大日经》是由大日如来，即大毗卢遮那佛所讲。佛经中有这样的说法：密教与显教相对，是大乘佛教的判别。显教是如来应化身（释迦牟尼）的逗机方便说法，密教是如来报身（大日如来）自受用报身所说内证自觉圣智之法，及大普贤金刚萨埵他受用报身之智，现生遇到曼荼罗阿阇黎，乃至灌顶受金刚之名号，由此而得甚深不思议法，超越二乘圣者及十地菩萨，即身成佛。说明《大日经》是由大日如来所说有其甚深理论依据，而且《大日经》作为密教理论经典，是最高大法。同时又是顿悟法，也是易行道。值得一提的是，密教兼有求生西方净土及印度教之与梵天合一的双重优点，在历程上是速成法，在目的上是究竟法。这一思想的形成，就是《大日经》的结集。因此，从某种程度上可以讲，由《大日经》而完成了密教理论的形成，从而唱起“即身成佛”的引人入胜的美妙之歌。
《大日经》的中心思想是“即事而真”，实际上这一思想源于《华严经》的“事事无碍”，并参照了“梵我一致”的印度教的核心思想，从而提出“即身成佛”的教理。由于《大日经》源于《华严经》思想，还特别重视菩提心，认为通过如实地了知己心，并在自心中求得一切智便可达到菩提。它宣讲大日如来为摄化众生，借助真言和曼陀罗，显现出许多佛身。这种在观念上与大乘佛教相对抗的思想，便成为密教理论的基础。
就具体而言，在《大日经》中，佛祖释迦牟尼已成摩诃（大）毗卢遮那佛，他的陪侍有普贤菩萨、持金刚和金刚波尼，以及其他金刚手们。整个宇宙好像被太阳照亮了。一切有情众生要在自己的思想（心）中找到正觉，究极而言自己的心是清净的。其修习者应当通过他的禅定成为毗卢遮那佛。他用曼陀罗（仪式坛场，或神秘的图案或画像）认清他心，曼陀罗也就是佛陀的心；应当在他自己的心，在他的菩提心（正觉心）中找到佛陀（正觉）。这种感通的方法包括念诵真言、参加仪式，如，观看曼陀罗（包括仪式举行场地的整个布置，像吠陀仪式和此类在露天举行的仪式，甚至还有一次护摩献祭——焚烧贡品的火祭，火祭象征在智慧之火中烧掉爱欲和妄念）；手结密印（印相、契印——手指所指象征符号）；还有瑜伽（通过仪式和禅定达到心灵感通的和谐与统一）。第一步应举行的是弟子的灌顶仪式，首先必须仔细选择纯洁、克己、诚恳、忠于老师等等，而且乐意为学习佛法而牺牲生命的弟子，然后可以举行主要仪式，以及献花等。然而，这种有形的仪式据称是初步的基本训练，使曼陀罗对于众生成为可见的（如是吸引他们到曼陀罗）。真实的最高的曼陀罗只发生在弟子心中，他在初步训练之后要想象自己身体里面的曼陀罗，最后只在自己心里（注：参见［英］温德尔著《印度佛教史》452页）。禅定功夫和诵持密咒，是密教法门的重要构成部分。尤其禅定在密教中成为一种方法或途径，只有在禅定中亲眼见到如来，通过如来的力量才能达到究竟涅槃地。总之，《大日经》是密教密法的大集部中较早出现的重要经典。
《金刚顶经》，全称《金刚顶一切如来真实摄大乘现证大教王经》，也称《摄大乘现证经》或《大教王经》或《金刚顶瑜伽真实大教工经》，是继《大日经》后出现的又一密教重要经典，我国唐代由不空金刚译师（705—774年）译成汉文，共三卷。据此，可以断定，《金刚顶经》产生的年代最迟也不会晚于八世纪中叶。有人提出“即使承认《一切如来金刚三业最上秘密大教工经》、《大毗卢遮那经》、《一切如来真实摄持经》和《金刚顶经》早于八世纪，我们也还可以说，另外三部主要密宗经典《如意轮总持经》、《金刚怖畏经》和《文殊师利根本仪轨经》，也可推断大约在八世纪。”（注：握德尔著《印度佛教史》454页）。将《金刚顶经》产生的年代，推到八世纪以前也完全可以，但其上限只能在七世纪后半叶左右。其确切年代有待进一步探讨。
从其历史渊源讲，《金刚顶经》属于瑜伽行派系统，是以“心识说”为中心思想而发展起来的，但其中含有浓厚的大乐思想。如以上已介绍过的《大日经》内容，作为“行为”法门，它包含一个灌顶仪式和参禅姿势，以及密印和曼陀罗的祭仪，这一切就是为了引导学习者体认与大日如来的同一性。而《金刚顶经》则是一部瑜伽密典，其祭仪与行为从属于禅定，换句话说，其学习者被引导到超越祭仪的外表形式的层次，虽然这时还细述曼陀罗的制作过程，但学习者已经达到某种内在的体证（瑜伽）。
