“阿底峡尊者向种敦巴道：‘噫嘻种细观，虽有此兰花，仅证汝未诳，伸舌对我敬！’
（藏古习，伸舌礼是在上师长官前表示我对师长没说谎，表老实的敬意。）
于是种尊者，徐展出长舌，师观其舌端，出一美妙花。尊者细观已，心悦笑颜道：
‘异哉此奇观，妙好在舌端。种徒汝之舌，好比芳草原，只差缀雅境，蜜蜂入其间。
想来无他因，或因无蜜缘。’说已种尊者，复伸其舌端，舌端妙花上，复现阿师颜。
阿师细观已，开颜作是言：‘妙哉为何故，如是作嬉玩？种将阿底峡，配作蜜蜂缘，
由我一微愿，现此表所希。’说而以手触，莲花中所坐，阿师笑开颜。如蜂阿底峡，
于是笑而起，一次复一次，逐开嬉笑颜。于是种尊者，复作如是言：‘此间严冬季，
出生净鲜花，示我无虚妄，此亦是师恩，总观此边地，随处幅员广，特是前藏土，
多雹地复凝，兹今是冬令，于此大地上，犹开五瓣花，以此上师喜，许于我舌上，
开现无欺花，由师问蜂缘，现出师佛身。笑颜妙笑兮，如是佛嬉笑，妙哉稀有兮，
如观自颜笑。佛母现身兮，如见本尊笑，吉祥上师兮，喜而来吉祥。’
复次阿底峡，师尊作是言：‘种徒复伸舌，示我舌上莲，种复展长舌，请师仔细观，
师前复现出，极小一种身，微笑复笑兮，数数观师颜。有如孩童语，雅音复可闻。
阿师刚一见，发生大欢喜，赞言如此花，印度亦无有，今于我师徒，舌上有此花，
异哉此奇观，花顶现二像，种徒汝之舌，暂且勿摇动，我当细观瞧。为复身劳累，
种师频动摇，以此时唯唯，舌复滚摇摇，师观大欢笑，嘱种且慢摇。但见二小像。
滚滚如咽豆，妙哉舌端兮，有此大奇观。如来舌莲兮，初生师佛像，顶现二尊兮，
师徒在其上。二尊齐降兮，师徒将入室。’
种尊作答言：‘如是而启请，我请世间灯。上坐入室内，我亦入室中，二像化无存。’
于是师徒兮，俱生大欢喜，莅临净室兮。步入其中时，诸天神众兮，供散花无量。
于是阿底峡，复作如是言：‘如此胜妙花，种徒如果喜，我将于此方，亲自作加持，
此土将出生，五宝美妙花。’
作答种尊者，虔诚而启白：‘愿藉师加持，所有业塘地，开遍金银等，诸宝美妙花。’
于是阿底峡，复作如是言：‘上师作加持，是我燃灯智，今以加持力，生此美妙花，
随种诸后学，供会愿增长。’”
阿底峡尊者对种敦巴曾作和他自己相等，其他无与比伦的赞美。而种尊者在阿底峡尊者座前，曾经以他自己所主持中观见──即阿阇黎月称所宗之见的一些领悟向师陈述，阿底峡尊者听取他的陈述后，合掌向东方作礼而说道：“现在印度东方也是唯一主持此中观见。像你这样的大菩萨，住在藏中，西藏的福缘真是不小，有你这样的菩萨，是不须我来到西藏的。”说后，当即传授了种尊者一些甚深教授。这样种尊者由“三喜之门”（“三喜”：一、身侍师承事供养；二、心依教奉行；三、财物供养等三种令师生喜），尽量地使上师阿底峡尊者心生欢悦，特别是他在耶巴地方拉日领波（阿底峡尊者驻锡处地名）那里住了三年的当中，在阿底峡尊者座前，作了财物和无量恭敬承事的供养，并为罪业有情示范。种尊者他对菩提道次第首先从依止善知识起直至最后修成无学双运果位之间，所有各别道之体性是什么？关于心中生起每一道次法门，需修何种善因资粮？