年多的时间，在大英博物馆等处认真研读欧美各种思想流派的著作，并就地考察英国的社会状况，思索着西方各国政治制度的得失。他后来自述：此期间“所见所闻，殊多心得。始知徒致国家富强、民权发达如欧洲列强者，犹未能登斯民于极乐之乡也，是以欧洲志士，犹有社会革命之运动也。予欲为一劳永逸之计，乃采取民生主义，以与民族、民权问题同时解决”②。他在理论上的探讨导致了日后三民主义学说的形成。
从光绪二十三年七月（1897 年8 月）起，孙中山居日本历4 年余。他广① 《上李鸿章书》，《孙中山全集》第1 卷，第8—18 页。
② 《檀香山兴中会盟书》，《孙中山全集》第1 卷，第20 页。按：史学界另有一种意见，认为，此誓词乃于香港兴中会成立后提出的。
泛结交日本朝野人士，与部分旅日华侨和留学生建立联系，支持菲律宾、越南的民族解放运动。国内戊戌变法失败后，他一度争取与逃往日本的梁启超等维新派人士联合，但因双方在对待清朝的态度上存在着原则性分歧而未能实现。他又派遣兴中会同志在香港创办革命喉舌《中国日报》，并加紧联络珠江流域和长江流域的会党组织。光绪二十五年（1899）冬，兴中会、广东三合会和两湖哥老会的代表在香港举行会议，联合建立了“兴汉会”，推举孙中山为总会长。是时，帝国主义列强加紧对中国的疯狂掠夺。侵占中国领土和划分势力范围，义和团反帝爱国运动在华北蓬勃兴起。帝国主义列强拼凑八国联军发动大规模侵华战争。孙中山决定利用这一时机在广东起事，以挽救民族的危亡。他计划同与清廷有矛盾的两广总督李鸿章合作，先实现两广独立，再由南到北建立全国性共和政权。为了推进这个计划，一面与李鸿章的幕僚刘学询、曾广铨联系，一面通过何启要求香港总督卜力（H。A。Blake）给予支持。与此同时，孙中山积极筹备武装起义，派遣郑士良在惠州集结会党力量，史坚如、邓荫南在广州设立策应起义、实行暗杀的机关，其他同志分头联络各府、州、县，杨衢云、陈少白、李纪堂等则在香港筹饷购械。不少日本人也参与起义的筹划和募款工作，其中包括真诚帮助中国革命的宫崎寅藏等以及抱有不同动机的人士。日本政府曾一度想利用孙中山，后因内阁更换，乃禁止武器出口和日本军人参加起义活动。光绪二十六年（1900）夏，由于英国政府不同意香港总督支持两广独立的计划，李鸿章又应诏北上，孙中山遂转而全力准备在内地起义，往返于西贡、台湾等地就近进行部署。同年闰八月十三日（10 月6 日），郑士良率600 人在惠州三洲田起义，攻占一些村镇，起义军发展至2 万人。但起义队伍粮械不继，被数量上占优势的清军包围，在坚持了10 多天后，乃根据孙中山的指示予以解散。史坚如则在广州谋炸署两广总督德寿未成，被捕牺牲。孙中山领导的第二次武装起义又告失败。
就在惠州起义前后，以康有为、梁启超为首的保皇会在海外的势力迅速膨胀，处处侵占革命派的阵地。甚至连孙中山亲手创立的檀香山兴中会，也因受梁启超的影响而变质和瓦解。光绪二十九年（1903）秋，孙中山前往檀香山，在改组兴中会的基础上建立了名为“中华革命军”的组织，并在入会誓词中提出了“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”的16 字纲领。与原来的兴中会主张相比，这个新纲领的民主共和要求更为明确，而且增添了解决土地问题的内容。他为了争取华侨更广泛的支持，还在檀香山加入洪门，被授予“洪棍”之职。与此同时，他在《檀山新报》上撰文与保皇派论战，批判君主立宪的主张。次年春，他转赴旧金山，协助致公堂（洪门堂号）在美国各城市对其会众实行注册，并大力宣传民主革命思想。孙中山的这些活动，虽对削弱保皇派的影响起到一定的作用，但却未能取得华侨对民主革命事业的有力支持。
第三节组织中国同盟会，提出三民主义学说正当孙中山在美国努力寻找革命的支持力量时，随着中国社会半殖民地化的加深和民族资本主义经济的发展，以及办学堂和出国留学风气的盛行，已经涌现了一大批具有民主革命觉悟的新型知识分子。他们在民族危机的刺激下，从爱国走向革命，在东京、上海等地编撰和出版了大量革命书刊；由他们所发起组织的民主革命团体，如湖南的华兴会、湖北的科学补习所、江浙的光复会等也相继成立。不少革命者在国内策划反清起义失败后，又纷纷逃到了日本。孙中山深受日益高涨的革命形势的鼓舞，认为中国革命必须以这些知识分子为主要依靠力量，必须把他们联合到一个大团体内以协调全国的革命运动。于是，他离开美国往欧洲，先将旅居比、德、法等国数十名中国留学生组织起来，然后在光绪三十一年六月（1905 年7 月）来到了当时中国留学生和革命流亡者的集中地——日本东京。
