后，耶稣会开始以此为据点，开始向中国内地渗透。
1582年，意大利人罗明坚经两广总督陈瑞的批准，第一个进入中国内地，居住在广东肇庆天宁寺，开始传教，并着手建立在中国内地的第一个传教根据地。罗明坚还在澳门的时候，意大利传教士利玛窦被耶稣会派到澳门，协助罗明坚共同打开中国的传教局面。此后，利玛窦在中国寓居28年，为天主教在中国的传播发挥了重大作用。
万历十一年（1583年），罗明坚和利玛窦来到广东肇庆，并很快与肇庆知府拉上了关系，被批准择地居住和修建教堂。利玛窦公开展览西方先进的机械制造产品和科技成果，如钟表、三棱镜、圣母像、地图等。他利用在意大利所学的知识，致力于制造天球仪、地球仪，成为西方先进自然科学知识的传播者。后来利玛窦又在南昌、南京等地传教游历十多年，结交了许多中国朋友，如徐光启等人。万历皇帝对利玛窦所进呈的自鸣钟非常感兴趣，甚至特地在皇宫内为自鸣钟盖了一座钟楼。万历皇帝第一次看见那座高大的自鸣钟时，钟还没有调好，就命令立刻召见神父们。传教士们被允许在北京长期居住，明政府每隔四个月还给他们发一次津贴。
《坤舆万国全国》《程君房墨苑》中利玛窦撰文及插图利玛窦来到中国后，他把传教与儒学相结合，被称为“合儒”﹑“补儒”、“趋儒”。为了博得士大夫的信任，他用15年的时间钻研儒家经典，被称为“西儒利氏”。他一面教学，一面传教，他甚至用中文写成《天主实义》，把天主教教义与儒家学说相比附，求同存异。经过数年的努力，利玛窦的传教工作获得了当时名士叶向高﹑徐光启﹑李之藻﹑袁宏道﹑杨廷筠﹑瞿太素一批官员和开明人士的信任和支持。
利玛窦之后来华的传教士中，著名的还有熊三拔、龙华民、毕方济、金尼阁、汤若望等。他们在传教的同时，给中国带来了先进的数学、天文学、地理学知识。在数学方面，利玛窦和徐光启合作翻译了欧几里德的《几何原本》，利玛窦和李文藻合作翻译了《同文算指》。在天文学方面，传教士龙华民协助完成了《崇祯历书》的修撰。在地理学方面，利玛窦的《坤舆万国全图》、《天学实义》，庞迪我的《职方外纪》等都给中国带来了地理知识。为了大规模测算，传教士们还根据欧洲数学家的著作，编译了《割圆八线表》﹑《测量全义》。传教士的科学活动使明末出现了一个科技发展与交流高峰。
F0 13 明朝的灭亡
李自成和张献忠（1）
明人绘《饥民图说·饥民逃荒》
李自成雕像
明朝末年，各地农民不断揭竿而起，举行了一次又一次大大小小的武装暴动和起义，地瘠民贫、生产落后的陕北也先后爆发了多次农民起义。天启七年（1627年）；王二率领陕北澄县饥民冲进县城，杀了知县张斗耀，揭开了明末农民大起义的序幕。次年，王嘉胤聚众数千人起事，王二率部赶来汇合。紧接着，安塞的高迎祥发动起义。高迎祥因战功卓著，被起义军称为“闯王”。在这些农民起义军中，涌现出两位杰出的农民起义领袖李自成和张献忠。
李自成，陕西米脂双泉里李继迁寨（今属横山）人，出生于万历三十四年（1606年）八月二十一日，乳名黄来儿，初名鸿基，祖辈世代务农。二十一岁那年，无依无靠的他应募到银川驿站当一名驿卒。不久，因无力偿还豪绅文举人的债，被戴上枷锁严刑拷打，在穷伙伴的帮助下，他杀死文举人，又与侄儿李过逃往甘肃当边兵。崇祯二年（1629年），后金兵大举南下，京师吃紧。为了保住北京，朝廷急调四方军队赴北京增援。李自成所在部队随参将王国向京师进发，途经金县（今甘肃榆中），兵士们要求发饷，参将王国却克扣不发，于是发生了兵变，愤怒的兵士们杀死了参将，准备逃跑。
明人绘《饥民图说·饥民逃荒》李自成平时为人敦厚朴实，办事又干练，且有谋略，深受兵士们的尊重。于是他说服大家，组织起来，投奔起义军，很快就拉起了一支队伍。他们先加入王左掛和张存孟领导的队伍，后因王、张投降了官府，他就带着李过等投奔高迎祥。由于李自成从小练就了一身好武艺，臂力过人，善于骑射，再加上意志坚强，机智勇敢，处事果断，又有谋略，因此得到闯王高迎祥的信任，成了一名勇将，号称“闯将”。
张献忠，字秉吾，号敬轩，延安肤施（今陕西定边东）人，出身贫苦家庭，与李自成同岁，从小聪明倔强，跟着父亲做小生意，贩卖红枣。他当过捕快，后又来到延绥镇当一名边兵。生性刚烈，爱打抱不平，为此几乎丢了性命。他因被人陷害，犯了“法”当斩，“主将陈洪范奇其状貌，为请于总兵官王威释之”，最后以“鞭一百免”。革役后他逃回到老家。