决定最初应修何法，及继此渐次应修之次第；与及修这一要道和道中所有教法将发生怎样的阻碍？关于开示这一要道和道中所有教法，应当需要怎样的上师和弟子？应当以何为本尊等，所有一切一切问题，都在阿底峡尊者座前详细启问，每天要作许多问难互辩，而作出了决择。那时种尊者他心想：“这一要道中的所有这些彻底的要义，尊者对其他一些人士，如果也传授的话，那是多好啦！可是阿底峡上师对谁也不传授，而仅传授我一人，这是何缘故呢？”他把这样的心情，向阿底峡尊者问的时候，阿底峡尊者答道：“这一原因是除你而外，我还没有觅得可以托付教要的人啦！”对于这些情况，具慧的人们如果很好地去细察和体会，也就不难知道，阿底峡尊者本身确是一位获得圆满无缺佛陀教法的教主；并且他将整个圆满无缺的佛法教授，真是如满瓶甘露已全倾注于种敦巴尊者的心中。如果能这样很好地知道，才能体会得到从阿底峡尊者传授种尊者起，师师相承而到宗喀父子，所有次第承传而来的圆满无缺的佛法教授，是相续不断地存在著的；对于这一胜缘，心中也才能生起决定的信仰基础。
对于这些情况，有一些浅识的人士说，种尊者虽是在阿底峡尊者座前听受了三士道次第圆满无缺的教授，但是他没有听受过密乘四部相续所有整个完全的教授；因为阿底峡尊者讲授《垛哈》密法的时候，种尊者曾经阻止说：“上师阿底峡，这一密法，对西藏来说，是不相宜的。”以此可能生起以上的怀疑。殊不知关于此点，决不是我们所怀疑的那样。应当知道这在种尊者如虚空般的宽阔，如大海般深广的密意中，观察到总说密乘是应当秘密地而修的，特别是《垛哈》等无上瑜伽圆满次第最究竟的这类密法，是更应当极密地而作。如果不是这样，对众公开宣说的话，那么，说这类密法的人们将迅速地犯根本堕罪；对于一般福薄慧浅的听法者来说，对他们所生的损害将比所得的利益大得多。他们将执著一些如密教文字言说的表面意思，而放肆地去作淫乱饮酒等邪行，这样不仅修密者本身将遭毁灭，使佛法沾上秽气而将成为坏灭的因素。因此外表对密法是极端谨严的，而对内秘密中，阿底峡尊者是已将密教四部相续所有圆满无缺整个的教授传给了种尊者的。特别是将父续《密集》，及母续《胜乐》的所有一切教授，与及无上瑜伽总的七个究竟修法教授，和心要三法的所有教授，如满瓶甘露全倾注给种敦巴尊者而无余。种尊者不仅是从阿底峡尊者座前听受了圆满无缺的教授，他本身确已是一位任运成就的曼陀罗主尊。在耶巴地区的拉日领波住处，他同阿底峡尊者师徒二人谈论修行所有道中要点难关，历时三年之久。
那时，至尊妙音菩萨的上首弟子峨．勒比协饶（义为善智）他除随身侍者一人外，瞒过了所有出家弟子及施主等，秘密地来到了耶巴地方，在阿底峡尊者前以大银曼遮堆聚螺贝等庄严供养，而启请尊者给他赐说“关于种敦巴法王的本生甚深密行史事”（在印藏习惯关于大德的密史部分，或由上师启示，或由大德本身示现而由弟子密记下来），阿底峡尊者允如所请，并指示他说：“你现在应该到种尊者座前去劝请宣说一下吧！”在种尊者座前，经过劝请，允许宣说后，于是至尊度母现身降临，与及具足三传一切上师也真实现身来临，诸佛菩萨真实现身充满遍虚空界来作加持。