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“9·11”袭击之前有关“基地”组织的总统指令草案演化成一项新的指令；即第9号国家安全总统指令，现在的名称是“打败恐怖分子对美国的威胁”。该指令现在已延伸为全球的反恐战争，而不仅仅是针对“基地”组织。其内容还包括了总统对恐怖分子及其庇护者不做区分的决定，及一项为结束“基地”组织在阿富汗受庇护状况，必要时可以动用军事力量的决定。这项新指令于10月25日正式签署，那时与阿富汗的战争已经开始。新指令中增加了一些新的内容，其附件内容逐一讨论了每个恐怖组织目标。原有的关于“基地”组织的指令草案事实上成了附件一。美国将努力铲除所有的恐怖分子网络，摧毁其财政支持，防止他们获得大规模杀伤性武器。目标是“消除威胁我们生活方式的恐怖主义”。
第十章 战时“第二阶段战役”和伊拉克问题（1）
布什总统在袭击后曾立即怀疑是否萨达姆政府参与了此事。伊拉克是美国11年的敌人，并且是世界上惟一一个美国一直在进行打击的国家。作为一个前任飞行员，总统为（撞机中）明显的复杂操作和飞行技术，特别是哈居尔高速冲向五角大楼的行为所震惊。他告诉我们，他知道伊拉克也支持过巴基斯坦自杀式恐怖分子。在猜测其他可能介入（“9·11”袭击）的国家时，总统告诉我们他还想到了伊朗。
克拉克曾写到，在9月2日晚上，布什总统要求他和他的一些工作人员去查找伊拉克与“9·11”事件可能的联系。“看是不是萨达姆做的”，克拉克回忆总统这样告诉他们，“查看是否他与此有任何联系”。布什总统承认，他曾认为克拉克报告中的细节不正确，他也曾向克拉克讲过这些，并曾问过他有关伊拉克的情况。
对于总统布置的任务，克拉克办公室于9月18日向赖斯提交了一份备忘录，题目是“任何有关伊拉克参与‘9·11’袭击的情报信息调查”。赖斯的负责阿富汗事务的工作人员扎勒迈·哈里兹也同意其结论，即对于伊拉克与“基地”组织的联系仅有一些轶事性质的证据。备忘录中没有发现“令人信服的实例”说明伊拉克计划或参与了这次袭击。该备忘录与几份外国情报报告一并得到通过。这些外国情报报告包括一份捷克报告，称2001年4月阿塔和一位伊拉克情报官员曾在布拉格见面（详见第七章讨论）；一份波兰报告，称“9·11”袭击之前伊拉克巴格达的情报总部人员曾上街对群众就某个未指明的事件的反映作出评估。备忘录提出，证明伊拉克与“基地”组织有联系的事例是很勉强的，而本·拉丹对萨达姆政府的原教旨主义也是很憎恨的。最后，备忘录说，并不存在经过确认的关于萨达姆与本·拉丹在非传统武器方面存在合作的报告。
根据当时的文件记录，在9月11日下午，拉姆斯菲尔德曾指示迈尔斯将军尽快取得尽可能多的信息。文件显示，他还告诉迈尔斯他不仅仅对打击空无一人的训练地点感兴趣。他认为，美国（对袭击）的反应应考虑更广泛的方案和可能性。部长说他的直觉是——同时打击萨达姆，而不仅仅是本·拉丹。国务卿鲍威尔后来解释，在那时，他正在考虑应该是这两者之一，或者是其他的什么人应对袭击负责。
据赖斯说，对伊拉克要做些什么——如果有的话——是由戴维营决定的。有关伊拉克的简报与其他很多简报一样，只是向与会人员提供了简单的情况。赖斯告诉我们，政府担心伊拉克可能会利用“9·11”袭击。她回忆说，在总统主持的第一次戴维营会议上，拉姆斯菲尔德问过政府应对伊拉克做些什么。副部长沃尔夫威茨提议，在“这轮”对恐怖主义的战争中打击伊拉克。
在戴维营关于恐怖主义战争战略性概念的简报书中，国防部为其提供的一个文件具体指出了首次行动的三个首要目标：“基地”组织、塔利班、伊拉克。该文件认为，在这三者中，“基地”组织和伊拉克对美国有战略性的威胁。还提到伊拉克长期参与恐怖主义并研制大规模杀伤性武器。
鲍威尔回忆，并非拉姆斯菲尔德，而是沃尔夫威茨认为伊拉克是恐怖分子问题的最终根源，因而应当打击。鲍威尔说，沃尔夫威茨并不能证明其有关伊拉克在背后支持“9·11”袭击的看法。“沃尔夫威茨一直认为伊拉克是一个需要解决的问题”，鲍威尔告诉我们，“他也看出可利用此事来解决伊拉克问题是一种好办法”。鲍威尔说，布什总统并没有“很看重”沃尔夫威茨的主张。尽管在此后的一周仍然关注伊拉克问题，鲍威尔说，（但是）布什总统还是认为阿富汗才是首要的打击对象。