崇祯三年（1630年），张献忠在家乡聚集十八寨农民组织了一支队伍响应王嘉胤等起义。他自号“八大王”。由于他“身长瘦而面微黄，须一尺六寸，僄劲果侠，军中称为‘黄虎’”。这一队伍初属王自用，后自成一军。因张献忠幼时读过一点书，又受过军事训练，为人多智谋，果敢勇猛，很快就显示了卓越的指挥才能，后来逐渐成为明朝末年和李自成齐名的杰出农民起义领袖。
陕北的一系列起义震惊了明朝统治者，崇祯皇帝准备用剿抚兼施的策略尽快平息农民起义，因此三边总督杨鹤执行以抚为主、以剿为辅的政策，企图瓦解农民起义军。在明军剿抚兼施的进攻形势下，陕西战场的起义军除壮烈牺牲的外，不少首领接受了朝廷的招安，有的则呈现出时降时叛的复杂局面。为避开明军主力，王嘉胤率军入晋，起义中心转移到山西。王嘉胤牺牲后，王自用联合高迎祥、张献忠、罗汝才各部，号称三十六营，在山西继续战斗，农民起义军自此由分散作战状态进入协同作战阶段。
起义军势力的壮大，宣告了明朝招抚政策的破产，主抚派杨鹤也因此下台，洪承畴继任三边总督，集中力量围剿起义军。后来，王自用在作战中牺牲，起义军在高迎祥领导下，与明军继续作战，但损失较大。为保存实力，起义军从山西转入河南。崇祯六年（1633年）冬，高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等经河南省渑池县突破明军黄河防线，转移到明军力量薄弱的豫西，积蓄力量，继续战斗。渑池突围的胜利，不但使起义军未被消灭，反而变被动为主动，对后来起义军势力壮大具有重大意义。
面对农民起义的严重威胁，明朝政府于崇祯七年（1634年）末提升洪承畴为兵部尚书，统一指挥陕西、山西、河南、四川和湖北等省官兵。次年，明朝政府又调兵七万二千余，准备在六个月之内消灭起义军。为了迎击明军，十三家七十二营起义军领导人聚会河南荥阳。会上，回民领袖马守应主张北渡黄河，转移山西，遭到张献忠等人反对。李自成提出了“分兵定所向”的战略，主张联合作战、分兵迎击明军。这一战略思想得到大会赞同，于是决定分兵五路：一路向南，阻击湖广、四川方面的明军；二路向西阻挡陕西明军；李自成雕像三路屯兵荥阳、汜水一带，扼守黄河；高迎祥和张献忠等东征安徽等地；马守应往来策应。
荥阳大会对粉碎明朝的军事围剿乃至推翻明朝统治起了重大作用。高迎祥、张献忠等在豫鄂川陕交界山区流动作战，与明军周旋，明军不得不分兵把守要隘，陷入战线过长、兵力分散的困境。明将洪承畴为改变被动局面，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻，高迎祥起义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，被迫转入西部山区。崇祯九年（1636）秋，闯王高迎祥被新任陕西巡抚孙传庭在陕西盩厔（今周至）黑水峪伏击俘获，后押至北京，英勇就义。
李自成和张献忠（2）
此后，李自成被拥戴为闯王，他接过绣着“闯”字的战旗，率领部下七万多名战士，继续进行战斗。高迎祥牺牲后，起义军逐渐分成为两支劲旅，一支由张献忠领导，活动在湖北、安徽、河南一带；另一支由继承“闯王”称号的李自成领导，活动在甘肃、宁夏、陕西一带。崇祯十一年（1638年），在洪承畴优势兵力围攻下，起义军蒙受了很大损失。李自成兵败梓潼，退守岷州（今甘肃岷县）、临洮。张献忠败于南阳、麻城，最后投降了明军，起义转入低潮。
为保存起义军力量，李自成率部进入河南，于崇祯十四年（1641年）一月攻占洛阳，杀死了福王朱常洵。张献忠经过一年休整，于崇祯十二年（1639年）五月在谷城再次起兵，在罗山（今湖北竹山县东南）歼灭明军主力左良玉部，后转入四川，在达州战役中大获全胜，随即兵进湖北，崇祯十四年（1641年）二月攻陷襄阳，镇压了襄王。李自成、张献忠相继攻占洛阳、襄阳，宣告了明朝围剿政策的破产。
张献忠、李自成两支大军相互应援，分别在川陕和河南战场与明军作战。张献忠于崇祯十六年（1643年）五月攻下武昌，把楚王投入江中，同年，张献忠在武昌称大西王，初步建立了政权。次年，张献忠带兵入川，八月攻陷成都，在成都称帝，国号大西。李自成则从洛阳转入湖广作战，于崇祯十五年（1642年）攻下襄阳，次年，称新顺王，初步建立了政权。此后连克承天府（今湖北钟祥县）、孝感、黄州（今湖北黄冈市）等地，基本上消灭了明朝在河南的精兵，“据河洛取天下”。
