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蒋梦麟去北大暂执船舵一事看来在湖光山色的把杯浅酌中就这样搞定了。蔡对蒋说：“大学生皆有自治能力者，君可为我代表到校，执行校务，一切印信，皆交君带去，责任仍由我负之。”蒋经过一番考虑，低调地提出两点要求：一，只代表蔡本人，而非代表北京大学校长；二，仅为蔡之督印者。蔡同意了，握着他手说：“自今以后，君须负极大责任，使大学为全国文化之中心，立千百年之大计。”
蒋梦麟偕南下挽蔡的学生会代表张国焘等离开杭州北上，几乎与此同时，蔡元培致北大教职员的一则启事也已宣布：
本校教职诸君公鉴：元培因各方面督促不能不回校任事。惟胃病未瘳，一时不能到京。今请蒋梦麟教授代表。已以公事图章交与蒋教授。此后一切公牍均由蒋教授代为签行，校中诸事务请诸君均与蒋教授接洽办理。特此奉布。
7月21日，蒋梦麟一行坐火车抵达北京。到校后在学生团体开的欢迎大会上，蒋演讲的主旨是救国与文化。这“文化”不是到处都用来涂抹的万金油，而是出于他“政治究竟只是过眼云烟，转瞬即成历史陈迹，恒久存在的根本问题则是文化”的深切体证。在此之前，他已与朋友胡适之、罗家伦多次讨论过这个问题，此番讲来是洋洋洒洒：“……故诸君当以学问为莫大的任务，西洋文化先进国家到今日之地位，系累世文化积聚而成，非旦夕可比。千百年来，经多少学问家累世不断的劳苦工作而始成今日之文化，故救国之要道，在从事增进文化之基础工作，而以自己的学问功夫为立脚点，此岂摇旗呐喊之运动所可比？”“救国当谋文化之增进，而负此增进文化之责者唯有青年学生。”他决心使北大这一知识沙漠中的绿洲成为中国文化的最高的中心。在蒋看来，学潮也暴露了一种思想和道德上的不安，他希望自己的努力能引领着北大走过这一险滩。
时人分析蔡元培选择蒋梦麟代理校长职务的原因，一是蔡、蒋既是师生，也有同乡之谊；二是蒋与北大多位教授在上海办的《新教育》月刊，办刊宗旨正是蔡元培当教育总长时提出来的主张；三，孙中山先生对蒋非常欣赏，这似乎也是蔡元培把北大校务委托给蒋的一个重要原因。
当代理校长的滋味又如何呢？蔡元培所料不错，学潮胜利后学生们果然为成功之酒所陶醉，竟然取代了学校当局聘请或者解雇教员的权力，如果所求不遂，马上就罢课闹事。教员如果考试严格一点，学生马上就会罢课反对他们。他们要求学校津贴春假的旅行费用，要求津贴活动经费，要求免费发讲义，“他们向学校予取予求，但是从来不考虑对学校的义务。他们沉醉于权力，自私到极点。有人一提到‘校规’，他们就会瞪起眼睛，噘起嘴巴，咬牙切齿，随时预备揍人”。蒋的记述当无夸大的成分。而最大的困难则是校方与政府之间的经济纠纷，政府的校款总不能按时拨到，无法实行预算。蒋说，为此他真是伤透脑筋，政府只有偶尔发点经费，往往一欠就是一两年，无法购置教学设备、扩充校舍，连教授们的工资都发不下去。“学生要求更多的自由行动，政府则要求维持秩序”，一发生学潮，马上找到校长，“不是让他阻止这一边，就是让他帮助那一边”，“日夜奔忙的唯一报酬，就是正两鬓迅速增加的白发”。他写给好友张东荪的一封信中，比喻自己就像一只飞虫投到了蛛网里，一不小心就有蜘蛛从屋角爬出来咬上一口，若无破釜沉舟的决心，早就被吓退了。劳心至极也只有拿王守仁的四句话“东家老翁防虎患，虎夜入室衔其头，西家儿童不识虎，执策驱虎如驱牛”来自嘲了。——人人说市中有虎，我说任凭虎吞了我就罢了，没有吞我之前，我不妨做些做人应该做的事。
有一次，北京高校的数百教员在大群学生簇拥下来到教育部，要求发给欠薪。教员和学生联合起来，强迫教育次长一齐前往总统府。到总统府时，大群武装宪兵蜂拥而出，刺刀乱刺，枪把乱劈，上年纪的教员和年轻的女学生纷纷跌倒沟里，叫的叫哭的哭乱成一片。法政大学校长王家驹像死人一样躺在地上。北大政治学教授李大钊与士兵理论，责备他们毫无同情心，不该欺侮饿肚皮的教员。北大国文系教授马叙伦额头被打肿了一大块，鼻孔流血，对着宪兵大喊：你们就会打自己中国人，你们为什么不去打日本人？这就是轰动一时的“六三”事件，这一事件十足为流氓政府自曝其破坏教育、摧辱民权之铁证，一时引起“京中无教育”之叹，马寅初还为此绝食。
