当天晚上8时零8分，“副总统”李登辉宣誓就任“第七届总统”。
李登辉在同日本作家司马辽太郎谈话时声称：“这之前为止掌握台湾权力的，全都是外来政权。最近我已不在乎如此说，就算是国民党也是外来政权呀！只是来统治台湾人的一个党，所以有必要将它变成台湾人的国民党。”李登辉在《亚洲的智略》中更是把他上台以后的心情如实托出：对于“外来政权”支配台湾问题，“我早有所感，也决心要加以解决”。原来，身为中国国民党主席的李登辉，对给他本人带来多少政治权力和荣耀的中国国民党有如此大的怨恨！所以，当人们看到他自1988年以来对国民党的所作所为时，国民党为何在他领导下一衰再衰、一败再败，也就不难理解了。
坚持要把台湾从中国分裂出去的李登辉，他的祖先曾生活在祖国大陆福建永定地区，在清代中叶时移民前往台湾桃园县龙潭乡三河村，后定居在台北县淡水三芝乡埔坪村埔头坑154号。令人遗憾的是，他出生在中国，却对一个中国原则有着刻骨的仇恨，要把中国的台湾地区分裂出去。国民党让他当上党主席，他却一直在进行破坏党的活动。
他是一个接受日本教育、深受日本军国主义影响的人。李登辉出生于1923年1月15日，先是在日本控制下的学校学习，后是在日本京都大学学习，基本接受的是日本教育。正如他在与司马辽太郎对谈时承认他“22岁以前是日本人”。他具有强烈的“皇民化意识”，表现为：一是接受了军国主义者疯狂的自大心理；二是在此基础上经过时间的历练变成对中国的敌视；三是保留有殖民者的劣根性。
李登辉长期在台湾大学任教，后到美国康乃尔大学留学，1972年6月突然被蒋经国提拔为“政务委员”，以后任过台北市长、台湾省主席，1984年2月16日成为“副总统”候选人并当选。可以说他的一切荣耀都是他后来背叛的国民党给的。
1988年1月13日，李登辉取代蒋经国成为国民党新的领导人。国民党主席更换不是简单的人事调整，而是一个“政治强人”和一个“时代”的消失，随之而起的必然是权力结构的重新组合。李登辉接任“总统”时，“行政权”掌握在“行政院长”俞国华手中，“党权”掌握在中央党部秘书长李焕手中，“军权”掌握在“参谋总长”郝柏村手中，“国安会”掌握在“国安会秘书长”蒋纬国手中。面对蒋经国留下的“接班四人帮”，李登辉从削弱国民党实力考虑，必须加以摧毁。要实现这一目标，首要之举是出任党主席，巩固自己在党内的地位。
为此，上台初期的李登辉审时度势，表示国民党将继续执行蒋经国的既定方针，宣称要对蒋经国的遗志“致谨禀遵，笃行实践，竭忠尽智，克竟全功”。于是他一一登门造访诸位党内有影响的人士，换取党内元老派的支持。
李登辉之所以被当时党内、民众和社会各界所接受，论“法统地位”有“宪法”第49条保驾，论党内政治资本有蒋经国的厚爱，论个人形象有“学者、平民”身份，论籍贯有身为“本省人”的优势，论民意有社会上对国民党专制统治的对立心理可以利用，再加上李登辉借用蒋经国的旗号、安抚元老派、稳定执政队伍等举措，李登辉终于一朝得志，荣登宝座导致朝野间、社会上出现空前的“拥李潮”。
李登辉本人也把目标定在出任党的主席上。李登辉对时局感到最为担心的是亲蒋势力。亲蒋势力为阻止党内和社会上立即出现政治转向风，有意限制李登辉的权力，阻止其出任党主席，避免党权落入其手中。以宋美龄为首的官邸派和亲蒋派，准备以历史上党政分开的惯例来实现不让李登辉出任党主席的目的，并且寄希望于由“行政院长”俞国华代理国民党主席。
李登辉及亲李派非常清醒，李本人资历浅薄、资本不足，没有本钱搞党政分开，如果不任党主席，只是个被架空的“空头总统”，在没有建立自己团队控制国民党中央的情况下，无权无势不说，被更换下台只是时间问题，因此在党主席问题上决不退让。双方准备在决定李登辉出任代理党主席问题上一拼高低。
1988年1月19日晚，宋美龄给李焕送来一封亲笔信。信中借元老级中评委陈立夫建议，应该考虑集体领导模式。26日晚，俞国华本人也接到蒋经国的三儿子蒋孝勇的电话，转达宋美龄的意见，并建议推选党主席推迟到预定于7月7日召开的第十三次代表大会进行。一封信一电话，表明蒋家和宋美龄的势力不甘心退出政治舞台。
