，古今难明，此义唯枣柏大士（李通玄）于《华严论》，发泄殆尽矣。然学者心识粗浮，论虽曾阅，了知此义者，不殊麟角焉，予虽不敏，试且解之。”25
紫柏率先垂范，以很大精力投入于唯识学研究，以匡治时弊，延续法脉，他的唯识学研究主要有以下一些特点：
首先，推崇唯识玄奘今学，反对安慧古学。唯识学在印度发展中出现了“古学”与“今学”之争26。无著和世亲奠定了瑜伽行派的理论基础，世亲的继承者有亲胜和火辨两家。较亲胜稍后并发挥亲胜学说的有难陀、德慧、安慧等，史称“前期瑜伽行派”或“无相唯识派” （唯识古学）；世亲的另一继承者陈那，不拘于世亲旧说，对瑜伽学说大加发挥，并特别注意用因明的方法阐发瑜伽学说（唯识今学），是“后期瑜伽行派”或“有相唯识派”的先驱，陈那的后继者有无性、护法、戒贤、法称等。玄奘在印度留学时随戒贤受学，戒贤之学源自护法。玄奘回国后，糅合了印度当时流传的唯识十家之说，借以贯通新旧唯识的鸿沟，独辟蹊径，奠定了唯识新学的理论基础，并确立中国的法相宗。
唯识学在中国的发展经历了三次译介时期27。在玄奘创建唯识宗之后，前期有关唯识学纷争均消融在玄奘及其后学的思想中。唯识宗作为一个宗派消亡后，晚明所能得到的研究唯识的著述只有玄奘的《成唯识论》、《八识规矩颂》等，诠释性著述荡然无存，仅在澄观《华严经疏钞》、延寿《宗镜录》、元峰《唯识开蒙问答》还有片断记载。紫柏唯识学研究建立在这些有限资料基础上，所以他的唯识研究只能以玄奘思想为蓝本，借鉴其它宗派，尤其是禅宗有关思想来展开。
唯识今古之争在义理上有众多表现，尤其在论证“唯识无境”问题上，二者分歧明显。难陀首创“见、相”二分说28及种子新熏论，他认为相分是无体的，见分也无其性相，所以难陀此论被称为“无相唯识说”。难陀之后，陈那在见、相二分思想的基础上，提出三分说，即除见、相二分外，尚有自证分作为证知见分的存在。安慧承继难陀旧说，又对陈那之说有所吸收，认为见相为偏计所执性，是不实在的，只有自证分属于依他取性，才是实在的，于是陈那的三分说，在安慧这里又成为一分说。
按照吕澂先生的诠释，陈那认为，“相分引起见分，见分所得的行相与相分一模一样，因此这个相分（所缘）也就是内境。这样，第一，相分是有实体的，实在的；第二，见分也有其行相。”29这就是“有相唯识说”。陈那之后，护法对其学说作了重大发展。其中之一就是完善了见、相分理论，提出“四分说”，即在三分说的基础上，加上“证自证分”一说，使四分理论臻于完备。但他也否认了难陀新熏说中认为种性不定的说法，强调种性不可改变。玄奘《成唯识论》是在护法《三十唯识颂》的基础上，吸收他学而成，所以他的唯识学从一开始就奠定在护法思想基础上。紫柏的唯识研究得力于玄奘学说，而在《成唯识论》中，安慧是作为护法的对立面出现的，这样，紫柏唯识学研究了也随之倾向于今学而反对安慧古学。
安慧与护法在阿赖耶识的变现与转依上存在着重大的分歧，而前者对“转识成智”问题的说明，成为紫柏批判安慧的把柄。紫柏云：
今安慧宗中，妄谓因中无漏五识，能缘真如，殊不知五识成智，必待第八识转而为根本智，然后五识转成所作智也。此中目此智为后得者何也？谓根本而后得也。以五识及第八识皆属现量，果上同转故也。彼谓因中五识未转智而能缘真如，非妄而何。纵于果上识虽转智，第能照俗而不能缘真如故，护法师曰：“果中犹自不诠真”，况因中乎？30
“转识成智”是唯识学转依成佛理论的核心与目的。“果中犹自不诠真”出自《八识规矩颂》第三颂。全句云：“变相观空唯后得，果中犹自不诠真；圆明初发成无漏，三类分身息苦轮。”31“变相”是变有相为无相，转有念为无念；“观空”是观我空、法空；“唯后得”是指后得智而言，此智是证得根本智后，对境再起分别，如明镜鉴物，来去无踪影，不受外物污染，又名后分别智。前五识因为触境亲缘相分的关系，在变相观空之后，不能和第六识一样，直缘无相的真如境界，所以在佛果转识成智时，不属根本智，而是属于后得智。正如紫柏所云：“根本智乃实智，能亲缘真如，后得智，乃权智，但能了俗，不能亲缘真如”，32也就是说，能直观真如之体者，为根本智，须变起真如之相而观之者，为后得智。只有前五识由有漏转为无漏，在第八识初转为大圆镜智时，此刻第八识必须遣相尽净，证得无相，在成佛刹那间，其相应心品方能转为大圆镜智，与此同时，前五识也随之转为成所作智。所以，对前五识而言，转变为成所作智是其亲缘真如的必备条件。但安慧认为，因中无漏五识能亲缘真如，所以紫柏对之作了批判。
