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从万历十四年（1586年）二月开始，满朝文武为了使朱常洛能够册立为太子，以六七位阁臣的离职，上百名大臣被降处的沉重代价，前后苦争了15年，护卫了19年，群臣所上奏疏成千上万，才得以朱常洛被册立为皇太子，并终于继承了帝位，可见这场“争国本”斗争的艰巨与惊心动魄。明末政治的不可收拾在很大程度上与这场“国本”之争有关。因此，万历年间的“国本”之争是明王朝灭亡的重要原因。
晚明三疑案（1）
明朝到万历皇帝的时候，已经十分衰败。朝廷后宫内却围绕着皇帝宝座的争夺发生了三桩疑案。这三个案子分别发生在三个皇帝在位期间，即神宗朱翊钧朝的“梃击案”和光宗朱常洛朝的“红丸案”和熹宗朱由校朝的“移宫案”。
梃击案
万历四十三年（1615年）五月初四，端午节前夜，一个叫张差的男子手持枣木棒闯入大内东华门，一直来到太子朱常洛居住的慈庆宫门前，到第一道宫门，见只有两名老宦官守门，举棒打伤其中一人后直闯入宫，又闯过第二道宫门，直到殿檐下，拾级而上，试图加害太子。这时，太监韩本用发现有异常动静，便大声呼喊，七八名宦官蜂拥而上，将张差捉住，当即便将该犯交东华门守卫监收。
慈庆宫正门万历皇帝得知，下诣将张差送交皇城保卫部门审问。巡视皇城御史刘廷元审问后向万历皇帝报告道：张差家住蓟州井儿峪，举止行为看起来像个疯子，但又颇为狡猾，还得严加讯问。万历皇帝下诏将张差送交刑部复审。刑部郎中胡士相再次提审后，认为张差确实是个疯子，并判了他一个斩刑。提牢主事王之寀看出了其中的破绽，便私下里审问张差，张差说出是宫里的太监庞保、刘成将他引到慈庆宫门前的，这两人对他说：“打死小爷（指朱常洛），有吃有穿。”庞保、刘成都是郑贵妃手下的太监，再往下查，势必牵连到郑贵妃。王之寀便将张差这个口供汇报给了刑部侍郎张问达。
此案的发生，震惊了宫内和朝野，舆论哗然。支持郑贵妃、倾向福王为太子的臣僚认为是张差疯癫所为，属个人行为；支持皇太子的大臣认为是陷害太子的阴谋。后来，经刑部十三司会审，查明张差是白莲教的一支红封教的成员，其首领为马三道、李守才，他们与郑贵妃宫内的太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，梃击太子。
看起来，此案与郑贵妃有牵涉是肯定的了。很多朝臣都怀疑是郑贵妃和他的哥哥郑国泰阴谋策划借张差之手伤害太子。万历皇帝极力调解皇太子与郑贵妃的矛盾，一方面怒责郑贵妃，一方面迫使皇太子改变态度。后来，万历皇帝只得亲自出面来平息此事，他召见大学士方从哲、吴道南及文武诸臣，拉着朱常洛的手对他们说道：“常洛很孝顺，我非常喜欢他。你们这些臣子，不要动不动就散布流言，离间我们父子！”他又对朱常洛说：“把你心里的话，都告诉他们吧。”朱常洛只得说：“张差是个疯子，赶快把他处决吧！外面的议论都是不应该的！”事已至此，群臣自然无话可说，“梃击”一案也就不了了之。万历皇帝明令除惩治张差等人外，“不许波及无辜人”，郑贵妃也就从此案中解脱出来。
随即，张差被凌迟处死。司礼监会同九卿、三法司审问庞保、刘成。由于张差已被处死，死无对证，庞保、刘成对张差所供各项俱不承认。正要详加盘问，太子下谕：庞保、刘成二人也许曾虐待过张差，张差为了报复，故意说庞保、刘成主使，不可轻信。会审只得停止。万历下令将庞保、刘成二人于宫内处死，以免节外生枝，涉及此案的李守才、马三道等亦发远方戍守。梃击案掀起的轩然大波暂时平息。
值得一提的是，那个为审明案情立过大功的王之宷，案子一了结，立刻被找个借口罢官为民。后来又随着在这个案子几起几落，天启五年（1625年），竟被囚死于狱中。梃击案与宫内权力之争究竟有多大牵连，成为明宫疑案之一。
红丸案
万历末年，阴险毒辣的郑贵妃看到朱常洛的太子地位已不可动摇，便百般讨好太子，郑贵妃乾清宫明代药柜御药房金罐又竭力笼络泰昌帝的宠妃李选侍，二人谋合，欲以美人计为己请封皇太后和皇后之号。这个朱常洛，也是好色之徒，郑贵妃便投其所好，送了八个美女供他享用。朱常洛身体本来就不强，再加上与这些女人淫乐无度，体力透支厉害。登基仅十多天，就卧床不起了。可他照样与这些人鬼混。一天晚上，朱常洛服了一粒“红丸”，结果，精神极度亢奋，竟一连“御幸”数名宫女。
“红丸”到底是什么东西？“红丸”又称红铅丸，是宫廷中特制的一种春药。“红丸”制法很特别：取童女首次月经盛在金银的容器中，加上夜半的第一滴露水及乌梅等，连煮七次，浓缩为浆。再加上乳香、没药、辰砂、松脂、尿粉等拌匀，以火提炼，最后炼蜜成丸，因其色红，故称“红丸”。嘉靖皇帝为了配制“红丸”，前后共选少女1080人，这些尚未成年的小姑娘，后来都成了嘉靖皇帝制药用后的“药渣”了。令人不可思议的是，两粒“红丸”竟要了皇帝朱常洛的命，酿成“红丸案”。
