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至此，准噶尔之乱平定。
胜利后，乾隆召回远征军，留下五百士兵镇守伊犁。阿睦尔撒纳由于作战勇敢，被封为亲王，享受双倍俸禄，又称为“双亲王”。班第、萨喇尔封为一等公，永常因为筹办军需时没有遵从圣旨，故没有封赏。达瓦齐被押送北京后，乾隆不仅没有处罚他，反而封他为亲王，给予优厚的待遇。
风波再起
准噶尔是非常好战、非常有活力的一个部落，也是一个永远无法消停的部落。
乾隆很清楚，准噶尔一旦强大而统一，对清廷就是一个巨大的威胁。所以，对乾隆来说，治理准噶尔最好的办法莫过于分而治之。
乾隆二十一年正月，乾隆封车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶尔臧多尔济为绰罗斯汗。四个汗的地位是平等的，仿效喀尔喀部落设盟旗，盟旗由四汗共同掌管。换句话说，乾隆想要四汗互相制约，不使一方坐大。
应该说，乾隆是很有先见之明的，他早已看出阿睦尔撒纳不是等闲之辈，给他双倍工资他还不满意。阿睦尔撒纳从来就没有真心归附清廷，他只不过是想借助清廷的力量消灭自己的敌人。达瓦齐被灭之后，阿睦尔撒纳的野心逐渐显现出来。
早在进攻达瓦齐的时候，阿睦尔撒纳的野心就有所显露。进军伊犁前，他奏请乾隆赏给他一个印文，以便招降辉特部。乾隆当时就感觉这个人想称霸一方。后来，到了塔本集赛之后，他居然停滞不前，在这里逗留很多天，借口查办人口，暗中将自己的人马迁移到博罗塔拉，以便占有伊犁的牲畜财物。
由于在战场中阿睦尔撒纳表现很好，骄气也一天比一天重，他变得越来越专权独断，不断玩弄手段，制造舆论想当四台吉的领袖。阿睦尔撒纳扬言：“我们跟喀尔喀不同，如果没有一个最高的领导，恐怕人心不齐，容易出乱子。”
阿睦尔撒纳非常希望乾隆能收回成命，立自己为四部总汗。乾隆当然不能同意。
早在任命阿睦尔撒纳为先锋时，乾隆就对他不放心，让额驸色布腾巴尔珠尔做他的副将，以便监视他。如果阿睦尔撒纳有反叛的迹象，立刻收取他的将军印。乾隆二十年六月二十八日，班第、萨喇尔、鄂容安联名上奏，认为阿睦尔撒纳不法之处甚多，可以确定他想将准噶尔据为己有。
乾隆得到这个消息后，让班第等人先发制人，趁阿睦尔撒纳不备，立即擒拿，就地正法。班第却以清兵很少为由，不敢贸然行动。
七月十日，阿睦尔撒纳启程前往热河行宫觐见乾隆。他心里打定主意，借此拖延时间，把家人转移走。根据俄国的史料记载，阿睦尔撒纳截获了乾隆给将军们的“书信”，内容无非是限制和监视阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳本想让乾隆同意他当准噶尔首领，看到这些信后他知道这个想法不可能实现了，于是才下定决心叛逃。
逃跑是不能走正路的，阿睦尔撒纳很懂得这个道理，于是绕道额尔齐斯，沿途抢掠。乾隆正在木兰秋狝的时候，忽然得知阿睦尔撒纳叛逃的消息。不久，乾隆又得知阿睦尔撒纳准备攻打伊犁，于是任永常为定西将军，锐意剿匪。
