出乎这个僧人的意料之外，八旗军官居然把令牌扔在地上，喝令士兵盘查。士兵们毫不客气，从僧人手上抢过包裹，慌乱之中，包裹掉在地上。从里面滑出一部手稿和一封信，僧人大惊，但很快就淡定了，一副任你千刀万剐的姿态。
八旗官兵见这个僧人目中无人，将他押到牢里。几天后，顺治收到洪承畴的一封奏疏，洪承畴解释说：“这个僧人名函可，是我以前会试的老师原明朝礼部尚书韩日缵的儿子，已经出家多年。顺治二年正月，他从广东到江宁印刷藏经，正好碰上我们大军平定江南，受阻未归，困在省城。我在江南，从来没有跟他见面。他来到广东后，托人向我要了一张令牌；出于故人情谊，我给了他一张，但是对他约束很严。在出城盘验的时候，他不小心把这身上的东西掉了出来，里面有一封福王写给阮大钺的信，还有一本他自己写的书，里面有一些应该屏蔽的词语，函可不愿烧掉这些东西，现在自取其咎——这些我事前并不知情。我跟他本来有交情，按理不该为他说话，但事已至此，也得向上面解释清楚，此事跟其他人没有关系。”
函可是明末典型的遗民，他眼看山河破碎，既不能救国救民，又不屑投降，于是选择了出家。出家之后，他依然心系国事。得知南京拥立弘光政权后，函可毅然离开寺庙，来到南京。不过，在南京待了一段时间，他就感到很失望，弘光政权实在是太腐朽了，复国的梦想再次成为泡影。函可目睹弘光政权的腐败，并将这段经历写在自己的书《变记》中。
当时审判函可的是八旗官员昂邦章京巴山，他对函可严刑逼供，并想借着这个案子扳倒洪承畴。函可在审讯的过程中多次被打得昏迷，不过他始终没有屈服，坚持此事跟其他人没有关系，只是自己一个人的事。
之后，函可被押往京城，考虑到洪承畴牵涉其中，再加上这时清廷需要利用洪承畴，多尔衮没有进一步深究，选择了对其从轻发落，将函可发配到沈阳，洪承畴则没有受到任何处分。
因为清初的特殊形势，函可案得益于洪承畴的保护，最终大事化小小事化了。函可在顺治十六年病逝，函可案虽然没有扩大化，但打开了清朝文字狱的先河。
科场案
顺治十四年正月十五日，顺治皇帝颁布谕旨，宣布废除科举中投拜门生的陋习。
顺治为什么要颁布这项谕旨呢？说来，跟一场科场舞弊案有关系。
这一年，天灾人祸特别多，四川一带频发地震。京城北京好几个月都没有降雨，旱情非常严重。封建时代，皇帝自称为天的儿子，天灾意味着老天对你的统治不满。顺治是一个好皇帝，面对天灾，第一反应就是自我检讨。除此之外，顺治还命大臣们，对于监狱里的犯人一定要认真审理，不要出现冤假错案。
顺治的这些做法并没有减少灾情，相反，灾情越来越严重。六月，杭州、嘉定、湖州、南京、绍兴等南方城市遭到了特大暴雨袭击，无数城郭被毁，不少人畜在大洪水中淹死。不久，江南的一些城池也遭遇了暴雨。九月份，北京又发生了地震。
老天突然之间降下了这么多灾难，让顺治帝非常惊慌：是不是我什么地方做错了？
然而，这还只是天灾，这一年，人祸也不少。
十月二十五日，顺天科场舞弊案被人揭发。
顺天乡试考场，有乡试生员四千人，贡监生一千七百多人，录取名额只有二百零六人。在当时人眼里，这个录取比例是非常低的。可能，我们现在的许多公务员考生会说：“这些人真是身在福中不知福啊！”
这次乡试的主考官是曹本荣、宋之绳等人。僧多粥少，很多人就想到了走后门，现在走后门是司空见惯的事情，但当时还没那么普及。顺治帝也没有完全适应走后门这种习俗，所以才有震怒的感觉。结果，有钱有地位的人大肆送礼，趁机结交一些官场要人。
榜单出来之后，大家一看，明白了：潜规则。高干子弟必中，富家子次之，穷人极少，或者干脆没有。榜单发布之后，一片哗然。许多考生不服，纷纷“上访”。
这事传到顺治耳朵里，令他勃然大怒，要求吏部和都察院对此事追查到底。顺治帝当时发出了这样的呼声：“若不重加惩治，如何惩戒将来？”
案子一查，揪出了一大堆。一些证据确凿的行贿学生立即享受到斩首的待遇，而且家产籍没，家人被发配到边远地区。
几个主考官先放在一边，待会儿再审。这个科场案非常不公平的是，顺治并没有将考官斩首，只是降级处分。这是不公平的，但是他解决问题的态度还是值得肯定的。顺治亲自主持复试，由此可见他对教育的重视，最终顺治选择了一批有真才实学的人。
