颇有实权的人事监察岗位。负责考察官吏的赵南星、高攀龙、杨涟以为阮大铖“轻跺”，不可担任如此要职，打算另用魏人中。阮大铖暗中买通太监，要他扣押推用魏人中的奏疏，致使吏部不得已而推用阮大铖。经过此番曲折，阮大铖痛恨赵南星、高攀龙、杨涟等人，为了和东林人士作对，他依附于魏忠贤，与“阉党”骨干分子霍维华、杨维垣、倪文焕结成“死友”，编写攻击东林人士的《百官图》，通过倪文焕之手送到魏忠贤的案头。此人心术不止，做事总是瞻前顾后左顾右盼，害怕遭到东林人士报复，还不到一个月，急忙辞官而归。不久，杨涟左光斗诸君子被“阉党”迫害致死，阮大铖诩诩自矜。之后他被起用为太常少卿，向魏忠贤极尽献媚之能事，又怕政局有变，魏忠贤不足以长久依靠，每次觐见之后，就重贿魏府门房，收回名刺，以免留下痕迹。几个月以后，工于心计的阮大铖还是辞职离开了官场这个是非之地。崇祯二年清查“阉党”逆案，阮大铖列入从逆分子名单， 以“交结近侍又次等”判处削籍，按刑律得处徒刑三年，准许纳赎为民，但永不叙用，也就是说今后再也不允许重登政坛。
这个阮大铖，《明史》说他“机敏猾贼，有才藻”，对他的刻划是入木三分的。他依附魏忠贤而升官，既要献媚义要不露痕迹，稍有风吹草动立即从官场抽身以求自保，都是“机敏猾贼”的表现，所以在清查“阉党”逆案时只不过作为从逆分子而已。此人又极有才华，他写的剧本《燕子笺》、《春灯谜》在当时颇获好评。这样的人当然不甘心永远淡出政坛。当农民军逼近安庆一带时，他为躲避战乱，来到南京这个政治舞台，充分表观自己，招纳游侠，虚张声势的谈兵说剑，图谋以“边才”的身份而被起用，看得出来这个并不懂军事的文人很想在乱世中施展一下身手， 以摆脱“永不叙用”的尴尬境地。
为了冲淡“逆案中人”的印象，扫除“永不叙用”的障碍，他在南京极力讨好尔林遗孤与复社名士。他企图利用世交侯方域（朝宗），以及晚明四公子（归德侯方域，桐城方以智，阳羡陈贞慧，如皋冒襄）这些复社名士的影响，改变自己的政治形象。为此，他不惜重金，撮合侯方域与秦淮名妓李香君的婚事。阮大铖的政治野心被复社人士所察觉，决定联手予以迎头痛击。
崇祯十一年，复社名士吴应箕与东林书院创始人顾宪成之孙顾杲谈及此事，东林遗孤顾杲大义凛然地表示：不惜斧锧，为南都除此憝。随后吴顾二人在陈贞慧寓所议论此事，一致认为应该点破阮大铖“逆案”身份，捉醒与其交往的士大夫。于是陈贞慧起草声讨阮大铖的檄文，以顾杲、陈贞慧、吴应箕名义，密函分寄各处，征求陈子龙、杨廷枢、方以智、周镳等复社成员的支持。崇祯十二年，复社人士趁南京乡试的机会，在淮清桥桃叶渡的冒襄寓所，召开复社金陵大会，复社名士与天启年间遭“阉党”迫害致死的东林遗孤，纷纷声讨“逆案中人”阮大铖。会议公推周锤、徐孚远等为盟主，正式发表《留都防乱公揭》。在《留都防乱公揭》上签名的有142人，领衔的是东林弟子代表顾杲和天启被难诸家代表黄宗羲。《留都防乱公揭》揭露阮大铖逆案祸首的老底，以慷慨激昂的气势向世人宣布：“（顾）杲等读圣人之书，附讨贼之义，志动义慨，言与俱愤，但知为国除奸，不惜以身贾祸……（顾）杲亦请以一身当之， 以存此一段公论，以塞天下乱臣贼子之胆！”
阮大铖遭此迎头痛击，从此隐匿于南京郊外牛首山，不敢再招摇过市。
