让作者惊讶的是，寻求改变的男女患者中大约60％是已婚人士（尽管其中大多数的夫妻关系都很疏远，和配偶之间也很少有性生活）。对于“性取向的逆转”，成功与否常常取决于促使病人前来寻求治疗的原因。那些情况真的非常糟糕的人通常都害怕曝光，或者是出于配偶的压力才来到这里。“当患者私下里跟治疗师说诸如‘我当然需要偶尔和朋友相处的机会’或者‘我想要95％是异性恋’这种自证有罪的话语时，他们会被拒绝治疗。”他们在书中说明道。特别是对于男性患者，他们不希望治疗成为“误导他们妻子的一种方式”。
改变的病例由于涉及性别的定义以及“究竟什么对病人最好”这样的问题而给治疗师们提出了很多挑战。在他们的书中，马斯特斯和约翰逊描述了一个已婚男人无法使自己的婚姻圆满，也没法和其他女人做爱，最后“自暴自弃之下开始了同性性交”。4年之后，这位男子和“他依旧坚定的妻子”来到了诊所，一心希望可以“消除”他的同性恋倾向，让他成为一个和异性性交的丈夫。在另一个看似不可能的病例中，一个被评为金赛6级的女人，“在经历了11年活跃却不理想的同性恋生活之后”，成功地找到了一个她想要与之共同生活的男人，并且在和他“进行性生活时实现了性高潮”。马斯特斯和约翰逊承认，如果病人没有强烈的动机，他们成功的概率会明显下降。尽管如此，他们的“成功率”——事实上是以“失败率”表示的——非常高，并且成为了世界各地的头条新闻。在67位“对同性恋倾向不满”的男女患者中，只有14人在最初两周的治疗中失败了。在为期5年的随访期间，总体失败率是28。4％，也就是说改变性取向的成功率超过70％，这是当时精神病与精神分析学界无法想象的一个数字。他们在自己的书中承认说，有一些病人失去了联系，这让最终数据多少有些“失实”。基于弗洛伊德理论对美国社会的支配地位，马斯特斯和约翰逊知道他们的发现将会被看作对精神分析的进一步摒弃。“性功能障碍或性生活不和谐的同性恋男女，其治疗的总体失败率是不可能低于80％到90％的，这种观念显然是错误的。”他们在书中声明道。他们责怪精神治疗师过于轻易地接受“失败”，没有控制陷入困境后产生的偏移。太多人假设病人会最终返回到同性恋状态——这种观点“同样也被同性恋群体所采纳，并大肆地宣扬”。
《同性恋研究》一书中没有比改变疗法这一点更具争议的了，其分歧持续了数十年。同性恋解放运动中的激进主义分子以及研究同性恋的社会科学家尖锐地批评说，这种理论是危险的、愚蠢的。就像作家贾尼斯·艾尔文后来评论的，“全书上下，他们都强调当同性恋没什么问题，但是他们知道如何纠正，只是怕我们不知道而已。”几乎同一时间，宗教保守派与右翼时事评论员都抓住了马斯特斯和约翰逊的研究中对于男同或女同生活方式属于个人选择而非神的创造这一主张。在“先天与后天”的永恒争论之中，他们强调说缺乏遗传学的证据，并暗示不恰当的行为以及环境是成为同性恋的主要原因。福音派信徒通过祷告来“治愈”同性恋，把他们重新带回异性恋的正途，就和《圣经》以及如今像马斯特斯和约翰逊这样的世俗论者对同性恋所做的一样。他们传递的信息十分清楚： 男同或女同是可以改变的，如果他们真心想要改变的话。
然而，即使是马斯特斯和约翰逊的老朋友以及追随者们都表示了质疑。曾经对《人类性反应》一书的成功发挥了至关重要作用的《美国医学学会杂志》，如今表示对此保留意见。“作者陈述说同性恋是一个无法忘记的习得行为，这是一个值得探讨的观点。”后来改名为“纽约医院”的康奈尔医学中心的劳伦斯·J·哈特勒医生宣称：“把一个长期以来都是同性恋的人在短短两周时间内改变成为异性恋，这对于我来说简直是不可思议的事。”另一个长期合作伙伴《花花公子》杂志也开始质疑他们的改变理论时，约翰逊没有了耐心。“在个人选择这件事上，我们并不是在决定哪一个对哪一个错。”在一次访谈中她厉声说道，并引出了一直以来的老调子，“顺便说一句，有些同性恋者并不希望自己是同性恋，这可不是什么新闻。”
然而在幕后，唯一真心相信改变理论的人只有比尔·马斯特斯。