瑜伽（Yoga），在梵文中是由马和车轭结合之义的语根Yoj而来，意译为相应，此语最早出现于梨俱吠陀中，后来沿用到奥义书时代，它的含义是，依于调息等的观行法。观梵我一如之理，以合于梵而与梵相结，到了佛教中，采用此法，依于“止”及“观”之观行，与正理合一相应的情态，便称为瑜伽。但是，密教中的瑜伽法，则受了瑜伽外道波昙耆梨所著《瑜伽经》的影响，以为瑜伽即可达成出世间的一切目的，也就是说，通过瑜伽法的内证经验，即可达到佛的境界而称即身成佛。密教对瑜伽赋予很高的特性。因此，从密教的修炼次第来讲，《金刚顶经》在内容上比《大日经》更高深、更全面一些。正如“《大日经》的系统被称作‘右道密教’或‘真言乘’，其曼陀罗被称为‘胎藏界曼陀罗’。与此相对应，把《金刚顶经》系统称为‘左道密教’或‘金刚乘’，其曼荼罗被称为‘金刚界曼荼罗’。这两经系统的密教叫‘纯密’，它通过曼荼罗的组织，把印度的俗信统一于佛教的中心部位。二者中，真言乘是理论性的，因为缺少实践的一面，所以没有振兴起来。到人世纪，印度密教大师因陀罗菩提以后，仅剩金刚乘流行。”（注：［英］渥德尔著《印度佛教史》454—455页）。由于密教的盛行，大乘佛教附属于密教。这样，密教则把大乘佛教看作初步阶段，被称为“经言乘”或“波罗蜜多乘”，而密教自身则是高级阶段，名为“真言乘”或“金刚乘”。
除了上述《大日经》和《金刚顶经》外，还有许多相继问世的密教重要经典。诸如《爱欲夜摩利经》（费卢波所持，约公元750年）、《大悲空智金刚王经》（即一切如来真实摄持经，八世纪后半期，它的“摘要”连同两部小经《拘卢拘利仪轨经》和《阿罗利经》为觉比黑鲁伽所持，它的全书为堪巴拉和沙路卢诃所持）、《佛钵经》（公元800年左右为师子贤弟子沙罗诃所持，可是似乎有两个沙罗诃；我们回忆师子贤另一个著名弟子佛智，被认为写过关于金刚乘的著作，所以波罗蜜多派和金刚乘的混合倾向是在此时期开始的）、《摩诃摩耶经》（义译“大幻经”，约公元800年，为堪巴拉和沙路卢诃同时人库库利所持）、《讫瑟刹夜摩利经》（为鸟底衍那的游戏金刚所持，他似乎也属于这一批法师们的同时期人）、《合十经》（或“四修女合十经”）、《顶严经》（或“大密印顶严经”，九世纪初，这两部经为讫瑟吒沙利耶或讫瑟吒般提多所获得，两个或更多这个名字的作家的第一个）、《瑜伽女修行无碍经》（卢夷波陀所持，十一世纪）、《金刚殒灭经》（深妙金刚所持，十一世纪初）、《时轮经》（庇多所获，公元1040年左右）（注：详见［英］渥德尔著《印度佛教史》454—455页）。其中值得特别指出的是《时轮经》，这部经典是继《大日经》和《金刚顶经》之后产生的密教重要经典。从藏传佛教的角度讲，《时轮经》比前两部经典更加重要。从时间上看，《时轮经》正如上述迟至1040年才获得或问世，所以在印度流行的时间比较短，对此经的注疏也相对较少，据史料记载，只有四家对《时轮经》作过注疏，即妙吉称、陀利伽和护无畏，以及无名氏的《无垢光注》。后来阿底峡尊者入藏，他在西藏宣讲《时轮经》，使《时轮经》最终在西藏得以流传，并发扬光大，做出了一定的贡献。
从内容结构看，《时轮经》属于阿提瑜伽体系，是一部包括无上瑜伽在内的密教最高大法。据考证，《时轮经》很可能是阿提瑜伽现存唯一的重要著作，经中提出的部分禅定制度类似于瑜伽女体系，因为其修习者在他的身体里面看到全宇宙，有一个增添的特点，时间相等地以呼吸过程的形式潜藏在身体里面，对如此理解的时间的禅定思维产生了这个新法门的名物——时轮乘。《时轮经》比其它密教经典更加强调神经系统作为瑜伽基础的理论，虽然这也在《大悲空智金刚王经》、《宝箧经》中和它处出现过大体轮廓。没有身体，成就最高幸福是不可能的，这一陈述是以身体的成就为基础，与《大悲空智金刚王经》是相类似的。现在的目的是与无所不包的佛陀的时轮相结合。这里也强调无差别性，但这完全不是新的。不过有些新的着重点，尤其与禅定对比的瑜伽（此指身体锻炼），将时间和空间的宇宙带进统一的体系（注：详见［英］渥德尔著《印度佛教史》466—470页）。这里主要说明了《时轮经》与其它密教经典之间的相似处和不同点，从而强调了《时轮经》的突出特点。