孙中山一到东京，便前往拜访华兴会领袖黄兴，商谈联合，深得黄兴赞同。随后又与其他革命者和进步留学生频频磋商，取得了一致意见。六月二十八日（7 月30 日），孙中山约集倾向革命的留学生（其中有兴中会、华兴会部分会员）共70 余人举行会议，决定成立“中国同盟会”，并以孙中山提出的16 字纲领作为同盟会宗旨。七月十三日（8 月13 日），1000 多名留学生隆重举行欢迎孙中山大会。孙中山发表了充满爱国激情的演说，号召与会者以革命手段在中国“建一头等民主大共和国”①，并争取在20 年内把祖国建设成为超过日本和西方的强国。这次集会，起了从思想上动员留学生参加同盟会的作用。七月二十日（8 月20 日），孙中山主持了约100 人出席的同盟会成立大会，通过同盟会总章，孙中山被推举为总理，同时确定了各部职员的人选。同盟会成立初期的领导核心由孙中山、黄兴、汪精卫、邓家彦、张继、朱炳麟、陈天华、田桐、胡汉民、程家柽、廖仲恺、何天瀚、宋教仁、朱执信等组成。
中国同盟会是近代中国第一个资产阶级政党，它的诞生使中国民主革命运动有了一个指导中心。数年之内，海内外纷纷建立同盟会支部和分会，会员激增至数万人。“从此革命风潮一日千丈，其进步之速，有出人意表者”①，孙中山对此甚感快慰。
同年十月，同盟会机关报《民报》在东京创刊。孙中山在发刊词中，把同盟会的16 字宗旨归纳为“民族”、“民权”、“民生”三民主义。此时的三民主义学说，其核心内容是要通过民族主义和民权主义达到一个政治目的，即在中国建立民主共和制度来取代清朝君主专制统治；至于民生主义，则企图通过“平均地权”防止资本主义发展所产生的祸害。三民主义是一面富有号召力的资产阶级民主主义的革命旗帜，它把散居各地的广大革命者集结成为具有共同理想基础的伟大战斗力量。《民报》在孙中山的思想指导下，以大量篇幅阐发同盟会的政纲即三民主义学说，论证以革命暴力手段推翻清朝统治的必要性，并对保皇派展开了毫不留情的批判。它广销海内外，对提高人们的民主革命觉悟起了重大作用。
① 《建国方略·孙文学说》，《孙中山全集》第6 卷，中华书局1985 年版，第232 页。① 《在东京中国留学生欢迎大会的演说》，《孙中山全集》第1 卷，第279 页。第四节策划反清武装起义同盟会成立后，孙中山把主要的时间和精力投入到策划反清武装起义的实践中。他和黄兴派遣一部分同盟会员秘密回国筹备起义，自己则先后赴越南西贡以及南洋各埠建立同盟会分会，并募集起义经费。他还与黄兴、章太炎等一起制订了由10 余篇文件组成的《革命方略》，以备在各地发动起义时应用。
光绪三十二年十月（1906 年12 月），少数同盟会员联络湘赣边境洪江会、洪福齐天会，发动萍浏醴起义，遭清廷镇压。日本政府徇清公使之请，要求孙中山离开日本。光绪三十三年二月（1907 年3 月），孙中山抵越南河内建立了领导武装起义的总机关，以广东、广西和云南作为起义地点。他认为这三省地处边陲，群众基础较好，易于举义；地域宽广，利于迂回作战；又便于从国外输送武器和人员。他计划首先在广东潮、惠、钦、廉四府同时发动，再把起义烽火引向广西、云南，以南方数省为根据地，向长江流域和黄河流域推进。孙中山在河内、海防、南圻等相继成立了同盟会分会，还接纳了广西著名会党首领王和顺、游勇首领黄明堂等加入同盟会。他分别派遣许雪秋、邓子瑜等赴潮州、惠州联络会党，黄兴、胡毅生赴钦州、廉州运动新军，汪精卫、黄隆生等赴南洋一带劝募军饷；日籍同盟会员萱野长知、宫崎寅藏等则在日本购运军械，胡汉民、冯自由在香港做策应联络工作。
