之后，哈利德·谢赫·穆罕默德接受了本·拉丹的一再邀请，迁至坎大哈并直接效命于“基地”组织。除监督“9·11”袭击的规划及准备工作外，哈利德·谢赫·穆罕默德与“基地”组织的传媒委员会一道工作，并最终领导了这个委员会。但哈利德·谢赫·穆罕默德称，他拒绝正式宣誓效忠于本·拉丹，因此保留了他极为珍视的自主权。
1998年底至1999年初，“9·11”袭击的规划工作正式开始。尽管这一项任务使哈利德·谢赫·穆罕默德付出了大量精力，但他仍继续思考恐怖袭击的其他方案。例如，他派“基地”组织的成员伊萨·艾尔·波瑞塔利到马来西亚的吉隆坡，以向汉巴利学习东南亚的“圣战”运动。2001年初，在本·拉丹的指令下，哈利德·谢赫·穆罕默德把波瑞塔利派遣到美国观测纽约市内的经济目标及犹太人目标。另外，2001年夏，哈利德·谢赫·穆罕默德向本·拉丹提议招募沙特阿拉伯的空军飞行员劫取沙特阿拉伯喷气式战斗机，并攻击以色列的城市埃拉特。据说本·拉丹欣赏这一提议，但他让哈利德·谢赫·穆罕默德首先集中精力于“9·11”方案。几乎同时，哈利德·谢赫·穆罕默德也曾向阿提夫提议袭击泰国、新加坡、印度尼西亚、马尔代夫，但这些提议均未付诸实施。但汉巴利的伊斯兰祈祷团成员已对上述可能被攻击的目标进行了观测。
哈利德·谢赫·穆罕默德似乎在“基地”组织的士兵中很受欢迎。据说他被认为是一位有效率的领导者，尤其在“9·11”袭击后。同事们认为他是一位聪明、做事高效、脾性平和的管理者，他总是一心致力于完成工作目标并希望同事也如此。“基地”组织的高级成员阿布·祖巴耶达赫对哈利德·谢赫·穆罕默德天生的创造力表示欣赏，并强调他能吸纳他人提出的改进意见。人们也给纳希里同样的评价，认为哈利德·谢赫·穆罕默德提出了许多概括性的袭击方案，但他很少自己构想出具体的行动。也许这种评价带有一些嫉妒的意味，但无论如何，哈利德·谢赫·穆罕默德是一个精干的协调人，他曾多年锻炼自己的技能并发展与他人的关系。
第五章 “基地”组织瞄准美国本土恐怖组织的开创者（3）
汉巴利
“基地”组织能够在东南亚成功地培植恐怖主义的主要原因在于其与伊斯兰祈祷团的密切关系。汉巴利是这种关系的关键协调人。汉巴利出生于印度尼西亚，并在那里上学。20世纪80年代初期，他到马来西亚找工作。据他的供述，在那儿，他成为众多牧师宣讲的伊斯兰极端主义教义的追随者，其中一个牧师即阿布杜拉·桑卡。桑卡鼓动汉巴利接受在东南亚建立极端伊斯兰政权的思想。1986年，桑卡把汉巴利送往阿富汗以加深他对“圣战”的了解。在赖苏尔·萨伊夫的萨达营地（后来，哈利德·谢赫·穆罕默德在这里受训）接受训练后，汉巴利曾与前苏联作战。在阿富汗度过18个月后，他最终返回马来西亚。1998年之前，汉巴利负责桑卡新成立的组织即伊斯兰祈祷团在马来西亚、新加坡一带的活动。
