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作为父亲身边最得力的助手之一，萧道成称帝后，萧赜顺理成章地做了皇太子。父亲驾崩，他年纪已经有四十三岁，无论从能力还是经验上，都是担任皇帝的最佳年龄。萧赜呢，也算个合格的皇帝，他行事果断，执法宽厚，深识大体，又和父亲一样见证了刘宋的腐朽亡国史，推崇“宫中俭，天下富”的治国理念，南齐在他的治下经济有了一些起色。他的“永明”时代是自“元嘉”以来第二个比较稳定的时期。（著名的南朝诗歌体“永明体”就产生于这一时代。受佛教的影响，汉语音韵四声的理论日益成熟，诗歌创作的平仄韵律就有了保障，永明体的诗歌多以五言四句、八句为主，非常接近于唐代的绝句与律诗。）南齐皇室萧子显所撰的《南齐书》称颂永明的十一年间“百姓无鸡鸣犬吠之警，都邑之盛，士女富逸，歌声舞节，袨服华妆，桃花绿水之间，秋月春风之下，盖以百数”。虽为溢美之辞，但也的确有事实根据，加上这一时期南北之间没有什么大规模的战争，而以和平交往为主，萧赜的统治还是颇有可称道的地方。
萧赜吸取刘宋兄弟阋墙的教训，又谨遵父亲临终的教诲：“宋氏若骨肉不相图，它族岂得乘其弊？汝深戒之。”他与同样很有才干，受父亲喜爱的弟弟豫章王萧嶷关系保持得不错，对其他的萧氏宗室也能充分信任。萧赜在这一点上做得要比同为守成之君的宋文帝刘义隆强一些，但是也仅限于此，他容人的肚量并不大，几个留下来的功臣忠臣都被他诛杀。
萧道成在位时，司空谘议荀伯玉曾向萧道成参过一本，揭发萧赜纵容亲信张景真为非作歹。萧道成非常生气，在萧赜外出拜谒皇陵的时候，派人入东宫捕杀了张景真。父子的关系闹得非常僵，多亏大臣们求情，萧赜才逃过一劫。事后萧赜听说整件事情是荀伯玉在背后作梗，自然与他结下了梁子。
萧道成撒手人寰，萧赜立即开始算老账。永明元年（公元483年），他下诏诬陷战功卓著的五兵尚书垣崇祖在江北边境上集结力量，与荀伯玉谋反，将这两个人都给抓起来杀了。
接着轮到车骑将军张敬儿，这家伙就死得更冤枉了。他的妻子经常梦到全身发热，每次一有那种梦，张敬儿总会发达一把，非常怪异（其实也不奇怪，很可能只是身体某方面的疾病的体现，碰上一些巧合而已）。他就到处对亲朋好友夸耀，而且还添油加醋讲一些更离谱的梦，比如他说自己梦到家乡的树长到天顶。这些梦话被一名太监传到萧赜那里，就成了不臣犯上的罪证，恰好又有人报告萧赜，说张敬儿还经常和蛮族人打交道，萧赜终于起了疑。他在会见群臣的宴席中当众捉拿了张敬儿，宣布了一堆捕风捉影的罪名，将他与他的几个儿子一并处死。这么一个开国功臣就白白死在做梦上头了。（总体上看，齐武帝与宋明帝正好相反，后者是对兄弟多疑，对臣下宽厚，齐武帝则是对兄弟宽厚，但对臣下十分地不信任。宗室之间矛盾重重固然会导致内乱，但皇帝至少还有一批可用之人，如果对人才也不能放心使用的话，那就很难有所作为了。仅凭这么一点，我们就可以断言南齐一朝的格局也不可能大到哪里去。）
问题总是多于成绩，刘宋失败所留下的弊病，萧道成没有解决，萧赜也没能解决。到永明三年（公元485年），各种问题来了一次总爆发，在会稽发生了声势浩大的大起义。
起义的根源就是“检籍”，会稽一带由于出现了大量却籍人口，朝廷就下诏将却籍人口充往边疆服役，这一来更加造成社会的不安定因素。
富阳的一名却籍百姓唐寓之自称会法术，在新城（今浙江富阳一带）聚集了四百多人，迅速攻陷了新城、富阳、桐庐等地。附近的那些丢了黄籍、对政府不满的人听到这一“鼓舞人心”的消息，纷纷前往投奔，唐寓之的部众一个月中就扩充了近百倍，达到三万之多。
起义军达到这个规模，跑到哪里都会加入一些逐大流的群众。南齐各地的守备如纸糊的一般，被这乌合之众在统治的核心地带打了个遍地开花。永明四年（公元486年），唐寓之的军队先后攻陷了钱唐（今浙江杭州）、盐官（今浙江海宁西南）、诸暨、余杭，并分兵向南攻陷东阳（今浙江金华），杀掉了东阳太守、萧道成的族弟萧崇之。
一连串的惨痛失败令建康的朝廷大为震动，萧赜赶紧派出皇城的精锐部队——台军前往镇压。