布什总统告诉鲍伯·伍德华德，不打击伊拉克的决定是在9月15日上午的会议中作出的。甚至9月15日下午的会议也没将伊拉克问题提到桌面上讨论，当时处理的只是阿富汗问题。69赖斯说，当总统在周日即9月16日打电话给她时说，核心问题是阿富汗，当然他仍然需要打击伊拉克的计划，以备在国家需要采取行动或政府最终断定伊拉克曾卷入“9·11”袭击时使用。
在9月17日国家安全委员会会议上，进一步讨论了打击恐怖主义战争的“第二阶段战役”。布什总统命令国防部准备打击伊拉克，包括可能占领伊拉克油田——如果巴格达有违反美国利益的行动的话。
在五角大楼内，副部长沃尔夫威茨继续强调打击伊拉克。在9月17日致拉姆斯菲尔德的一个题为“预防更多的事件”的备忘录中，他主张如果有百分之十的可能性是萨达姆幕后支持了“9·11”袭击，那么就应最优先考虑消除此种威胁。沃尔夫威茨坚信这种几率远远高于百分之一，他引证了萨达姆对袭击的赞扬和其长期参与恐怖主义的记录，以及有关拉姆兹·约瑟夫是伊拉克间谍和伊拉克是1993年袭击世贸中心的幕后主谋等说法。次日，沃尔夫威茨写信给拉姆斯菲尔德重申了其观点，表达其对约瑟夫在1995年马尼拉劫机阴谋中的一个同伙的关注——该同伙曾驾驶一架满载炸药的飞机撞向中央情报局总部；此外，还提及一个来自外国政府的情报，该情报说，伊拉克参与了一次试图劫持一架海湾航空公司飞机的阴谋。在这种背景下，他质疑为什么对自杀式劫机危险的关注如此之少，认为这是“缺乏想像”和思维模式僵化的表现，从而排斥了对其他可能性的考虑。
第十章 战时“第二阶段战役”和伊拉克问题（2）
9月19日，当指挥官们制定应急计划（contingencyplans）时，拉姆斯菲尔德向他们提供了几种思路。尽管他强调了冲突的世界性，但点名的敌人或地区只有塔利班、“基地”组织和阿富汗。谢尔顿告诉我们，像任何行事谨慎的组织或领导人所应该做的那样，政府审查了五角大楼所有的作战计划，并对支持这些计划的一些假想情况提出意见。
汤米·弗兰克斯——中央司令部的总司令回忆，他曾接到了拉姆斯菲尔德的指示，要求每个军区司令员就这些计划对其负责的地区意味着什么作出评估。他知道他不久将打击阿富汗境内的塔利班和“基地”组织。但是，他告诉我们，他现在怀疑那项袭击行动如何与索马里、也门或伊拉克相联系，以致可能需要打击这些地方。
在9月20日，布什总统会见英国首相托尼·布莱尔，两位领导人探讨了未来的全球性冲突。当布莱尔问及伊拉克时，总统回答说，伊拉克不是眼下的问题。他还解释说，政府中有人已表达了不同的观点，但是由他负责最终决定。
弗兰克斯告诉我们，在2001年夏天，他正推动在伊拉克采取一些更强硬的军事应对措施——但布什总统拒绝了他的提议，认为还不是时候（弗兰克斯说，中央司令部当时也开始研究一些拟在全面入侵伊拉克的计划）。中央司令部的司令员告诉我们，他重新请求制定进一步的军事计划，以回应伊拉克在“9·11”袭击之后不久的行动，一方面，是因为他个人感觉伊拉克和“基地”组织可能以某种形式相勾结；同时也因为他担心萨达姆可能会利用此次打击阿富汗的机会，对其在伊拉克北部或南部的国内敌人采取行动，而美国正在上述区域的禁飞区执行定期飞行任务。弗克兰斯说，布什总统再次否决了他的请求。
……
在签署了指导其政府做好战争准备的指令后，于9月20日（周四），布什总统在国会联合会议上向全国致辞。他说：“今夜，我们国家被危险所警醒。”总统谴责“基地”组织制造了“9·11”袭击和1998年使馆爆炸事件，并且首次宣布“基地”组织应对“美国‘科尔’号军舰爆炸案负责”。他重申了曾在私下里发出过的最后通牒。“塔利班必须行动，并且立即行动，”他说，“他们要交出恐怖分子，否则就与恐怖分子同样下场。”总统补充道，美国的抗争并不是指向伊斯兰社会，“美国的敌人不是我们的穆斯林朋友，不是我们的阿拉伯朋友。我们的敌人是一个极端恐怖分子网络，以及支持他们的政府。”其他国家政权将面临艰难的选择，他指出，“每个地区的每个国家都需要作出决定，要么跟我们站在一起，要么与恐怖分子站在一起。”