然后种尊者开示说：“自即观世音菩萨，由往昔的大悲宏愿，与诸佛菩萨众的劝请化生无量数中，从而对此间藏土建立佛的教法。特别是过去所有具恩的法王、译师、班智达等大德都是阿底峡尊者师徒二人的化生等所现身语意三业密迹，不胜枚举。”宣说后，种尊者身顿然化为一颗黄色光点，光明遍照旋转不已中，种尊者的身躯如烟消逝而不见。在这样的景况中，善知识桑朴瓦与及拏错译师、善知识迦瓦三师由于不见种尊者的身形而心生悲痛，一致发出悲声作猛利的祈祷颂说：“幻化法王何处去，佛海会中何所逝…”等词。在这时阿底峡尊者作颂说：“若欲见佛生（种尊者的名讳），大悲是其性，应观众生境，难忍生悲心，如是缘悲念，不久将现身。”这样说后，他们三位也就心情平静恳切地观修大悲心，由此观想阿底峡尊者心中有一白色光明圆点旋转不已，由白色光点放出六股白色光明，四股光明射照四方，其余二股光明射照上下两方。这样射照后，光明复回旋环绕，上方光明顿成华盖形状，大如四柱建竖宝室屋顶，而作盖覆，虔诚细观，其中有一“嗡”字。如是下方那股光明成为大圆银镜，平坦宽阔，大与华盖相等，敬礼细观，其中有一“吽”字。如前一样东方的那股光明复充满南北而成美满的屋面。敬礼细观，其中有一“嘛”字。如是西方的那股光明复充满南北，而成美满室面，敬礼细观，其中有一“叭”字。如是北方的那股光明复充满东西，而成美满室面，虔诚细观，其中有一“咪”字。如是南方的那股光明复充满东西，而成美满的室面，虔诚细观，其中有一“呢”字。总合起来成为一座白色光明的无量宫殿，它是美妙圆满，悦意生乐，离一切分别心思，无从生处，任运显现。这样的无量宫殿的上下两方，与及任何一面，其中生起一颗如豆大白色光圆点，虔诚细观光点之上，继作观想从光点中转变生一白色“啥”字（如英文Ｃ字音），光华灿烂，美丽夺目。复从“啥”字发出五色光明，五光聚合，从圆圆的光明字相中间，时而出现“阿”字相，时而生一月轮相，有光承托。少顷从光明中发出“嗡嘛呢叭咪吽”六字声音，同时上下四方光明遍照，最后光明复合入于中心。继此暂时光明渐淡，细观一些微光中，还有一“啥”字，周边有六字大明从右围绕。从中间啥字放射出六字相状之光明，六字大明咒复每字放射出六字相状光明，遍照十方。总计每字各发出六十道光明。一切光明，与一切方所复发出六字大明“嗡嘛呢叭咪吽”震耳声音。继此每六十道光明复回收转来，一些与上方相合，一些与下方及四面相合，一些与环绕中间种子字的六字相合，一些与中间种子字相合。继此少顷想啥字转变为善知识种尊者相，或想从六字中而生出；或想从下方殿基月轮闪耀光明中而生出；或想一时从上下四面光中而生出。总之，清净显现圣者的幻相，是从无分别光中而来，从啥字转变光明中出现种尊者亲口说道：“一切法，有如是相。”继此，环绕中间种子字的六字，合入于中间种子字，中间种子字复转变为光点而旋转。光点复化为光明而合入于光明的无量宫殿，光明无量宫殿复合入于月轮，月轮复转变成为一光明的阿字，阿字从尊者右方旋绕不已，种尊者口中复说出阿字音，即时出到舌上，而复说一切法无生门，种尊者整个身躯复转变而生出光明耀眼的阿字。于如是境中，峨．勒比协饶等诸大德数数细观种尊者时，仍是光明耀眼的一“阿”字，这是一切法无生的一个路引。继此阿字复不显现，而唯现种尊者身相。那时种尊者说道：“今天我们师徒所幻化诸相，看来与相宗相违，当知遍历印藏，可发誓说，如果法性不是那般无二的话，那也才算得是相违啊！”其实依了义来说确是那样的。
