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继后，在绛秋隆寺过冬，为那里数百显密三藏法师宣说《密道次第》。到了夏季前往吉学的色拉寺修夏安居，一切资具供养，都由“勒乌”官家，敬信供施。在那里闭关专修，为众讲授了《密集五次第》，及《春点》等密法母续中圆满次第的一些要法。在这里，克主．玛尾利玛格勒伯桑（义为善成说日福善德贤，即克主杰）拜谒宗喀巴大师。在这里大师应多数人士的劝请，著作了《中观本论广释》。当细研论中精微的难义时，对于一些极细的智理，略感一时难决所疑，大师于是猛利祈祷上师即文殊本尊；感得有一时间，常常看见空中显现起般若经中二十空性的主要理论的金字，灿烂庄严，以此对于极微细中观智理所有疑难，不须用力，完全消除。继此，大师来到惹喀扎寺，著作《辨了不了义论名善说藏》。又在色拉却顶著作了《中观广释》。
那时，大明成祖对宗喀巴大师生起大信心，致书并供无数礼物；为在中国广种福田，及对广大众生普降法雨，派遣了四位大人为首的很多使者来藏迎请大师。最初大师避住寂静处所，没有与使者们相见，后来藏王扎巴绛称（义为名称幢）为首，联合藏官朗喀让波等，以大明来使屡次哭求一见上书大师，于是大师来到色拉，允见使者们，并纳受供礼。大师对使者们说明到中国内
地障难大利益少的种种原因，特遣大弟子绛清却杰（义为大慈法王）同使者们返回内地。
此后，大师在色拉却顶，为数百三藏法师大会，讲授《中观广释》、《辨了不了义》、《四百颂》、《密道次第》、《十四根本戒》、《事师五十颂》等法，并讲《菩提道次第》。此后，会集桑朴、德瓦金（极乐寺）、嘎、厥、树三寺的法台，及汤萨巴的退位法台等所有三藏法师六百多人修夏安居，由勒乌官家作施主，圆满承事供养一切资具。这样情况之下，在色拉却顶住了两年，度过两次修夏安居。继后，藏王扎巴绛称（名称幢）殷诚劝请，大师应请来到吉默区的仲布隆寺，随师而来的善知识约五百多人，一切用费资具，都由藏王供养。此外，各方前来闻法的僧众，到会人数约有千人。大师也就在那里过冬，为众广讲《菩提道次第》及《鲁亨巴师传胜乐修行方便》，与母续中圆满次第等要法。
此后，大师为令此间西藏佛教长兴缘起，对于法王松赞岗波在藏所建佛教圣地──拉萨幻化寺的寺庙建筑及佛像等都培修一新。计从丑年正月初一日兴工，一直修到十五日神变节（释迦如来示现神通之期），大师作正式供养大会。大师在大昭寺释迦如来像前，供上纯金制造五佛冠，上嵌珠宝美玉以为庄严；对不动如来，及十一面观音像前，供银制美妙庄严佛冠。又于释迦像前供银制大钵，又供与钵口大小相合的银曼陀罗等。在释迦像及不动如来、十一面观音等像前，于神变节中，每天供涂面金一次，初八及十五两日，则全身都供涂真金。又供以释迦、不动如来为首一切出家相佛像，以三衣资具等各一套；供一切报身佛菩萨及十六佛母，并明王、护法等像，以天衣、彩裙等各一套。又在大小殿堂顶、檐、角等处，彼此牵绳连接，悬挂幡、彩、铃、拂等种种庄严。又于外围大道，竖高大木柱，悬挂广大缯幡，幡顶随其方位，供置彼方护方神像，并在幡上书写彼护方神咒。十五护方神，一一形色依彼方位善为安置后，每日晚间，在幡下供台之上，依仪轨供护方供食。在这些方位中间，还竖立大白伞盖等幢，都依各各仪轨来造作。这些大幢，互相用绳牵连，悬挂铃、幡等以为庄严，俨然像彩霞满空。
此外，就在白天，在内廊下也供灯四百盏，中绕道中供灯百余盏，在外围绕道，面对释迦佛像的前方，设置一方形大石灯，每边约长一丈五尺，石灯中竖立一大灯炷，满注酥油，当此灯照耀时，光遮天色；又用很多大形陶缸，满注酥油，中竖如人臂粗灯炷，陶缸一一相接不断，绕外围以供。此外又在惹谟伽、鲁普、布达拉、贡塘等处也供很多明灯。在晚间，中绕道墙边，及外围绕道更增设多数灯盏灯光闪耀，令人目难久睹，只能得见灯光遮空，天色红晕外，难见星月光辉。每天供水，更换百余次，水中都注以红花汁，用后红花余渣每天都有一斗，又供香幢（香扎成的幢）、香伞（香扎成的伞），及多数香炉中燃烧起名香，妙香袅绕，遍及一切方隅，香气浓馥，昼夜不散，香烟迷漫，上升天空如云满布。甚至外围各道上，也用香水遍洒，他处更不用说了。又供神馐供品，高约二三尺，上贴七宝酥花庄严一百零八，每日一换新制供品。在大酥灯左右土台上，供设著神馐供品，系用四百克糌粑制作，仍用无量酥花庄严。所有换下的旧供品，施贫困者和乞人。又供有无量各类供品，及七宝供等无量庄严诸供。