阿睦尔撒纳回到准噶尔后，极力煽动各个台吉叛乱。定北将军班第和参将大臣鄂容安率军从伊犁撤退时，被叛乱的厄鲁特部落围住截杀，班第拼死力战，最后自尽。鄂容安本是鄂尔泰的儿子，一介书生，当此情景也只好选择自杀，可惜他迟迟下不了手，只好闭上眼睛，让仆人动手。萨喇尔逃到崆吉斯河，最后还是被厄鲁特俘获。
一战定江山
乾隆二十一年二月，乾隆在前往祭奠孔庙的途中，接到了一个天大的喜讯，阿睦尔撒纳被策凌擒获了。可惜，乾隆进入山东境内，才知道这竟然是个误报。其实，这只不过是阿睦尔撒纳的缓兵之计。空欢喜一场，乾隆很生气，下令将策凌和王保等人治罪，任命达勒当阿和哈大哈分兵擒拿阿睦尔撒纳。
这一年，喀尔喀的和托辉郡王青滚杂卜也发生了叛乱，哈大哈率领的北路军只好后撤。由此，清军后方的补给线被切断，前线清军的命运岌岌可危。喀尔喀大有“崩溃”之势。准噶尔全境已陷入混乱之中，许多台吉纷纷作乱。这些台吉中，最让乾隆憎恨的是厄鲁特部落，这个部落生性贪婪残暴，反复无常，忽叛忽降。乾隆要求清军不惜一切代价追杀此部，所谓不惜一切代价就是宁可错杀三千，不可放过一个。
结果，还没有叛逃迹象的和硕特汗沙克都尔曼济及其下属首先成了清军刀下之鬼。
沙克都尔曼济部下有七八千人，本来已经奉旨暂住西路军军营巴里坤，打算明年再迁回故地。没想到准噶尔和喀尔喀叛乱成风后，乾隆已是草木皆兵，密示西路军大将雅尔哈善，如果发现沙克都尔曼济有可疑的地方，可以乘其不备，全部捕杀。
十二月十六日，这天大雪纷飞，气候寒冷。雅尔哈善不知道从哪里获知沙克都尔曼济跟已经叛乱的扎那噶尔布通气的消息，雅尔哈善认为，沙克都尔曼济叛乱的迹象已经很明显了。遂于当天晚上带兵来到沙克都尔曼济的牧场，后者对他进行了热情的接待，好酒好肉招待雅尔哈善等人。没想到，雅尔哈善吃饱喝足以后，半夜起来一刀把沙克都尔曼济解决了，还杀了他部落里四千人，余者全部俘虏。
乾隆认为雅尔哈善办得好，授予他内大臣头衔，给他封一等伯。但是根据礼亲王昭梿的记载，事情真相却不是这样的，雅尔哈善之所以捕杀沙克都尔曼，一方面是为了邀功，另一方面也是因为缺饷，立功后可以向乾隆伸手要钱。据昭梿记载，雅尔哈善回来后，祭奠祖庙时说了这样的话：“李广因为杀降没有封侯，最后失道自刎，现在我的罪过比李广还要重，反被封为一等伯，连祖宗都不吃我的贡品！”
后来，雅尔哈善果然因为贻误战机被乾隆杀了，正印了那句话，杀降不祥。
乾隆二十二年三月，乾隆任命亲王成衮扎布为定边将军，车布登扎布为左副将军，兆惠为右副将军。在出征前，乾隆下了一道非常阴险的命令，凡是厄鲁特投诚的人，立即将他们头领解送到京师，其他人等也要迁到内地。乾隆说，等我军到达了巴里坤，就可以对这些投降的人分别处理，所谓分别处理，无非就是杀掉成年男子，然后将女人和小孩赏给有功的官兵。
厄鲁特祸不单行，清军还没有来，他们就自相残杀，再加上瘟疫流行，死伤一大片。所以清军来了以后，厄鲁特没有进行有效的抵抗，清军很快就收复了伊犁等地。
随后，清军进击准噶尔，俘获了阿睦尔撒纳的侄子达什车凌。阿睦尔撒纳虽然当上了准噶尔的大台吉，但是面对清军的强大攻势，他显得不堪一击，连抵抗的意志都没有，策马奔腾，带着二十人仓皇逃向哈萨克斯坦。清军深入哈萨克斯坦境内，搜捕祸首阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳迅速从一个叛徒首领沦为逃犯，地位一落千丈，他还以为自己在哈萨克斯坦可以混得开。没想到哈萨克斯坦大汗阿布赉表面欢迎他，说希望咱哥俩明天好好喝一顿，暗地里让人把阿睦尔撒纳的马匹放走，准备擒拿他。幸好，阿睦尔撒纳警觉，及时带着家人逃走。
