在这段时间里，如果有什么成果的话，就是他进行大量的临床治疗。尤其可贵的是，他所接触的病人大多数是神经病患者。这就使他遇到了各种类型的神经病病例，积累了丰富的实际经验；而且，他也可以借此机会，将自己自巴黎学习后的心得应用于实际治疗中。他在治疗病人的过程中，进一步深信电疗、浴疗、推拿疗法和催眠疗法对于治疗精神病的积极效用，这些疗法往往取得了令人满意的成功。从一八八七年十二月开始，他更集中地使用催眠疗法。这些初步的成功，使他对治好精神病更加充满着信心。
弗洛伊德在治疗精神病方面的初步成果，并不是轻而易举得来的。他刚从巴黎回维也纳时，就遇到种族歧视，以致使他不能在精神病研究所工作，而不得不专治儿科的神经系统疾病。另一方面，旧有的、反科学的传统观念——即把歇斯底里症当成“妇女病”也阻碍他进一步发挥专长。那些医学权威们不承认歇斯底里病是神经系统疾病，不接受弗洛伊德关于“男性歇斯底里”病例和“暗示引起的歇斯底里麻痹”的研究成果。最后，甚至把弗洛伊德赶出脑解剖实验研究所的大门，使弗洛伊德根本找不到可发表讲稿和论文的刊物，也迫使他只能够在私人诊所推行自己的精神病治疗法。
弗洛伊德在实践中所采用的有效方法中，最突出的是催眠术。实际上，当时比较流行的是用电疗。弗洛伊德通过实践发现传统的电疗法的效果是很有限的，他认为，早先由德国最著名的神经病学权威耳伯（W·Erb）所倡导的电疗法，有很多毛病。他在电疗中发现了另一种有用的副产品，即“暗示法”（Suggestion）。他认为，在电疗过程中，如果有什么成功的例子的话，实际上应该归功于医生对病人的暗示作用。有了这种认识之后，他干脆把那套电疗用的电器束之高阁。
至于催眠术，那么，弗洛伊德早在学生时代就已有所发现。他说：
当我还是一个学生的时候，我就曾参观过催眠术专家汉森的当众表演，亲眼看到一个被催眠的人全身僵硬，脸色苍白，一直到催眠术完全表演完毕才苏醒过来。由于这一事实，使我深信催眠现象的真实性。不久之后，海登汉就给催眠术提供了科学的根据。虽然如此，那些心理、精神病等的专家教授们，还是有一段相当长的时间不断地指责催眠术为欺诈，甚至把它说成具有危险性的方法，非常瞧不起催眠术。在巴黎就不同了，我见过催眠术被人自由地运用，去引诱症状的发作，然后又用它解除症状。此外，据最新的消息报道，法国的南锡还出现了一个新的学派，他们广泛而极为成功地应用暗示于治疗上面，有的就是借助于催眠。
奥地利医学界，在弗洛伊德以前，一直很少应用催眠术。就连著名的梅纳特教授也把催眠术在医疗上的应用看作是一种“不幸”。
弗洛伊德的可贵之处在于只服从真理，而不服从任何“传统”或“权威”。他追求真理，也善于发现真理，对于催眠术的研究和应用，正是体现了弗洛伊德的这种优良品质。
催眠术的应用不仅标志着精神病治疗法的一次革命，而且，也使弗洛伊德从对歇斯底里病症的治疗中得到有益的启示，这是他转向精神分析研究的重要关键。正是通过催眠术的应用，弗洛伊德发现在人的意识背后，还深藏着另一种极其有力的心智过程——“潜意识”。后来，他发掘这种潜意识，并加以分析，最后导致了他的精神分析学整个科学体系的建立。在他看来，所谓潜意识是被心理抑制和压迫着的领域，它栖息在内心阴暗的角落里，要经过外力的帮助、引诱和启发，经过某种分析的照明，除掉精神的压力，才能转化为“意识”。而这种“潜意识”在未发现以前是深不可测的；就其内容和倾向性而言，也有好有坏的；它有时甚至抑制为一种荒谬不经的“梦魇”。这种内心秘密，又好象是人在时间中漂流，如同一座冰山，大部分浸在无意识的海洋中，小部分“漂浮”在“意识”的层面上。正是这种关于“潜意识”的观念构成为弗洛伊德的精神分析学的理论基础。须知，恰恰是催眠疗法为“潜意识”的发现提供了一个重要线索。
由此可见，弗洛伊德的精神分析学本身并非主观杜撰出来的臆想，而是在弗洛伊德及其同事们的医疗实践中总结和发展而来的理论。
弗洛伊德的催眠疗法既然具有如此重要的地位，我们就有必要简单地回顾弗洛伊德发现催眠疗法的过程。实际上，这一过程并不是从一八八五年秋至一八八六年二月的巴黎之行，而是从大学时代对催眠术的观察开始的。而从一八八二年起，弗洛伊德与布洛伊尔教授共同合作治疗一位叫安娜·奥的女歇斯底里患者，进一步掌握了催眠法的奥秘。