唐寓之的志向并不大，几场胜利之后就觉着自己得了天命。他在钱唐就地称帝，改国号为吴，改元兴平，设置百官，以为可以和南齐分庭抗礼。结果台军的数百骑兵和数千步兵一杀到钱唐，唐寓之就乱了阵脚——哪见过这么勇猛的骑兵部队！乌合之众一战而溃，唐寓之被俘身亡，几万人的大起义呼啦一瞬间就失败了。
台军战斗力虽强，军纪却很糟糕，攻入钱唐后，不但拘押了大量却籍民众去服役，还大肆抢掠城中的百姓。萧赜听说后，马上下令问罪，台军军主、前军将军陈天福被斩首，左军将军刘明彻被免官削爵。
朝廷方面在整件对付起义军的行动中毫无可圈可点之处，对付却户的方式更是愚蠢无理之极。许多人被迫背井离乡，去齐魏边境的淮水充军，一呆就是近十年，永明八年（公元490年），萧赜正式承认十年以来的“检籍”制度彻底失败，下诏所有升明以前的户籍可以重新恢复，发配戍边的却户可以返回原居住地，只不过对以后再在户籍上弄虚作假的人要予以严惩。（要求政府部门承认政策的失败往往是非常困难的，尤其是“一朝一治”的人治时代，像这几年中国政府终于承认某些改革措施的失败，并且着力去纠正问题，从某种意义上说至少是值得称许的。）
“检籍”失败之外，萧赜大约还有另一个大遗憾，那就是巴东王萧子响在担任荆州刺史期间闹出的乱事（荆州在整个南朝期间就是祸乱之源，谁给搁在那里谁就“疯狂”）。
萧子响是萧赜的第四个儿子，才二十二岁，力大无穷，武艺高强，又擅自选拔了六十名武士做贴身侍卫，并且与荆州的蛮族私下里交换武器。萧赜派长史刘寅等八人到荆州深入调查此事，萧子响听说有官差来检查，心中犯嘀咕，执意要求出示诏令。官差们则咬定要先检查，双方争执不下，萧子响莽撞，一发火，直接下令绑了八个人，统统砍头，并向父皇禀明情况。
严格来说这件事情父子俩都有责任，萧赜没有与萧子响很好地沟通，又没挑好合适的办事人员，把本来可以和平解决的问题给捅大了。萧赜听说派去调查的人竟然被儿子砍了，当即大怒，任命九子、随王萧子隆为荆州刺史，又要派淮南太守戴僧静领兵讨伐萧子响。
戴僧静提醒说：“巴东王年少，刘寅这帮人逼得太急，导致他做事不考虑后果。何况是陛下的亲儿子，算不得大过！要是忽然兴师动众去攻打，反倒会搞得人心惶惶，那就麻烦了。我戴僧静不敢领命。”
萧赜心说有理，就转移目标，派卫尉胡谐之、游击将军尹略和中书舍人茹法亮率领几百台军前往江陵，只搜捕萧子响左右那些小人，并吩咐说：“萧子响若是束手回京请罪，可以保全他的性命。”
不曾想这回又是所任非人。胡谐之的副手、平南内史张欣泰劝胡谐之以利害关系对萧子响的左右做好思想工作，做到不战而屈人之兵，胡谐之偏偏不听。一到江津，胡谐之的大军就修筑了一座城垒，摆出一副兵戎相见的样子。
萧子响害怕，多次派使者向胡谐之解释：“天下哪有儿子反叛老子的呢？我也不是想造反，只不过是行事粗心鲁莽罢了。我愿意乘单舟到朝廷中面见父皇，讲明情况，接受处罚。你们何必筑城捉我呢？”
胡谐之和茹法亮都不理不睬，唯独尹略说了一句话：“谁跟你这种叛父的逆子讲话！”
萧子响郁闷地拼命哭泣，他又杀牛备酒，派人送到胡谐之的军中，没想到尹略收了这些吃的，全都倒到了江里。萧子响又想与茹法亮通话，要求会见传达诏令的官差。茹法亮并不派人前去见面，反而将萧子响的使者关押了起来。（从这一段看得出萧子响本质完全不坏，这事坏就坏在某些急于扬名立万的小人手里了。）
萧子响被惹毛了，组织了自己所养的勇士以及府上兵士两千多人，亲自到长江堤上驻防，两军一交战，台军大败，“目中无人”的尹略战死，胡谐之等人都乘了单艇逃走。
萧子响无心与父皇对抗，就带了三十名左右亲信，乘坐小船，顺江而下，准备到建康向萧赜讲述详情。
半道上遇到的人却要了他的命，此人便是萧道成的族弟，后来梁朝的开国皇帝萧衍的父亲——丹杨尹萧顺之。萧顺之带的军队本来是胡谐之的后继，胡谐之打了败仗后，萧顺之也不可能孤兵深入，进攻萧子响。哪料到萧子响却自己送上门来，一把鼻涕一把眼泪地想向萧顺之申诉明白。萧顺之根本不听他那一套，他在离开建康时已经接受了太子萧长懋的密令：尽早送萧子响上西天（萧长懋对这个弟弟是最为忌惮的，这次自然要假公济私一把）。萧顺之就看准机会，在演武的射堂中用一根绳索将萧子响缢死。