不惟如此，护法心切的紫柏甚至将安慧所说贬为小乘，指责安慧只能达到小乘果头佛地位，不能望大乘项背：
小乘以无我为真如，断了六识分别执，便能六根互用，以为能亲缘真如。偈曰：小家果头佛，理量徒有名。迷名不知义，疑大而起诤。五识同一觉，是以眼可闻，耳不能见色。实非本根咎。咎在分别者。以故见思破，六根即互用。彼小不知此，未究七八五。三者晓然了，横计渠自破。既破弃旧法，悲哀归大乘。罗什首初师，疑什亦有辨，一朝悟大理，仍复师罗什。33
盖安慧者，小乘不知有八识，所知者唯六识耳。六识既灭，似无分别，似现量用事，便谓无道可进。殊不知小乘所证者，全是无明，即第八识中不觉也。故安慧妄论因中无漏五识即能缘。如此五识以大乘观之，安得无漏哉？以其通善恶无记之性 。小乘粗恶虽尽，细恶尚在，谓之无漏，可乎？谓之缘如，可乎？故护法意谓：变相观空，唯后可得智可能；而后得智，且非因中可得，要待转八识为根本智已，方得此智，所谓根本而后得。此是果上事，非因中荐得也。此智果上可以变相，亦不能觌体缘。如以根本智是实智，后得智是权智，实智可以缘如，权智可以应俗，权智果上，纵能随如，不过变相耳，不能亲缘也。然此五八，唯果上转识成智，六七因中便能转矣。如安慧言，妙观察智，因中缘如则亦可通，执无漏五识能缘者，大可笑也。34
应该说，紫柏对安慧的评价是有过激之处。
其次，对第六识转化功能格外重视。
“八识”中的第六“识”以整个世界（诸法）为对象，也称“法识”。又因为它以第七识“末那识”（意译“意”）为根据，又称“意识”。“意识”是具有逻辑推理的知性认识能力，能够对内外之境与过、现、未三世有思量、分别作用，具有现量（感觉）与比量（推理）两种功用。第六识又可以细分为四种，即明了意识、定中意识、独散意译、梦中意识。在八识中，意识最具主动性，它是一切善恶之业的制造者。
紫柏鼓唱“愚破智开，时可入道”35，而第六识对转识成智的特殊功效自然引起紫柏的注意，他认为八识中第六识的转化具有关键意义。他说：
识有多种，曰含藏、曰传送、曰分别、曰见色、闻声、嗅香、尝味、觉触、知法，总谓之八识。唯含藏前五，果转非因转也。六之与七，乃因转非果转也。然彼七识，皆坐转非行转也。行转也者，唯分别事识之能事也。夫何故？以其量备心所备故也。合理之谓比，谓比度而知，知而不谬于圣经。合辙故曰“比量”，不合则“非量”矣。“现量”也者，初无分别，照境无思也。是以有志于转识成智者，苟非精辨事识，则转识成智所以然之说，终不明矣。36
这段法语中，紫柏禅僧气质表现尤为明显，“八识”在这里却成了“九识”，“六识”也与“六尘”混为一谈，不过他的意图还是清楚的，即强调第六识在“转识成智”中的核心地位。就唯识学转依理论来说，紫柏如此看中第六识是有道理的。在转八识为四智的整个环节中，第六识是前五识的共同依据，37同时，它又以第七识末那识为根据，是连接后两识与前五识的桥梁。紫柏云：“识虽有八，能检名审义，精义入神，入神以致用者，皆第六识之事也”38，这是因为第六识“三量俱通，心所总摄”，且转识成智是转心所而非转心王，八识之中，只有第六识“五十一心所统备而无所遗也，所以转识之柄，必在此识”39。他又说：
若就净言之，六识作法空观，即七识法执自伏。如六识作二空观久，六识自转为妙观察智，久而精进，观力渐猛，即七识我法二执，溶然冰销，成平等性智。至于八识，及前五识，化为大圆镜智、成所作智。此二智在果上，一念相应时转，不涉阶级者也。……由是观之，莫愁八识不成大圆镜智，五识不成成所作智。但要六识上著得力、见得透，日积月深，自然转识成智。六识既转成智，不坐顶堕，加功不已，七识自然转平等性智。此二智在凡夫最初发心，出世一念，至于第七地，是其收功也。至于八地、九地、十地，及等觉，皆无功用到也。40
