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继后，克珠．桑杰耶喜在冬季法会中去到扎什伦布，进入教理学院时，这位大德心中具有的教理二种学德，已如丰盛喜宴，受到所有善巧优学人士的欣悦。他直到年满十八岁的期中，在冬春二季大半研习因明，夏季里多半研习中观。以此他对因明、中观二种中所有难义显达无余。那时，上师格敦洛桑正任妥桑岭寺的讲师。这位上师也观察到桑杰耶喜将成为教理俱备的大师，也就在他年满十八岁的冬季里，吩咐他对于中观作一总温习。他依师命很好地精研经教，在两次冬季法会的期中，他当著妥桑岭寺僧伽大众聚会的当中，屡立中观宗。他年满十九岁的正月上旬，他在贤劫大院有扎什伦布寺堪布和阿阇黎及僧众俱同聚会的当中，复立中观宗。从侠哲方面来有一位善知识，是著名的善巧优学者，来和他相辩论时，他毫不惊恐畏惧，宣说出依教与理的吼声，终使对方理穷无言对答，获得尊胜诸方的美誉。桑杰耶喜复对于《毗奈耶》及《俱舍》等经论更进精研，以此他的才智见地，更是宽广而无碍。特别是对于《辨了不了义善说心要论》中所有句义，内心透达无余，善演其义而施正法甘露，令所有智士皆得饱满。继后到了年满二十五岁时，于伯柯邓清（大乐轮寺）大寺院，聚集有众多善巧优学海会中，立四难论宗之辩场，法音广播，令各方来集所有善巧人士静聆法音心悦意足，一致赞叹这位大德的大善巧成就功德，别无异言。
此后，这位大德因上师绛央洛桑的劝勉，主持扎什伦布寺清净学法规则，在清净学法规则的清凉光辉，平等普照的当中，一切法院君陀花极为旺盛犹如圆劫时，同时财物承事亦善使僧众悦意。后来，做扎什伦布寺堪布时听受许多显密经教，感觉内心胜解随而广大。复到雪域却迫寺大讲经院班钦大师邓约绛称（义为不空幢）座前，求授所有修菩提心经教承传，特别求传菩提心七义论修学导授等许多法要，从春季法会直住到秋季法会。然后仍返扎什伦布。继谒上师格敦洛桑座前，他恰适合格敦大师将派遣前往温萨寺，于修行自在王温萨巴大师前上书，请求传授密集导修剖解教授，以及格敦大师求开示现今与将来应如何作事的教诲等差事的使者。桑杰耶喜大德得到上师这种差事的派遣，他十分欢喜地去到了温萨寺，当即顺利地获得与温萨巴大师见面。送上贽见礼物是一只很精美的水壶。当时，温萨巴大师对于他人供上任何财物，向来是不收受，但是由于观察预知这位大德将来能绍承他的法王之位，而特别欢喜地接受了供的水壶。桑杰耶喜一见温萨巴大师之面，内心感动而生起无量敬信，当即请求慈悲施予法雨。温萨巴大师对格敦洛桑未表示允赐甚深教授，桑杰耶喜仍返扎什伦布。
此后桑杰耶喜大师深想进入金刚乘圆地。如宗喀巴大师所说：“趣入圆满佛果道，金刚乘与波罗密，有此显密两乘中，密乘胜超密多乘。共称两乘如日月，乐许此语如真言，于甚深乘如何说，不求此乘无智人。如此若算作智者，有谁较此更钝根，万难值遇无上道，忘求抛弃堪悲叹！以故应于佛胜乘，较佛尤稀金刚乘，二悉地藏甚深道，愿入长时励力修。”桑杰耶喜大师他想到较佛出现更为稀罕的金刚乘，在这仅一次遇得机会中，如果不研习金刚乘道勤修心要，那将空过此暇满人身。他于是生起意乐，想去到住持文殊宗喀巴大师密法宝藏源地，即具足吉祥密宗下院。于是先在法王上师格敦洛桑座前，禀明动机，求得允许后，起身路过温萨寺时，复到温萨巴上师前，请求允许，并祈加持消除灾障及允许将来回到师前依止。继续上道而来到前藏，先朝礼色拉、哲蚌两大寺及拉萨所有圣迹，然后转到格敦朗嘉岭（简称格敦寺三大寺之一，义为具善尊胜洲寺），于是顶礼于密宗下院阿阇黎多杰羌朗喀扎（义为虚空称）座前，依敬信力与自己常具精进力，研习密续之王《密集本续》句义的真实性，未经多久即能领会通达。