在《与媒体节目》的节目上以及整个媒体见面会中，约翰逊尽职尽责地维护着《同性恋研究》，把它当作自己最珍贵的作品。但私下里，吉尼对于其中的方法和结果深感不安，甚至曾一度哭泣，认为自己与这项计划疏远了。数年之后，对于书中所声称的将男同改变为直男的方法，她显得一点也不确定。“有很多同性恋夫妻前来找我们——其中一些是女性，大多数是男性。”她说，“但我们从未说过，‘我们可以改变你。’”
关于这本书的骚动开始于10年之前，那时许多人相信马斯特斯和约翰逊几乎可以改变所有人的性生活。当时还在纽约哥伦比亚长老会医学中心精神病科担任临床教授的亚历克斯·乐维医生转诊了一个20多岁的年轻男子给他们。这位年轻男性和自己的父亲一起工作，非常渴望组建自己的家庭，他的父亲是纽约服装行业杰出的富商。改变疗法有效了一段时间，但没有持续很久。“他结了婚，并有了自己的孩子。他可以正常地进行性生活。”乐维回忆说，“但是，就像其他明显是同性恋的人一样，他压根没有兴趣去维持这种成果。他完全可以继续这样下去，但是他还是回到了自己的同志生活。”尽管起初是成功的，这位年轻男子的最终结果让乐维得出了一个完全不同的结论。“（认为他可以被改变的想法）实在是太傻了，不过那个时候我们所有人都很傻。”乐维回忆说，“如果你和任何一个在该领域工作的人交谈，你就会知道，这些取向是非常强大的、固定的，很难去改变。”
马斯特斯推动改变/逆转理论的神秘原因，他的朋友、反对者，甚至约翰逊本人都很难理解。对于同性恋，比尔怀有一种深深的怨恨或者恐惧，他当然不会显露这一点。在整个职业生涯中，他从来没有表露过二战后那一代人的自然偏见，从不会用和共产党一样的口吻对同性恋进行诽谤中伤。在1973年那场关于将同性恋从精神疾病名单中去除这一美国精神病学会里程碑式的大讨论中，学会主席贾德·马穆请求马斯特斯就这一改革问题向其他人进行游说。作为一名科学家，马斯特斯的研究显示性取向可能有激素或者其他生物学原因。1971年，他和科罗德尼合著了一篇短小的论文，发表于《新英格兰医学杂志》，该研究发现同性恋者的睾酮水平要比异性恋者低；雄性激素水平越低，患者的同性恋倾向就越强烈。不过，马斯特斯相信性取向是由一个人成长过程中接触到的多种因素所决定的。他认为病人关于自己性身份的快感是最主要的，是相应地以其行为为基础的，正像他做外科医生时曾经为女性患者改造的人工阴道。科罗德尼一直认为，改变疗法是马斯特斯对病人同情之心的直接结果，而不是为了证明某个观点的什么宏伟计划。“来自各行各业的人们，带着各种各样的问题，在绝望之中联系了他们，因为除此之外他们别无去处。”科罗德尼回忆说，“于是他们从内心深处回应着各种诉求，努力地寻找有效的方法。”
《同性恋研究》涵盖更多的是思考，而非科学，这一点违反了马斯特斯的主要原则之一。如同以往一样，在部分充满了统计的章节里，作者比较了男同、女同以及对照组异性恋之间的生理反应。他们测量了做爱期间勃起状态下阴茎的尺寸和颜色、阴蒂的反应、性爱的红晕，以及其他身体特性——不管取向如何，所有这些基本相同。但是在文章中，差别很快就变成了可改善的普遍情况。“在女同之中，假装高潮远没有异性恋女性那样普遍。”书中写道，“首先，很显然在连续的性交过程中，一个女人想要欺骗另一个女人比起在毫无疑心的男性面前装高潮要难得多。”比起异性恋，同性恋被描绘成更好的情人，至少在通过舔阴或“吹箫”挑逗对方的时候是这样，因为他们“在实验室里做爱时总是不慌不忙”，马斯特斯和约翰逊强调说，这类实验没有引用秒表。“幻想模式”——关于强迫性爱、集体淫乱、匿名性交的梦或想象——在同性恋中更为普遍和流行，他们如此判定，却没有太多量化的证据。马斯特斯和约翰逊宣布男女并非生来就是同性恋，而是“通过习得的倾向而变成了同性恋”，这种说法更是明显缺乏证据支持。那些相信同性恋是一种遗传倾向的治疗师斥责道，“肯定不再会有文化观念的盲目支持，这种显然是基于假设论证、假定可能或者未经科学证实的论点的奇思异想。”除了提到“目前尚无有力的证据证实同性恋是源于遗传因素”之外，对于为什么认为同性恋是一个“习得倾向”，他们并没有提供任何明确的原因。