约瑟夫·布洛伊尔教授，同布吕克、沙考特教授一样，是对弗洛伊德的精神分析学的创立产生决定性影响的人。这三个人，不论在科学研究成果、学风、研究态度方面，都为弗洛伊德树立了榜样。在人类历史上，任何一个伟大人物，都不是凭空产生，也不是偶然地突现出来。除了他们本人的努力以外，必须有充分的历史准备和成熟的客观条件。而在这些历史的和客观的因素中，前人的研究成果和丰富经验、优秀的老师的辅导和启示等等，都是不可缺少的。弗洛伊德的伟大发现是前人研究成果的产物，也是他的好老师向他传授前人经验的结果。
约瑟夫·布洛伊尔（1842—1925）不仅是维也纳的著名医生，而且也是卓越的科学家。弗洛伊德曾说，布洛伊尔是一位“富有多方面才能的人，他的兴趣远远超出他的职业活动的范围”。“他虽是一名家庭医生，但他也有过一段科学研究的生涯，而且写出了好几部关于呼吸器官和平衡器官的生理学著作，具有永久性的价值。他是一个才赋极高的人，年龄比我大十四岁。我们之间的关系很快就亲密起来，而他也终于成为我的知友和我患难中的援助者，我们共同分享彼此在科学上的兴趣。当然在这种关系中，获益的首先是我，不过，后来由于精神分析的发展，使我失去了他的友谊。要我付出这样大的代价实在令我为难，但为了真理，我终于不得不牺牲了他的友谊。”这指的是以后弗洛伊德与布洛伊尔在精神分析方面的分歧。但即使这样，弗洛伊德也始终高度评价了布洛伊尔对弗洛伊德本身的影响的价值。
布洛伊尔早在青年时代，就在埃瓦尔德·赫林教授的帮助下研究呼吸生理，发现了迷走神经的自动控制作用。接着他研究半规管，作出了重要的贡献。一八六八年，他在维也纳大学当上荣誉讲师，一八七一年起就当私人医生，一八九四年，他当上了维也纳科学院的通讯院士，推选他的人是西格蒙特·埃格斯纳、赫林和马赫，他们都是举世闻名的学者。
布洛伊尔是赫尔姆霍兹的忠实信徒，也很崇拜歌德和费希纳这两位作家。
弗洛伊德是在七十年代末第一次与布洛伊尔相见的。当时，他们都在生理研究室。由于思想观点的一致，他们很快成了亲密的朋友。弗洛伊德甚至用布洛伊尔的妻子的名字安娜给他的大女儿命名。
从一八八零年十二月到一八八二年六月，布洛伊尔就已经给一个女病人安娜·奥治疗歇斯底里症。后来，在医学史上，它成为了划时代的著名病例。这个女病人原名柏达·巴本哈因姆（1859—1936年）；她是布洛伊尔首创的“涤清法”的第一位受益者。她原是一位聪明伶俐的姑娘，她患病时才二十一岁，她的病是在她去服侍她衷心敬爱的父亲时开始发作的。布洛伊尔第一次接触这个女病人时，她的临床症状极为复杂错综，包括全身痉挛性麻痹、精神抑制和意识错乱等。在一次偶然的观察中，布洛伊尔发现，如果能使她用言语表达出她在病症发作时的那些笼罩着她的幻想和妄念，就能去除她的那种意识错乱状态。由于这一发现，布洛伊尔终于创造了一套新的治疗方法。依据这一方法，把她催眠到很深的程度，然后要她告诉他：每次发作时压迫着她的心灵的，到底是哪些念头。就这样，布洛伊尔用这种方法，克服了她那反复发作的抑郁性意识错乱，接着又用同样的方法，为她解除各种抑制和肉体上的毛病。她在清醒的时候和别的病人差不多，说不出自己病源的所以然来，也无法指出这些症状和她生活上的经验有任何关连，但是一被催眠，她马上就能认出原先弄不清的关系来。事实上，她的一切症状，都和她服侍父亲时所经验的故事有关，换句话说，她的每一个症状都有它的意义，都是些情绪状态的回响，十之八、九都是她在父亲病榻之侧所兴起的一些非压抑下去不可的念头，或冲动转移成症状性行为的结果。但是，任何症状都不是单一性的、有伤害性的情况的产物，而是由好些类似的情形累积形成的。所以当一个病人在催眠的虚幻状态之下，回想起某一情景，而达到自由表达其情感、或表达原先被压抑的心智行为的目的时，症状就自然消失而不再出现。经过长久而辛苦的努力之后，布洛伊尔终于能用这种方法治愈那位病人。事实证明，那位女病人复原之后，一直都很好，而且能担任繁重的工作。