以凡俗者显见的方面来看，仍然要说阿底峡尊者是已将显密整个圆满教授全给种尊者了的，为了令一切人士普遍知道起见，阿底峡尊者曾经对种尊者这样说：“我对于你所说教法逐一询问，这是否未说，须一一答言说与未说。”这样是说，吾人心中须要记著，阿底峡尊者所有一切功德，如以这一瓶中物，全注在那一瓶中一样，已全给与种尊者了。种尊者他不仅是已通晓了阿底峡尊者的许多法要，特别是他对三士道次第的教义修学已熟练精悉，他并且亲见无量本尊。更特别的是，他对上师祈祷加持，感应特大。他在热振寺的时候，一作祈祷即感得阿底峡尊者亲自现身来临（那时阿底峡尊者已圆寂），后来复作祈祷而亲见薄伽梵释迦牟尼的真容。在阿底峡尊者临终示寂的时候，阿底峡尊者特别将自己终生供奉的纪念珍物──系从邬仗那而来的骨饰，与及用竹林国（印度一地名）的树木所制手鼓，系以清凉园人皮覆饰的鼓面，五佛冠、铃杵等件（装在一个约有一肘高的竹筒中的）交付与种尊者的手中。（密教赐付这类法器，就即是传付衣钵），那时阿底峡尊者的弟子们启问尊者示寂后，由谁来主持法座，由谁来作法王你的代理人？阿底峡尊者当即说道：“以后你们大众都依止种敦巴。”对于此点，善知识衮巴瓦（阿底峡尊者座前获得成就的大弟子之一）启问尊者这是什么因缘呢？尊者复说道：“他是我所加持的人”等语。这正如《噶当宝笈》中所记的那样──阿底峡尊者曾劝种尊者接受教主重任，与及具足三传一切上师，及至尊度母等所有本尊，并十二救度母等一切空行护法都曾经劝请种尊者接受主持阿底峡尊者的教法承传的教主重任。
在甲午年（宋徽宗政和四年，公元一一一四年）娄宿月（即阴九月）十八日，阿底峡尊者示现圆寂时，尊者所有弟子聚会拢来作祈祷的时候，种尊者将所有钥匙都交与善知识迦瓦的手中（阿底峡尊者在世时系种尊者管所有钥匙），而善知识迦瓦确也能依照种尊者的意思办理事务，他当众将阿底峡尊者骨塔及印度梵本，和金洲大师的银伞等极珍贵的诸物交付给种尊者。对阿底峡尊者的其他大弟子们也都分给了一些供物（供物依习惯许是指佛像、经、法器等）。继即在乙未年作了阿底峡尊者逝世纪念供养大会，那时，善知识迦瓦在众会中说道：“不管他人打算怎样办理，我请求恩师的徒子徒孙们，把这次所得的供养都留下来吧！因为须得修一所不大的阿底峡上师法座的寺庙，所以请大家不必把供养财物拿走，都留下来修建具恩的庙堂。”那时种尊者说道：“现在恩师阿底峡尊者的灵骨等，决不交给居士与沙弥，也不应奉安在烟薰满黑的屋子里。”于是命两位戒行清净的比丘来请走灵骨，在堆隆须巴那里撑起黑白两座帐幕，白的帐幕中奉安灵骨而作供养，黑的帐幕中用作厨室。这就在那里住了一夜，继启行到萨惹对地方住了一夜，继到雅沙普地方住了一夜，复到朗巴色铺那里住了一夜，于是来到了朗季切玛隆。由于屡次接泽喀伯穹的来信（即过去愿供地