在马斯特斯和约翰逊研究所，对于这些改变病例的保密工作较之以往更为严密。在1968年至1977年这段研究期间，大多数员工都从未见过任何一个改变性取向的病例。治疗师罗斯·博亚尔斯基曾听同性恋患者提及过向异性恋的改变，但是从没有说起这些治疗相关的录音带被藏在马斯特斯和约翰逊家中隐秘的地下室里。那个时期负责病人安排工作的林恩·斯特恩科夫斯基说，自己从未处理过任何改变治疗的病例。治疗师玛丽·埃里克森解释说，前来诊所看病的几对同性恋夫妇“是想要明确两人关系中的问题所在，并解决两人之间在性生活方面遇到的障碍，并不是什么有关改变的东西”。作为20世纪70年代早期研究所里经验最为丰富的一对治疗组合，马歇尔医生以及佩吉·希勒医生说他们没有治疗过同性恋患者，也几乎从没听说过任何有关改变疗法的消息。通常比约翰逊更亲切一些的马斯特斯似乎也并不希望听到那些知情人对于改变疗法的说辞。“我当然不同意——我告诉过他，这完全是一个错误的处理方法，绝对的。”20世纪70年代早期在那儿工作的精神病学专家罗杰·克伦肖医生回忆说。最后，员工们都学会了不要去和马斯特斯争论这个话题，他的决定甚至成了员工中间的笑料。“比尔会看着一个人说‘请勃起’，然后他们就勃起了。”J·罗伯特·迈纳斯笑着说道，他后来在20世纪80年代成为了主管助理。
起初，科罗德尼并没有怀疑这个项目治疗病人的能力。凭借一双明辨细节的好眼睛，他仔细地回顾了前两本书中的病人档案，听了很多录音带，并对他们的结果坚信不疑。“如果比尔说他们在改变治疗中做得很成功，那我就相信，我怎么会说这不可能呢？”科罗德尼也听到了一些含糊的传言，说位于拉杜的住宅是进行特别治疗的场所。“自从1968年开始和他们共事起，我不记得有任何男同或女同夫妻在诊所进行改变治疗。”他说，“我询问比尔，‘改变治疗的档案在哪儿？’他回答说，‘哎呀，我们压根就没有保留。’在专业成员之中，没有一个人曾经听说过，或者坐下来对正在进行的真实的改变治疗病例进行讨论。所以，比尔宣布说他正在写这本书的时候，我着实感到很困惑。”
然而，当《同性恋研究》将近出版时，科罗德尼被邀请参与它的准备工作。这本书后来在致谢部分提到了“仔细评阅文章内容的罗伯特·C·科罗德尼的高超技艺”，在少数几个协助过马斯特斯和约翰逊的人里，他被放在了首位。意识到作为作者的自己所存在的局限性，马斯特斯希望科罗德尼可以仔细检查贯穿全文的那些个例研究的插图式描写，令其变得更加易读。他们之前出版的所有书籍都含有不提及任何姓名的病人简介。考虑到同性恋本身复杂的性质，这就更需要对其真实生活进行生动的描写。在这本书中，比如说“病案报告： 第10号夫妻”，花费两页篇幅讲述了“R”的故事，并将他标注为一个“30岁的金赛6级患者”。在这个故事中，R是“一个十分坚定的同性恋”——过于坚定以至于“当他需要的时候，无论身在何处，都会到当地的酒吧或者公共厕所猎艳”。后来R遇到了一位23岁的女人，都喜欢弹钢琴的他们发现彼此兴趣相投，于是“坠入了爱河”。在结婚之前，他和这位彻彻底底的异性恋女人（取向评级为金赛0级）兴奋地同居了10个月。然而，直到第18个月的时候，他们都还未圆房。这篇简介陈述说：“尽管妻子在房事方面百般努力，R却始终无法勃起或无法持续勃起。”在批注中，马斯特斯和约翰逊总结了治疗R及其妻子时取得的成功：他确实转变了过来。在治疗的第10天，他开始可以成功地进行性交。随访期间，这对夫妻也没有不良事件发生。他们还拥有了属于自己的孩子。作为临床心理医生的R事业有成，双方父母都说他们的婚姻幸福美满。显然，这种小说式的病例是金赛6级男性与金赛0级女性之间性关系的例外情况，并不是常态。就像之前强调过的那样，改变或逆转同性恋的能力极限并不单单取决于委托人想要主观地变为异性恋的程度高低，同时也取决于从这样的改变中可能获得的回报。
科罗德尼申请翻阅这些“小说式”病例的资料档案并聆听录音记录，但遭到了拒绝。医生和患者都十分清楚，在治疗过程中所说的全部内容都被录音机记录了下来，这是出于对双方的保护。“如果有患者想诬陷有治疗师诱奸他们或诸如此类的事而提出索赔的话，我们有录音带作为证据，他们知道我们有录音。”科罗德尼解释说，“比尔觉得这是一个非常有用的法律保护措施。”因此，在这样一个不确定的情况下，没有录音记录显得十分奇怪。
随着工作的进展，科罗德尼开始怀疑在这67份病历中，如果不是全部，至少也有部分并非真实存在。通过马斯特斯的记忆片