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这阶段的边疆史地和元史研究，除前述魏源的《元史新编》之外，首先是曾官湖南学政、后因事遣戍伊犁的徐松（1781— 1848），得以实地勘察西北边地，写出了《汉书西域传补注》、《西域水道记》和《新疆识略》。接着张穆（1805—1849）曾校订《永乐大典》中的《皇元圣武亲征录》和祁韵士的《西域稀地》、《藩部要略》，并研究俞正燮的《俄罗斯佐领考》，写出了《俄罗斯事补辑》、《北魏地形志》和代表作《蒙古游牧记》。
《蒙古游牧记》的写作，是因张穆有感于“内地各行省府厅州县皆有志乘，所以辨方纪事，考古镜今。。。独内外蒙古。。未有专书”，人们难以系统了解蒙古情形。该书在编纂上沿用了史志体裁，但根据蒙古族“以畜牧为主，不常厥居”的生活方式，以历史上各盟、旗为单位，“因其部落而分记之”。记叙各部情况时，首叙封爵功勋，继考古今舆地及山川城镇的沿革，终言会盟贡道。取得了“缀古通今，稽史籍，明边防，成一家之言”的效果。此外，还有曾任刑部主事的何秋涛（1824—1862），究心时务，对西北史地尤有兴趣。他又精于汉学，遂把汉学家的考据精神和方法，运用于边疆史地研究，将官私著述中有关北部边疆的史料加以分类、排比、考订，编辑为《北徼汇编》，于咸丰八年进呈书稿，被改名为《朔方备乘》，然未刊即毁残于英法联军之役，到光绪年间才经他人据残稿补缀刊行。
《朔方备乘》之作，意在歌颂清初武功之盛，希望清朝统治者总结经验，振作精神，抵御外来侵略。该书范围不限于蒙古、新疆和我国东北，对西伯利亚、中亚乃至东欧，亦俱有考证。其中最有价值的是关于中俄关系的史料考订和记载，既具体地叙述了清初俄国在我国东北边疆的扩张、两国交兵、会谈分界立碑的史实，也介绍了康熙年间两国关系正常化以后经济、文化上的友好往来。其另一进步之见，是强调各民族间要互相尊重对方的宗教信仰和生活习俗，以稳定人心，加强团结。该书还对土尔扈特蒙古跋涉万里、重返祖国的原因作了分析，对这一爱国行动及边疆各族人民不屈服于外力威胁的光荣传统加以热情赞扬。
此后直到清末，致力于元史研究并取得较大成就的，还有李文田（1834—1895），代表作是《元秘史注》，取材宏富，于《元秘史》中涉及的地理、年代、史实均有详细参证和考订。洪钧（1839—1893）在使俄期间，接触到波斯人拉施特哀丁的《史集》和亚美尼亚人多桑的《蒙古史》以及其他西方史料，编成《元史译文补证》一书，不仅扩大了史料来源，而且开辟了中西比较、参互对勘的治史新途径。
到本世纪二十年代初，元史的研究仍在进展。屠寄（1856—1921）著有《蒙兀儿史记》，偏重于记载忽必烈以前史事和各大汗国史迹，取材兼及中外，于西北地理沿革考证尤为详尽。曾廉编有《元书》。柯劭忞（1850—1933）著成《新元史》，注意吸收了前人对元史研究的成果，对旧《元史》多所补正，但体例和观点一仍其旧。
中俄边界一度是边疆史地的研究热点。曹廷杰（1850—1926）在光绪十年至十三年（1884—1887），通过研究有关史料和实地勘察，写成《东北边防辑要》、《西伯利亚东偏纪要》、《东三省舆地图说》等书，详细记述了俄国侵占我国东北领土的情形。尤其是拓回永宁寺碑文，于研究明代东北边疆，意义重大。另外，屠寄著有《黑龙江舆地图说》，洪钧有《中俄交界全图》，二十世纪初邹代钧作有《中俄界记》。近代的史地研究，促进了历史沿革地理学的发展，造成了一批专家，其中以杨守敬（1839—1915）和丁谦（1843—1918）成果最多。杨守敬著有《汉书地理志补校》、《隋书地理志考证》、《水经注疏》、《水经图注》、《历代舆地图》，均被视为名作。丁谦则编有《蓬莱轩舆地丛书》等，为社会普及了地理学知识。
突破禁忌的明史研究清初官修《明史》，对南明小朝廷和抗清的人物事迹记载极为简略，但当时一些具有民族气节的汉族士人曾遗留下大量野史笔记，在民间流传。鸦片战争和太平天国农民起义的冲击，使得清皇朝在思想文化上的控制相对削弱，撰写明史的著作渐渐问世，继前述魏源的《明代食兵二政录叙》之后，还有徐鼒和夏燮的有关史著。
