队的军长、师长均有权参加会议，讨论决定补给事宜。
第四是整军方案中双方部队的配置和驻地问题，实质上是解放区问题、根据地问题。这是个最棘手的、长期未得到解决的问题。中共奉行的是以乡村包围城市的方针，自然非建立根据地不可。抗日战争开始，中共部队深入敌后，建立了更多的根据地，国民党对此是从来不肯承认的。到重庆谈判时，更一再要求，为了政令统一，所有根据地一律并入地方政府；为了军令统一，一切游击部队、地方部队，都归所在战区管辖。还说：“战争已过去，解放区不复存在。”中共方面自然不肯轻易同意，把千辛万苦、出生入死而建立起来的根据地、解放区、人民武装轻易交出。但为顾全大局，表示如国民党能接受中共所提出的政治、经济各项意见，则愿把“中共军队集中到淮河流域及陇海路以北地区”，并可迅速将领导下的广东、浙江、苏南、皖南、皖中、湖南、湖北、河南的八个地区让出，军队复员。到军事三人小组会议上，由于这个问题太复杂，双方意见距离太远，无法达成协议，只好暂时搁置一边。
此外，还有一些次要的问题，如协定名称问题；整编与统编的划分问题；宪兵和警卫队问题；铁路沿线障碍问题等，亦有争执，但不是实质性、重要性问题，经过讨论，也就得到大体一致的协议了。
第二部分四、整军谈判：“共产党的代表”
这里有一个插曲很能反映张治中的特见、远见和个性。当国共双方为了整编后的军队数字问题争论到最激烈的时候，张治中认为，中共本来就拥有一百多万正规军，二百万以上民兵，现在愿意裁减为二十至二十四个师，这是很大的让步，应该考虑接受以便早日达成协议。因此，有一天他向蒋介石汇报谈判情况时，坦率地提出自己的意见。并且指出：政府军队除整编后还保留五十个陆军师外，还有海军、空军，这是中共所没有的。而国民党陆军中除步兵外，还有骑兵、工兵、炮兵、辎重兵、宪兵、防空兵、防化兵等，也是中共所没有或很少的。在整个兵力上，我们占了压倒的绝对优势，理应早日达成协议，以免夜长梦多。蒋介石听了，大不以为然。两人正为此争论得脸红耳热，相持不下的时候，马歇尔刚好在蒋的侍从参谋兼翻译皮宗敢陪同下进来，见此情形，惊奇地问：“到底发生了什么事情？”蒋忿忿然地说：“我正在同共产党的代表谈判！”张治中急忙向皮宗敢示意不可直译，并杂以他语，遮掩过去。在国民党集团中，很少人会有张治中这样的看法和想法；即使有，也不敢在蒋介石面前力争。从这个插曲中可以看出，张治中是比较实事求是的，其主张也是比较公允的，这是他一贯维护孙中山三大政策，主张联共、亲共的流露，以致被蒋介石看成是“共产党代表”，以后在北平和谈破裂后，张治中能毅然投向人民，这是必然的。
尤其难得的是，张治中有一个根本的看法。他认为，既然国共双方签署宣言，同意中共参加抗日，就不能不让它发展军队；尤其既然同意中共军队深入敌后，更不能不同意它发展军队。既要它参战，又限制它扩充，这是既要马儿跑，又要马儿不吃草，这是最不讲理的态度。他还认为，抗日是每一个中国人的事，不是哪一个党派所独专的，要参加抗战就得有力量，他对蒋介石这种蛮不讲理的态度和做法，很不以为然。这一根本认识，支配着他的态度，贯穿着他参加谈判的全过程，所以处处表现得比较通情达理。连马歇尔也觉得张比较好合作，对张中途因处理新疆三区少数民族问题离去，由徐永昌、陈诚接替感到不满。临回美国前，马歇尔还特别邀请张到住处相见，请他吃饭，看电影，有惜别之意。
在整军谈判中，国共双方意见是距离很远的，分歧是很深的，但由于当时国内外存在的主客观因素，特别是由于中共方面顾全大局，在有理、有利、有节的原则下作出一定的让步，才使这场艰巨的马拉松式的拉锯战得以结束，双方签订了一份名为《关于军队整编及统编中共军队为国军之基本方案》。