同样在1998年之前，桑卡及伊斯兰祈祷团的精神领袖阿布·贝克接受了本·拉丹有关伊斯兰祈祷团与“基地”组织结盟以发动对基督徒和犹太人的战争的提议。汉巴利在卡拉奇与哈利德·谢赫·穆罕默德会面，安排伊斯兰祈祷团成员到阿富汗的“基地”组织营地接受训练。除了与哈利德·谢赫·穆罕默德建立了密切的工作关系外，汉巴利也很快与阿提夫开始打交道。“基地”组织开始资助伊斯兰祈祷团日益野心勃勃的恐怖袭击计划，而这也正是阿提夫及哈利德·谢赫·穆罕默德竭力争取的。在伊斯兰祈祷团与“基地”组织的合作中，伊斯兰祈祷团负责必要的侦察活动，并存放制造炸弹的材料和其他物资。“基地”组织负担活动费用，提供炸弹制造专家并派遣自杀性攻击人员。
在“基地”组织与伊斯兰祈祷团的合作中，产生了许多方案，这些方案把“基地”组织的经济及技术力量与伊斯兰祈祷团获取物资及当地行动人员的能力结合起来。在此，汉巴利扮演了极为重要的协调人的角色，他将“基地”组织的资金分配给共同参与的活动。一个显著的例子是，当“基地”组织需要一名科学家负责生物武器项目时，阿提夫向汉巴利求助，汉巴利将一位在美国接受过教育的伊斯兰祈祷团成员即亚齐德·苏法特介绍给在坎大哈的阿伊曼·艾尔·扎瓦西里。2001年，苏法特用几个月的时间试图在一个实验室中为“基地”组织培育炭疽菌。这个实验室位于坎大哈机场附近，是苏法特帮助建立的。
最初，汉巴利并未将伊斯兰祈祷团的活动定位于对美国的袭击，但他与“基地”组织的联系逐渐促使他从事对美国目标的袭击。在被逮捕后的讯问中，哈利德·谢赫·穆罕默德确认了这一转变，声称其曾鼓动伊斯兰祈祷团将行动集中于破坏美国经济的袭击中。汉巴利的袭击美国的新想法表现在一系列恐怖方案中。幸运的是，这些方案均无果而终。
除与“基地”组织合作进行真正的恐怖袭击外，汉巴利和伊斯兰祈祷团还为经过吉隆坡的“基地”组织成员提供帮助。其中，在1999年12月至2000年1月间所提供的帮助是很重要的。当时，汉巴利应哈利德·谢赫·穆罕默德的请求，帮助几名刚在卡拉奇结束训练的老手。这些人包括：托菲克·宾·阿塔西（又名哈莱德），该人参与了美国军舰“科尔”号爆炸案；纳瓦夫·艾尔·哈兹米、哈利德·艾尔·米赫德哈，这两人是“9·11”事件中的劫机人员。汉巴利为这些人安排住宿，并为他们其后的旅行购买飞机票。2000年晚些时候，汉巴利和他的下属为萨卡利亚斯·穆萨维提供食宿及其他帮助（包括提供飞行学校的信息，并帮助其获得硝酸铵）。穆萨维是一名被阿提夫和哈利德·谢赫·穆罕默德派到马来西亚去的“基地”组织成员。
汉巴利使用本·拉丹在阿富汗的设施来训练伊斯兰祈祷团招募的人员。尽管他与阿提夫及哈利德·谢赫·穆罕默德关系密切，但他仍保持了伊斯兰祈祷团机构的独立性。汉巴利坚持认为他未曾与本·拉丹讨论过恐怖行动或发誓效忠于本·拉丹。据他供述，他曾发誓效忠于巴西尔，即伊斯兰祈祷团的领袖萨卡尔的接任者。因此，像许多捍卫自己势力范围的强权官僚一样，当“基地”组织领导层在未事先通知他的情况下试图给伊斯兰祈祷团成员指派恐怖行动时，汉巴利断然拒绝。
阿布德·阿尔·拉希姆·阿尔·纳希里
哈利德·谢赫·穆罕默德和汉巴利之所以加入“基地”组织，是因为他们实施恐怖活动的抱负需要资金及人力予以支撑，而只有像“基地”这样有实力的组织才能够提供这样的资金和人力。而阿布德·阿尔·拉希姆·阿尔·纳希里——“科尔”号爆炸案的策划人、“基地”组织在阿拉伯半岛的最高领导人，似乎早就被本·拉丹亲自招募到“基地”组织中来了。