顺天科场案刚刚平息，又出现了江南科场舞弊案。
顺治十四年十一月二十五日，江南科场案被人捅了出来。江南科场案作弊者更多，榜单公布后考生一片哗然。主考官离开之时，一些考生跟在后面大骂，甚至有人向主考官扔石头。许多学子写诗讽刺主考官方犹和钱开宗，有的才子不惜撰写传奇，揭露考场内幕，这些诗文很快就流传到京城，惊动了顺治皇帝。
工科给事中阴应节上奏：“江南考场上，舞弊太多，发榜后士卒愤愤不平，不少人在文庙前哭泣，有的还殴打考官，议论纷纷……”
顺治帝立即将考官方犹和钱开宗革职，押到京城审问。对于江南的举人，顺治帝亲自在西苑瀛台主持复试。在复试中有十四个文理不通者被革去举人，在这些文理不通者中，居然有著名诗人吴兆骞。吴兆骞绝对是一个才子，他通过乡试确实是凭着真才实学。那为什么顺治帝认为他文理不通呢？说来，也是这个才子心理素质不行，在皇帝面前他非常紧张，发挥失常，连话都说不清楚，自然文理不通了。
心理素质不好常常会吃闷亏，吴兆骞因为发挥失常，顺治帝误认为他是通过作弊过关的，将他流放到宁古塔。直到康熙二十年，在纳兰性德的平反下，吴兆骞才被赦免，重新回到京城。
顺治帝对江南科场案进行了严厉的查处，主考官方犹、钱开宗斩立决，其他十五名考官也被处以绞刑，家产充公，妻子儿女没入官。一些作弊的举人被重打四十大板，没收家产，并和家人一起流放到宁古塔。
顺治对科场案非常重视，这在今天看来是无法理解的，现在考试作弊实在是太普遍了，大家已经见怪不怪了。重视科举制度的公平性，不光是维护皇权，也是维护广大下层人民的利益。一旦科举腐败，草根阶层想要向上流通实在太难了。顺治的处罚虽然重了点，但他的做法无疑是深得人心的。
顺治非常明白，科举关系到吏治，而吏治决定国家的兴亡。基于这样一种思想，顺治多次借科场作弊案告诫文武百官，一定不要徇私舞弊，否则有损国家。为了确保科场的公平性，顺治多次修改科场条例。
尽管顺治一厢情愿要杜绝科场舞弊，但是面对利益的诱惑，严刑峻法从来都是无力的。科场黑暗一直伴随着清朝的灭亡。
奏销案
顺治十六年，酷吏朱国治就任江宁巡抚。朱国治既是一个酷吏，又是一个贪官。他上任后，立即风风火火开始清查积欠的赋粮。第二年，朱国治在嘉定捉拿了几十名欠粮的乡绅。又过了一年，朱国治弄好了一个名单，这个名单上一共有13517人，全都是“逃税分子”；此外，朱国治还提交了254名衙役名单，这些人要么办事不力，要么跟地方勾结，朱国治主张从严处置。
也许我们会觉得朱国治这个人真不错，办事非常有效率。客观地说，这个人绝对是有办事能力的，否则皇帝也不会派他去。
朱国治办事固然有效率，但是效率太高不免也会让人起疑。事实上，在朱国治的名册中，确实有一些“逃税避税”的土豪劣绅，还有一些是已经交了赋粮，但是政府忘了注销的。自古以来，中国政府部门办事就是拖拖拉拉，粗枝大叶，像这种别人已经补交了的，你忘了注销，现在又来问你要钱要粮，这是多冤的事啊，政府不作为，让老百姓为这个不作为埋单。名单中还有一部分人没有欠粮，但是因为得罪了小吏，小吏故意写他欠了。总之，里面的问题非常复杂，如果不去细细侦查，肯定会制造冤假错案。
朱国治把名单递上去后，朝廷不分青红皂白，下令不问官职大小，不管欠了多少，一律革职查办。这件案子在清初引起了强烈的反应，就是名噪一时的奏销案。
探花叶方蔼因为欠赋米一厘而被革职，所以民间流传有“探花不值一文钱”的说法。清廷这么严厉地对待奏销案，有一个最重要的原因就是借机打击江南缙绅阶层，江南地区是反清最为激烈的地区。清军当政之后，蓄意打击江南也是可以理解的。
朝廷开始放话，把这些欠粮分子全部押解到北京。这个命令一出，江南人心惶惶，达到了朝廷想要的效果。接着朝廷又放宽命令，限定到某某日子，如果能够完成纳粮可以免于提解。这命令一发出，大家赶快筹银子筹粮，实在没钱的可以借贷。当时，唯一借贷的地方是清兵军营，俗称借营债，利息相当高。许多人因为借贷搞得倾家荡产。
所以，我们大可以怀疑，所谓的奏销案很可能是清廷蓄意打击江南大户人家的一个阴谋。在奏销案中，许多明代的世家大姓破产，成为平民百姓，有的世家子弟从此和科举无缘。一些被褫夺功名的读书人更是前途尽毁，对人生感到绝望。