上面所说的那种让患者自己用言语表达幻觉的方法，布洛伊尔称之为“谈话治疗法”或“烟雾扫除法”，后来，布洛伊尔把这一方法简称为“涤清法”或“净化法”。布洛伊尔发现，在采用“谈话治疗法”时，病人会忽然忘记自己的祖国的语言——德语，而只能讲英语。这就说明，在催眠状态下，患者失去了自控能力，恢复了受到多种压抑的、难以在正常状态中表现出来的原始意识状态。在催眠状态下，她正常使用的因而也在正常情况下占据压倒优势的语言——德语，反而被压抑了；而原来被压抑的异邦语言——英语则反而上升为主要语言。这一例子说明，在人的正常精神状态背后，在意识的深层，存在一种原始的意识形式。
当布洛伊尔把安娜·奥病例告诉弗洛伊德的时候，他发生了兴趣。那是一八八二年十一月十八日的事情。弗洛伊德听了这个病例以后，以极大的热情，一次又一次地同布洛伊尔讨论，弗洛伊德说：“那时我发觉对于精神病人的这种治疗方法，比起任何以前有过的观察法都来得有效些。”所以，当他在一八八五年到巴黎时，他就向沙考特谈起这件事，但是，沙考特没有产生更大的兴趣。
等到弗洛伊德从巴黎回到维也纳以后，他才进一步考虑同布洛伊尔一起研究安娜·奥病例。这时候，弗洛伊德已从沙考特那里学到有关治疗歇斯底里病症的方法。弗洛伊德回维也纳以后，表现出他既尊敬老师又不迷信权威的态度。沙考特对安娜·奥并不感兴趣，但弗洛伊德能应用沙考特的研究成果去研究沙考特所不感兴趣的对象。不仅对沙考特，对布洛伊尔也是如此。弗洛伊德深知布洛伊尔是第一个发现安娜·奥病例的人，也是第一个用催眠法治疗安娜·奥病例的医生。但弗洛伊德并不满足于布洛伊尔的研究成果，他在接受布洛伊尔的研究成果的基础上，进一步深入地探索其中隐含的问题，终于发现了催眠疗法的奥秘，揭示出催眠疗法的使用范围及其与人的内在精神状态的关系。弗洛伊德在《自传》中是这样论述自己对布洛伊尔的催眠疗法的认识过程的。他说：“在这个病例的催眠治疗的过程中，一直有一道晦涩暧昧的帷幕挂在那里，而布洛伊尔则一直没有把它揭开过。我想不通，为什么布洛伊尔不肯为科学进一步尽力，而把那些在我看来极有价值的发现瞒着我那么长时间。不仅如此，问题还在于布洛伊尔在一个病例上所发现的，到底能不能推而广之，普遍地应用到别的病人身上？在我看来，布洛伊尔的这些发现，既然具有那样重要的特性，如果真的在一个病例上应验过，我就不相信它对别的歇斯底里病人无效。解决这个问题的方法只有一个，那就是经验，于是我就在我自己的病人身上尝试应用布洛伊尔的方法。”（弗洛伊德《自传》）
弗洛伊德一向有这样的作风：他学习别人的成果时总是很谦逊；但他永远都把学习别人的长处当作迈入新征途的第一步。如果经过思考和观察以及实践，发现已有的成果的不完善性时，他马上又毫不犹豫地跨上骏马，再次奔向新的更高的目标。
他经过自己的治疗实践和研究，经过他的反复比较，发现了催眠术暗示作用的有限性。当时，最令他困惑的是两点：第一，他不能使催眠术百发百中，也就是说，并不是所有的病人都可以催眠成功；第二，他无法把每一个病人催眠到他所期望的那种深度。
为了使催眠术更臻完善，一八八九年夏，弗洛伊德亲自到法国南锡，试图向多年应用催眠术的法国医生们求教。在那里，他亲眼看到年老的法国医生李饱特不辞劳苦地深入到工人及他们的家属当中进行治疗的感人场面。他还亲自看到另一位法国医生本汉对病人进行的令人惊异的实验。在观察这场实验时，弗洛伊德再次受到一次深刻的启示。他在《自传》中写道：“给我印象最深刻的，莫过于得知在人类的意识后面，还可能隐藏着另一种极为强而有力的心智过程。”弗洛伊德发现这一方法有很大的益处，所以，就说服一个病人，跟他一块到南锡去。就在这次治疗这位女病人的过程中，弗洛伊德同本汉的讨论得出了一个重要的结果，即认为催眠疗法的作用是有限的。
这位女病人同安娜·奥一样是一个极有才华的歇斯底里患者，也是一个出身清白的女人。因为她的病一直很难治好，所以她才转到弗洛伊德那里。弗洛伊德采用了催眠疗法，在她身上取得了一定效果，使她能多多少少地、勉强地维持自己的生活，使她从极其痛苦的可怜状态中超渡出来。但是，催眠疗法却不能彻底根治她的病，