认为布什总统说新的战争目标已超出了本·拉丹。“我们与恐怖主义的战争始于‘基地’组织，但并不终止于它，”他说，“直到全球每一个恐怖组织被找到、阻止和打败，战争才会结束。”总统向五角大楼传递一个信息，“美国行动的时刻到了，你们应使我们感到骄傲。”他还向美国之外的国家传递了一个信息，“这是文明社会之战”，他说，“我们要求每个国家都加入我们。”
在9月21日、10月2日与中央司令部弗兰克斯将军和其他顾问的会见中，布什总统同意了袭击阿富汗的军事计划。行动代号由最初的“无限正义”修改为“持久的自由”。直到现在的阿富汗行动中仍在使用，目的是避免穆斯林的敏感，因为穆斯林认为“无限正义”的权力仅仅属于上帝。
这一计划分为四个阶段：
●第一阶段，美国及其盟军将从或在其邻国，如乌兹别克斯坦和巴基斯坦，向该地区派军，并部署军事行动。该阶段是在“9·11”袭击之后的数周进行，并得到国际社会对美国的一致同情支持。
●第二阶段，以空中打击和特别行动袭击“基地”组织和塔利班的核心目标。在一种具有革新性的共同努力下，中央情报局和特别行动部队将分别与一个主要的阿富汗反塔利班势力共同工作。第二阶段的进攻和袭击于10月7日开始。经过辛勤的努力，为第一阶段计划的基础安排在当月底可得到重要保证。
●第三阶段，美国将执行“决定性军事行动”，运用国家所有的权力（包括派遣地面部队），瓦解塔利班政权和消除“基地”组织在阿富汗的庇护所。11月9日，马扎尔·萨里夫在阿富汗北部遭到阿富汗和美军的联合袭击。四天之后，塔利班从卡布尔逃走。12月上旬，所有主要据点已落入盟军手中。在12月22日，哈米德·卡尔扎伊——一个来自坎大哈的帕什图族领导人被任命为阿富汗临时政府主席。阿富汗从塔利班的统治中解放出来。
在2001年12月，阿富汗部队在美国有限的支持下，与“基地”组织成员在一个名叫托拉保拉的山洞中交战。2002年3月，在喀泽南部的萨哈伊考特山区进行了战争中最激烈的交锋，对手是“基地”组织“圣战分子”中一支强大的力量。三周的战役总体上是成功的，几乎所有“基地”组织的剩余力量都逃到了巴基斯坦的山区和缺少管理的边界省区。2004年7月，本·拉丹和扎瓦西里仍逍遥法外。
●第四阶段，民间和军事行动转化为不定期行动，即武装部队称之为“安全和稳定行动”。
在战斗开始的两个月内，数百名中央情报局特工和特别部队的士兵，在美国空中打击力量以及非常强大的情报和后勤保障支持下，与阿富汗民兵和少数其他联军士兵一起，摧毁了塔利班政权并瓦解了“基地”组织。他们打死或俘虏了敌方大约四分之一的有名的首领。穆罕默德·阿提夫——“基地”组织的军事司令、“9·11”袭击阴谋的重要人物在美军空袭中被打死。据中央情报局的一名曾经帮助策划整个战略的高级官员说，中央情报局负责提供情报、经验、资金、秘密行动人员和进入部族联盟的办法。而美国军方负责提供战斗专家、火力、后勤和通信联络。86到2002年中期，战争取得初步胜利，全球的反伊斯兰恐怖主义战斗演变成了一种不同类型的斗争。
第十一章 先见之明和后见之明“第二阶段战役”和伊拉克问题（1）
在本报告的叙事过程中，我们一直试图铭记“后见之明”给我们这篇报告的撰写带来了有利的和不利的双重影响。“后见之明”有时候可以帮助我们用正常的视角清楚敏锐地审视过去，但是已经发生的事情的来龙去脉被照射得如此透明，以至于其他的一切都被投上了更深的阴影。罗伯塔·伍尔斯泰特就“珍珠港事件”发表评论时，发现“在事件发生之后区分有关的与无关的信号更加容易。理所当然的，在事后，信号常常是显而易见的；因为灾难已经发生，我们现在可以看到事先那些信号所发出的灾难信息。但是事先它是模糊含混的并且蕴涵着各种相互冲突的含义。”
随着时间的推移，可以有更多的文件供参考，并且所发生之事实也变得更加明了。但是事情发生的图景更加难以重新想像，因为过去的世界带着种种不确定性和偏见在记忆中退却了，留下的部分会因发生的事和随后对其的描写而改观。切记这一点，我们在评判他人之前应扪心自问：考虑到当时人们所知或所为可能带有的合理的局限性，那些在目前看来明显的见识在事发当时确实有意义吗？
我们相信，“9·