对此，蒋梦麟只有徒唤哀叹：政治腐败，我们哪里能不谈政治；既谈政治，教育界哪里能不遭政客的摧残、仇视、利用？……设备要有经费去办。学术上的导师要有经费去养他。没经费怎么办得动？设备不全，人才不够，哪里配讲学术！
一天，他和一位老教授在北京中央公园的柏树下喝茶，老教授对他讲的一段话，颇能代表当时扰攘不安的情形和知识界的普遍心态：
这里闹风潮，那里闹风潮，到处闹风潮——昨天罢课，今天罢工，明天罢市，天天罢、罢、罢。校长先生，你预备怎么办？这情形究竟要到哪一天才结束。有人说，新的精神已经诞生，但是我说，旧日安宁的精神倒真是死了！
锋面之舟：蒋梦麟和他生活的时代
大学风暴（3）
过后不久即是端午节，焦头烂额的蒋邀胡适同往西山散心。胡适注意到，蒋的脸色不太好，“梦麟此次处境最难，憔悴也最甚”。他们在八大处下的西山旅馆里消磨了三个多小时，也算是暂时抛却烦恼寻得半日快活了。蒋说：“北京的教育界像一个好女子，那些反对我们的，是要强奸我们，那些帮助我们的，是要和奸我们。”胡适纠正说：“梦麟你错了，北京教育界是一个妓女，有钱就好说话，无钱免开尊口。”两个教授叹息了一番，怏怏下山。
1923年9月10日，蒋梦麟在新学年的开学辞中如是向全校师生报告：“政府里积欠了我们八个月的经费，计有50余万，此外学校还垫出了70余万，差不多一年的经费没有了，所以，去年开学时我们说过要建筑大会堂和图书馆的计划都成了泡影，同人数月来终日奔走经费的事，忙得不得了，几乎天天在街上跑。”
蒋梦麟的出生地余姚是越州八府之一，所以蒋也算是个绍兴人，绍兴人的治事功夫和办事谋略还是了得的。五四之后，实际上就是蒋梦麟在主持北大（蔡复出后，他的职务是总务长），“大学自蒋博士来后，各方面均有宁息之象”（汤尔和日记），而蒋也是把保存大学以使薪火有传当作了一等一的事来做。“本校屡经风潮，至今犹能巍然独存，这是什么缘故呢？”他把原因归之于“大度能容”、“思想自由”的“北大之精神”。殚精竭虑，如履薄冰，战战兢兢，磕磕绊绊。议会腐败，军阀内战，学潮蜂起。经历了一大堆乱糟糟的悲喜剧场面，他觉得自己像是埃及沙漠中的一座金字塔：
淡淡遥望着行行列列来来往往的驼影，反映在斜阳笼罩的浩浩平沙之上，驼铃奏出哀怨的曲调，悠扬于晚红之中。
在当时北大的一系列官方组织系统中，蒋梦麟除了担任总务长，还兼任了文牍、会计部主任、预算委员会委员、聘任委员会委员、学生自治委员会委员、修改预科课程委员会委员等职。尤以总务长一职，自北大改组后头绪繁多：“所有行政上一切事宜，均由总务处负责，而取决于总务委员会。”蒋在北大充当着实际管理者的角色，北大在蔡元培主持下取得的成就，实际上都有蒋的一份功劳和苦劳。正如他晚年在《新潮》②中所回忆：“著者大半光阴，在北京大学度过，在职之年，但知谨守蔡校长余绪，把学术自由的风气，维持不堕。”他禀承着蔡元培的民主精神，努力在北大推进着学术自由、教授治校的现代教育的基本理念的实现。多年以后，曾经协助胡适出掌北大的傅斯年这样对胡适说：“论学问我与蒋梦麟都比不上您胡适和蔡元培先生，但论起办事的能力来，你们两人则不如我和蒋梦麟，因此在某种程度上可以说，我是您的一条狗，蒋梦麟是蔡元培的一条狗。”
当蔡元培赴欧洲考察时，蒋梦麟再度代理了北大校长。这个时期他还收到了孙中山先生的一封信，对他在北大的业绩大加赞赏，甚至勉励他“率领三千子弟，参加革命”。但外部的政治环境依然险恶叵测，学校经费还是常常无处着落，1923年9月，北大的秋季开学典礼上，蒋说他的目标就是要维持北大的生命，以使之不被中断。这一年适值北大二十五周年校庆，学生干事会准备隆重庆祝，蒋写信劝止：时局维艰，国将不国，政府视教育如无物，经费积欠已九余月，学校势将破产，庆祝事项，在在需款，将何从出？还是算了吧。“盖处此时艰，学校生命岌岌可危，吾人愈当利用光阴于学业上，而做事与欢腾，不妨留待异日。”
