克斯坦战争，以及始于1994年的车臣战争。苏联解体后，其继承者共产党政府开始在塔吉克斯坦执政。1992年春，这个政府遇到了包括世俗主义者和伊斯兰主义者在内的敌对地区集团和少数民族集团的挑战。从阿富汗得到武器支持的反对派于1992年9月将亲俄罗斯的政府赶出了首都杜尚别。俄罗斯和乌兹别克斯坦政府对此作出了强烈反应，发出了警惕伊斯兰原教旨主义蔓延的警告。留在塔吉克斯坦境内的俄罗斯第201机动化步兵师为亲政府力量提供了武器，俄罗斯还加派部队驻守塔吉克斯坦与阿富汗之间的边界。1992年11月，俄罗斯、乌兹别克斯坦、哈萨克斯坦和吉尔吉斯斯坦达成了协议，由俄罗斯和乌兹别克斯坦共同出兵干预，这一行动表面上是为了维护和平，实际上是参战。在军事干预和俄罗斯的武器及财政援助下，前政府的军队收复了杜尚别，并控制了该国的大部分地区。随之而来的是一场种族清洗，反对派的难民和部队撤退到了阿富汗。
中东穆斯林国家政府强烈抗议俄罗斯的军事干预，伊朗、巴基斯坦和阿富汗为日益伊斯兰化的反对派提供了财政、武器和培训援助。据报道，1993年有成干上万名士兵接受了阿富汗圣战者组织的训练，1993年春夏两季，塔吉克反叛者从阿富汗越过边界发动了几次进攻，杀死了不少俄罗斯边境卫兵。俄罗斯的反应是向塔吉克斯坦增派部队，用“重炮和迫击炮”密集攻击阿富汗境内目标，还对这些目标进行了空袭。阿拉伯国家政府则为反叛者提供了购买毒刺式导弹的资金以对付空中袭击。至1995年，俄罗斯向塔吉克斯坦派驻了将近2．5万名士兵，并提供了支持该国政府所需的一半以上的资金，反叛者一方则得到了阿富汗政府和其他穆斯林国家的积极支持。正如巴尼特？鲁宾所指出的，国际机构或西方未能给予塔吉克斯坦和阿富汗重要的帮助，因而使得前者完全依赖于俄罗斯，后者则完全依赖于其穆斯林文明的亲族。“每一个希望得到外国援助的阿富汗指挥官，今天都不得不迎合阿拉伯国家和希望在中亚推动‘圣战’的巴基斯坦经费提供者，或者去参加毒品交易。
俄罗斯在北高加索与车臣人进行的第三场反穆斯林的战争，是以1992－1993年相邻的东正教奥塞梯人和穆斯林印古什人之间的战斗拉开序幕的。印古什人和车臣人及其他穆斯林民族都是在第二次世界大战中被驱逐到中亚的。奥塞梯人留了下来，并占有了印古什人的土地。1956－1957年，在二战中被驱逐的人民获准返回，因而出现了围绕土地所有权和地区控制权的纷争。1992年11月，印古什人为了收复普里格罗德尼地区而发动了进攻（该地区是苏联政府划给奥塞梯人的）。俄罗斯人对此进行了大规模的干预，包括派遣哥萨克部队支持信奉东正教的奥塞梯人。一位旁观者这样评论道：“1992年11月，奥塞梯境内的印古什人的村庄被包围并遭到了俄罗斯坦克的轰击，那些在炮火中幸免于难的人或被枪杀、或被带走。”这场大屠杀是由奥塞梯特种警察部队执行的，但俄罗斯派往该地区“维持和平”的部队却为其提供了掩护。英国《经济学家》杂志报道说：“在不足一周的时间内造成如此之大的破坏，简直令人难以置信。”这是俄罗斯联邦内的“第一次种族清洗行动”。接着，俄罗斯利用这一冲突恐吓印古什人的车臣同盟者，“结果导致了车臣人以及成员绝大部分是穆斯林的高加索人民联盟的迅速动员。该联盟威胁要派50万名志愿兵对抗俄罗斯军队，如果它不从车臣领土撤离。在一段紧张的相持之后，为了避免北面的奥塞梯一印古什冲突升级为整个地区的冲突，莫斯科作出了让步。