为了郑重其事，当时还举行了一个签字仪式。时间是1946年2月25日，在重庆上清寺尧庐举行。参加会议的三方面都到场了，还邀请了中外记者参加。这是一间约五十平米陈旧的会议室，正面一排是长桌，桌上摆着整军方案的中英文本，周恩来、张治中、马歇尔先后在上面签字。签字后三方面都有简短的致词。张治中、周恩来的发言中都认为这个军队整编方案得来不易，如能付诸实施，则可以结束十八年来国共两党的纠纷和对立，使中国进入新的和平时代，全国人民所期待的和平、团结、民主、统一的国家将可实现。双方都表示对于签署的文件，将保证百分之百地实行。马歇尔的简短致词虽只寥寥数语，但却很有刺激性。他说：“此协定为中国之希望，我相信其不为少数顽固分子所污损，盖此少数顽固分子，自私自利，即摧毁中国大多数人民所渴望之和平及繁荣生存权利而不顾也。”显然，他所称的顽固分子是指国民党方面的，他可能已收到有关主战反和分子的阴谋挑起战争的情报了。
我们拿这个方案和政协有关军事问题的决议相对照，就看出了所遗留的重大的根本问题。实际上达成协议的内容仅仅是：（1）双方同意全国部队整编为六十个师，国民党部队与共产党部队的比例是5∶1（仅指陆军）；（2）中共方面在《双十协定》中的要求是：“政府应公平合理地整编全国军队，确定分期实施计划，并重划军区，确定补给制度”，而在这个方案中，总算有了一些具体的规定。但对于如何使军队属于国家，如何实施军党分治、军政分治和以政治军等重大问题，在这个方案中只作了极其空洞的规定。尤其是没能联系东北问题作实事求是的解决，除了仅仅承认中共方面在东北可编一个军外，蒋介石还是坚持“东北问题是恢复主权问题，根本不存在停战问题”的顽固态度。在张治中看来，这是鸵鸟态度，十分不现实，不仅无助于问题的解决，而且必然遗留重大的后患。
（这里应该指出，当时无论是《政协决议》或整军方案，都是国民党占优势的。在政治上，中共同意以三民主义为建国之指导原则，在未召开国民大会、组设联合政府之前的过渡政权——国民政府委员中，委员四十人由国民政府主席于国民党内外人士中选任，而且在四十人中国民党占二十人。国民政府主席拥有否决权，要有全体委员五分之三的人数才能推翻其否决。在军事上，中共承认蒋介石是陆海空军最高统帅，整编后的军队，国民党陆军为中共陆军的五倍。这些，中共为什么都同意呢？毛泽东在《中共中央关于同国民党进行和平谈判的通知》中实际上已做了回答，他指出：“我方亦准备给以必要的不伤害人民根本利益的让步。无此让步，不能击破国民党的内战阴谋，不能取得政治上的主动地位，不能取得国际舆论和国内中间派的同情，不能换得我党的合法地位和和平局面。”）
第二部分四、整军谈判：三到延安
整军方案通过后，马歇尔显得十分高兴，但国共两军的冲突未见停止，反而日益增加。加上许多地方由于军事冲突而造成交通梗塞，妨碍了对日俘日侨的集中和运送，这使马歇尔感到非常恼火。张治中亦认为这种情形不该继续下去，否则对和平至为不利，于是三方面同意出发到全国去视察。
这次视察在1946年2月25日由重庆出发，共历时七天，先后到了北平、济南、徐州、新乡、张家口、集宁、归绥、武汉等地，然后访问延安，才回重庆。此行主要任务是检查各地情况，对冲突事件就地调处，特别着重恢复交通。上述各地，除延安外，都是有问题需要解决的。
这里还有一个插曲。军事三人小组到达武汉时，周恩来和张治中商量说：中原军区李先念部处境很困难，物资缺乏，粮食更缺，希望能协助解决。张治中考虑之后，同意了，亲笔写了条子，命令国民党后勤单位照发。后勤人员收到条子后议论纷纷：“真是奇文，我们正和共产党打仗，要我们来接济他们！”张治中对他们说：“这有什么奇怪！《政协决议》通过了，整军方案签订了，今后国共还要进一步合作，组织联合政府，统一编组军队，共同建设国家，有什么不可以的？”当然，张治中这种天真的想法是行不通的。
同年3月4日，军事三人小组飞到延安，毛泽东、朱德等许多中共领导人都到机场迎接。当天晚上，中共中央举行盛大的欢迎晚会，演出了一些节目。三月上旬的延安还是够冷的，大家都穿上大衣、棉衣，马歇尔斜躺在靠椅上，腿上还盖上一床毯子。节目演出前，三方面都有简短的讲话。张治中在强调军队整编方案的重要性之后，表示希望能百分之百地做到，双方团结合作，共同为建设和平、民主、团结、统一的新中国而努力奋斗，最后以爽朗乐观的声调幽默地说：“我这次到延安来是第三次了，第一次是和赫尔利一起来迎接毛主席到重庆去谈判，第二次是签订了《双十协定》后护送毛主席回延安来，这次为了整军方案的落实又到延安来了。你们将来写历史的时候，不要忘记写上张治中三到延安这一笔呀！”这段话当时引起了全场热烈的鼓掌和欢笑，以后传为历史佳话——这是张治中三到延安。