进入密宗下院以来为时不到一年，由于常时接触冰凉泉水寒湿浸足，发生足疾已感痛苦，暂时当以就医求治为要，万幸经过不久的医治，病苦消除，身体也就很好地复原。继续在密下院依下院作风很好地将胜乐、密集、能怖三种修法，以及曼陀罗仪轨，护摩等事相作法，舞蹈、测绘、赞音等都学习得很透达。然后返回后藏，到了妥桑岭寺法王格敦洛桑座前去顶礼时，法王说道：“哦！我的渊博侍者师回来了。这是再好没有！我在这里嘱托吉祥天女护我的渊博师返回后藏来，因为继续在前藏住下去，将有灾害。”这样的情节，恰是桑杰耶喜大德发生足疾的时期，到得足疾好后，心想返回后藏的时候，有一晚上，梦见来一年轻女子说：“这下事已办就，当回后藏。”看来是与梦征相符。
此后，大德桑杰耶喜去到温萨寺，他心行两方面都很好地依止温萨巴大师，听受了一切诸佛所趣入之唯一要道，龙树无著二大车轨之准绳，具德阿底峡尊者及第二佛陀宗喀巴大师的心髓──菩提道次第导修耳传教授口诀、消障增益等法。他依止在温萨巴大师座前，也不为养生资具而去努力，心中也没有一点此生世间的牵挂，住苦行中长时专修，以此获得上师如父爱子那样对他喜悦非常。那时，克珠．桑杰耶喜经三年时间，主要修下士道，获得不须用功，任运成熟后，下士以上诸道次第也很快地从心中生起。这是温萨耳传法流承传诸师的著述中所说的。继此，大德桑杰耶喜对于所有生死轮回生起厌离的真实出离心，进而想取受佛教的内藏具足毗奈耶学事的比丘戒，以此情节禀于温萨巴大师，依温萨巴大师的记别，请求香垛增善山寺成就自在大师却勒朗嘉（义为诸方尊胜）为作亲教师，邓扬阿阇黎法王格勒（义为福善）为作羯磨师，诺顶．法王释迦伯桑（义为释迦德贤）为作教导师，以及足数的具信僧伽当中，受得具足戒，得到增上戒学的净水充满意海，而成为所有众生利乐之基，无上供养福田。此后，克珠．桑杰耶喜在修行自在师却勒朗嘉座前，听受纳塘百种随赐灌顶及传经，以及噶当派四尊随赐灌顶，无量寿九尊及毗卢遮那灌顶等许多正法。继即返回温萨寺一心专修。特别在温萨大师前，请求在近处修德加被之下，于温萨寺下面的净室中，闭关专修《能怖金刚法》。有一时间将所修次第修毕，已接近半夜，在就寝的时候，他的身体发生很冷的感觉时，清楚地发现上师温萨巴洛桑邓珠坐在寺院门中，以其大氅的上端盖覆他那冰冷的身体，以此身中自然地燃起了无量暖乐。又那时，发现有一大如手掌的带角蝎子，看来十分可怖的样子，向著自己的面前行来，当即不作爱憎，等舍安住时，蝎子的两角生起如烧柴的火旋，桑杰耶喜大师不禁失笑，当时这种现象即自行消散。又那一段时间，桑杰耶喜大师生起一种一切现象都现见为魔的境相。心中很不喜悦。有一晚上，温萨僧院有一乳牛，从院门开处，直奔他的静室而来，撞在他的胸间，胸部顿时红肿起来。据说经此一撞心中不喜悦的修境，也就完全消失。总之，那时，任是现出瑜伽行者相，以及飞禽走兽等各种身相来到他的面前时，这位大德自己生起本尊佛慢，及住坚固三摩地中，持诵密咒，刹那也不散乱。以此所有那些现象，都如虚空中的烟云自行涣散而消灭。桑杰耶喜大德将这些情形请问于上师温萨巴大师时，大师说：“对于这些现象，不应当惊恐。因为比这些现象更可怖的如猛虎、起尸等也有来的时候，这种更可怖相来时，那又有什么？”总说起来，那时这些稀有现象，是获得本尊加持的稀有现象。