弘光小朝廷建立以后，马士英想起用挚友阮大铖，与之搭档，控制南京政坛。阮大铖与马士英在《明史》中同列于“奸臣传”），两人可谓臭味相投。马士英，贵州贵阳人，万历四十四年与阮大铖同科会试，三年后进士及第授南京户部主事，崇祯五年以都察院右佥都御史出任宣府巡抚，因失职而遭造戍，流寓南京。阮大铖在遭到《留都防乱公揭》声讨以后，闭门谢客，唯独和马士英“深相结”，可见两人关系非同一般。何况阮大铖对于马士英的仕途升迁起过决定性作用，马士英的援引阮大铖可谓感恩回报。
事情是这样的。前内阁辅臣周延儒遭温体仁排挤而下野，一直耿耿于怀，很想东山再起，再显一番身手。他的门生复社领袖张溥（周延儒曾主持辛未会试，是张溥的座主），早就对内阁首辅温体仁及其党羽蔡奕琛、薛国观迫害东南诸君子，扼腕叹息，早夜呼愤。复社成员礼部员外郎吴昌时写信给张溥，劝他怂恿周延儒复出。据吴伟业《复社纪事》记载，吴昌时在信中说： 自从钱谦益和文震孟被排挤以后，“东南党狱日闻，非阳羡（周延儒）复出，不足弭祸”。于是庶吉士张溥与员外郎吴昌时为之经营，冯铨、侯恂与阮大铖等人筹集白银六万两，作为买通路子的活动经费，终于使得周延儒于崇祯十四年九月以吏部尚书中极殿大学士头衔出任内阁首辅。由于阮大铖在周延儒复出中出钱出力，便向周延儒讨官，以洗刷自己的“逆案”耻辱。周延儒感到为难，对他说：我此行谬为东林所推，你名在逆案，可以吗？
阮大铖沉吟良久，不得已收回请求，转而推荐马士英，周延儒表示同意。于是马士英就在崇祯十五年六月以兵部右侍郎兼都察院右佥都御史出任凤阳总督。这一细节见之于《明史·马士英传》，透露了周延儒与阮大铖马士英的权钱交易，马士英后来之所以能在弘光小朝廷大权独揽，这是关键的一步，他的提携阮大铖与此有着密切关系。
由于《留都防乱公揭》的巨大影响，马士英欲起用阮大铖必须消除舆论的不利因素。于是他想到了钱谦益，利用钱谦益在政坛长期不得志又急于谋求升迁的心态，要挟他以东林领袖的身份为逆案中人翻案。
关于“（马）士英入朝而逆寒白此翻”的整个过程，文秉《甲乙事案》有详细的记录。
五月下旬，马士英的亲信刘孔昭上疏攻击吏部尚书张慎言，原因就在于刘孔昭“故善阮大铖，必欲起之”，而张慎言掌握用人大权，“秉铨持正，度难破例”，便在上朝时发动突然袭击，迫使张慎言“引疾乞休”。六月初，马士英向福王推荐阮大铖，他的奏疏以“冒罪特举知兵之臣以共济艰难”为题，推举阮大铖，希望福王“赦其前罪，即补兵部右侍郎”。次日福王召见阮大铖，阮大铖为自己“见枉”做了辨白。内阁大学士礼部尚书高弘图说：“（阮）大铖若用，必须会议。”马士英说：“会议则（阮）大铖必不得用。”高弘图说：“臣非必阻大铖，旧帝京堂必会议，乃于大铖更光明耳。”马士英说：“臣非徇私贿，何所不光明也？”高弘图
说：“何必不受贿，一付廷议，国人皆曰贤，然后用之可也。”阮大铖于是写了《孤忠被陷之繇疏》，口口声声“逆案冤及于臣”，理由是“凡（魏）忠贤窃威福，皆臣在山林息影唯恐不深时也”。马十英与之呼应，攻击持反对意见的姜曰广、吕大器等官员“护持局面，阻抑大铖”。接下来的局势演变是在意料之中的，吏部尚书张慎言罢官后，吏部署部事左侍郎吕大器也随之罢官，主持止义的姜曰广、刘宗周等官员先后遭到攻击。道路扫清之后，马士英于九月间挟制福王，“内批阮大铖兵部添注右侍郎”，圣旨如此写道：“阮大铖前陛见奏对明爽，才略可见，朕览群臣所进逆案人铖并无赞导实迹，时事多艰，需人干济，着添注兵部右侍郎办事，群臣不得仍前把持渎扰。”对于这个过程，文秉评论道：“钦案问徒之人，士亡英以私交之谊，特拔之囚伍之中”，可谓一针见血。
