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于是尊者渐次来到了后藏，在伯库塘地方和最后前往印度的玛尔巴译师相会面，玛尔巴译师顶礼尊者足前，请求尊者传法。尊者对他说：“你为我作翻译吧！”玛尔巴说：“这次无论如何请允许我到印度去吧！以后再和尊者见面。”尊者渐次来到萨迦地区时，以手指著萨迦方位而记别说道：“这一地方中，将要出现七位文殊的化身。”继向远处走去，对那里的僧众，赐给了许多物品。卓弥译师也来到那里依止阿底峡尊者，作了很美满的承事供养。尊者渐次来到纳塘地区时，记别说：“这一地方中，将有圣尊者的化身出现于世。”尊者渐次来到冲堆驻锡夏鲁中心寺及仁绷寺，宣说许多教法，并作加持。渐次来到梁堆令措也就在这里安居修夏。在修夏的三个月中，尊者为从各方前来会集的信众，广传要法。裕．却旺（义为法自在）及裕．丈松（义为仙人）、裕．脱伯（义为神临）与及廓译师等人，也来到那里依止尊者。善知识贾巴瓦也来到那里依止在尊者座前作供侍。
修夏解散后，尊者直向前藏方面而行，来到了更巴绛汤时，尊者以手指拉萨方向的山，而问
道：“那边有什么？”答说：“是拉萨的佛殿所在地。”尊者说：“那一方向有三重虹幕，许多天子及天女在那里作供养。”尊者继续来到了却柯桑耶，拉准．菩提惹遮为尊者作了很好的服役。尊者也为许多会集前来的大人物们，广赐要法。在桑耶，尊者示现墙壁无阻碍，而直入桑耶庙内，足不触地绕行寺周等许多神通，那里的信众对尊者生起了坚固不退的信仰。继后，库敦师来迎请尊者前往雅鲁。尊者驻锡在汤波伽的妙好万角所堆建的角积室中，宣说了许多教法。在这里，种敦巴前来迎接尊者，由于库敦师没有很好地服役，尊者师徒人等逃至梁波渡口，坐在船中时，库敦随后赶来大声急呼，请阿底峡尊者在这里住下。师徒人等未听其言，尊者将自己的帽抛掷与他，以做日后加持的供物。
继到温区的格汝寺中，驻锡一月。尊者在那里的墙壁上绘画了自己的肖像，至今成为供奉的圣迹。尊者继后来到桑耶驻锡白哈寺中，看见有许多梵本经卷，以此尊者欢悦说道：“印度佛教的兴起情况，也如过去西藏佛教兴起那般的艰辛。此如绛秋清波（藏语义为大菩提）与摩诃菩提（印语义仍为大菩提）不见有什么差别。”说后，对这一圣地和寺庙，十分喜悦。继后邦敦师约有二百马队来迎尊者，尊者师徒人等到了葛迦山在绿嘉比寺中住了半月。
继后，由峨．勒比协饶来迎尊者前往拉萨幻现寺，进行迎接时，大悲观音也前来迎接尊者。来了一位孤单的在家人，口中说道：“善哉！大班智达来了。愿成胜利！”说后走了。以此尊者从马上下来跑步追赶，未能追上。峨师问尊者为何这样做呢？尊者说：“你见到那位孤单的在家人吗？”答说：“是见到的。”尊者说：“那是我的本尊大悲观音啊！我想向他敬礼，可是跑去未能追上。难有比这幻现寺中大悲观音稀有的。是真正的大悲观音啊！”尊者一见释迦牟尼像，说道：“这是真正佛的化身。”立即向一位印度的善巧塑像师吩咐说：“完全照这尊像一样地建造一尊吧！”尊者心中正想念能否觅得那过去法王大菩萨他修建这座幻现寺的历史时，来了一位疯癫乞丐妇女说：“想寻求修建这寺庙的历史吗？”尊者已知她是真实瑜伽母。由心中作敬礼与供养，而通白说：“是的。无论如何想寻求。”答道：“既是这样。从瓶形柱量一托半处，就有此物。勿为外人道！”尊者果然寻得。但是有一守护秘藏的凶暴护神说道：“仅今日一天中，能抄录若干下来的全给。”因此，据说以伦觉巴为首四位法师抄录，都还剩下少许未抄写完。由想到这段情节作《阿底峡尊者赞三十颂》中说：
“何处秘藏王遗教？空行开藏示尊者。释迦敕书师恩获，具恩尊者前祈祷。”
据说尊者在拉萨住了一冬，在那里说的诸要法，也特别深入，此外还发现许多殊胜象征。在夏季里，由峨．绛秋鞠勒（义为菩提生处）来迎尊者前往耶巴安住，在这里作了广大的弘法利生事业。
继由释迦旺秋（义为释迦自在）迎请尊者前往彭裕驻锡伦巴季布（义为伦巴茅蓬），宣说了