纳希里参加过在阿富汗的圣战。1996年，他在塔吉克斯坦与一个从事“圣战”的小组在一起，该小组由大约30名伊斯兰游击队战士组成。因战事失利，该小组前往贾拉拉巴德，在这里遇到了刚从苏丹返回的本·拉丹。本·拉丹与他们进行了详谈，鼓动他们加入“基地”组织的反美“圣战”。尽管本·拉丹煽动所有人宣誓效忠于他，但包括纳希里在内的许多人对效忠的观念感到厌恶，因此拒绝宣誓。在本·拉丹连续几天对他们进行连珠炮似的新闻简报和电视纪录片灌输之后，纳希里离开阿富汗，首次返回他的祖国沙特阿拉伯并回到了在也门的家。他说，当他注意到许多美国及其他外国船只在也门西南海岸游弋时，他的第一个恐怖行动方案形成了。
大约在1997年，纳希里回到阿富汗，此行的目的主要是对在那里战斗的部署进行检查并了解塔利班的情况。他又一次遇到本·拉丹。本·拉丹仍在为即将到来的“与美国的战斗”招兵买马。纳希里参加了一场更具传统意义的军事“圣战”。他加入塔利班武装，与马苏德领导的北方联盟作战，并在前线与坎大哈之间穿梭不停。在坎大哈，他见到了本·拉丹并与其他伊斯兰游击队战士会面。在这一期间，纳希里谋划在1998年初从也门走私4架俄罗斯制造的反坦克导弹进入沙特阿拉伯，他也帮助一名参与使馆爆炸案的人员获得了也门护照。
纳希里在某个时间加入了“基地”组织。他的堂兄吉哈德·穆罕默德·阿里·艾尔·迈奇（又名阿兹姆）是内罗毕恐怖袭击的自杀性爆炸者。纳希里穿梭于也门和阿富汗之间。在1998年底，纳希里提议发动对美国船只的袭击。本·拉丹在批准该提议后，指示纳希里策划袭击并派“基地”成员到也门，以后又提供了资金。
纳希里直接向本·拉丹报告自己的行踪。据纳希里讲，只有本·拉丹知道恐怖行动的全部细节。当纳希里发现难以在也门西海岸找到作为袭击目标的美国海军船只时，据说本·拉丹就让他秘密观测位于南部海岸的亚丁港。这件事的最终结果就是2000年1月袭击美国军舰“沙利文”号未遂，但2000年10月却成功袭击了美国军舰“科尔”号。
纳希里的成功很快提升了他在“基地”组织中的地位。后来，他被认为是“基地”组织在阿拉伯半岛范围内及其周围的一号人物。在接下来的恐怖袭击方案拟定过程中，纳希里继续与本·拉丹磋商，但在攻击人员的选择及方案的设计上，他享有自主权。在“科尔”号爆炸案发生后至纳希里被捕前的两年，纳希里负责对“基地”组织的几次袭击行动进行监督。2002年10月6日，法国油轮“林堡”号在亚丁港的爆炸即是纳希里的“作品”。尽管本·拉丹敦促纳希里继续对美国在波斯湾的利益进行打击，但出于安全考虑，纳希里推迟了其中一个行动。2002年10月，纳希里在阿联酋被俘获，这说明上述顾虑并非空穴来风。同时，纳希里的恐怖分子生涯也因其被捕而终止。
第五章 “基地”组织瞄准美国本土“撞机行动”（1）