徐鼒（1810—1862）于道光三十年（1850）入清朝史馆，着手研究南明史。他参考前人有关史书60 余种，兼及诸地方志和诗文集，于咸丰十一年（1861）写成《小腆纪年（附考）》。该书起自明崇祯十七年（清顺治元年1644）李自成农民军进入北京、福王朱由崧在南京登基，终于康熙二十一年（1683）台湾郑氏政权归顺，以编年体记载其间40 年史事。他同时作有纪传体的《小腆纪传》，两书并行，使这段时期的重要事件和人物行动公之于世。夏燮于同治十二年（1873）刊行了《明通鉴》，其中南明部分占6 卷。
该书注重鉴别史料、考订事实、兼及讨论治乱得失，寓评于编。徐鼒和夏燮两人在政治上都依附于曾国藩，是封建道统、秩序、伦常的维护者，因而其指导思想都未能摆脱春秋笔法和《御纂资治通鉴纲目三编》的影响。不过他们都注重“人事”，敢批评“苛政”，强调“直书其事而得失劝惩寓焉”。他们还站在汉族地主阶级的立场，歌颂因对抗农民起义而死的“忠节之士”，也记录并表彰了抗清的“忠臣”、“义士”的事迹，不过都巧妙地通过引用清朝皇帝谕旨的方法加以表达。
西方史学的输入和中国人走向世界从洋务运动时期开始，西方史学随同外国其他文化已逐渐传入中国，到维新运动之前，在梁启超编的《西学书目表》中，“史志”类书籍有25 种，大部分为编译的外国史著。通史如日本冈本监辅的《万国史记》，美国谢卫楼著、赵如光译的《万国通鉴》，古代史如英国艾约瑟辑译的《欧洲史略》、《希腊志略》、《罗马志略》，近代史如英国马恳西著的《泰西新史揽要》（原名《泰西第十九周大事记》）、《列国变通兴盛记》，国别史如《俄史辑译》、《大英国志》，日本冈千仞著的《法兰西志》、《米利坚志》，人物传记如黎汝谦译的《华盛顿传》等。当时影响较大的是冈本监辅著的《万国史记》和英国在华传教士李提摩太口译、蔡尔康笔述的《泰西新史揽要》。《万国史记》反对以欧洲为世界中心，对受西方列强侵略的印度、土耳其、波兰表示同情，同时书中主张讲求新政新学，赞美欧洲的立宪制度。《泰西新史揽要》主要记叙十九世纪欧美资本主义发展的历史。李提摩太口译时盛赞基督教，为帝国主义侵略行为辩护，还攻击法国式的民主革命，宣扬温和的改良主义思想。但该书毕竟介绍了法国革命和英国的产业革命，传播了破除封建专制积弊、力主“变通”求新的观念。这几本书很适合刚从封建营垒中转化出来的改良派知识分子的需要，所以王韬曾赞扬《万国史记》、《法兰西志》和《米利坚志》，康有为于光绪二十三年（1897）第五次上书光绪帝时，曾推荐《泰西新史揽要》。
与此同时，由于官吏出洋考察、留学生出国求学和少数人因其他原因出国，各种游历外国的笔记、日记、闻见录渐渐出现。如张德彝的《航海述奇》、斌椿的《乘槎笔记》、志刚的《初使泰西日记》、郭嵩焘的《使西日记》、薛福成的《出使四国日记》、王韬的《扶桑游记》等等，记录了近代中国人对世界的直接闻见和观感。正是在这些基础上，出现了王韬和黄遵宪的外国史著作。
王韬和黄遵宪的外国史著作王韬（1828—1897），于同治元年（1862）到香港，同治六年冬开始游历欧洲，两度经过法国，通过参观访问以及与法国学者交往，对法国的历史、地理、风俗习惯和社会状况有所了解。他于同治九年（1870）回到香港，编辑了《法国志略》，次年又编撰了《普法战纪》。王韬赞成“君民共主”，希望中国学习西方，进行资产阶级性质的改革，因而主张“志欧洲地理必兼政事”，且剪裁时注意“略古而详今，舍远而志近”，在记载法国历代大事时，尤注重法国与邻国的关系，并专载有关通商、军政、物产、民俗、文化等方面的情形。
黄遵宪（1848—1905）从光绪三年（1877）任驻日使馆参赞，在日本居留四年多，对日本的历史和现状作了系统深入的调查研究，于光绪十三年（1887）编撰成《日本国志》，这是到那时为止中国人所写的篇幅最大、内容最翔实的外国史著作。该书将日本数千年历史用国统、邻交、天文、地理、职官、食货、兵、刑法、学术、礼俗、物产、工艺等十二“志”胪列分叙，全书贯穿着“物穷则变，变则通”的历史进化观点，肯定了日本民族不断向外部世界学习的态度，重点记叙了明治维新的各种举措和发展过程，“详今略古，详近略远”，“凡涉西法，尤加详备”。对调查研究所得资料，如当时日本政府和各地方、各机关发布的公报，法令及统计数字，予以认真收录，从而成为当时中国人了解和研究日本的信史。梁启超称该书“在旧史中实为创作”，更有不少人惋惜此书迟迟于写成后的七八年才刊行，以致中国人不了解日本，在甲午战争中打了败仗。
