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舒尔茨之后的国务卿在这个问题上表现出较少的个人兴趣。只有克林顿总统的第一个国务卿沃伦·克里斯托弗计划将恐怖主义事务合并入一个新成立的、也负责处理麻醉品和犯罪的机构，但遭到国会的阻止。马德琳·奥尔布赖特时的协调员告诉调查委员会，他的工作在国务院里被认为是微不足道的。虽然他的地位受到争议，并且国务卿奥尔布赖特强烈支持1998年8月对本·拉丹的打击，在“9·11”事件之前，国务院在反恐事务中发挥的作用经常是属于警戒性的。这现实地反映了反恐的首要任务只是美国政府更宽泛的对外政策目标中的一环。
不应该忘记的是，国务院在世界各地的领事官员们都不断地受到恐怖主义问题的挑战，因为他们负责处理去美国的旅行签证。当发现奥马尔·阿布戴尔·拉赫曼，即盲人谢克来去自由之后，国务院对其监视人员名单和签证办理程序政策进行了重大的改革。1993年，国会通过立法允许国务院保留签证手续费，用于边界安全建设；后来国务院使用这些费用来将恐怖分子的监视人员名单全部自动化。在20世纪90年代后期，国务院还建立了一个世界范围的、实时的关于签证、执法和监视表信息以及“9·11”事件之后的边界筛选系统的重心的电子数据库。但是，正如后边所见，该系统仍然有许多漏洞。
国防部
在联邦机构中，国防部规模庞大。国防部是一个帝国，它每年的预算超过俄罗斯的国内生产总值。国防部是半民用、半军事化的。国防部负责民用部分的部长在总统的领导下有最终的控制权。在统一的军用部分中，最高级别的官员是参谋长联席会议主席，他得到了联合参谋部的支持。联合参谋部又可分为——J—2（负责情报）、J—3（负责行动）等部分。
因为各个部门的使命不同，需要和要求其集中精力做的工作也就不同，又因为各个部门有着自己漫长而骄傲的历史传统，陆军、海军、空军、海军陆战队经常对自己在战斗中的作用和任务、对经费预算和领导职位存在激烈的争斗。但是两方面的进展减弱了这种竞争。
第一方面的进展是1986年国会通过，其中规定晋升到高一级的军职要求有一定期限的不同部门经历或者联合指挥部任职（如复合服务）。该法案起到了立竿见影的作用，减弱了高级军官对其各自服务部门的忠诚，并促使他们对各个军事部门作为一个整体来通盘考虑。但是，这也削弱了提供给总统的军事建议和军事行动的多样性。金水——尼古法案被一些人作为在联邦机构的其他部门中，尤其是在执法机构和情报部门中作为减弱竞争、增强合作的范例而得到应用。
第二方面相关的进展是，计划和指挥责任从情报部门的长官和工作人员向华盛顿以外的联合指挥部发生重大转移，尤其是那些战略部队和在以下4个地区的部队指挥部：欧洲、太平洋、中部和南部。这些指挥部的职位成了雄心勃勃的军官们的荣誉任职，以上5个指挥部司令员的意见与那些情报部门领导的意见具有同样的影响力。
第三章 反恐怖主义的发展国务院和国防部内的适应与不适应（2）
反恐怖主义
五角大楼最初关注恐怖主义是20世纪70年代发生的人质事件的结果。在1976年6月，巴勒斯坦恐怖主义者劫持了一架法国飞机并在乌干达的南部城市恩德培着陆，劫持105位以色列人和其他犹太人作为人质。一支以色列特遣队突击了该架飞机，杀死了所有的恐怖主义者，营救了除1人以外的所有人质。1977年10月，原联邦德国的一支特遣队以相类似的方法处理了停在索马里首都摩加迪沙停机坪的一架德国汉莎航空公司的飞机：每个恐怖分子都被击毙，所有人质安全返回。白宫、国会议员以及新闻媒体质问五角大楼，是否作好了采取类似行动的准备？五角大楼的回答是：还没有做好准备。陆军立即着手创建三角洲特遣队，其中的一个任务是营救人质。
对三角洲特遣队的第一次考验结果并不理想。1980年4月，在伊朗人质危机期间，当海军直升机载着海军陆战队飞行员飞到一个命名为“沙漠一号”的地方，即离伊朗首都德黑兰东南约200英里的地方，与载着三角洲特遣队队员和新鲜燃料的空军飞机集合。并不大的沙漠风暴却摧毁了3架直升机，于是，指挥官命令取消该次任务。但是，地面的恶劣天气导致损失了8架飞机、5个飞行员及3个海军陆战队队员。该次行动的失败被人们纪念为“沙漠一号”行动，给武装部队成员留下了深刻的印象。这也促成了后来通过金水—尼古通道法案。