第七识末那识是自我意识的惟一来源，它妄执“我”为实在，恒与痴、见、慢、爱等相伴。第六识若作“我空”、“法空”观照，则“我执”自消，第七识转“平等性智”，在此基础上，第八识转为大圆镜智，第六识本身转为妙观察智，前五识转为成所作智。这就是《八识规矩颂》所说的“六转呼为染净依”的原因。
此外，在三世轮回的流转中，第六识遍行于欲界、色界、无色界三界，“前生六识，揽法尘影子，以成今生形种。今生又因形起影，是来生受形种子。今生若能六识作观，破了我执，不揽法尘，则不受分段身矣”41。
由于第六识在整个八识中具有如此关键的地位，所以，紫柏对其推崇也就很正常了。他有《六识功能偈》云：
第六分别观生法，功成本位粗相灭。细相乃通七识分，生法以无分别观。观之不已无功成，乘此无功铸异熟。异熟既融任运入，五八剎那同时转。圣人能事自此毕。驾此无事自在船，逆顺风波渡群有。究竟如上种种德，皆是六识作观力。余识但坐不能行，惟六能行未始坐。张翁吃酒李翁醉，说与傍人谁肯信，三量三境摄心所，以此之故功在六。圣凡迷悟六不行，总是天晴地下湿。42
第三，依其它经论诠释唯识学。由于唯识宗重要疏论逸失，还原唯识本真义理几乎不可能。紫柏的唯识研究，前无师承，傍无所依，面对艰难、深邃的唯识义理，在时间又非常仓促的情况下，对之阐释就不得不借用当时仅存的其它宗派理论，且他的研究本为对治积弊而来，而非纯粹的唯识义理的解析。这种带有强烈实用性色彩的研究，固然有利于唯识思想的普及，但也难免有曲解抑或谬解之处。
一般来说，唯识学的阿赖耶识转依论重在对治烦恼障与所知障，后二者属于有为法，而作为一真法界的实相——“真如”属于无为法，它不待造作，自存自在，所以玄奘一系的唯识学者主阿赖耶识缘起，而否认真如受熏随缘。真常唯心学来源于如来藏缘起论，如来藏不仅是有为法的所依，也是无为法的直接所缘。《楞枷经》云：“如来藏是善、不善因，能遍造一切趣生。譬如伎儿变现诸趣，离我、我所，不觉彼故。”43所以，真常唯心论者必然持真如缘起论。关于两种缘起的不同，圣严法师的评述可作为参考。他说：
《起信论》与唯识的观点不同之处，主要在于《（成）唯识论》卷九的真如被八识依，既为生死依，亦为涅槃依，但其性净不受熏，离杂染不随缘，故待八识转成四智，方与真如合一。至于《起信论》的第八识，是生灭与不生灭的和合识，即是如来藏，又名真如，随染缘而入生死，随净缘则住涅槃，所以真如是可受熏的。44
紫柏本为禅僧，是典型真常唯心论者，他的骨髓里流淌着真如缘起论的血脉，以这种背景阐释唯识学理论，必然会有“格义”现象的出现，这种情况在他对唯识学理论诠释中时时出现。他以真如缘起诠释唯识“四分”，云：
夫八识四分，乃相宗之纲骨也。阿赖耶识、末那识、分别识、眼耳鼻舌身五识，谓之八识。证自证分、自证分、见分、相分，谓之四分。究本言之，八识四分，初无别体，特以真如随缘，乃成种种耳。夫真如随缘之旨，最难明了。良以真如清净，初无熏染，如何瞥起随缘耶？于此参之不已，忽然悟入，所谓八识四分，不烦少检，唯识之书，便能了了矣。45
“四分”是指八识与五十一心所的每一个识体的四种功能。即： 一相分，又作所取分，是认识对象（客体），亦即被主体之心所认识之客体形相，是识所缘的对象，虚假非实，又是识变现的影像。八识的相分各不相同，可分为影像相分、本质相分二种。 二见分，又作能取分，是认识主体（诸识之能缘作用），亦即认识、照知相分之主体作用。 三自证分，又作自体分，即自体上证知见分之作用，亦即自体能证知自己之认识活动（见分缘相分之作用）。 四证自证分，即证知自证分之认识作用，亦即自证分之再证知，心识对所得感觉对象进行思虑、分辨，也是作为自证分的量果。
紫柏说“八识四分，初无别体，特以真如随缘，乃成种种耳”已属歧见，而又谓“参之不已，忽然悟入，所谓八识四分，不烦少检，唯识之书，便能了了矣”，更是以禅宗手法研究唯识经论，可谓失之毫厘，差以千里。紫柏本人也认识到“惟相宗名义数多，若非心智妙密，委曲精搜，实未易明。”46但真正做到此点却