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（即湿婆教）急速兴起，大大冲击了佛教的扩展，以至威胁着佛教的继续存在。就以摩揭陀说，玄奘记有佛寺50所，天祠亦有数十个。那烂陀寺住有“正邪”万余人，佛徒只占4千。戒日王时的曲女城，是佛教最发达时期，佛徒引以为骄傲，但也难与外道平分秋色，佛寺百余所，而天祠有200多。至于佛教在其它地方，例如婆罗构だ�30余所，僧众3千余人，抽象看为数不少，然而天祠百余所，湿婆教徒万余人，是佛教的三倍。舍卫城（室罗伐悉底国）在法显时，佛教已经败落，但圣迹祇园精舍周围尚有18伽兰，唯有一处无僧居住。玄奘时有伽兰数百，多半圮坏，僧徒寡少。相反，“天祠百所，外道甚多”。
佛教退到几个主要国家和主要寺院，既是印度教在广大群众中不断扩大影响的结果，也是佛教越来越多地失去群众基础的重要动因。
据玄奘说，五印境内有两个学术发达的国家，除摩揭陀外，就是西南的摩腊婆国。摩腊婆约在纳巴德河北马尔瓦一带，玄奘列其为南印度。当时有伽兰数百所（或百数），僧徒2万余，属小乘正量部。但民众同样是“邪正杂信”，有“天祠数百，异道寔众，多是涂灰之侣”。曾经支持佛教大发展的案达罗国，玄奘去时有寺20余所，天祠30余所；恭建那补罗国（贝尔高姆）有伽兰百余所，天祠数百。秣罗矩吒国（马拉巴尔一带），寺院存者既少，僧徒亦寡，而天祠则有数百，异道实多。
玄奘列出东印五国，除乌荼国（奥里萨地区）外，几乎全是外道的势力范围，迦摩缕波国有天祠数百，外道数万，恭御陀国有天祠百余，外道万余人，都是完全不信佛法的。西印度有十五个国家，信度国（巴基斯坦信德之苏库尔），是小乘正量部力量最强的地区，伽兰数百，僧众万余。但这里也是阿拉伯最早攻占的地区，所以佛教兴旺的时间并没有维持多久。在印度河下游的阿点婆翅罗国（巴基斯坦之海德拉巴）和河口以北的臂多势罗国（卡拉奇）同信度的佛教情况几乎完全相同。余下的所有国家，全是外道，特别是涂灰外道占绝对优势。
伴同印度教在五印范围持久地扩展，佛教逐步向几个文化大国和主要寺庙退缩，由此造成了两个关系重大的后果：一是佛教的经院化，一是佛教的密教化。经院化把佛教的理论阵地全部限制在寺院之内，特别是那烂陀寺，除在逻辑方面有些新贡献外，只能作些细琐的注释和无关宏旨的争论，这就扼杀了佛教的理论生命。密教化似乎为佛教重新夺回群众，开辟了一条新路，但也因此而越来越失去它的固有本色，反而成了信徒离开它投向印度教的桥梁。佛教在自己本土，不但受到日渐南下的伊斯兰教的威胁，它自身的内在结构，也危机重重。它的新出路是越过自己的国境，从南北两路持续地向东流传，造成一股历史大势。到7世纪和8世纪，中国的隋唐和吐蕃，密切结合本地的传统文化和土蕃信仰，形成了两个新的佛教传播中心，即汉传佛教和藏传佛教。大约与此同时，以斯里兰卡为基地的南传佛教，也有新的变化，与汉传佛教一起，影响着海上丝绸之路上的诸国。
据玄奘所闻，僧伽罗国有伽兰数百所，僧徒2万余人，“遵行大乘上座部法”。大寺派依然是斥大乘，习小教；无畏山寺则学兼二乘。总的看，斯里兰卡的佛教依然兴盛。
公元4世纪，师子国王尸迷法拔摩（约352—379年在位）曾请笈多王朝的三谟陀罗崛多王（约330—375年在位）帮助在摩揭陀佛成道的菩提树附近建立“摩诃菩提僧伽兰”，专门安置自楞伽岛来此巡礼的僧侣。玄奘到时，此寺有僧近千人，亦习大乘上座部法。公元7世纪前后，大乘上座部当是斯里兰卡佛教特有的派别。作为佛牙舍利产地的印度羯陵迦国，有伽兰10余所，僧500人；坎贝湾东岸的跋禄羯呫婆国有寺10余所，僧300人；卡提阿瓦半岛及其东岸马希河一带的苏刺侘国，有寺50余所，僧3千人，也都属于大乘上座部。它们都是沿海国家，受斯里兰卡佛教的反影响是很方便的。
所谓大乘上座部，当是接受大乘思想的小乘上座系统，无畏山寺派是最显著的代表。但这“大乘”的内涵，日前还未弄清。从汉文文献看，佛牙供养和密教兴旺是7、8两个世纪楞伽岛上两大突出现象，这与修禅持戒维持佛教早期思想的上座部传统，严格说来，是格格不入的。斯里兰卡的佛牙供养，名振东方。据义净记，仅7世纪中后期，唐僧前往瞻礼佛牙的就有大乘灯、义朗、无行、僧哲等8、9人，其中僧明远曾潜入阁内，密取佛牙。另有高丽玄游，随师僧哲在这里出家，并定居岛上。佛牙对岛外佛徒有如此强烈的吸引力，是斯里兰卡佛教变向发展的一个重要侧面。
