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即然我们承认人本来就是具有物质机体有血有肉的动物，我们就不能不正视人的生理条件的存在，不能否认人除了有社会性之外，还有自然属性，即动物和生理本能的一面，饮食男女是驱动人去从事许多社会活动的一种动力，这一点谁都不会否认。但在自然主义以前，文学从来没有充分正视和认识需要对人的这一方面进行描写，作家往往只限于表现人是怎样做的，而为什么这样去做，至多只限于从善的“灵”和恶的“灵”方面加以一点探索，而自然主义则把人的生理的、性欲的以及各种自然的东西带入了文学，在左拉笔笔下，古波和绮尔维丝开始嗜酒，固然是出于对生活的失望，但也由于生理的需要；煤矿工人奋起罢工，固然是对阶级剥削不满，但缺乏维待生命的面包更是燃眉之急；他笔下的不少女主人公找上旧日的情人，固然是旧情未了，也是由于有肉体的需要；萨加尔对财富的无穷野心和他对于流浪儿童的慷慨，都可以在他对当年一文不名忍饥挨饿生活的记忆中找到原因。生理要求和冲动当然不是人性的决定条件，人的阶级性和社会性对于人的意识和心理活动确实起着更为重要的作用，但是，如果只看到阶级性和社会性，抹杀人的自然生理属性对人的作用，无疑又走到了另一个极端，这对于文学作品表现人的全部复杂性是没有益处的。因此，自然主义把人的“血”和“肉”的一面带入了文学的视野，应当是一个功绩。
对于在生理条件中强调遗传因素，也应该一分为二地看待。现在，我们早已不再把遗传科学视为唯心主义伪科学了。人类对遗传科学和基因工程的研究已为人类生活带了许多福祉。那么在研究人的文学中引入遗传科学，应该是完全合理的，如果作家多一点遗传学知识，并从遗传学的角度来加深对于人的生理方面的认识，对于文学的发展，当然是有益的，不应该全盘否定。左拉引进遗传科学的不理想之处，是由于当时的遗传学理论还处于比较初级的水平上，被左拉认为是科学理论的吕卡思医师的理论，其实带有许多臆想和推论的成份，因而左拉据之构想的鲁贡·马加尔家族的遗传世系树状图也就难免有一些编造的性质。虽然这个世系图所起的真正作用只是把同一家族的成员分布到社会的各个阶层和各个领域中去，以便展示各个社会领域的社会生活，但由于这种理论的深刻影响，左拉在描写他的人物的过程中往往自觉地运用这种不完善的理论，就使得其人物往往显出一种无法摆脱的我们可以称之为遗传宿命论的影响，在这种神密的影响下，人的任何主观努力都显得渺小和无能为力，这显然是不对的。
自然主义的不足，我们还可以举出一些。例如，它混淆了文学艺术与自然科学的界线，在强调自然科学对于文学艺术的意义的同时，又忽视了文学艺术形象思维的特点与规律，忽视了灵感、想像、激情等文学创作的要素。在强调客观、冷静的同时，又往往流于烦琐、冷淡和拖沓；把生活中一切存在的或可能存在的东西都加以描写，犹其是注重了对与人的生理有关的方面进行描写，又往往出现一些令人恶心反胃的场面，这些，即使是具有卓越文学才能的自然主义代表人物左拉有时也在所难免。
总的看来，以左拉为代表的自然主义文学扩大了文学描写领域，提倡真实，把作家的创作过程推得离社会生活更加贴近，更加注意表现更为广阔的社会生活，并且把人的生理性带入文学之中，把自然科学提高到文艺理论和进步。自然主义从文学发展的潮流来看，无疑属于现实主义，是现实主义的一个重要支流。它当然也有其局限，有些方面的不足之处还非常明显，但是，决不能将它一笔抹杀，一概否定。自然主义产生了像左拉、龚古尔兄弟、莫泊桑、德莱塞等一大批重要作家，对德国、日本、意大利、拉美文学产生了非常直接的影响，并随着文学的发展，更进一步地汇入到现实主义文学大潮之中。
辛勤的劳动者，勇敢的斗士