许多教法。复返耶巴时，邦敦师来迎尊者也就复经拉萨，而来到业塘。在这里时间中，种敦巴尊者昼夜不断地在尊者前，勤问三世诸佛唯一必经大道《般若经》的密意──《菩提道次第》中所有难义，如佛出现于世，为无量人天大众广转法轮时，一切善神皆大欢喜，而作供养承事；并发出广大的赞叹声音；发现帝释也降五宝瑞花等不可思议稀有瑞相。继前往耶巴地区的拉里领波（义为神山心脏）中，尊者师徒（徒指种敦巴）在那里驻锡三年的时间中，精研《菩提道次第》从依止善知识起，直至成就双运位之间，所有诸难义，运用经教及理智来作出决定；并传授出菩提道次第心中心要，为噶当派本尊七法中的密中最密教授──《十六滴灌顶及教授》诸法门。在那时，至尊救度母也常时现身前来，三派承传诸师也真实现身前来，在这样上师、本尊、菩萨等会面的当中，由至尊救度母宣说《十六滴根本教授》；种敦巴尊者身化光明，而现起诸佛海会曼陀罗；收摄光明而眼见般地开示生圆二次第诸究竟道，是如此这般。那时，由亲得文殊菩萨加持的桑朴瓦．勒比协饶在尊者师徒前，供献曼遮，再三祈请尊者师徒开示秘密不共的诸种庄严事迹时，也就由尊者说出了种敦巴的往生深密诸事迹；种敦巴尊者也说出极为保密的《幻化卷帙》，也就是现在著名的《噶当卷帙》。这一教授，多代以来，都是单传，没有得到广大弘扬的开许。后来，种敦巴的化身，种．姑玛惹解除保密，对一二人传授。继后，在那汤寺中，渐次弘扬，直到而今，已成为遍扬于诸方了。
这样的具德阿底峡尊者，在印藏各方中，昭如日月，他所作弘法利生的行传，哪能完全尽述。以上所说的一些，也不过是一部份。他的历史的摄要：概分为受生种姓圆满的概况；此生证得功德的概况；证得后弘法事业的概况等三种摄要：关于第一摄要概况：在《阿底峡尊者赞八十颂》中说：
“东方禅和国，中有大都城，名为毗遮玛。中近国王宫，极为宏壮丽，其名为金幢。
受用权威富，犹如支那皇。国王名净德，配妃名具光。生有子三人，莲藏及月藏，
与及吉祥藏。长子莲花藏，五妃有九子，长子名福德。现世大善巧，著名达罗西。
吉祥藏比丘，名毗雅真遮。次子为月藏，即今至尊师。”
第二所证功德概况：教证两种功德中，所获教之功德概况：由于已彻底熟悉所有内外共通大小明处，及佛经三藏与四部密续和诸经论等，以此已达自他宗派大海的彼岸，所有教法一切要义，都已完全领会于心中。所获证法之功德概况：摄一切证功德时，概括于戒定慧三学中。以戒学来说，别解脱戒、菩萨戒、密戒三律中，清净行持别解脱戒概况：尊者自受比丘戒以来，如牦牛护尾，若其尾毛拴于树上，见猎人将害自命时，宁舍生命，而护其尾。对于所受戒荦荦大者，不必说了，哪怕是戒学每一细事，宁舍生命而守护之，以此成为大持律上座。次为具足菩萨戒的情况：由于尊者长久精修慈悲为本的菩提心修法中许多教授；与及依止金洲大师，长久精修由至尊弥勒及文殊次传无著，及寂天承传而来的殊胜教授，以此如《阿底峡尊者赞》中所说：
“舍自利心为他利，励力勤行是我师。”
这是说尊者已生起了推己爱他的菩提心；并由愿菩提心而引生的行菩提心，尊者对于伟大的菩萨行学处，承许后当学诸学行，极善行持，以此对于菩萨戒所有界限，从不违越。至于具足密戒的情况：总赞起来，观自身本尊的生起次第，与具足金刚意圆满次第的三摩地，以此为瑜伽者的主要持行；特别是不违犯密戒界限，能如理守护誓词。这种戒德也如《阿底峡尊者赞》中所说：
“由具正念与正知，不合戒者心不作，不放逸中无欺诳，尊者从不犯罪染。”
对于此义，宗喀巴大师说了这些具足三律的功德；并教诫说：如是三律之诸学处，不仅是勇于承许而为足，应随如何保证之后，而不违越诸戒界限，善为守护。万一稍有犯染，也当迅速依各各忏净仪轨，以作忏净。当知这种清净行传，才是能晓诸经要义的善巧大德们所欢喜的行传，是应随学的。
其次具足定学功德的情况：获得共通止观双运，及不共生起次第究竟情况，详如《阿底峡尊者广传》。
次为具足慧学功德的情况：获证共通止观双运，及不共圆满次第通达的情况，也详如《阿底峡尊者广传》及《金刚歌》。
至于尊者的弘法事业情况：如上文已说的──在印藏两地所作的那般不可思议的弘法事业情况，这里也就不必赘述了。