俞国华立即与主管党务的李焕进行会商。俩人经过与关键的中常委联系后，取得的共识是按原定计划，推选李登辉代理党主席。中常委内出现“拥李风”，并非是李登辉的威望有多高，也不是李登辉的势力有多大，人们当时只是觉得李登辉没有过大的危害性，选李也无妨。而宋美龄的干涉，实质助长了“拥李风”。党内外不满几十年的蒋家独裁，对蒋家势力存在的逆反心理，颇有你说好我就说坏、你说坏我就说好的对抗心态，宋美龄的活动当然起不到应有的效果。
中常会按计划于1月27日召开。其中，严家淦、谷正纲因病请假，宋长志“驻节”巴拿马，李登辉请假，共有27名中常委与会。上午8点，和往常的中常会一样，会议正常召开，直到9点，会议因为进行其他议程，推举代理党主席案还没有人提出。此时，有一个人跳了出来，为李登辉劝进，这就是宋楚瑜。
宋楚瑜，祖籍湖南湘潭，其父曾在蒋介石手下服务多年，本人为美国乔治城大学政治系博士，1974年返台后不久出任蒋经国的英文秘书，以后官职直线上升，1979年出任“新闻局局长”，1984年出任国民党中央文化工作会主任，蒋经国去世前夕转任中央党部副秘书长。宋楚瑜是蒋经国挑选的青年才俊中的代表人物，深获蒋经国的信任和重用，他的见解和取舍引人注目。
宋楚瑜在会上突然请求发言。他身为中央党部副秘书长，在中常会上只有列席权，如果不被点名则不能发言，对于宋楚瑜的唐突行为，与会者感到惊讶，作为会议主席的余纪忠出于礼貌同意宋讲话。郝柏村是这样记述宋楚瑜讲话的：“然而坐在列席人位上的宋楚瑜心急如焚，突然要求发言，陈述推党主席案如不提出，‘对党、对国伤害一天大过一天’、‘多拖一天，多对不起经国先生一天’，然后愤然退席，留下在场中常委一片愕然。”
宋楚瑜的发言，影响极坏，等于把全体中常委逼到只有同意李登辉出任代理党主席的边缘。结果拥护李登辉代理党主席成为一边倒，会议一致同意李登辉出任国民党代主席。至于宋楚瑜的举动，他意识到在李登辉时期已无多大挥洒空间，只有及早划清与蒋经国的关系，漂洗身上的亲蒋味，为迎接“李登辉时期”的到来、为投靠李登辉而创造条件。
“代理党主席之争”的实质是权力之争，是失去蒋经国后的蒋家势力还想卷土重来，控制国民党。但是，蒋经国信任的亲信纷纷背叛而去，无力再战。师出无名、战而无将，结果轻而易举地被蒋经国所挑选的“接班者”李登辉所击败。李登辉也趁机打击自己上台后的最大威胁——蒋家势力，使得亲蒋势力失去了主要旗帜。“代理党主席之争”，揭开了蒋经国去世、李登辉上台后国民党内政争的序幕，也成为李登辉削弱国民党的第一仗。
第六部分：“党主席”的阴谋重组权力核心（1）
李登辉抓到“总统”和代理党主席大权后，开始了巩固权力与政治清算的斗争。一是巩固拥李派的权力，尽快占据权力峰层；二是削弱亲蒋派的权力，消除威胁。在这一场实质是国民党内蒋经国去世后的权力大转移中，李登辉运用“本土化”、“民主化”策略，见招拆招，斗而有序，争而不败，将亲蒋派为主体的非主流派彻底击溃。
台湾最高权力中心——“总统府”国民党第十三次代表大会，是国民党退据台湾近40年来面临重大政治转折和空前挑战的背景下召开的一次会议，国民党迫切需要解决的问题有党务革新、“结束戡乱”、“宪政改革”、大陆政策调整等问题，但是最为重要的是李登辉需要解决权力基础问题，巩固自己的统治地位，所以第十三次代表大会是国民党进入“后蒋经国时代”召开的第一次“代表大会”，也是李登辉巩固权力开始出招及取得相当成功的一次“代表大会”。
李登辉的重点是如何实现权力中心的大转移。把权力中心由蒋家阵地转移到李家阵地。为此，他一是严把党代表关，出席会议的大部分代表必须是切断蒋家脐带、能够支持李登辉的人；二是严把中央委员关，李登辉通过对半数中央委员候选人的提名及操控选举，控制中央委员会的目的已经达到；三是严把中常委关，亲蒋的中常委中有12人被换掉，中常会完成自第七次代表大会以来规模最大的一次改组。上述一切，都是在发扬“党内民主”的旗帜下进行的。