1994年12月，俄罗斯对车臣发动了全面的军事进攻，引发了更激烈、更广泛的冲突。两个东正教共和国格鲁吉亚和亚美尼亚的领导人支持俄罗斯的行动，乌克兰总统则“在外交上含糊其辞，仅仅号召和平解决危机”。俄罗斯的行动亦得到了东正教北奥塞梯政府和
55％－60％的北奥塞梯人民的支持。与此形成对照的是，俄罗斯联邦内外的绝大部分穆斯林站在车臣人一边。伊斯兰国际纵队立即从阿塞拜疆、阿富汗、巴基斯坦、苏丹等地开来支援。穆斯林国家支持车臣的事业，而且据说土耳其和伊朗提供了物质援助，这一举动进一步刺激了俄罗斯与伊朗和解的愿望。为车臣提供的武器开始源源不断地从阿塞拜疆进入俄罗斯联邦，迫使俄罗斯封闭了它与阿塞拜疆的边境，从而也切断了运往车臣的医药和其他物资。
俄罗斯联邦境内的穆斯林团结一致支持车臣的行动。尽管号召全高加索的穆斯林发动反俄罗斯的圣战没有产生效果，但伏尔加…乌拉尔地区六个共和国的领导人要求俄罗斯停止其军事行动，高加索各穆斯林共和国的代表则呼吁民众进行反对俄罗斯统治的不服从运动。楚瓦什共和国总统则同意楚瓦什的应征入伍者不参加反对其穆斯林同胞的军事行动。“对战争最强烈的抗议”发生在车臣的两个邻近共和国——印古什共和国和达吉斯坦共和国。印古什人在俄罗斯军队开往车臣的途中袭击了它，致使俄罗斯国防部长宣布印古什政府“事实上已对俄罗斯宣战”。在达吉斯坦也发生了攻击俄罗斯军队的事件。俄罗斯人以炮轰印古什和达吉斯坦村庄作为反击。车臣人袭击基兹利亚尔市之后，俄罗斯军队在1996年1月将佩尔沃马伊斯科伊村夷为平地，进一步激起了达吉斯坦人对俄罗斯人的仇视。
车臣的事业也得到了在外散居的车臣人的帮助，他们当年的出走在很大程度上是由19世纪俄罗斯对高加索山区的入侵造成的。在外散居者筹集资金、采办武器，并为车臣提供志愿兵。为数众多的车臣族在外散居者居住在约旦和土耳其，因而导致约旦对俄罗斯采取了强硬立场，并使土耳其更情愿支持车臣人。1996年1月，当战火蔓延到土耳其之时，土耳其公众舆论对车臣族在外散居者扣押渡船和俄罗斯人质的行动表示了同情。在车臣领导人的帮助下，土耳其政府与俄罗斯谈判达成了一项解决危机的协议，然而却使双方已经很紧张的关系更为恶化。
车臣冲突蔓延到达吉斯坦、俄罗斯作出的反应，以及1996年初的扣押渡船事件，凸显了这一冲突升级为俄罗斯同高加索山区人民之间沿着19世纪持续了几十年的斗争线而展开的冲突扩大为全面冲突的可能性。菲奥纳？希尔1995年警告说：“北高加索是一堆干柴，在那里，任何一个共和国发生的冲突都可能点燃一场地区性大火，这场大火将越过边界蔓延到俄罗斯联邦的其他地区，并将格鲁吉亚、阿塞拜疆、土耳其、伊朗和北高加索的在外散居者牵连进去。正如车臣的情况所显示的那样，控制该地区的冲突并非易事……那里的战火已经蔓延到与车臣毗邻的共和国的领土之上。”一位同意这一看法的俄罗斯分析家指出：“非正式联盟”正沿着文明线发展。“基督教格鲁吉亚人、亚美尼亚人、纳戈尔诺…卡拉巴赫人和北奥塞梯人正团结起来对抗穆斯林阿塞拜疆人、阿布哈兹人、车臣人和印古什人。”在塔吉克斯坦参战的俄罗斯人“正冒着被卷入与穆斯林世界持久对抗的风险”。