这些供物，每天都由宗喀巴大师运用密法手印及定力来作加持，依显密经教仪轨修法供养，并猛利发心清净启愿圣教隆昌，众生安乐。大师为诸僧伽及大众每天讲说阿阇黎圣勇（即马鸣）所著《佛所行赞》一座。那时，来赴宏愿大会的一切众生内心油然生起调柔、净信、喜悦等依他而起的功德，昼夜勤行闻法、礼拜、绕佛、发宏愿，诵密咒等善业。每到夜半，在外围道绕佛者，仍然不断，只是比白天为数略少；诸道中绕佛经行者，是没有断绝的。由这样发不可思议宏愿之门，而使圣教复兴，众生安乐。当时，大师净修功德中发现很好的瑞相：在梦中见拉萨附近一带有无量大众集会而出，都向虚空腾升而去，问这是何原因，答道：“我等这般供养释迦如来，都获得上升大梵天界。”这也如同过去释迦世尊在印度舍卫城示现大神变时节，成熟应化众生那样，这里也成熟和解脱了无量人天众生，令诸有情断离恶趣，步入增上与解脱的大道，并使圣教，有如释迦再世那样的宏昌。
那时，有藏中很多住持圣教大德，及不少的大小施主，再三启请宗喀巴大师建立一座可以与众常住在一处的寺庙，大师也想到为了利益将来圣教法流起见，应允了请求，也就在大昭寺释迦如来像前，祈祷观察建寺的地方，何处为最好？同时想到秘密主尊对妥扎大成就者南喀坚赞记别道：“灌顶山壁聚立中，王妃峰顶平坦处，会集无量僧伽众，文殊已说山何在，是卫藏康与中国，众德会处供养田，阿里藏康皈依处，渐展建寺遍十方。”宏愿大会刚完，大师依照记别所示的荒山，想著当在那里建寺，亲自前往加持地基，并吩咐首要弟子们当如此这般去作。
此后，宗喀巴大师在春初驻锡色拉却顶，为六百多三藏法师，讲授《中观》、《菩萨地戒品》、《成就法普贤集》、《菩提道次第》等很多显密要法。继后，因京俄仁波切．索朗桑波（福贤）殷诚启请，大师应请，师徒共二百多人在春末前往桑日普寺，为京俄仁波切．索朗桑波及大堪布嘉让瓦为首的许多善知识及三藏法师们，讲授《菩提道次第》等许多要法。那时，以大师首要弟子达玛仁清，及持律师扎巴绛称二人为首，与及大多数僧伽都到灌顶山修建“甘丹朗嘉岭”（具善尊胜寺，即三大寺之一甘丹寺），各方施主及一切僧俗都发起诚信，共出财力助成善业，仅一年时间，就建成房院和僧舍七十多所，铺好地基一百多处，所建房院都依照戒律中所说轨则来建立。最初观察地基，其次通白僧众，僧众许可后，举出办事僧，甚至铺石净厨、修房建墙等一切手续细事，无不依律而作。
由于阿喀大众的迎请，大师应请这年修夏也就在阿喀桑敦岭寺中安居。大师在这里闭关专修，并著作《密集圆满五次第明灯论》。当著作起草的时候，梦中见有很多瑞相，大师念这些象征有关密义，作隐语颂文记录下来，这是为众所共阅读到的；这一隐语颂载在大师著作小集中，
克主杰对隐语的意义，作有详解。大师在阿喀为众讲授了许多显密要法。在寅年二月初五日，大师亲自去到甘丹朗嘉岭寺（即甘丹大寺），为众讲授《菩提道次第》、《密集五次第明灯论》等要法，并讲授《集论》，及《瑜伽师地论》等所建立的要义，以及因明难义等很多要法。并著作《密集四佛母请问经》，及《集智慧金刚》两种广释。第二年大师著作了《密集圆满五次第广释明灯论》，及《五次第导修详解》等，赐大众以无量的大乘财富。