再说朱常洛。由于一连十多天的折腾，朱常洛终于扛不住了。侍寝的吴赞连忙请来司礼监秉笔、掌管御药房的内医崔文升诊治。崔文升并不知皇帝是阴虚肾竭，还以为是邪热内蕴，便下了一副泄火的猛药。朱常洛服后一宿腹泻三十余次，危在旦夕。这时，首辅方从哲推荐鸿胪寺丞李可灼给病危之中的朱常洛诊治，李可灼拿出一个红色药丸，用奶调和，给光宗服下，服了这丸药，光宗厉害的气喘竟然止住了。光宗大喜。不久，又传出消息说，皇上进药后，暖润舒畅。当夜，李可灼留在宫中。又过了一会儿，传出光宗圣旨，想再服一颗。李可灼便又进了一颗。
晚明三疑案（2）
凌晨，宫中忽然急召群臣，等到大臣们赶去时，光宗朱常洛已经驾崩了。到此时，朱常洛即位才刚满30天！
光宗驾崩，在宫里引起轩然大波。
有人认为，李可灼进的“红色丸药”就是春药“红丸”，皇帝阴寒大泄，李可灼把春药当补药进上，是对症下药。
有人认为，拿春药给危重病人吃，有悖常理。李可灼不是御医，却擅自给皇帝吃药。李可灼一定是受人指使，谋杀皇上。
继朱常洛而后新登极的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，罢免了没有力阻李可灼进药的内阁首辅方从哲，李可灼被判流戍，崔文升被贬放南京，“红丸”案草草收场。
但朱常洛暴死之谜，始终未解，“红丸案”成为明宫疑案之一。
移宫案
乾清宫内景移宫图万历四十八年（1620年）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。
朱由校是朱常洛的儿子，由于朱常洛本来就不得万历皇帝的宠爱，朱由校自幼也备受冷落，万历帝临死前才留下遗嘱册立其为皇太孙。朱由校的生母王才人被光宗宠爱的李选侍凌辱致死，王才人临终前留下遗言：“我与西李有仇，负恨难伸。”朱由校从小也受到李选侍的侮辱凌虐，害怕李选侍，性格软弱。
朱常洛即位后，朱由校与李选侍一起迁住乾清宫。不久，泰昌帝朱常洛驾崩，李选侍控制了乾清宫，与太监魏忠贤密谋挟持朱由校，以把持朝政，引起朝臣极力反对。
泰昌帝驾崩当天，杨涟、刘一燝等朝臣即直奔乾清宫，请见皇长子朱由校，商谈即位之事。在大臣们的力争下，李选侍才允许朱由校和大臣们见面。杨涟等人见到朱由校，叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，定于当月六日举行登极大典。为朱由校的安全起见，朝臣们暂将朱由校安排在太子宫居住，由太监王安负责保护其安全。
李选侍挟持朱由校的目的落空之后，又提出，凡是大臣的章奏，要先交由她过目，然后再交朱由校，遭到朝臣们的强烈反对。同时，朝臣们又要求李选侍移出乾清宫，遭到李选侍拒绝。
按照礼仪制度，只有皇帝和皇后才能住在乾清宫。李选侍本来就没有资格住在乾清宫，她住进乾清宫完全是倚仗光宗的宠爱。光宗死后，按规矩李选侍必须搬出，让新任皇帝搬进乾清宫。因此，一些大臣在光宗死后的第二天就上疏，敦促李选侍移官。李选侍又提出要先封自己为皇太后，才让朱由校即位，也遭到大臣们的拒绝，李选侍和朝臣们的矛盾日渐激化。
朱由校登极日期越来越近。直到登极大典之日的前一天，李选侍仍然没有移宫之意，并传闻要继续住在乾清宫。群臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出，给事中杨涟再次上疏，力促移宫，太监王安在乾清宫内极力驱逐，李选侍无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居仁寿殿。
九月六日，朱由校即皇帝位，是为熹宗，改明年为天启元年。李选侍争当皇太后、把持朝政的企图落空了。
熹宗即位后，传出谕旨，痛数李选侍数条罪状，又下令让李选侍搬出仁寿殿，移至宫女养老的哕鸾宫去住。至此，“移宫”风波才算暂告结束。
“事事关心”的东林党
风声、雨声、读书声，声声入耳
家事、国事、天下事，事事关心
这是顾宪成为“东林书院”所书的一副对联，道出了东林党人身在书院、心怀天下的志向。
从万历“争国本”斗争开始，出现了长达数十年的党争。东林党就是在这场党争中涌现出来的地主阶级内部的反对派。
东林书院在万历二十二年（1594年）开始的“国本”之争中，吏部郎中顾宪成力主册立朱常洛为太子，而神宗却想立郑贵妃的儿子朱常洵，因此，顾宪成颇遭神宗的嫉恨。万历二十二年（1594年），在推举阁臣时，顾宪成又推举因拥立朱常洛而被解职的原来的首辅王家屏，被神宗削职罢官。