阿睦尔撒纳一路逃到俄国，请求加入俄国国籍，享受政治保护待遇。接着就是一连串的外交纠纷，乾隆引用《尼布楚条约》《恰克图条约》，要求俄方归还犯人。就在两国关系骤然紧张之时，忽然传来阿睦尔撒纳病逝的消息。
乾隆派喀尔喀亲王桑斋多尔济去恰克图验尸，要求他把阿睦尔撒纳的尸体运回来。桑斋多尔济派人到恰克图验尸，发现阿睦尔撒纳的尸体保存完好，确认就是他。但是俄国却拒绝归还他的尸体，乾隆认为，既然已验明尸体，不运回也罢。
乾隆二十三年正月，乾隆正式宣布准噶尔内乱已平定。如果我们给乾隆的这两次武功打分的话，我觉得应该有八分，及格了。平定准噶尔，完成了国家的统一大业，奠定了中国辽阔的版图，这本是史无前例的好事，为什么只打八分，而不是十分呢？因为在这次征讨过程中，杀了太多的人，其中有很多是无辜的人民，也有一些是已经投降的人。
厄鲁特部落在强盛时有六十万的人口，经过准噶尔之战，病死的人有十分之三，逃入俄国和哈萨克斯坦的有十分之一，被清军杀死的有十分之五，最后剩下的不到十分之一。
一统回疆
准噶尔的叛乱刚刚平定，回部又发生内乱。乾隆有的忙了。
回部是居住在新疆天山南部信奉伊斯兰教的维吾尔族，在当时，伊斯兰教又被称为回教，所以清朝称当地人为回部。回部与准噶尔邻近，长期受其奴役，准噶尔为了控制回部，将回部首领都弄到伊犁作人质。马罕木特是回部一个深得人心的首领，噶尔丹策零为了控制回部，将他软禁在伊犁。马罕木特死后，他的两个儿子大小和卓兄弟也被噶尔丹策零圈禁起来。
和卓在伊斯兰语里是“圣裔”的意思，也就是穆罕默德的后代，可惜在强大的武力面前，祖宗穆罕默德也帮不了他们。准噶尔对回部的欺压是非常没有人性的，回部种植的东西，不论是谷麦还是蔬菜，到了收割季节，先一分为二，一半归准噶尔，一半归回部，然后再从回民的另一半里征收十分之一。准噶尔派到回部的头目，所到之处，一定要用酒肉和妇女好好款待。
清军将回部民众从准噶尔的奴役中解救出来，长期受囚禁的大小和卓兄弟也获得了自由。乾隆对这两兄弟深表同情，想借助他们的威望和宗教影响力来安定回部民众，命大和卓管理叶尔羌回部，小和卓管理伊犁回教。
可惜，小和卓不但不知感恩图报，反而得寸进尺，想摆脱清廷，自立为王。小和卓不仅想自己单干，还怂恿大和卓跟自己一起摆脱清廷。乾隆二十二年，乾隆拿出少有的好脾气，派使者前来招抚这对反骨兄弟，然而这兄弟俩是铁了心要反，居然把乾隆的使者给干掉了。
乾隆气得吹胡子瞪眼，怒道：“决不能任由使臣被杀，一定要为他们报仇。”
乾隆任命雅尔哈善为靖逆将军，征讨大小和卓。说实话，乾隆实在低估了回部的力量，乾隆心想，不可一世的准噶尔都被我制服，昔日准噶尔的奴才居然敢跟我叫板，这不是找死也是找抽。雅尔哈善原本是文官出身，因为屠杀沙克都尔曼济受到乾隆赏识，其实乾隆也清楚，这个人并不擅长用兵，但他武断地认为，对付回部这些乌合之众，像雅尔哈善这样的人已经足够了，如果用像阿桂、兆惠这样的一流将军，反而是杀鸡用牛刀。