李自成起义军攻占襄阳后，在政治上，提出“均田免粮”口号，受到各地人民热烈欢迎，军事上，逐渐改变过去流动作战的战术，派遣将领分守所克城邑，严密军事组织，把军队分为骑兵和步兵两种，形成营队两级编制，战术上步骑配合的良好局面：骑兵诱敌，步兵拒战，然后骑兵包抄合围，攻城时则骑兵布围，步兵冲锋，昼夜三番轮攻。同时，他又确定了先取关中，继取山西，后占北京的策略。这表明起义军已由流动作战阶段进入阵地战阶段，全面具备了推翻明朝的实力。
潼关崇祯十六年（1643年）十月，李自成大军攻克潼关，率十万大军围歼明三边总督孙传庭，十一月起义军不战而进入西安。崇祯十七年（1644年）一月，李自成建立大顺政权，势力进一步壮大，把西安作为攻打北京的基地。然后，李自成亲率大军渡黄河进入山西，攻克太原，沿大同、宣府（今河北宣化县），从北面威胁北京。另一路起义军由左营制将军刘芳亮率领，渡黄河攻克山西上党（今山西长治市），分取真定（今河北正定县）、保定，从南面威胁北京。三月十七日，李自成从昌平围攻北京，北京明军不攻自溃，十九日李自成率兵进城，崇祯帝在煤山自杀，明朝统治被推翻。
李自成起义军进京后，面临的首要问题是如何消灭明朝残余势力，巩固刚刚建立的新政权。当时，明朝残余势力中力量最强的是盘踞在山海关的宁远总兵吴三桂的部队，也是起义军的心腹大患。但是，李自成起义军进入北京之后，很快出现奢侈腐败的严重情况；而且出于对农民起义军仇恨的地主阶级本性，吴三桂投降满洲贵族，与清军联合镇压起义军。
李自成曾用来处理政务的故宫武英殿四月，李自成亲率大军攻打吴三桂，双方在山海关激战，在满汉地主阶级军队的联合进攻下，李自成起义军失败，撤回北京。二十九日，李自成匆忙称帝，次日退出北京。李自成撤出北京后，有计划地实施战略退却的计划，经山西平阳、韩城进入西安。清军在崇祯十七年（1644年）冬分兵两路进攻西安，次年二月，潼关失守，李自成从西安经襄阳进入武昌。五月，李自成在湖北通山县南九宫山遭到地主武装的突然袭击，壮烈牺牲。另一说李自成脱逃，削发为僧，名奉天玉和尚，得以善终。
张献忠在成都称帝建立大西政权后，政治上，设置左右丞相、六部尚书等文武官员，颁行《通天历》，并开科取士，选拔三十人为进士，任为郡县各官；经济上，设钱局铸“大顺通宝”行用，同时对西南各族百姓“蠲免边境三年租赋”；军事上，设五军都督府，分兵一百二十营，并四面出击，逐渐占据了四川省全境。不久，四川各地的明朝将领曾英、李占春、于大海、王祥、杨展、曹勋等，纷纷聚集兵马，袭击大西农民军，屠杀大西政权地方官员，给大西政权很大威胁。对此，张献忠进行了严厉的镇压。
可惜的是，在这期间，李自成、张献忠两支大军之间因种种原因产生了矛盾，再加上内部矛盾重重，其势力逐步走向衰落。当时，为了保证四川的安全，张献忠曾派人向北平定汉南地区，并攻打汉中，但却被李自成部将贺珍击败。清顺治二年（1645年）夏，南明福王弘光政权灭亡。十一月，清朝用剿抚兼施的策略，一面以何洛会为定西大将军进剿四川，一面派人下诏诱降张献忠，劝说他归顺清朝。然而张献忠置之不理，反而增强了抗清的决心，一方面与明朝在四川的残余军队、地主武装对抗，另一方面和清军作激烈的斗争。
清顺治三年（1646年）初，清朝改派肃亲王豪格为靖远大将军，和吴三桂等统率满汉大军，全力向大西农民军扑来。当时，明朝参将杨展领兵复夺川南州县，率师北指，与张献忠的部队激战于彭山的江口，张献忠大败，退回成都。五月，豪格率清军攻占汉中。七月，为了北上陕西抗击清军，张献忠决定放弃成都，北上迎击清军。十一月，张献忠大军扎营于西充凤凰山（今四川南溪县北）。当时形势紧张，原大西军将领刘进忠叛变后，先在合州（今四川合川）同明军曾英勾结，后又出保宁（今四川阆中），投降了南下的清军统帅豪格。清军以刘进忠为向导，进入川北。
李自成和张献忠（3）
十一月二十六日，豪格派护军统领鳌拜等将领，分率八旗护军轻装疾进，出其不意，对农民军发起突然袭击。二十七日晨，清军隔太阳溪与张献忠的农民军相遇。面对这意外的突然来袭，张献忠临急应战，指挥农民军马步