但是马士英仍然顾忌舆论压力，难以名正言顺，便要钱谦益以东林领袖的身份出面表态，为“阉党”翻案。十月，礼部尚书钱谦益写了《愚臣报国心长等事》的奏疏，在议论南明的四件大事——严内治、定庙算、振纪纲、惜人才——的幌子下，强调“不复以党论异同徒滋藩棘，则人才日出”。
所谓“不复以党论异同”，就是说不要再谈什么“东林党”和“阉党”，只要是人才都可以用。他列举了逆案中人杨维垣、虞大复、吴孔嘉等人，为他们辩护，说如果任用他们，就是“许其自新，用以成先帝惩瘴之志，昭国家平明之治，亦涣群破党之一端也”。在谈到“惜人才”’时，他提出“资干济”与“雪冤滞”两个方面。关于“资干济”，他的立论是——“今天下非才乏也，分门户，竞爱惜憎，修恩怨，即其胸中了然，如喑者之不能言，魇者之不能寐，有物以限之也。今人才当摧残剥落之秋， 以真心爱惜，以公心搜访，庶可共济时艰”。关于“雪冤滞”，他的立论是——“钦定逆案诸臣，未免轩轾有心，上下在手。陛下既以赞导无据，拔阮大铖而用之矣……果有嫌隙，固当先国家之急而后私仇……臣亲见门户诸臣植党营私，断送社稷，断送君父，何忍复师其故智”。然后笔锋一转，看似不经意地带出一句：“逆案之贾继春、阮大铖者，皆慷慨魁垒男子也。”这可是画龙点睛之笔，道出了奏琉的要害。他的议论焦点并非区区贾继春之流，而是阮人铖，因为阮人铖已经是“内批”添注兵部右侍郎了，必须为他找到合法性依据。钱谦益以东林领袖的身份，强凋“不复以党论异同”，捐弃前嫌，推翻逆案，起到了别人无法替代的作用。文秉评论道：“时马阮欲尽翻钦案，擢用杨维垣诸人，以钱（谦益）为东林领袖，欲令钱疏荐，以塞众议，以爰立诱 钱，钱遂出此疏。”
钱谦益在奏疏中的立论，不能说毫无道理，比如他指出“门户诸臣植党营私，断送社稷，断送君父”，确实是晚明政治中一大问题，但是据此企图抹煞“阉党”迫害东林人士的事实，为那些卖身投靠魏忠贤的“逆案中人”翻案，为阮大铖之流宵小之徒张目，无论如何有悖于历史，也有悖于他自己的良心。轻而言之，是为了仕途的飞黄腾达而讲了昧心话：重而言之，是出于私心，晚节有亏。夏完淳在《续幸存录》中，谈及此事，作这样的评论：“（马）士英欲起用蔡奕琛、杨维垣，恐物论不容， 以（钱）谦益人望也，属荐之。（钱）谦益乃阿（马）十英指，疏列四事、，曰严内治，定庙算，振纪纲，惜人才……大旨在颂马士英功，雪逆案诸臣冤。”钱谦益心甘情愿的被马士英利用，看来是不争的事实，其目的或许像他自己所讲的那样是珍惜人才，但后果却及其严重的。
事情的发展并不以钱谦益的愿望为转移。阮大铖的“逆案”洗刷之后，并没有捐弃前嫌，而是小人得志，立即报复，人力起用逆案中人，网罗爪牙，效法魏忠贤对付“东林党”的办法，编《蝗蝻录》《续蝗蝻录》，以东林人士为蝗，复社人士为蝻，罗织十八罗汉，五十三善才童子，七十二圣贤菩萨。又作《蝇蚋录》，罗织八十八活佛，三百六十五天王，五百尊应真，牵连千余人，企图把东林复社人士一网打尽，推行没有魏忠贤的魏忠贤主义。阮大铖被列入《明史》的奸臣传，完全是咎由自取。为这样一个人鸣锣开道，钱谦益有不可推卸的责任。联系到后来他的降清，我们彷佛可以看到某种互相贯穿的内在线索，那就是钱谦益的人格弱点，铸就了他的悲剧性结局。