在另一场东正教徒与穆斯林之间的断层线战争中，第一层次的参与者是纳戈尔诺一卡拉巴赫的亚美尼亚人和阿塞拜疆政府及人民，前者是为从后者中独立而战。第二层次参与者是亚美尼亚政府，第三层次参与者是俄罗斯、土耳其和伊朗。此外，在西欧和北美的大量亚美尼亚族在外散居者也扮演了重要的角色。战争始于苏联解体前的1988年，于1992－1993年加剧，1994年达成停火协议后平息下来。土耳其和其他穆斯林国家支持阿塞拜疆，俄罗斯则支持亚美尼亚人，并利用它对亚美尼亚人的影响抵制土耳其在阿塞拜疆的势力。这场战争是新近的一幕，就其斗争而言可以追溯到几百年前俄罗斯帝国和奥斯曼帝国为争夺黑海地区和高加索控制权的斗争，而就亚美尼亚人和土耳其人之间强烈的对抗而言，则可以追溯到20世纪初后者对前者的大屠杀。
在这场战争中，土耳其始终如一地支持阿塞拜疆人和反对亚美尼亚人。土耳其是首先承认非波罗的海的苏联共和国阿塞拜疆独立的国家。在整个冲突中，土耳其都为阿塞拜疆提供了财政和物质援助，并为其训练军队。随着1991－1992年暴力冲突的加剧，以及亚美尼亚人挺进阿塞拜疆领土，土耳其人群情激愤，受到压力的土耳其政府开始支持其种族一宗教兄弟。但土耳其也担心这将突出穆斯林和基督教徒之间的差异，导致西方对亚美尼亚的全力支持，并激怒其〕爆盟友。因此，土耳其受到了断层线战争第二层次参与者传统上面临的多重压力。然而，土耳其政府发现，支持阿塞拜疆和对抗亚美尼亚是对自己有利的。一位土耳其官员说：“当你的兄弟遭受杀害之时，你不可能无动于衷”；另一位官员补充道：“我们感到了压力。我们的报纸上充满了这些暴行的照片……我们或许应当让亚美尼亚人看看，这个地区还有一个强大的土耳其。”土耳其总统奥扎尔则说：土耳其“应当吓唬吓唬亚美尼亚人”。土耳其和伊朗一道警告亚美尼亚人，它将不赞同边界的任何改动。奥扎尔拦截了经过土耳其运往亚美尼亚的粮食和其他物资，结果使亚美尼亚人在1992－1993年冬天濒于饥荒。对此，俄罗斯元帅叶夫根尼？沙波什尼科夫警告说：“如果另一方（即土耳其）卷入”了战争，“那我们就将处于第三次世界大战的边缘”。一年之后，奥扎尔仍然是一副好战面孔。他嘲笑道：“亚美尼亚人能怎么样，如果打起来了……他们能打进土耳其吗？”土耳其“将给他们点厉害尝尝。
1993年夏季和秋季，进攻的亚美尼亚人接近了伊朗边界，这进一步引起了土耳其和伊朗的反应，这两个国家正彼此争夺在阿塞拜疆和中亚穆斯林国家内的影响。土耳其宣称：进攻威胁了土耳其的安全，要求亚美尼亚部队“立即无条件地”撤出阿塞拜疆领土，并向土耳其与亚美尼亚的边界增派了军队。据报道，俄罗斯和土耳其军队在边界上交了火。土耳其总理奇莱尔宣布，如果亚美尼亚军队进入邻近土耳其的阿塞拜疆飞地纳希切万，她将要求宣战。伊朗也向阿塞拜疆调遣军队并进入了该地区，据说是为因亚美尼亚入侵而造成的难民建立避难所。伊朗的行动据说使得土耳其人相信，他们可以进一步采取行动而不会招致俄罗斯的报复，同时也进一步刺激了土耳其在为阿塞拜疆人提供保护方面与伊朗展开竞争。这场危机最终通过土耳其、亚美尼亚和阿塞拜疆领导人在莫斯科举行的谈判，以及美国政府对亚美尼亚政府施加压力，亚美尼亚政府对纳戈尔诺…卡拉巴赫的亚美尼亚人施加压力，而得以平息。