齐武帝萧赜的很多做法本意不坏，却接连不断地下出昏着。齐国在他死后才真正衰亡，可衰亡的种子在表面歌舞升平的永明末年就已暗暗埋下了。
萧赜在位期间，除了永明五年至六年（公元487年—488年）桓天生在南阳旧城起兵交结北魏，边境上闹过冲突外，一直维持“北方无战事”的状况。到了统治的最后一年，即永明十一年（北魏太和十七年、公元493年），萧赜忽然下令在石头城修造三千辆战车，准备攻打丢失多年的淮北重镇彭城。
消息传到平城，宋国宗室刘昶几次面见孝文帝，向他哭诉，要求出兵南征，以雪前耻。孝文帝便在经武殿大会公卿，议论讨伐南齐的大计，并于淮、泗一带招兵买马，广积粮草。萧赜这边则以右卫将军崔慧景为豫州刺史，随时准备抵御魏军入侵。双方剑拔弩张，一场大战似乎在所难免。可是谁也没有想到，这次冲突却引发了北魏自上而下的“大革命”——迁都洛阳。
其实在迁都前一年的太和十六年，有一项容易被人忽视的细节就很值得玩味：孝文帝召集群臣，讨论北魏政权的德运行次问题。
德运行次，或称五德终始说，是发端于战国阴阳家的学说，到了汉代以后成了封建帝王控制统治合法性的得力工具。简而言之，这套学说是指，每个朝代都有它所对应的德运，用五行之一来表示。改朝换代，说到底就是德运之间的相生相克。比如说两汉就是火德，魏、晋分别是土德和金德，对应的正是五行中火生土、土生金的原理，后来南朝接承东晋，以正统自居，当然也就自觉继承，宋是水德，齐是木德，等等。
问题出在北朝，西晋灭亡后，北方大乱，十六国中勉强像样点的政权，大概也就前后赵、前后燕、前后秦这几个。而这几个朝代的君主为了维护统治，也早给自己的德运对号入了座。石勒的后赵认为自己继承的是西晋政权，所以德运就是水德，慕容氏的燕国认为自己灭了后赵而称霸北方，所以遵从木德，苻坚灭前燕统一北方后，也把德运承接了过来，为火德。北魏前期的君主们认为拓跋氏起家靠的是前秦的大分裂，以前秦的当然继承者自居，德运应该算土德。中书监高闾就是这么认为的，他说：“帝王都是以中原为正统，统治的善恶、长短是不计较的。所以就算桀、纣无道，周厉王、晋惠帝昏庸，也不能改变夏、商、周、晋等朝的正统地位。占据中原的皇朝自晋以后，就是赵、燕、秦这几朝，我们魏国继承秦国的火德，当然就是土德了。而且我们的国姓拓跋出于黄帝轩辕，黄帝也是土德，微臣以为我朝德运应为土德。”说的正是北魏建国以来的传统观点。
秘书丞李彪和著作郎崔光并不同意，他们说：“我们的始祖神元皇帝和晋武帝就有往来，桓帝、穆帝等又辅佐晋室，所以我朝的运祚其实承继的是司马氏的晋朝，赵、燕、秦那些朝代，局促一隅，哪有资格谈德运，咱们魏国怎么可以舍晋而为土德呢？”这席话的意思，就是利用曾被西晋封为代王的拓跋猗卢等人与晋朝的关系，将中间经历的小王朝全部视为谮伪（这也就是后来崔鸿撰写《十六国春秋》的理论根本），以水德直接继承晋朝的金德。
辩论异常激烈，但李彪等人的观点调子高，逐渐赢得不少大臣的支持。孝文帝最后拍板，就这么办，魏国的德运改为水德。
德运这玩意虽说是些宣扬天命变换的鬼把戏，其中的内涵却能反映北魏不同时期的自我定位。遵奉土德，那就是以中原政权自居，继承的是西晋分崩离析后的大分裂局面，充其量也就是个割据王朝；遵奉水德就不同了，继承的是晋朝，而晋朝是沿袭汉、魏（曹魏）传下来的，是中华政权，比中原政权要高一个档次。孝文帝的决定说明，这个时候的北魏已自视为高举中华文化火炬的正统王朝，包括东晋在内的南朝政权的合法性都被否定。既然如此，那么接下来的一系列彻底的汉化措施也就势在必行了。
首要任务是迁都。北方汉人认庙不认神，你把国都放在僻处北疆的平城，顶多就是个坐大了的胡人国家，只有定鼎河、洛，追随汉、晋那样的大一统王朝，才能够被广大人民群众所接受。然而迁都是大事儿，哪能说迁就迁，孝文帝深知鲜卑贵族们顽固守旧的特点，如若草率宣布迁都，肯定会招致强烈的反对，甚至会造成朝中的分裂，到头来还是不了了之。要做成大事，只可“智取”，不可“强攻”。
萧赜北伐的传闻给了他契机，一条计谋在他心中酝酿成熟。这一天，他宴请群臣，忽然装作心血来潮，请身边的太常卿卜卦，一把算下来，碰上了易经六十四卦中的“革”卦。孝文帝激