但是，起义的实际进程并未按照孙中山的预想发展。革命党人往往准备不周，起事仓促，且为清军所迅速镇压。是年共发动了四次起义：陈涌波、余既成指挥的潮州黄冈之役，邓子瑜指挥的惠州七女湖之役，王和顺指挥的防城之役，黄明堂指挥的镇南关之役。镇南关之役爆发的次日，孙中山曾偕黄兴、胡汉民等自河内赴前线参战。这次起义失败后，清廷要求法国殖民当局把孙中山驱逐出境。孙中山乃于光绪三十四年二月（1908 年3 月）离越南前往新加坡，而委托黄兴、胡汉民继续主持起义工作。孙中山走后不久，又发动了由黄兴指挥的钦、廉和广西上思之役，以及由黄明堂、王和顺指挥的云南河口之役。这两次起义坚持的时间较久，但在清朝重兵包抄和因法国封锁边界而断绝后援的情况下，辗转苦战，最后仍然溃败。孙中山在西南边境领导的以会党、游勇为主力的6 次武装起义，均告失败。
起义的接连失败，丝毫动摇不了孙中山继续革命的坚强意志。他在当时指出：“吾党经一次失败，即多一次进步”，失败之后必须“谨慎戒惧，集思补过”，这样“则党力庶有充实之时”②。他在新加坡总结起义的经验教训时已意识到了依靠会党为主力所产生的弱点，认为它的纪律松弛，战斗力不及新军，预言“今后军队（按指新军）必能继起”。因此，他密令一些同盟会员分头运动新军①。这是孙中山关于武装斗争方针的一个重要转变。
当时，新加坡的保皇派报纸对孙中山起义屡次受挫进行嘲讽和中伤，并趁机大肆攻击中国民主革命道路。孙中山在《中兴日报》上连续发表3 篇文章给予坚决反驳，从而在南洋各埠掀起了一场革命派对保皇派的激烈论战。影响所及，使更多的侨胞投向了革命营垒。在孙中山及其战友的努力下，同② 《建国方略·孙文学说》，《孙中山全集》第6 卷，第237 页。
① 《〈支那革命实见记〉序》，《孙中山全集》第1 卷，第375 页。
盟会在各埠建立了数十个分会，吸收了数千名会员，并在这一基础上成立了同盟会南洋支部。他为了筹集更多资金以组织新的起义，于宣统元年四月（1909 年5 月）赴欧美。
同年九月，胡汉民按照孙中山的部署在香港成立同盟会南方支部，用数月的时间筹集资金，运动以广州新军为主的武装力量，准备再次起义。孙中山也从旅美华侨中募得港币8000 元，汇回以充军需。宣统二年正月（1910年2 月），广州新军与巡警发生冲突，同盟会员、新军排长倪映典率领3000名士兵仓卒起义，当天即遭镇压。
孙中山得悉新军起义失败后并不灰心，为筹划新的起义而继续努力，他在美国的一些城市建立同盟会分会，又在旧金山成立了美洲同盟总会（即同盟会美洲支部）。在由他起草的入会盟书中，将同盟会的名称改为“中华革命党”，将16 字纲领改为“废灭鞑虏清朝，创立中华民国，实行民生主义”①；并发函通知南洋的同盟会组织照此办理。但他指出，今后对同盟会和中华革命党的名称“两者俱可并用”②，而纲领的措辞虽有不同，仍是反映了三民主义的内容。孙中山之所以作此改变，与同盟会内部矛盾的激化有密切关系。早在光绪三十三年他到河内领导西南边境武装起义时，留在东京的一部分同盟会员章太炎（《民报》主笔）等，便曾因《民报》经费和起义受挫等问题，要求罢免孙中山的同盟会总理职务。两年后，陶成章（原光复会员）又因孙中山不愿再为《民报》提供经费，拒绝帮助他为在江浙举事筹款，而纠集了一部分同盟会员对孙中山大肆诋毁攻击，再次要求罢免孙中山，并于宣统二年正月在东京重建了独树一帜的光复会。这两次倒孙风潮，虽由于黄兴等的坚决抵制而平息下去，但孙中山因此不再承认设在东京的同盟会本部的领导作用，而是以总理名义建立自己的权力中心，直接领导同盟会南方、南洋美洲各支部的活动。改变组织名称和纲领措辞，便是他试图改组同盟会所采取的措施。
孙中山除了动员旅美华侨为国内革命运动提供财政支持外，还与美国退休银行家布斯（C。B。Boothe）和军事研究家咸马里（Homer Lea）订立协议，拟向纽约财团借贷巨款以发动大规模起义。宣统二年（1910）夏，他到达马来半岛等候数月而接不到布斯等的任何汇款，原因是纽约金融界不愿贷款给孙中山。正当此时，孙中山从外国报章获悉日、俄两国为进一步掠夺中国东北地区而重订了密约的消息，感到祖国危亡迫在眉睫，便决定尽速组织起义。同年十月，他召集黄兴、赵声、胡汉民、黄金庆、邓泽如等革命骨干在槟榔屿举行秘密会议，批评部分同志的悲观消极情绪，剖析“革命之风潮已盛，华侨之思想已开”的种种有利条件，提出了在广州再举的意见①。会议接受孙中山的主张，决定集中全党的人力、物力和财力，夺取广州后分兵两路向湘、赣进发，同时组织长江