生活在地域狭小、资源贫乏且与充满敌意的土耳其接壤的内陆国家里的亚美尼亚人，历史上就不断寻求其东正教亲族格鲁吉亚和俄罗斯的保护，特别是将俄罗斯视为老大哥。然而随着苏联的解体，纳戈尔诺…卡拉巴赫的亚美尼亚人开始发起独立运动，戈尔巴乔夫的政权拒绝了他们的要求，并派兵支持该地区被认为是忠于共产党政权的巴库政府。苏联解体后，上述考虑让位于更为久远的历史和文化方面的考虑，俄罗斯开始积极地支持基督教亚美尼亚人，对此阿塞拜疆指责说：“俄罗斯政府的态度来了个180度大转弯。”实际上，俄罗斯军人对亚美尼亚人的支持早就存在于苏联军队中。军队中的亚美尼亚人比穆斯林更经常地得到提升并被派往战斗部队。战争开始后，俄罗斯军队以纳戈尔诺…卡拉巴赫为基地的第366机动化步兵团在亚美尼亚人对科德扎利镇的进攻中起了主要作用。在那次行动中，据说有1，0O0名阿塞拜疆人被屠杀。此后，俄罗斯的特种部队也参加了战斗。1992－1993年冬，当亚美尼亚遭到土耳其禁运时，它“由于从俄罗斯得到了几十亿卢布的贷款而免于全面的经济崩溃”。那年冬天，俄罗斯军队参加了亚美尼亚军队开辟连接亚美尼亚与纳戈尔诺…卡拉巴赫之间走廊的行动。据报道，俄罗斯一支拥有40辆坦克的装甲部队参加了1993年夏季在卡拉巴赫的进攻。而亚美尼亚，正如希尔和朱厄特所指出的，“除了与俄罗斯紧密结盟外，别无选择。它在原材料、能源、食品供应，以及在边界防范像阿塞拜疆和土耳其这样的历史宿敌上，都依赖于俄罗斯。亚美尼亚签署了独联体所有的经济和军事协议，并允许俄罗斯在其领土上驻军，为了让俄罗斯满意，还放弃了对前苏联财产权利的全部要求”。
俄罗斯对亚美尼亚人的支持扩大了它对阿塞拜疆人的影响。1993年6月，阿塞拜疆民族主义领导人埃尔奇贝伊在一场政变中被赶了下台，被据信是亲俄的前共产党领导人盖达尔？阿利耶夫所取代。阿利耶夫认识到，为了制约亚美尼亚人，有必要讨好俄国人。他改变了阿塞拜疆拒绝加入独联体的态度，并允许俄罗斯在其领土上驻军。他还同意俄罗斯参加开发阿塞拜疆油田的国际合作。作为回报，俄罗斯开始为阿塞拜疆训练部队，向亚美尼亚人施加压力要其停止支持卡拉巴赫武装力量，并劝说他们从阿塞拜疆撤军。通过把支持的重心从一方转向另一方，俄罗斯也得以对阿塞拜疆施加影响，并得以在该国对抗伊朗和土耳其的影响。因此，俄罗斯对亚美尼亚的支持，不仅加强了它在高加索关系最密切的盟友的力量，而且削弱了它在该地区的主要穆斯林对手。
除俄罗斯外，亚美尼亚获得的主要支持来自其生活在西欧和北美的为数众多、富有和颇具影响力的在外散居者，包括在美国的约100万亚美尼亚裔人和在法国的约45万亚美尼亚裔人。他们为帮助亚美尼亚人渡过由于土耳其封锁而造成的危机提供了资金和生活用品，还为亚美尼亚政府提供了官员，为军队提供了志愿兵。来自美国亚美尼亚群体的援助，在90年代中期每年达5