1983年黎巴嫩真主党在首都贝鲁特对海军陆战队进行大屠杀。里根总统下令迅速从黎巴嫩撤回美国军队——这次撤军后来被“圣战分子”常常引为美国软弱的证据。经过详细的调查制定的一系列新程序成为驻外军队的日常生活规则。这些规则包括许多防御性措施，包括不但要提防陌生汽车、卡车，而且要当心头顶的不明飞机。“武力保护”成为当时对国防部的重要呼声。
10年后，军事基地的另一次经历引起了人们对“沙漠一号”行动与贝鲁特撤军的反思。老布什总统授权动用美国军事力量保证对饱受战争摧残的索马里进行人道主义援助。种族间的派系斗争干扰了援助任务的完成。直到1993年秋季，美国指挥官推断，主要的干扰因素是一个名叫穆罕默德·法雷·埃迪德的军阀。为了抓捕穆罕默德，一支特遣队对摩加迪沙发动了突击。在长夜作战中，两架黑鹰直升机被击落，73名美军士兵受伤，18人被杀害，全世界电视屏幕上播放了欢快的索马里人在大街上拉拖着美国士兵的尸体的场面。在国会的压力下，克林顿总统下令从索马里撤军。“黑鹰坠落”和“沙漠一号”成为美国军队中的一个象征，成为一个暗号性术语，意指没有充分准备、没有压倒一切的兵力和明确的任务而滥用军队的风险。
在1995~1996年间，国防部开始研究如何处理可能发生的有关大规模杀伤性武器的国内恐怖主义事件。1997年开始讨论设立本土防卫国内指挥部，1999年联合参谋部又提出建立国内统一指挥部的新想法。但是，国会否决了这个提议。相反，国防部在弗吉尼亚诺福克建立了联合部队司令部，由其负责对国内的突发事件作出军事反应，不管是自然的还是人为的突发事件。
根据南·鲁格·多米迪奇本土预备方案，国防部1997年开始在全国最大的120个城市培训第一批突发事件反应者。作为培训的关键部分，国防部建立了国家防卫大规模杀伤性武器民间支持队伍，对万一发生的大规模杀伤性武器恐怖事件作出反应。在2001财政年度共有32支这样的卫队得到授权。在州长的指挥下，这些卫队为民间机构提供帮助，对突发事件的性质作出判断，提出医疗和技术建议，并加强州政府与事件发生之当地政府的合作。
国防部，与国务院一样，在涉及反恐怖主义事件的跨部门委员会中有一位代表国防部的协调者。到克林顿总统第一任期末，这位协调者已成为了助理国防部长，具体负责特别行动和轻微冲突。
20世纪80年代的经验已经向军事部门表明，如果要在反恐怖主义中发挥作用，就要发挥传统的军事作用——反击那些支持恐怖主义的国家。并且军队具体如何做，已经有了似乎非常成功的范例。在1986年，一枚炸弹在德国柏林的一家迪斯科舞厅爆炸，炸死了两名美国士兵。情报清楚显示，此次爆炸与利比亚陆军上校穆阿迈尔·卡扎菲有关。里根总统于是下令对利比亚进行空袭。该次行动不是没有代价的：美国丢失了两架飞机。后来收集的证据，包括1988年美国泛美利坚航空公司第103次航班爆炸案，清楚表明美国对利比亚采取的行动并没有阻止住卡扎菲的恐怖主义兴趣。但是，这种军事行动从当时看是成功的。从对利比亚的军事行动中我们得出的经验是，通过采取美国空军力量打击恐怖主义行动的实施者和支持恐怖主义行动的国家，使他们遭受到痛苦，可以阻止恐怖主义。
克林顿政府早期借鉴这一经验，发射了战斧式导弹。老布什计划访问科威特以表彰其在1991年海湾战争中拯救科威特的荣誉。科威特安全部门警告华盛顿，称伊拉克特工计划谋杀前总统布什。克林顿总统不但命令对老布什加强保护，而且还要求考虑对伊拉克实施报复。五角大楼建议了12个战斧导弹打击目标。白宫和中央情报局之间就导弹可能引起的幅面破坏展开了争论，而后将目标减为3个，最后将目标锁定为1个，即巴格达市中心的伊拉克情报总部。为了将平民百姓伤亡减低到最小限度，袭击在晚上进行。一共发射了23枚导弹。除了1个平民百姓死亡之外，行动非常成功——情报总部被彻底摧毁。以后再也没有伊拉克计划恐怖行为的情报。
1986年对利比亚的袭击和1993年对伊拉克的袭击标志着军事部门有效运用军事力量反击恐怖主义——利用空中力量实施有限报复，目的在于威慑。但是，当敌人是一个组织松散的跨国网络时，怎样的威慑才有效仍是个难题。