雅尔哈善率领一万八旗兵和绿营兵，一路打到回部北方重镇库车城下，将城池包围。然后，雅尔哈善作出诸葛亮羽扇纶巾的样子，整天和人下棋，也不出击，坐等大小和卓自动投诚。部将阿奇木建议他应尽快出击，因为敌人有两条路可以逃遁，但雅尔哈善根本不理睬，自信和卓两兄弟一定会送上门来。
终于有一天，雅尔哈善无法再淡定了，士兵听到城中有驼铃之声，告诉雅尔哈善，敌人可能正准备逃走。雅尔哈善仍然不相信，但是心里已经在打鼓，没法像以前那样羽扇纶巾悠闲下棋了。
两和卓在夜晚时分，从西门潜走，沿着北山口逃之夭夭。把守西门的顺德纳听到士兵报告认为夜晚不适合发兵，到了第二天白天才派兵去追，刻舟求剑的故事我们都知道，如果这时能追到敌人那就怪了。事后，雅尔哈善把责任全都推到顺德纳身上。乾隆将顺德纳革职，同时责备雅尔哈善也有责任，让他尽快攻下库车城，并追击大小和卓。
库车城依山而建，城坚墙厚，易守难攻。提督马得胜带着绿营兵挖地道，可惜过于急躁，被敌人发现，结果用干柴堵住地道，将六百多清军活活烧死。雅尔哈善再次把责任全部推给下属马得胜，写到这里，我们可以看到雅尔哈善是一个推卸责任的能手，一有问题就让别人来扛。乾隆让这样的人做主帅确属用人失当。
库车之战从五月打到八月，没有半点成效。雅尔哈善再次上奏弹劾他人，把战事进展不顺的责任全都往别人身上推。收到雅尔哈善的奏章，乾隆终于发作，痛斥雅尔哈善作为主帅，不但没有引咎自责，反而往别人身上泼脏水，完全没有主帅的样子。随后，乾隆让兆惠去军中，将雅尔哈善押到京城，最后雅尔哈善在京城被正法，正应了当初杀降不祥的预言。
兆惠再次担任了主帅，可惜兆惠还没到库车，回人已经放弃了库车城，退到萨克苏，等待他们的是一座空城。兆惠又挺军到萨克苏，回部许多小头目纷纷请降。听到回部许多部落受抚的消息，乾隆以为征讨回部将要马到功成，不需继续派遣援兵。兆惠带领四千兵士进攻萨克苏，没想到后面援兵中断，很快就陷入了困境。
兆惠在黑水营被数倍于己方的回兵围困三个月，与回军五次激战，双方都伤亡惨重，兆惠也几欲丧命。乾隆得知前方战况，紧急调拨援兵，终于，清军两路夹击，击败了大小和卓。
乾隆二十四年六月，兆惠和福德率领大军对大小和卓的大本营叶尔羌和喀什噶尔进剿。黑水营大败之后，大小和卓已经失去了作战的信心。而此时回部的人民早已对他们的统治不满，不想跟着他们一起沉沦。大小和卓于是胁迫几千回人跟自己一起逃亡，在逃亡途中受到清军无情的追击，大小和卓在逃亡的途中被巴达克山汗素勒坦沙擒获。素勒坦沙割下两人首级献给清廷，至此回部叛乱平定。
如果给乾隆这次武功评分的话，可以给个五分。小小的回部居然耗费两年才搞定，跟乾隆用人失误有很大关系。后来任命兆惠是对的，但中途停止增援又犯了大错，差点导致兆惠全军覆没。之所以给五分，是因为乾隆虽然犯了一系列错误，但毕竟知错能改。
艰难搞定缅甸
从元朝开始，缅甸就是中国的附属国。忽必烈曾经三次讨伐缅甸，迫使缅甸称臣纳贡。明朝创建后，朱元璋在缅甸设立宣慰使司，确立了缅甸作为中国藩属国的地位。万历年间，缅甸见中国由盛转衰，开始肆意掠夺边境，明朝出征讨伐。明末清初，中原动荡，