在唐代传播密教的开元三大师，有两个人与斯里兰卡有关。其中金刚智（671—741年）于南印修学《金刚顶瑜伽》等密典，来唐之前，两次往楞伽城，住无畏王寺，顶礼佛牙，涉楞伽山顶，瞻仰佛迹，曾被师子国王室哩室罗延入宫中供养。室哩室罗王可能就是阿迦菩提四世，他接受密教信仰，崇奉的也属金刚乘系统，中心在南传上座部大本营的大寺。另一个人是金刚智的弟子不空（705—774年），本身就是师子国人，随师入唐。开元二十九年（741年）被遣送回国，受到师子国王尸逻迷迦的“殊常”礼接，迎住佛牙寺，“重学秘密总持，三密护身，五部契印，曼陀罗法，三十七尊，瑜伽护摩，备皆精练”，经8年，奉王命献方物至唐，天宝五年（746）抵京。据此可见，斯里兰卡的密教到8世纪中已相当发达，它的几个主要寺院，都是密教的基地。在古首都考古发现，13块铜板上镌刻的全是密教陀罗尼。密教沿海向东传播，斯里兰卡成为最重要的口岸。直到晚唐时期，还有师子国来唐僧人译出《吒呮罗天女法经》。
10到11世纪之际，北宋再次打通了海上交通，与斯里兰卡的往来也有所恢复，师子国沙门先后来中国的有佛护、觉喜、觅得罗、妙德等，带来的有梵经、佛舍利、菩提树和画像等。但一般认为，由于密教的盛行，冲击上座系统的传承，致使戒律败坏，佛教衰微。传说到公元1072年，维阇耶巴护一世（1055—1113年）再次打败注辇人，企图着手整顿佛教时，国内竟然已无5个受过具足戒的僧侣来主持剃度仪式。
佛教史
第五章 佛教中心的转移（公元7—10世纪）
7世纪以后，表达佛教哲学新体系的经典和论著，日渐稀疏，能够影响时代的佛教哲人也寥若晨星。小乘正量部在枝节问题上尚有若干新意出现，而以擅长义理著称的说一切有部，至此已大都不知所云。能够支撑理论场面的，主要是大乘瑜伽行和中观两大派别。五天竺佛教的义学活动日渐萎缩，而且集中在几个大的寺院中，像摩诃菩提僧伽兰（大觉寺）和超行寺等，特别是摩揭陀那烂陀寺的经院一隅。
那烂陀寺，意译施无厌寺，在今印度的比哈尔邦巴特那境。传说该寺建立的年代极早，但直到帝日王（即笈多王朝的拘摩罗笈多，415—455年在位）
才建造成为真正的学术中心。此后，经过历代诸王的续造，到玄奘来游时（约633年），已扩建成为拥有6院的全印最高学府，除佛教大乘兼小乘18部外，同时开设“俗典《吠陀》等书，因明、声明、医方、术数”等，寺内常住僧4千余人，“外客道俗通及正邪，乃出万数”。约675年义净再来时，那烂陀寺增为八院，寺内僧众有3500人，外道诸派10余个。平日各承所宗，并无交杂，“若有斋会聚集，各各自居一处，并与僧尼无竞先后”。寺内讲座，日百余所。793年，当寂默（牢尼室利）离开那烂陀时，该寺扩大成九寺一门，周围48里，住者仍有万余人。976年由印度回国的继业说，围绕那烂陀寺南北还各有数十寺。本时期的佛教学派和佛教思潮，大部与这个学院有关，印度内外的佛教巡礼者和佛教学者，也大都以这里为活动的轴心除了玄奘和继业等外，在这期间到那烂陀寺留学或巡礼的中国僧人，还有7世纪的义净、玄照、道希、道琳、无行、灵运、道生、大乘灯、佛陀达摩等，同时还有经唐境来的新罗僧人慧业、阿难耶跋摩等。8世纪下半叶，唐僧悟空也在那烂陀寺参学8年。由那烂陀寺学习出来对外传道的僧侣，当为数不少，其中7世纪初入唐的波颇蜜多罗，8世纪初和8世纪末分别入唐的善无畏和般刺若，就是著名的代表。吐蕃赤松德赞（755—797年）曾礼聘那烂陀寺的寂护及其弟子莲华戒入藏弘教；受阿里王子绛曲微之请入藏传法的阿底峡（982—1054年），在那烂陀寺任过主持。
作为佛教学术中心的那烂陀寺，也是当时世界佛典储藏最多的地方。东方求经者，无不到那里抄写，唐代许多高僧也把本土的佛籍带到那烂陀寺供养。早于义净到摩揭陀游学的道希，即携有“唐国新旧经论四百余卷”，保存在那烂陀寺。唐本经籍，当是那烂陀寺藏书的一部分。