第三章 反恐怖主义的发展白宫内的适应与不适应
因为对付恐怖主义过去不是（现在也不是）美国政府任何部门的惟一职责，因此，建立协调机制是必要的。当恐怖主义的问题还不突出时，国务院可以履行这一职责。伊朗人质危机发生后，这种做法就被抛弃了；而由国家安全顾问兹比格涅夫·布热津斯基负责危机处理。
里根政府继续并加强由总统参谋人员协调反恐工作。在贝鲁特美国水兵被杀之后，里根总统签发了第138号国家安全指令，号召变被动防御为主动防御。为了实现这一转变，重新制定计划或增加新的财力。要求国务院加强与其他政府的合作，要求中央情报局加强与线人及其他情报部门的联络；并制定计划，培养对任何企图损害美国利益之集团与个人发动先发制人攻势的能力。
美国总统1985年7月在对美国律师协会讲话时将恐怖主义称做“一种战争行为”，并宣称恐怖分子恶魔将在世界上无处藏身，无处训练，无处练习他们残忍狠毒的技术。我们必须共同行动，或如果必要单独行动起来，以保证恐怖分子没有任何地方可以躲藏。对利比亚的空中打击就是这种策略的明证。
在里根总统的第二任期的大部分时间内，反恐怖主义的协调事宜由国家安全顾问助理领导的高级别跨机构委员会监督进行。但是由于公愤，人们对白宫应该领导反恐怖主义持怀疑态度，因此，里根政府关闭了该机构。
由于真主党劫持美国人质并不时地将人质杀害，里根总统非常担心。他也因为自己签署生效为法律的一项法案而苦恼，该法案将给尼加拉瓜反共产主义的康特拉游击队提供军事援助的行为规定为非法，然而他却又非常支持康特拉。他的国家安全顾问罗波特·麦克法伦与麦克法伦的助理约翰·波恩戴克斯特尔将军认为，如果美国心平气和地与伊朗以人质交换武器进行谈判，人质危机可以解决，美国在中东的地位也能提高。但是，苏尔兹与温伯格一致反对麦克法伦与波恩戴克斯特尔。
麦克法伦与波恩戴克斯特尔的一位参谋员——海军上尉欧利瓦尔·瑙斯研究了一项计划，以美国武器交换人质并将其效益转向支持康特拉游击队，这样可以绕开美国法律。他可能是受到了中央情报局局长威廉·凯西的鼓励。
当事情的真相在1986年和1987年曝光后，好像与20世纪70年代的事件如出一辙：大规模地滥用秘密行动。现在，不再是在雪茄里下毒和通过黑手党打人；美国人听到了这样的证言，迈克法兰曾使用假名并携带一个上面画着一枚钥匙的巧克力蛋糕，秘密访问过德黑兰。经过一名特别律师调查，迈克法兰、波恩戴克斯特尔、瑙斯及另外10人，包括几名中央情报局国家情报局的高级官员受到了控告。调查的焦点集中在官员忠实执行法律的责任及行使职权的说明责任。对“9·11”事件而言，伊朗——康特拉事件的意义在于，官僚机构的某些部门可对白宫的指示持灵活的怀疑态度。
随着国家安全顾问职权的扩张，安全顾问职员；按照惯例称做国家安全委员会职员，其组织结构和工作程序也变得更加正式。安全顾问为总统指令提供建议，但是每位总统对其指令的称呼不一。在克林顿总统时，这些指令被称为“总统决定指示”；在乔治·W·布什总统时，被称做“国家安全政策指令”。这些需要总统批准的文件和许多其他文件，一般是通过由副部长级或者略低一级的各部门代表组成的跨机构委员会来达成的。国家安全委员会职员中的高级官员参与跨机构委员会，经常是担任主席，以促成协议的达成，并代表国家安全顾问享有更广泛的利益。
当克林顿总统就职时，他立即决定由白宫协调反恐怖主义事务。1993年1月25日，迈·阿迈尔·堪斯，一个巴基斯坦伊斯兰极端分子；在弗吉尼亚通向中央情报局总部的主要高速公路入口处开枪打死两名中央情报局的雇员（堪斯驾车逃跑，但后来在国外被捕）。就在此一个月后，世贸中心发生爆炸事件，并且在其后几个星期，又出现了伊拉克暗刺前总统布什的阴谋。
克林顿总统的第一任国家安全顾问安东尼·莱克继续留用老布什政府的一个参谋员，即有着丰富经验的公务员理查德·克拉克，由他负责处理犯罪、毒品和恐怖主义（这一职责常常被称为负责处理毒品和暴徒）。在协调反恐怖主义事务时，克林顿总统和莱克要求克拉克为他们做参谋工作。不久以后，他领导了一个中级跨机构委员会，该机构最后被命