张讲完话走下来，他在北伐时的老朋友林伯渠迎着说：“你的话讲得很好，我们可以写历史了，就是说我们是成功的，不是失败的。”张回到座位上，毛主席笑着对张说：“你将来也许要四到延安，怎么只说三到呢？”张说：“和平实现了，政府改组了，你们就会搬到南京去了，延安这地方，不会再有来的机会了。”毛说：“是的，我们将来是要到南京去，不过听说南京很热，我怕热，希望长住在淮安。开会才到南京去。”
这个插曲给我们以许多启发。首先，它充分体现了张治中一贯的联共亲共主张，他确实是孙中山先生的忠实信徒，无论处在逆境或顺境，都能坚持自己的政治主张，在极端反共的蒋介石统治下，他能坚持联共亲共，是难能可贵的。其次，也代表着一种伟大的预见远见。他始终认为共产党是会胜利的，是能胜利的。事实证明，写历史的是中国共产党，而不是国民党，多难得的预见呀！第三，他的这段话，只有他敢说，别人是不敢说的。别人说了蒋介石会不答应，会认为出了格而遭贬责，而他说了反而成为历史佳话。这个历史人物的精神面貌非常鲜明生动。
3月5日，军事三人小组由延安飞返重庆，毛泽东和中共领导人到机场送行。
蒋介石为了统一内部，策划反共，于同年3月1日举行国民党六届二中全会，张治中在会上作了关于全国军队整编方案的签订和视察的经过报告，希望方案能够百分之百地实施，以促进国家的和平、民主、团结、统一。会上反共分子纷纷发言，反动气焰十分嚣张。特别是CC分子郑亦同的发言，冷嘲热讽，极尽挖苦反对之能事。他质问张治中怎样能使整军方案百分之百地实现。蒋介石端坐在主席台上，毫不表态。张治中气极了，马上站起来质问：“郑亦同的话是什么意思？难道我们对这个方案准备来个七折八扣吗？”这话引起全场哄然大笑，郑亦同语塞不能置答。
第二部分四、整军谈判：东北谈判局势逆转
整军方案签订之后，和谈重点转入东北停战谈判。张治中对蒋介石处理东北问题时的昏庸傲慢、颠三倒四，感到非常生气，但又痛感无能为力。眼看两党关系日趋恶化而至于不可收拾。
马歇尔自延安回重庆后，满怀喜悦，踌躇满志。他认为杜鲁门总统交给他的四项任务中，前三项已大有希望，剩下来的仅仅是提供信用借款及促进美中贸易，因此他立即电告杜鲁门，建议召他回华盛顿，以便向杜汇报中国局势，研究如何通过财政、经济、贸易途径来控制中国的计划。
杜鲁门总统同意了马歇尔的建议，正式召马歇尔回国。马歇尔于同年3月11日动身，一去就是三十九天，到4月18日才再到中国来。他真没想到，在这三十九天当中，中国的局势大大恶化，一发而不可收拾。这反映了他对中国，特别是对蒋介石缺乏了解。他只知道国民党内有自私自利的顽固分子，如何应钦、陈诚、白崇禧和CC分子之流，而不知道这些人的后台正是蒋介石本人。同时，他对中国共产党这一新生力量也缺乏认识，估计过低，中国局势的发展完全出乎他的意料。
为什么当时局势会大大逆转呢？
原来，在抗日战争中，东北早就成立了中共领导下的抗日民主联军。中共军队北上抗日、东渡黄河后，本来就先后在晋、冀、察、热等地建立了大块大块的根据地。到日本投降，中共军队凭着一双铁脚板从晋、冀、察、热等地大踏步地向东北推进，比拥有强大的海空运输工具但远在抗日后方的国民党军队走得还要快。于是，中共在东北逐渐处于优势。
还有，魏德迈知道蒋介石军队腐败，对抢占东北并无希望，同时他认为苏联在东北的力量不容易一下子排除出去。所以他曾分别建议杜鲁门和蒋介石：第一步，通过联合国把东北托由美、苏、英三国代管，让蒋介石做好准备；第二步，利用国际压力，认为有《雅尔塔协议》，可以压苏、英等国的同时退出东北，再由蒋介石接管。但是美国国务院对此表示犹豫，蒋介石更根本不予考虑。蒋从来就迷信自己的武力，认为自己拥有五十多个美械师，加上其他正规军、杂牌军、伪军，总兵力对中共占压倒的优势。再加上美国的全力支持，剩余物资的补充，不愁不能在东北取胜。所以他自始至终的判断都是错误的。
尤其失策的是，蒋介石在接收