那烂陀寺纪律严明，学风自由，所传佛教也不拘一派，但以大乘瑜伽行派和中观派最为发达，新兴的密教则越来越有压倒一切的优势。波颇蜜多罗和玄奘都向当时的唯识大师戒贤就学过《十七地论》（《瑜伽师地论》），同时钻研因明。戒贤是唯识新学护法的弟子，而护法担任过那烂陀寺的主持；唯识古学的德慧，也在那烂陀寺活动过。护法弟子除戒贤外，还有胜子、胜友、智月。戒贤弟子除波颇、玄奘外，则有亲光、胜军，他们也都以那烂陀寺为基地。比玄奘稍后来的玄照，曾从宝师子大德受《瑜伽十七地》，说明在戒贤法系之外，还另有讲授瑜伽说的高僧。后来义净住那烂陀寺10载求经，他译出的佛籍中包括有弥勒、世亲、护法和陈那等人的著作，都是玄奘所未译的。直到8世纪后半叶，般刺若在那烂陀受《唯识》、《瑜伽》、《中边》、《因明》等论，仍有知名的论师智护、进友、智友等。瑜伽行派始终是那烂陀寺最有势力的学派。中观学派也相当活跃，玄奘在该寺时，有中观派的重要代表师子光；义净时代有中观学派的后期代表月称，他曾是那烂陀寺主持；另一代表是7世纪末8世纪初的寂天。以弘扬瑜伽学派著称的波颇蜜多罗所译《般若灯论》，是中观派的中期代表清辨（分别明）的著作，玄奘也译有他的另一重要论著《掌珍论》。玄照时有胜光法师，更以讲授《中》、《百》等论知名。
在龙树、提婆之后，中观学派的知名学者有南印的罗睺罗跋陀罗和身世不详的青目。前者著有《赞般若偈》、《法华略颂》，其片断散见于汉藏文佛典中；青目撰有《中论注》，汉译《中论》的长行解释，就是以他的注解为底本编写的。四世纪末，这一学派在沙勒、莎车和龟兹等西域地方传播，经须利耶苏摩到鸠摩罗什的弘扬，在中国内地发生巨大反响，有了全新的变化。
印度本土的中观学派受到不断壮大的瑜伽唯识思潮的冲击，也有不少变化。传说与无着、世亲同时代的有佛护，与护法同时的有清辨，他们都是标榜中观学说的。佛护也有《中论注》，藏译有部分保存。他改变了龙树、提婆“只破不立”的古典论法，提出了所谓“应成”的方式，即“就敌论随言出过”，显然是受了瑜伽行派运用因明的影响。清辨的论著较多，除了汉译《般若灯论》和《掌珍论》外，还有藏译的《中观心论》。他的理论重点在用中观学派传统的“二谛”说，解释瑜伽行派的“三自性”说，使这两大派别在“有无”、“净染”这类关系佛教认识论和道德实践重大问题上的界限明晰起来，但同时，他又受到瑜伽行派方法论之影响，承认因明在破他显已方面有积极的作用。
月称和寂天都是南天竺人。南天竺本是印度教盛行地区，7世纪以来，佛教密教化的程度，在这个地区特别明显。那烂陀寺容纳的“外道”比佛徒还多，密教也很发达。在这样条件下熏陶出来的佛教学者，普遍带有密教的色彩，月称和寂天就是他们中的重要代表。
月称是南印萨曼多人，出身婆罗门家庭，投在莲花觉的门下。莲花觉属佛护系统。他的著作大部保存在藏文译本中，有关密教和显教的各有9部，还有一部分梵文原本。近人法尊译宗喀巴撰《菩提道次第论》和《辨了义不了义论》两书，引用了月称的《明句论》，为从汉文了解他的思想，提供了部分资料。《明句论》是月称的代表作，原是注解和通论龙树所撰《中论》的。月称的整个理论就是通过注解龙树和提婆的论著表现出来。他坚定地维护佛护提倡的重点破他的方法论，恢复龙树、提婆那种彻底的怀疑论传统，否定一切自性、一切实在。据此，他反对清辨肯定因明的主张，认为因明立量，必须以概念的确定性和稳定性为前提，即承认“自性”的存在，这与中观的基础理论“无自性”思想是对立的，是不能容许的。月称发挥的佛护这些说法，形成了所谓“随应破派”，而清辨及其追随者被称作“自立量派”。
中观学派由此分成两个小思想派别。
月称对瑜伽行学派的批判，同清辨是一致的，但重点放在破除唯识有“性”上。按照唯识家的说法，“识”的活动及其创造物是“空”，而识体和识性并不空。月称认为，“空”是指“自性”空；承认识体和识性是“有”，就使“自性空”的般若理论无法贯彻到底。据此，月称否认阿赖耶识的实在性，但承认它是假设，属于假有。
月称把中观“无自性”的理论发展成为“性空缘起”，也就是说，正因为一切本无所有，才为“缘起”