继此以后宗喀巴大师满五十七岁，凶恶魔类对大师广弘佛教事业，大生恐怖，以此大师已觉发生魔将为灾的很多预兆。大师运用慈心、悲心、菩提心及光明大乐慧之力来遮止了魔灾，这也如往昔释迦世尊运用慈心力以遮止万亿魔军，使一切人天众生获得安息的事业，是一样的。继此第二年藏王扎巴绛称（名称幢）迎请大师到闻区扎喜垛喀地方，为数百三藏法师讲授《中观》、《菩提道次第》等很多要法，以满那里求法众生的信愿。最有加持的宗喀巴大师造像名扎喜垛喀玛（意为在扎喜垛喀造像）即是当时在这里造出的（据说当时有一化现来为大师塑像，一天中塑大师像七尊，大师也于一天中剃发七次，每一像中，装发一份）。继后，大师返回甘丹寺，从此以后，大师著手次第著出《鲁亨巴大师承传胜乐金刚大疏》、《胜乐圆满次第四瑜伽导修教授》广略本两种、《胜乐修法》、《密集金刚本续释校正》，及对本续释《句义详注》、《各品难义决断》、《各类摄义及科判》。并不断地讲授所有与密续四部有关的一切教义，令圣教光显。对西藏有情来说，大师的恩德比释迦世尊的恩德，是大得多的。
此后，从未年夏季开始大师命新建供修密法殿堂及净室等，在竖立大柱七十二根的地基上面，中层殿中，新造比拉萨大昭寺释迦像稍大的释迦能仁像一尊；上层殿中，新造密集金刚主眷三十二尊像，及鲁亨巴所传胜乐轮主眷六十二尊像，及建造金刚界大曼陀罗宫殿及能依所依等系用诸宝造成。此中主尊诸像及各方如来像和诸瑜伽母像，系用纯银铸造。主要佛母像，每尊各用银一百多两，金刚界大曼陀罗的主尊像用银不到一百两，其余十二尊像，每尊各用银七十多两来建造。以上各尊像复用诸宝及上好松耳石来作镶饰。此外，还建造鎏金文殊菩萨像、及无量寿佛像、至尊弥勒菩萨像、量高一箭鎏金阎曼德迦全像，鎏金顶髻尊胜佛母像及白伞盖佛母像，两尊量高各一肘，又用绸缎香药等捣泥塑造阎曼德迦全像一尊，高十七磔手，复用各种珍宝来作装饰。所有新造佛像，不是依照一般凡俗量度及塑工的造量来建造的，而是以舍利佛及梵天．唉枳布等所问造像量度很多明文规定，主要依照胜乐轮中所详示《造像量度品》中，及依照广释，这一品中量度仔细决择；特别是依照红色及黑色阎曼德迦两种密经中，每品所示造像量度来安排新造各像量度。以此各尊新造佛像，都是依佛所说量度来建造的。造这些佛像的原料等，都是如法加持，因此没有障碍，成为殊胜稀有。造像铸工们都说：“我们还没有遇著过这样顺利的铸工和稀有的瑞相。”所有铸造佛像，都是令人一见之下心生喜悦，油然起敬感动而下泪。特别是铸造三种无量宫殿时，最初铸造的标本中，忿怒本尊的颅器即生起虹彩。并且从溶罐中倾出烊铜铸造时，刚一铸造完毕，即不见有如芥子大小一粒铜的色彩，所有佛像本身都为五色光明所集聚──佛像应为蓝色的，这时自然变成靛青光彩鲜艳；应为红色变为比朱标还要鲜艳的红色；应为金红色的，变为比黄丹分外鲜黄；应为黄色的，变得比黄金还显得黄艳光彩。其余应为白、绿、紫等色的，都各各变为其色，如五光十色的虹彩绕著佛身，而成为灿烂夺目的大圆光幕。这些新铸佛像，虽是没有雕刻琢磨，但极其光洁。这样可观的铸像，用了很多除秽药物拭擦后，更比原来发出光彩，颜色更见鲜明。刚一铸完，看所有铜色，都变成五光十色的彩色。大师吩咐对于这样的铸像，不必再加工琢磨，都以各种庄严和殊胜衣裙等供养后，虔诚祈祷。这样稀有铸像和佛殿等工程，大约经一年的时间，才得到规模完竣。附近各寺庙及城乡农牧善信大众齐来供养而积集福德资粮。于是依密经所说开光仪轨，作广大开光法事。从此以后上下藏区一切方隅，都获得风调雨顺，丰年收获，说修两者较前更盛。
在戊戌年大师在甘丹寺中为四方来归的很多三藏法师，及原来常住的僧伽大众，不断地转妙法轮，特别讲授密集经释及一切注解，及一些根本经，与《五次第广释》、《六支广释》、及《时轮广释》、《无垢光论》；此外，还讲授《中观》、《释量论》、《胜乐》、《菩提道次第》等无量深广法门。那年的夏秋两季，佛殿的游廊等处绘画完工，大师也著完《入中论广释》。在年底开始作刻《密集经释光明论》版的工作，到亥年方完全竣工。在亥年的春夏两季中，大师复为无数三藏法师广讲《胜乐轮根本续》等无量要法；并在这年著完《胜乐轮根本续释》。
大师对一切应化有情，说法令其成熟得度，为其主要事业；这样的事业也是十方诸佛菩萨的主要事业。这如颂中所说：“一切事业中，说法最殊