据哈利德·谢赫·穆罕默德供述，1993年世贸中心爆炸事件后，约塞夫回到巴基斯坦，这时，他开始考虑对美国目标进行袭击。像约塞夫一样，哈利德·谢赫·穆罕默德推断，以美国经济作为目标进行袭击，可以有效地影响美国的政策。据说，哈利德·谢赫·穆罕默德与约塞夫聚在一起探讨美国经济发展的动力何在。哈利德·谢赫·穆罕默德认为，纽约是美国的经济首都。因此，该市也就成为主要的攻击目标。基于同样的原因，加利福尼亚也成为哈利德·谢赫·穆罕默德恐怖袭击的目标。
哈利德·谢赫·穆罕默德称，早期对世贸中心的爆炸使他认识到炸弹及炸药可能会构成难题。因此，他需要以一种新的方式实施攻击。在制定马尼拉空中方案时，他和约塞夫就已开始考虑以飞机作为武器，并详细讨论了于1995年撞击世贸中心及中央情报局总部。
当然，在策划新型恐怖活动时，哈利德·谢赫·穆罕默德并非孤军奋战。据报道，当阿提夫和本·拉丹还在苏丹时，阿提夫进行的研究已表明传统的恐怖分子劫机行动已不再符合“基地”组织的需要，因为这样的劫机行动是用来要求释放囚犯的，而不是为了造成大规模的伤亡。据说，这项研究已考虑了劫机并在飞行中炸毁它的可行性，而这与马尼拉空中方案是一致的。如果真的存在这项研究，那么，它将使我们了解“基地”组织领导人的思维：（1）他们拒绝以释放被监禁的同伙为目的而劫机，原因在于：“基地”组织没有可以降落飞机然后进行谈判的友好国家；（2）他们认为在高空炸毁商用飞机——正如泛美航空公司103航班在苏格兰洛克比上空被炸毁一样——是一种制造大规模伤亡的有效手段；（3）他们还没有考虑利用被劫持的飞机对其他目标进行攻击。
在讯问中，哈利德·谢赫·穆罕默德坚持认为他一直在构想劫机及坠毁大型商务飞机。确实，哈利德·谢赫·穆罕默德描述了一个宏大的原始方案：劫持10架飞机，其中9架将撞向太平洋两岸的美国目标，这包括最终的“9·11”事件中的世界贸易中心，以及中央情报局、联邦调查局总部、核电站、加利福尼亚最高的建筑及华盛顿州。哈利德·谢赫·穆罕默德自己将驾驶第10架飞机降落在美国机场，在杀死机上所有男性成年乘客并向媒体发出警告后，发表演讲谴责美国对以色列、菲律宾以及阿拉伯世界的专制政府的支持。除哈利德·谢赫·穆罕默德对袭击美国经济目标的构想外，上述想法让我们更清楚地了解到哈利德·谢赫·穆罕默德的野心。这是一个舞台，一个超级恐怖分子哈利德·谢赫·穆罕默德自我导演的毁灭性的舞台。
哈利德·谢赫·穆罕默德承认，“基地”组织领导人对这一提议反应冷淡，他们对行动的规模及复杂程度提出了质疑。本·拉丹倾听了哈利德·谢赫·穆罕默德的提议，但他认为这一提议缺乏现实可能性。正如前面提及的，本·拉丹从可能的袭击方案中收集了许多意见，而哈利德·谢赫·穆罕默德提议的以商用飞机袭击美国目标的提议仅仅是众多意见中的一个。
哈利德·谢赫·穆罕默德把自己视为一个寻找风险资本及人力的企业家。在保持独立性的同时，他仅希望“基地”组织给自己提供资金和袭击所需要的人员。这种说法让人产生疑问。资金是一方面的问题，而提供经过训练且乐于献身的行动人员则更难。因此，尽管哈利德·谢赫·穆罕默德供认他早已考虑与任何类似的恐怖组织进行合作，但他并未指出其他组织除了提供物资外还能提供什么。
哈利德·谢赫·穆罕默德承认其于1998年底或1999年正