自从1871年投入《鲁贡·马加尔家族》的创作，左拉有二十多年都把主要精力放在他的宏大的家族系列巨著的建筑上。在这期间，他也写作了一些中短篇小说。如 《娜薏·米库兰》·1880年）写一个农村少女与东家少爷恋爱，在被玩弄之后却遭到抛弃。《南达》（1880年）写一个青年充当一个已经怀了孕的贵族小姐的名义上的丈夫，为贵族小姐遮丑，从而揭露上流社会败坏的道德和婚姻关系的丑恶。《内热翁夫人》（1884年），用一个青年第一人称的口吻，叙述他对一个贵夫人追求的经历，暴露了法国政界的肮肮交易和淫乱的性关系的联系。《夏布尔先生的贝肉》 （1884年）以讽刺的笔调，描写一个苦于没有子嗣的富商拼命服食贝壳肉，希望以此获得子嗣，结果一个漂亮青年与他的妻子偷情，使他有了一个儿子。《磨坊之役》是左拉的名篇，发表于1880年左拉和几个朋友共同出版的短篇小说集《梅塘之夜》上，小说以圆熟的艺术技巧，描写普法战争中一家平民在磨坊中英勇抗敌的故事，整篇小说充满了昂扬的爱国主义激情。《雅克·达姆尔》也是一篇反映严肃的社会历史题材的故事，故事的主人公是巴黎公社社员，他的儿子为巴黎公社的信仰而牺牲，他自己也在公社失败后被流放。等他回来，妻子已经嫁人，女儿也沦为一个娼妓，他衣食无着，在街上流浪，后来只有靠女儿卖淫所得过活。这篇小说发表于1884年，用悲剧的沉重笔调，祭奠了十多年前发生的造就人类历史上第一个无产阶级政权的伟大革命。
1893年，左拉完成了他的家族史小说《鲁贡·马加尔家族》。这时，左拉受到时代潮流的冲击，创作思想发生了变化。他对自己的家族史小说的创作感到不满意，力图要超越自己，超越自然主义，因此，他刚刚写完了家族小说的最后一部《巴斯加医师》，就马上着手创作他的第二套系列作品《三名城》。1894年，他发表了第一部《卢德尔》，1896年，他又发表了第二部《罗马》，1898年，他发表了第三部《巴黎》。左拉在这一套作品中探索了信仰问题。主人公毕埃尔·福洛芒是修道院的住持，他默默地注视着到卢德尔去的人群，心里充满了怜悯和忧愁，他梦想着一种纯洁的宗教，可是基督教会已经成为为统治阶级服务的工具，已经没有能力来拯救世界。在他住在罗马的日子里，他愈来愈认识到这一点，于是他回到巴黎，他看到一方面是有闲阶级的穷奢极欲，另一方面却是贫困和愚昧；一方面是荒淫堕落，另一方面是无穷无尽的苦难和不幸。但巴黎人民却向着未来努力奋斗，为了明天的世界，为了正义的理想，不断勤奋工作和斗争。于是毕埃尔·福洛芒抛弃了道袍，还俗结婚，但仍然为了正义和爱情继续传道，小说在歌颂生活、爱情、科学的理想明天中结束。这套小说，反映了左拉要为正义事业而自觉斗争的崇高热情，表示了他为信仰而奋斗的决心。在这种思想背景下，左拉毅然投入了德莱斐斯案件的斗争。
德莱斐斯案件是1894年在巴黎发生的一个重要社会事件，这个案件的发生和发展，对左拉生命的最后几年产生了深刻影响。
一名法国反间谍人员在德国驻巴黎大使馆的门房里发现了一份向德国情报部门出卖军事秘密信件。这封信件没有署名也没有投递日期。这时，法国第三共和正在第二帝国的废墟上艰难地站立起来，共和党人在选举中成功，力量正逐渐增强。但反动的保皇党人并不甘心失败，他们以军事参谋部作为最后的堡垒，寻机向共和党人反扑。这件间谍案经过国防部捕风捉影的调查，虚妄地认定有犹太血统的炮兵大尉德莱斐斯就是情报的投递者。右派势力和反动党团趁机煽动反犹太狂热，叫嚣要将所有犹太人清除出军队，对犹太人来一次大屠杀，并且在爱国主义和反犹太主义的旗帜下，把矛头指向民主派人士，企图推翻共和国、恢复帝制。1995年1月5日，在一片反动叫嚣之中，德莱斐斯被褫夺军衔，开除军职，被押着从4000人的军队方阵中走过，虽然他一再高喊冤枉，但被周围的一片辱骂声淹没了。他被判处终身监禁。
1896年，真正的罪犯艾斯代拉齐被揭露出来。但是因为事情牵涉到国防部的声誉和右派反共和阴谋，军队领导人拒绝重新审理案件，后来迫于舆论压力对案件进行了草率的审理，就匆忙宣布艾斯代拉齐无罪。