王韬和黄遵宪都注意了“史”与“论”的结合，分别用“逸史氏曰”和“外史氏曰”的形式阐发自己的观点。同时，他们在叙述和议论的过程中，都有将中外情形加以比较的倾向，借以表达自己渴望向外国学习、实行改革的进步愿望。他们还抛弃了以“天朝上国”自居的妄自尊大态度，不再以“夷狄”看待他国；同时还感到中国旧史书“专叙历代治乱沿革”而对“国势民情”略而不书是重大缺陷，因而有意使用不少篇幅记载法国和日本社会的经济生活、发明创造、人才培养和风俗习尚。王韬和黄遵宪的史学著作，呈现出由传统史学向近代史学转化的态势。此外，王先谦在光绪二十七年（1901）曾据中日两国史料，写成《日本源流考》一书，该书记载自日本建国到明治二十六年的日本历史，对明治维新的经过和措施记述尤详。但他认为日本“万世一系”的“世王”制度，是日本得以长期保持独立和维新能够迅速成功的主要原因，体现出他拥护君主制度的落后观念。
清末的当代史料编次和有关历史研究清代对于文献资料的保存和编次相当重视，晚清仍然保持了这一传统。
于“实录”类有《宣宗实录》、《文宗实录》、《穆宗实录》、《德宗实录》和《宣统政纪》。于“东华录”一例，王先谦于光绪十年（1884）完成《九朝东华录》，属于晚清的有道光、咸丰、同治三朝；朱寿朋于宣统元年（1909）补辑了《光绪朝东华录》。属于“方略”类的，有奕䜣等编纂的《钦定剿平粤匪方略》、《钦定剿平捻匪方略》、《钦定平定陕甘新疆回匪方略》、《钦定平定云南回匪方略》、《钦定平定贵州苗匪方略》等。光绪朝续修《大清会典》，起自嘉庆十八年（1813），迄于光绪二十二年（1896）。刘锦藻编有《清朝续文献通考》，起自乾隆五十一年（1786），迄于宣统三年（1911），凡400 卷。此外，李桓编纂有《国朝耆献类征》，李元度编纂有《国朝先正事略》。
晚清外患连绵不断，故外交史料亦多。计有道光朝、咸丰朝、同治朝的《筹办夷务始末》，光绪朝、宣统朝的《清季外交史料》，系统记载了鸦片战争以来的中外交涉事件和有关条约。此外，魏源在鸦片战争之前的道光十七年（1837）编成的《皇朝经世文编》，不仅具有文献价值，而且有助于当时和此后经世学风的高扬，给士人提供了评议时政的先例和思想资料，因而踵继者不绝。从咸丰元年（1851）到1914 年间，各种以“补编”、“续编”、“续集”、“二编”、“三编”、“四编”、“五编”、“新编”和“统编”等名目出现的经世文集，共达18 种之多。
同史料编次的情况相比，晚清的当代史著作略显逊色。除前述与鸦片战争有关的著作外，此后关于太平天国和湘军的著作主要是夏燮的《粤氛记事》、张德坚的《贼情汇纂》、王辏г说摹断婢尽泛屯醵ò驳摹断婢恰贰Ｓ泄匚煨绫浞ǖ闹髟蛴辛浩舫摹段煨缯浼恰贰⒑季吹摹段煨缏乃肌泛鸵兜禄缘摹毒趺砸肌贰３肆浩舫摹段煨缯浼恰分猓渌分奶謇椭傅妓枷刖舫戮桑糠质妨霞壑低猓ι瓶沙隆＜鞘鍪倍谓铣ぁ⒈嘧胱猿商逑档氖分褂型踔旱摹豆嵩都恰罚淝饷阑寤食适都恫荒苡胛涸吹摹妒ノ浼恰吠斩铩�
对其他古史、古学的讨论和研究此处所说的古史，包括自上古先秦经秦汉、魏晋到隋唐两宋的历史。从晚清到民国初年的学者，在田野考古发达之前，对于上古先秦乃至两汉的研究，主要根据是儒家经传注疏、先秦诸子、《史记》和《汉书》，经学和诸子学常成为研究重点。对于汉代以下的研究，根据则是历代正史、有关古籍和学者文集。研究成果则多为考、注、疏、解、辑补、订正之类。所谓古学，即指经学、诸子学和研究其他古史古籍的专门之学。
关于经学的研究，晚清今文学派的代表人物康有为、古文学派的重镇章太炎，在前面有关部分已多次论及，不宜多作重复，故只将其余研究成果有较大影响的学者，按“汉宋调和派”、“今文学派”、“汉学—古文学派”，略加区别和扼要评介。
首先，汉宋调和学派。
这一派在近代的开创者是阮元。阮元（1764—1849）曾任浙江、江西巡抚，两广总督，晚年为体仁阁大学士。他受戴震弟子王怀祖、任子田影响，承乾嘉学风余