛桑格桑嘉措授比丘戒，使成为圆满佛教之主。班禅喇嘛继驻布达拉宫极乐殿室中，续为达赖喇嘛传授《密集不动金刚三十二尊大灌顶》及加行等大密续海精要深法，并详细传授《鲁亨巴师传胜乐六十二尊大灌顶》及加行等法。达赖喇嘛洛桑格桑嘉措对班禅喇嘛深具信仰，再三请求班禅喇嘛最好能在拉萨驻锡几年，以便能圆满传授所有灌顶、经教、秘诀等；最低限度盼能在拉萨驻锡十个月以便观察选传灌顶、经教、秘诀。二者以何为宜，祷班禅喇嘛慈悲应允其一。班禅喇嘛答道：“我原想尽我所知道各种教授，都传给达赖喇嘛，奈因我僧腊已高，身体病弱，现在只好请求让我返后藏。”一般凡俗众生从表面看来班禅喇嘛确因身体病弱，不能在藏长住下去。但许多大德说：实际上是班禅喇嘛慧观预知卫藏将有大乱到来，驻在前藏没有好处，才想须得赶快返后藏的。班禅喇嘛于是接见了所有汉、藏、蒙等族难以数计的信众，虽是仅悲心一视所有尊卑人等，然已为众种下解脱种子。
班禅喇嘛渐次抵扎什伦布寺后，对于常住及各方前来求学之无数具信僧众，不断地传赐比丘等戒，负起了弘持圣教主应负的责任。关于这一情况，班禅自己曾经这样说：“从己丑年到本年以来，我完成了所有求授别解脱戒诸人士的愿望，对于服务佛的圣教和利益有情来说，是做出了一些事。这正如月称论师所说：‘异生有情与声闻，善证独觉及菩萨，其解脱与增上因，除戒律外无其他。’所以许多佛经及经论中都说戒律是一切功德的根本与生源。依此戒源所有次第而来弘持无等正等圆满佛陀教义的印藏善巧、戒严、贤良诸大德，负起亲教师、阿阇黎的责任，才对于佛教作出了如日照雪山那样的光辉事业；并对于安置众生于利乐的善道，发起愿行的大心，不染名利恭敬，努力做好亲教师和阿阇黎的事务。以此间西藏地区来说，我大多引导由发出离心而进入佛法之门。求学解脱的大、小、中规模的会众，渐次发展到百千万数。对于无等释迦圣教，尽了敬奉之道；对于一切有情，勤行了生起利乐的事业。我想这些事业，算是我一切事务中最胜的事业。”班禅喇嘛还作有与上相同的悟道歌颂：
“索底嚩扎坝雅。
悲怜三界众生苦，圆满无量二资粮，人天众之无上师，他师无匹戒律藏。
对不识众爱如母，离增损戒如命本，能生有寂之树本，善住释迦顶上尊。
从谁喉说真实语，无边显密经海中，增上解脱胜稀有，万善生源赞戒学。
不顾疲劳从诸方，具缘求法诸佛子，彼等心中迦罗舍，梵行戒律甘露满。
具足贤缘应化众，进入佛陀圣教门，愿具戒律严僧幢，勤奋修学持戒精。
出离学如玛莱雅，所生檀香喻戒芬，消灭苦众热烦恼，又如点铁成金术。
能仁制戒约法中，开、遮、行三如牦尾，爱惜守护具净戒，堪受众赞为无上。
佛教心藏别解脱，守誓梵行具精严，持戒僧侣如麻荚，随生遍蔓于大地。
愿我生生世世中，不顾生命与一切，护持佛陀诸善道，日益增长成殊胜。”
继在丁未年，由于西藏众生福薄，圣教多灾，发生大乱时局，计约两年的长时间里，西藏地区一变而