这个事件引起了左拉的注意，他在仔细研究过有关文件之后，又进行了调查，认定德莱斐斯是无辜的。于是挺身而出，在《费加罗日报》上发表了三篇文章，针对右派的攻击和诬蔑，左拉对支持重审德莱斐斯案的上院副议长舍来尔·凯思勒表示了敬意，对右派造出的关于为德莱斐斯辩护的人都是由一个犹太银行界辛迪加收买的谣言给予反驳，并驳斥每天早晨向人民灌输反犹太主义的右派报界，指出他们是在对爱国主义作一种卑鄙无耻的利用。
左拉这次又一次地被报界和报纸的读者者们围攻，但这次不是因为他的小说，而是因为他主持了正义。此后，报纸拒绝发表他的文章，他就把自己的看法印成小册子发表，1897年12月14日，他发表了《致青年们的信》，号召青年们反对专制，为正义而斗争。1898年1月6日，他又撰文向全法国发出呼吁。真正的罪犯艾斯代拉齐在1898年1月11日被判无罪，使左拉愤怒到极点，他写了一封《致共和国总统费里克思·富尔的信》，于1898年1月13日以《我控诉》为题，在一位被放逐过的巴黎公社社员渥昂主编的《黎明报》上发表，左拉在这篇檄文中公开控诉国防部和军事法庭的官员们犯了违背人道与正义的罪行，指出他们进行了罪恶的不真实的调查，伪造报告，组织无耻集团，左右舆论，混淆视听，有意识地开脱罪人，冒犯公法。这篇文章震动了整个法国，载有这篇文章的《黎明报》当天发行30万份，围绕德莱斐斯案件，整个法国都在争论，议会里形成了对立的两派，左派议员赞成左拉，而右派议员要求立即逮捕他，军队首脑声言，如果不严惩左拉，军队就会瓦解，并且威胁要集体辞职。在反动报纸一片恫吓声之中，左拉于1898年2月7日被传到法庭对质。在法庭审讯辩论过程中，军官们在法庭里拍手喝彩起哄，旁听席上的听众向左拉的辩护人鼓掌时，他们公然拔出军刀相威胁。在恐吓与辱骂声中，左拉镇定自若，他宣称：“我只有一个思想，真理和正义的理想。我是问心无愧的，我一定会胜利。”
法庭在强大的反动压力下宣告左拉有罪，他被判处监禁一年，罚金3000法郎。判决传出，反动派们欢腾了，在巴黎、里昂、马赛、南特、圣·马洛等地都暴发了反动示威，在法属阿尔及利亚还发生了屠杀犹太人案件。但进步人士也越来越多地加入支持左拉的行列，要求重审德莱斐斯案件的呼声也越来越高，左拉的正义行动和他的 《我控诉》，使得德莱斐斯案件的争论扩大为进步与反动势力的政治斗争，构成了19世纪末法国政治生活中的重大历史事件。
为了抵制法庭的不公正判决，左拉听从了朋友的劝告，于1898年7月18日流亡到伦敦。1899年6月，由于德莱斐斯案件真相逐渐显露，高等法院不得不推翻对德莱斐斯案件的判决，左拉也于两天后回到法国，他继续上诉，为德莱斐斯案件的彻底解决而斗争。
德莱斐斯案件最终以右派失败而告终，随之而来的，是一个以允许集会结社自由为标志的进步时期。在这个事件中，左拉表现出了热爱真理、不怕威胁、勇于为正义而斗争的崇高品质，表现出了他的无私无畏的伟大人格，这使他受到法国进步人士的衷心敬佩。
就在左拉被迫流亡到伦敦的时候，他开始动笔写他的构思已经很久的又一个系列著作《四福音书》。在这以前，他阅读了傅利叶的空想社会主义著作，这些著作对他产生了如此深刻的影响，他简直感到心悦诚服，以至于在他的《四福音书》中，浸透了傅利叶的思想。
《四福音书》的第一部《繁殖》是在英国写成的，在这部著作中，他着重歌颂了家庭，表现了他的社会理想中对社会基本单位的家庭和睦的憧憬。第二部《劳动》是一个系列中最重要的著作，在这部书中，左拉塑造了一个比《萌芽》中的艾蒂安、马赫等更为进步的重工业无产者的形象，但他的进步不是表现在与资产阶级剥削的斗争中的，他的进步，主要反映他对未来社会的憧憬上。在书的结尾，在他经过对社会现实长期深入的研究之后，他的心中骤然升起了一个未来理想