在以上人事结构调整中，可以看出国民党的政治和政权结构已经发生巨大变化。首先，李登辉的最高领导地位得到进一步确立。他继任“总统”是靠接收蒋经国的政治遗产，代理党主席险遭封杀，但此次却是以第十三次代表大会的形式选举为党主席并且主导会议，在党内的领导地位得到肯定。其次，亲蒋势力出现分化。第十三次代表大会的召开，变化最大的是蒋经国原设计的政治组合出现重大裂变。最有代表性的是，“接班四人组”中最为关键的中央党部秘书长李焕倒向李登辉，蒋经国信任的宋楚瑜更是充当倒蒋与拥李的先锋。第三，第十三次代表大会的“本土化”趋势十分明显，首次由本省籍人担任党主席，首次在中常委中本省籍成员超过半数，首次中央委员中本省籍成员超过1/3、由上届的近20％上升到383％。“本土化”开始于蒋经国上任之初，当时是为了缓和已经相当激烈的省籍矛盾。李登辉的“本土化”，着眼点是把国民党视为“外来政权”，为了改造“外来政权”，必须以本土势力来取代外省籍，巩固权力基础，同时为推行“两岸分裂分治”、建立“台湾中华民国体制”做准备。
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固，他开始全方位、多层次打压党内的所谓非主流派势力，国民党内从此不得安宁，台湾政坛从此不得安宁。
李登辉需要冲破的第一层扩权障碍，是打破“接班四人帮”。第十三次代表大会开完，配合中央党部换届，于7月20日完成“行政院”改组。李登辉决定改组“行政院”，以便把党政系统纳入新的轨道，“行政院长”由俞国华留任。李登辉留用俞国华的用意非常明确，利用不强势的俞国华的“空头院长”以减少对“总统”权力的牵制，把“内阁”成员尽可能换成亲李派，一是实现对“内阁”的控制；二是向“本土化”转化，在新“内阁”中，有“行政院副院长”施启扬等9位本省籍“阁员”。并且以此为基础，加快了党务、政治、军事及意识形态各个领域的全面“本土化”的步伐。
李登辉的目的是要逐渐清除“接班四人帮”。他在顺利主导中央党部换届和“行政院”改组后，认为逐渐清除亲蒋派的时机已经成熟。第一个削权对象，是“接班四人帮”中当时处境最不乐观的俞国华。一年多来，亲李派不断出面制造“俞国华是国民党的负债，而非资产”的假象，在四面楚歌的情况下，俞国华不得不于1989年5月17日向李登辉提出辞职报告。5月26日，李登辉顺水推舟，提名国民党中央党部秘书长李焕继任“行政院长”。5月31日，国民党方面宣布李焕“内阁”成立，6月1日，李焕转任“行政院长”，登上仕途又一高峰。李登辉主导的第二次“内阁”改组，以同意俞国华辞职、提升同为“接班四人帮”成员的李焕的形式，不露声色地“冷冻”俞国华，使得蒋经国安排的“接班四人帮”先失一将，这为李登辉从更深层次考虑权力基础和人事组合创造了条件。
李登辉更深的考虑是，在打压“接班四人帮”的同时，完成党政军系统的改造，扩大自己掌权的政治基础。他之所以拿出“行政院长”职位，作为调整重大人事的“中转站”，是因为“行政院长”是官场重臣、“顾命大臣”们求而难得的职位，可以以此为诱饵，进行调虎离山，实现巩固权力计划，调升李焕就是如此。如今，身为国民党主席的李登辉收回了李焕控制的党务系统，接替李焕“中央党部秘书长”职务的是宋楚瑜，宋楚瑜对党务系统进行了彻底改革，全面清除亲蒋势力，推行“本土化”。
第六部分：“党主席”的阴谋重组权力核心（2）
被蒋经国当做“镇岛大将军”的郝柏村，已成为李登辉不得不防的人物。郝柏村于1981年12月调任“参谋总长”，1986年3月进入国民党中常会，成为中常会中惟一的职业军人。按照岛内军界的规定，“参谋总长”任期2年，可郝柏村竟然连任4届8年。李登辉担心的就是郝任职“参谋总长”时间过长、积累人脉资源过多。更让李登辉不放心的是，在蒋经国去世后，蒋家成员、特别是宋美龄女士对郝柏村分外信任，来往甚多，颇有把郝柏村当成减缓“非蒋化”进程保护神的涵义。郝柏村成为李登辉整治的“接班四人帮”中第三个被重新安置的对象。
1989年11月22日，郝柏村的“参谋总长”任期再次到期，李登辉用国民党中常会的名义决定郝柏村出任“国防部长”，遗缺由“空军总司令”陈龄接任。正在东南亚访问的郝柏村，接到此消息时，只有无可奈何。为保住郝柏村的兵权，宋美龄女士曾特意邀请李登辉到士林官邸会谈，此后还给李登辉写过两封信。郝柏村和宋美龄，显然高估了自己在国民党上层的影响力