桑杰耶喜大德专修能怖金刚圆满出关后，继在温萨巴大师座前，请求传授了贡波护法十三大法的随许灌顶，以及贡波法要珍本传经等所有贡波护法法门，阎摩法王内、外、密三法修法随许灌顶等整个法门。密集、胜乐、能怖三尊四种灌顶及所有导修讲义、作规等共与不共殊胜教授等。菩提道次第广略两论传承诵授及精讲等，共与不共两种长寿灌顶及导修讲授等。宗喀巴大师修法门类不共诸法要。圣十一面观音随许灌顶、观音法三要、村布师传观音法导修剖释等所有观音法门。节岗师传马头金刚随许灌顶修法等及传经、二十一字经教念诵传授。克珠大师（即克珠杰）所著正见讲释传承诵授。佛子洛卓坝巴（义为智隐）所著正见讲释传承诵授。皈依导修讲释共与不共次第等。觉法（施食能断法）所有法要。六座瑜伽等法。总凡所有本尊，具誓护法等多尊随许灌顶法门等及施食供法承传诵授、所缘次第等。以及花、石、水等餐精法传承诵授等无量深广诸法，并增习种种事相传规作法。这样大德桑杰耶喜成为殊胜教授大法藏海。并且从受三种律仪以来，对所有制戒如爱护眼珠，刹那也不放逸，用正知观察而修得清净圆满，同时对修止观双运及生起次第已达究竟，获得了乐空无别殊胜三摩地。因此他的内心唯一生起的想法是：现在我当强制断除此生烦扰，尽寿专修。大德桑杰耶喜自著中也这样说：“那时，上师座前，我未禀明我的想法：是自己已经如愿得到正法，并获得不共的诸教授。现在还做一位随顺在人与人之间的修行人，由此而生五花八门的现象，实在没有意义。以此影响获证。”
此后，西藏藏王仁绷瓦王臣等发来盖印文书，迎请大德桑杰耶喜去做格迫寺堪布。大德桑杰耶喜由于多生志趣喜住寂静处所专修，以此不允接受这种职务，后来以温萨巴大师之命难违，不由自主地应许暂做堪布一职。于是在吉日良辰，登上过去一切智大师协饶伯桑创建的祖寺香垛．日窝格迫寺的法座，为一切求法诸人，广施法雨。这些事务刚一就绪，上师温萨巴大师足部被刺扎著而发生严重病情，接近示寂之前，观察到大德桑杰耶喜堪以绍继自己法王之位，于是命迎请得意弟子桑杰耶喜前来，授以对人天大众转深广耳传教授法轮之法王权位。不久成就自在王温萨巴大师也就示现圆寂。对于上师示寂后应办佛事，大德桑杰耶喜主持诵经修法及财物供施等事，办得心满意足。特别在温萨寺内，就将温萨巴大师常住静室不加改修作为奉安肉身之所。所有大殿、护法殿、僧院等处都陈设诸供、由能供、所供、供物三轮皆空之法门而常作供养，为使温萨巴大师宏愿长辉，将大师肉身供奉在大师常住静室中。从墨塘笔脱嘉补（笔脱酋长）那里而来的法王洛桑嘉措（义为贤慧海）师徒等人，复以诸宝研末和合药泥塑造了温萨巴大师身像，极为美好，具足加持，为众欢悦。此像内脏，装有如来舍利及前辈许多大德遗骨与舍利、发衣等无量加持物。供师肉身静室所有墙壁上，绘画与上师本尊瑜伽次第相符的密集、胜乐、能怖三种本尊，及欢喜金刚、时轮诸尊身像，其上绘有各各承传诸师像，其下绘有各各本尊的护法等像。在静室绘塑诸像竣工，以及大殿盖好殿顶的当中，恰与众生导师，五百圣德之顶上牟尼、雪域怙主、一切智达赖索朗嘉措来到后藏的盛缘相逢。当即迎请一切智索朗嘉措来到温萨寺中，作开光法事，感得大降花雨的瑞相。一切智索朗嘉措也俯首接触温萨巴大师肉身，作了很长时刻的祈愿后，生起无量敬信，并瞻仰新塑温萨巴大师身像时，见为能怖金刚之像。克珠．桑杰耶喜跟随一切智索朗嘉措座前服务而来到扎什伦布寺，获得在佛座前听受二十一度母随许灌顶，以及《噶当法笈》中几品经教的传经，和复师传来的贡波护法三法的随许灌顶及不共施食大供，会供等教授所有经教传诵等许多法要后，才返回温萨寺将未完诸事，完全续作成功。中间有一段时间，桑杰耶喜大师去到修行自在大师却勒朗嘉的座前，听受《时轮》前几种灌顶，及其他许多法要。复到朗弥寺传为绛央勒比洛卓（义为妙音善智）转世的大德，通称为朗弥大师的座前，又听受了许多正法。此后，从墨塘来的法王洛桑嘉措师徒复承担出资绘画大殿所有墙壁事宜。当绘画洛桑邓珠（义为慧贤义成，即温萨巴大师名讳）大师身像白描草图时，也就发现昼夜灯光不熄（譬如灯油只能亮燃半日，而此时能燃亮到昼夜不熄）的许多瑞相。克珠．桑杰耶喜大师在梦中，梦见这尊上师绘像，对他讲了两次话。在这样努力之下，善巧人士都生喜悦的壁画得以完全竣事，真如如来出世所有众生一见皆生欢喜。然后作了广大的开光法事庆会。从此文殊宗喀巴大师耳传圣教永不衰退，弘