而此时的政府似乎正越来越失去民众的信任。
“北京政府的前途究竟怎么样呢？”一位美国外交官问他。
“它会像河滩失水的蚌，日趋干涸，最后只剩下一个蚌壳。”蒋回答。
国民革命军北伐那一年，北洋军阀张宗昌入据北京。这个军人政府的首脑体健如牛脑笨如猪性暴如虎，利爪随时准备伸向他不喜欢的人和他垂涎的漂亮女人。《京报》记者邵飘萍因“宣传赤化”罪遭枪杀后，一个偶然的机会，蒋梦麟得知自己也上了张宗昌的黑名单，匆忙出逃至东交民巷六国饭店，对美国使馆的朋友开玩笑说：“我天天叫打倒帝国主义，现在却投入帝国主义怀抱求保护了。”
当时还有校长室秘书、政治学教授李大钊、女生章挹兰等六七人先后逃入使馆界旧东清铁路办事处躲避，后来被张作霖派兵捕去处绞刑而死。蒋梦麟在六国饭店住了三个月，每天只以写字消遣，都快闷出病来了，后来在一位朋友的太太的掩护下，坐马车到了北京前门车站，搭上了一列去天津的火车，再从天津搭英国商船到上海。因沪杭铁路已告中断，蒋蛰居上海半年后才绕道回到杭州。就像七年前他的前任蔡元培一样，湖光山色中的杭州似乎一直是这些南方文人失意后的安慰。
很快，南北集团的力量消长终于有了结果，“北京政府的纸老虎被南风一吹就倒了”。1930年年底，因蔡元培就任中央研究院院长，南京政府明令蒋梦麟出任国立北京大学校长。因中华教育文化基金会的出面襄助，蒋梦麟重整北大的信心复又鼓动。翌年1月，离去四年后的蒋重返北京（此时的北京已改称北平），再度承乏北大校务。
上任伊始，蒋梦麟即聘任他的朋友胡适为文学院院长兼中国文学系主任，并重新确立北大的职志为：研究高深学术，养成专门人才，陶融健全人格。一年后，改组北京大学研究院，分文科、理科、法科三个研究所，开出的研究课题有：朱希祖的明清史，陈垣的中国基督教史研究、元史研究，马裕藻的古声韵学，马衡的金石学，沈兼士的文字学，刘复的语音学、方言研究，周作人的中国歌谣研究，钱玄同的音韵沿革研究，沈尹默的唐诗研究，黄节的汉魏六朝诗，许之衡的词典研究，等等。这些当时中国的一流学者齐聚北大，堪称北大百年历史上蔚为大观的一个景象。胡适曾如是回忆蒋在1930年代初“中兴北大”的业绩：
孟邻先生（蒋梦麟别号孟邻）受了政府的新任命，回到北京大学去做校长，那时他有中兴北大的决心，又得到中华教育文化基金的援助，他放手做改革的事业，向全国去挑选教授与研究的人才，在八个月的筹备时间，居然做到北大的中兴。我曾在《北大五十周年》一文里略述他在那六年里的作风：“他是一个理想的校长，有魄力，有担当，他对我们三个院长说：辞退旧人，我去做；选聘新人，你们去做。”
自此直到1937年的七年间，蒋一直把握着北大之舵，竭智尽能，希望把这学问之舟平稳渡过已经趋向剧烈的中日冲突中的惊涛骇浪。就像他晚年在《新潮》中所说：“在职之年，但谨知守蔡校长余绪，把学术自由的风气，维持不堕。”在许多朋友协助之下，尤其是胡适、丁文江和傅斯年的帮助下，北大幸能平稳前进——用他的话来说——“仅仅偶尔调整帆篷而已”。
锋面之舟：蒋梦麟和他生活的时代
一切坚固的东西都烟消云散了
1943年初春的昆明，当五十八岁的蒋梦麟经由记忆的河道回望19世纪末杭州湾边的那个小村庄，他一定觉得自己驶入了一生中最为晦暗不明的海域。其时，在中国内陆西南的这座孤城里，炸弹正像冰雹一样倾落，“跑警报”成了他和西南联大师生每日的功课，载运军火的卡车和以“飞虎队”闻名于世的美军志愿航空队战斗机正在昆明市郊结集，沿着滇缅公路潮水般涌入昆明的难民和从沿海城市来的摩登小姐和衣饰入时的仕女在街头拥来挤去。发国难财的商人和以“黄带鱼”起家的卡车司机徜徉街头，口袋里装满了钞票，物价则一日三跳有如脱缰的野马。城春草木已深而山河破碎着还将破碎下去。在这之前的几年间，宋哲元将军不战而退把故都北平拱手相让，蒋委员长也弃都西窜让石头城里插上了日本人的太阳旗，大学如狂涛落日中的一叶孤舟已由北平迁长沙再迁昆明，喧嚣的战尘把他们驱赶得几乎没有喘息的