就这样阿底峡尊者在印藏两地，作出了广大的弘法事业，复为了令佛教长久住世，与及使后世诸人士得知尊者所说如是起见，著作了摄一切佛经三藏及四部密续经论等教义，而无遗缺，开示为一补特伽罗修行次第之教授──《菩提道炬论》。噶当派前辈大德的语教中说：“赡部洲中，没有比《道炬论》这一部卷帙更为广大的。”这不是以篇页的数目多而说，是指所解说有那般广大而言。因为应化的初业有情最初入于正法之基──念死无常，而生起成办后世意义之心起，直至究竟成就佛位之间，所有地、道、果等一切教法，皆摄入于《道炬论》所解说中。
为了对于《菩提道炬论》中所说道次第诸要义，生起定解，及鞭策修菩提道行者的身心，与能知此诸道次中，除障增益之法起见，尊者著有很多论著如下：《摄要论》、《决摄心要密集曼陀罗主尊观世音开示密集观音成就法》、《圣观世音修法密集赞两种》、《从轮回中生起出离心歌》、《行道歌》、《空性见歌》、《三摩地资粮品》、《出世间七支仪轨》、《身、语、意所依开光仪轨》、《能断一切业障流陀罗尼瑜伽续部中所释不动金刚修法广略二种》、《不动金刚曼陀罗净治一切业障仪轨》、《不动金刚护摩仪轨》、《金刚手现证门赞》、《三头六臂马头金刚修法》、《三面四臂马头金刚修法》、《圣不动如来赞两种》、《守持一切如来誓词顶髻无垢光修法》、《五塔祈祷仪轨总持仪轨两种》、《救度母修法》、《救度母修法广轨》、《救八种怖畏救度母修法及赞颂》、《圣救度母修法》、《摄一切誓词》、《毗那夜迦贪金刚赞》、《能生甘露垛玛供轨》、《水施食子无垢供轨》、《龙供仪轨》、《六字大明修法》、《观世音喀萨巴呢修法》、《不动忿怒明王修法》、《威猛大忿怒明王真实修法》、《钩刀怙主明王修法》、《毗那夜迦和息修法》、《毗那夜迦秘密修法》、《五尊财神赞》、《缘起心咒全文》、《中观教授入二谛论》、《中观教授宝箧庄严》、《一念教授》、《经集论摄义》、《菩萨行摄要教授》、《菩萨宝鬘》、《示菩萨初业有情入于正见教授》、《皈依开示》、《大乘道略修法》、《大乘道最略修法》、《鞭策自应作次第等笔录》、《示十不善道》、《业分类品》、《摄行明灯》、《经集论教授》、《经集论广释》、《发菩提心仪轨》、《菩萨戒仪轨》、《诵经及读卷帙前行仪轨》、《般若波罗密萨帕查仪轨》、《上师应作次第》、《致国王勒惹雅巴那无垢大宝书》、《入菩萨行论释》、《般若摄义明灯》、《药师佛修法》、《净治业障仪轨》等论著。
就这样阿底峡尊者来到西藏后，驻锡阿里三年，驻锡业塘九年，驻锡前后藏其他各地五年之间，为具缘信众，宣说所有一切显密经论教授。使教法已没落者，得到重新建立；还存些微教规者得到辗转增上；染邪见垢秽者得到除净，而令教法获得离垢纯洁。继后，尊者圆满了他此生亲自应化事业，意乐往他方世界时，遂于甲午年（公元一一一四年，宋徽宗政和四年）九月初三日起，直至十八日之间，十六天之中，符合《十六滴修法次第》而入住收摄次第。吩咐说：“去看河水是否向上逆流吧！”看了回来说：“河水正向上回流。”尊者说：“那么，由这以前所作，而示现此情况，此即是修行。”说后，停讲了《八千颂》，手中持铃与杵，专住定中。这样的真实义来说，虽不含有死去的意义，但在一般普通凡俗众生的眼见境界，则是在甲午年（公元一一一四年，宋政和四年）仲秋十八日，尊者享寿七十三岁，于业塘示现圆寂，由真实显现证光明法身中，而现起报身，前往兜率说法内院。这如《阿底峡尊者赞三十颂》中说：
“我从此去往兜率，对我敬信诸士夫，将于兜率来会晤，祈愿未来真相见。”
尊者在兜率说法内院中，为至尊弥勒之首要弟子，号“虚空无垢菩萨”，为兜率天众及十方刹来会的无量无数菩萨，广说大乘教法；并如幻师，分出化身于十方一切刹土中，不断地作弘法利生事业。
以此意乐修行进入诸佛所喜道的人们，应心中缘念阿底峡尊者身容，长时祈祷求加持；并当对于尊者所说三士道次第，每日不断地作速修缘念，努力薰修。
在印藏两地中，阿底峡尊者的传承弟子，是有难以数计不可思议的弟子，但其中最主要的弟子，在印度有与尊者通达相等的大班智达毗多巴及达玛阿迦罗玛底（法生慧）、中观师子、地藏等四人。此外还有善知识桑瓦（义为密师）及住持正教的班智达