对于《时轮经》，已故著名佛学家吕澄先生也曾作过研究，他指出：“密教发展到最后，还有所谓‘时轮乘’。他们特别崇拜的是本初佛，认为释迦牟尼之上还有最初的佛，是那个最初佛发生一切的。同时，他们还对人的生理作了很多研究，提倡用瑜伽的方法来控制身体内部的所谓‘有生命的风’（相对外部自然界的风说的），就可以使人的生命不受时间流转的影响，而得长寿，以致于脱胎换骨，变人身为佛身。”（注：吕澄著《印度佛学源流》252—253页）。实际上，《时轮经》是一部详述密教独特的修行仪轨的既神秘又复杂的甚深秘奥经典，有待专门深入地研究。
根据藏传佛教的传承，密教可分为四部：事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部。现列表如下：
以上列表不一定十分准确。只是为了弄清楚各种分类法的相互关系，以便有利于掌握密教这个庞然大物的真实概貌。
另外，密教最重视法统的师承，传受密法，必须有金刚上师（秘密阿阖梨）的灌顶。修持密法的仪轨，还须请金刚上师的加持。因为金刚上师是师师相承的大日如来的代表，也必须是修法有了成就的瑜伽行者。密教是心法，不同显教可借语文而领受，密教必须师弟秘密授受。这一观念在婆罗门教的梵书至奥义书时代，已很风行。在密教仪轨中，将许多印度教的神，吸收到曼陀罗中，并依据自己的信仰特色，对包括佛、菩萨在内的诸神形象作了严格规定。这样，诸神形象包括其姿态面相等等，虽呈现各种各样、千姿百态的外貌，但实质不变。总之，“密教很重视修行实践，仪轨复杂、繁琐、对设坛、供养、诵咒、灌顶（入教法仪式）等皆有严格规定，由阿阖梨（导师）秘密传授。他们认为：众生如果依法修‘三密加持’，即手结印契（特定的手势）、口诵真言（咒语）、心观佛尊，就能使身、口、意‘三业’清净，与佛的身、口、意相应，即身成佛。”（注：《东方佛教文化》50页，罗照辉、江亦丽著，山西人民出版社1986年版）。所以，对广大信教群众来说，密教具有很强的吸引力。
然而，到了十一二世纪，印度波罗王朝末期及斯那王朝时代，伊斯兰教军队更加深入，佛教的最后据点之东印一隅，也被一扫而光。于是，密教的大师们四处逃脱，其中许多经克什米尔进入西藏避难，部分则逃至尼泊尔一带。当时，那烂陀寺也仅剩七十余人，不久，王室又改信伊斯兰教，未能逃出的佛教徒，只好改信伊斯兰教或并入印度教。公元十三世纪初，伊斯兰教军队把印度仅存的超戒寺烧毁，以此为标志，印度密教乃至整个佛教在印度本上便宣告绝迹。
二、密宗的特色
除了大乘和小乘两大派别外，佛教在其内部又有显、密之分。至于显、密两宗（教）的主要区别，按照古代学者的一般说法，显教是释迦牟尼所说的种种经典；密教是毗卢遮那（大日）佛（即法身佛）直接所传的秘奥大法。显教主张公开宣道弘法，教人修身近佛；密教重视传承、真言、密咒，以求即身成佛。显教要人悟道，密教要人修持。显教典籍，主要是经、律、戒、论；密教除此以外，在修持方面主张三密（详后），更有颂、赞、法、咒、仪轨、瑜伽、契印等等。显教有行、住、坐、卧四种威仪；密教除此以外，尚需“观想”。对此，有学问的喇嘛又有自己的看法。他们认为，显教是一种弃世之道，可以求得智慧，知晓现象世界的不善和无常，以努力提升自己。密教，不管是否起源于原始状况，在理论上则较显教为进步。因为密教将凡是已有的东西都视为固然，并积极加以利用，以求得理论认识和灵性发展。所以说提升的过程，不再是物质身体的放弃，而是利用物质身体。
由于理论观点上出现分歧，密教信徒嘲笑显教的唯心论者，说放弃物质身体等于追求影子，放弃造成影子的东西，不承认那个东西，一旦物体与心灵的矛盾被承认，便永远纠缠不清。不管是物质还是心灵，有一方特别重要，就会纠缠不清，假如以任何一方作为出发点，都视为“固然”，视为“本性”，则可对于任何事物没有偏见，没有误解，一视同仁。当一个人没有偏见、没有误解的时候，他就是“自由”本身，这就是解脱或得救或永存的意义。密教经典里有这样一段话：“好信徒，基本上任何是就是是。本性，包括你自己，本来不是纠缠的，为什么要避免纠缠呢？本来不被诱惑的，为什么要避开它寻求真理呢？”对此又作了更进一步的说明：“行为而没有了解，是盲目的，了解而没有实践，是浅薄的。当二者为一，便有自我控制。”这个自我控制，自然