顾宪成的老家在无锡，无锡有一座东林书院，原为宋代杨时讲道之所。顾宪成被革职后，与其弟顾允成将东林书院重新整修，集合志同道合的朋友高攀龙、钱一本等在这里讲学，后来，孙丕扬、邹元标、赵南星等又相继被朝廷所黜，也先后赴东林讲学。他们自负气节，与朝廷相抗。一些退处林野的士大夫，闻讯响应。他们在讲习之余，往往“讽议朝政，裁量人物”，他们“每岁一大会，每月一小会”，在社会上引起顾宪成像很大反响，朝内官员也遥相应和。东林书院渐渐自成一党，一时成为社会舆论的中心，被称为“东林党”，顾宪成也被尊称为“东林先生”，顾宪成、高攀龙等在书院讲学的八人，被称为“东林八君子”。
东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时，宦官擅权，政治日益腐化。顾宪成说：“在朝廷为官，志不在君父，在地方做官，志不在民生，离官而去，志不在世道，子所不取。”东林人士为匡正时弊讽议朝政、评论官吏，既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张。他们要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。东林党人提出反对矿监税吏掠夺、减轻赋役负担、发展东南地区经济等主张，得到当时社会的广泛支持，同时也遭到宦官及各种依附势力的激烈反对。两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的竞争局面。反对派将在东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称为“东林党”而加以无端攻击诋毁。
天启初年，东林党由于在“移宫案”中力主郑贵妃移宫，扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，一大批东林党人被重新起用，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星，礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人或东林党的支持者，可以说，明朝的军事、政治、文化、监察和人事大权全都被东林党掌握，他们从在野的清流成为主持朝政的主要力量，《明史》记述此时：“东林势盛，众正盈朝。”连魏忠贤对赵南星也有几分敬畏，安排自己的侄子去拜见他。但赵南星拒绝与魏忠贤接近，对与魏忠贤关系密切的官员严加纠劾，东林党与阉党的矛盾又尖锐起来。
杨涟像后来，魏忠贤窃据了司礼秉笔太监兼掌东厂事等职，且与熹宗乳母客氏狼狈为奸，组成“阉党”集团。开始对东林党人实行血腥镇压，向全国颁示《东林党人榜》，公开逮捕迫害大批东林党人士。阉党干将魏广微为了迎合魏忠贤，将朝野中的东林人士翦除干净，竟凭个人好恶，将朝中官员逐一排队，分为两派，编造《缙绅便览》，上列具体官员名单，用笔在名单上圈点。心腹者加圈，极为重要的东林官员，就在名字旁点三点，次者二点，又次者一点。其中被重点者有赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗等100余人。然后将编好的名册秘密呈献魏忠贤。
天启四年（1624年），南北两京合朝官员70余人也纷纷上疏，讨伐魏忠贤，要求铲除阉党，东林党与阉党之间的斗争迅速白热化。结果，东林党人杨涟因弹劾魏忠贤“专权乱政，欺君藐法”等二十四大罪被捕，与左光斗等人同被杀害。次年，魏忠贤又对东林党采取了残酷的镇压行动，大肆搜捕东林党人，许多著名的东林党人冤死狱中。天启六年（1626年），魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升7人，魏忠贤又命人编《三朝要典》，借红丸、梃击、移宫三案，打击东林党。魏忠贤还指使党羽新都御史王绍徽编纂《东林点将录》，《东林点将录》仿照民间流传的水浒故事中“三十六天罡”和“七十二地煞”，列东林党名单，企图将其一网打尽。同时，由政争迁怒于讲学，又矫旨拆毁全国各地书院，禁止讲学活动。曾经掌握朝政的东林党，仅三年时间内，被残酷杀害的有数十人，下狱遣戍者达数百人，其他被革职、蒙冤、株连、打击者有几千人以上，东林党人几乎被魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没。
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