前面说到的那个江南探花叶方蔼，明显就是被冤枉的，作为一个探花，他不至于穷到交不起一厘的税吧，事实上他是被人陷害的。直到康熙铲除鳌拜后，才给叶方蔼平反，将他重新召到宫中。
哭庙案
说起哭庙案，不能不提明末清初的大才子金圣叹。
金圣叹是钱谦益的外甥，明亡后改名金人瑞，同舅父一样，金圣叹也是个闻名于世的大才子，与舅父不同的是，他非常注重气节。其为人固然狂放不羁，品行却高洁不可辱。
有一次钱谦益过生日，金圣叹迫于母命，不得不给钱谦益写祝寿词，结果金圣叹送给钱谦益一副对联：“一个文官小花脸，三朝元老大奸臣。”
金圣叹的性格由此可见一斑，时人多认为金圣叹是一奇才，他的主要文学成就并不在创作方面，而是在文学批评这块。他对《水浒传》《西厢记》等书的评点堪称批评典范。
顺治十八年（1661年）初，顺治帝驾崩，根据礼制，皇帝死后，全国人民都要默哀。消息传到苏州，苏州巡抚朱国治立即组织各级政府设堂哭灵。苏州的文庙里设有灵堂，老百姓可以在这里哀悼。
对死人的怀念往往可以变成对活人的痛恨。
三月四日，金圣叹、倪用宾等人率领一百多儒生在文庙里哭灵，哭着哭着，大家跑偏了主题，开始咒骂县官任维初。金圣叹草拟了一份哀悼顺治皇帝的哭庙文，亲手击鼓，许多百姓前来观看。接着，这些读书人就跟大家说如果不弹劾贪赃枉法的任维初，大家以后就没有好日子过了。
秀才们带着群众来到苏州府衙门口，江苏巡抚朱国治、按臣张凤起、道臣王纪等地方高官都在衙门里。秀才们跪着进衙门哭顺治，门外的群众有上千人，群众的情绪很强烈，都在高喊着“打倒知县”。朱国治担心群众发生暴动，很紧张，便让衙役逮捕带头的人。抓捕了十一人后，群众一哄而散。
事实上，哭庙案可以算作是奏销案的余波。朱国治来到江南后，不顾苏州许多地方出现灾荒，强行催逼钱粮，老百姓称他为“朱白地”，意思是他所到之处，都要被搜刮，只留下一片空白的土地。1661年，任维初出任吴县知县，他来了以后，秉承朱国治的风格，不惜用一切手段催逼钱粮，有一些人在他的大刑之下死去。
如果任维初是依法办事的话，最多只能让人痛骂一句：“太残忍，毫无人性”。关键是任维初并不是张汤那样的酷吏，他一边对老百姓用刑，一边将粮仓中的粮中饱私囊，然后又公然把这些粮食转卖给老百姓。正好，吴县的人民借着为顺治哭丧的机会，痛斥任维初。
朱国治歪曲事实，给皇帝上了一道疏，痛斥哭庙秀才的三大罪状：一、鸣钟击鼓，号哭抗粮，震惊了先帝的灵位；二、目无朝廷；三、擅写匿名揭帖，触犯了大清律令。
三月二十一日，清廷派出满洲官员郎叶尼到江宁会审。江宁会审一开始，朱国治又将同情和支持哭庙行动的书生顾予咸、程翼苍、朱嘉遇、薛尔长等九人也株连在内，程翼苍又供出了金圣叹和丁子伟。
奇怪的是，金圣叹被牵连后，突然就变成了案子的主犯，受到严刑拷打。案子审讯下来的结果是，哭庙中的十八个秀才被全部处斩。临刑之前，金圣叹一边喝酒一边笑道：“割头，痛事也；饮酒，快事也；割头而先饮酒，痛快痛快！”
金圣叹是一个幽默的大师，据说在监狱里等着杀头的时候，他把狱卒叫来，说有要事相告。狱卒久仰金圣叹的大名，以为大师有什么天大的秘密要告诉自己，便拿起笔墨等着金圣叹写下来。金圣叹指着狱卒给他的饭菜说：“花生米与豆干同嚼，大有核桃之味。得此一技传矣，死而无憾也！”狱卒顿时觉得这位大师真的很幽默，这个狱卒想不到的是，金圣叹很有超前意识，这个秘方放到现代是可以制造一种新食品的。
传说金圣叹有两个儿子，小名梨儿和莲子，行刑之前，两个儿子望着即将诀别的父亲，泪流满面。金圣叹对他们说：“哭有何益，不如我给你们出个对联吧！”
虽然马上砍头，金圣叹依旧从容不迫，文思敏捷，他说出上联：“莲子心中苦。”
两个儿子哪有心思对对联啊，金圣叹看他们黯然神伤的样子，说道：“好了，别难过了，我帮你们对下联吧：梨儿腹中酸！”
“莲”与“怜”同音，“梨”与“离”同音，行将就戮的金圣叹仍然才华横溢，如此淡定，这样的境界确实让人佩服，让人想起了阿基米德。
至于酷吏朱国治，下场更惨。奏销案和哭庙案之后，朱国治自知做得太过分，老百姓对自己恨之入骨。后来，他家中有丧事，按理要回家守丧。朱国治很担心失去权力后会遭到报复，在新任巡抚