日，他在艾克尔伯格陪同下登上“博伊西”号巡洋舰南下。他们大致沿着1942年逃出科雷希多时的路线，先到民都洛，然后到棉兰老，接着又去了宿务、内格罗斯和巴拉望。艾克尔伯格中途返回棉兰老，继续指挥那里的战斗，由肯尼接替他陪麦克阿瑟前往婆罗洲。
6月8日，麦克阿瑟一行离开巴拉望，前往文莱视察将在那里进行的登陆。
6月10日，澳军在未遇多大抵抗的情况下顺利上陆，并向腹地推进。登陆两小时后，麦克阿瑟和肯尼等也上了岸。附
近仍有日军不断射击的枪声，这使肯尼感到非常紧张。但麦克阿瑟却无所顾忌地大步往前走，显得很开心，还不时地同士兵们交谈。这时，一位一直跟在麦克阿瑟身旁的摄影记者被敌人的一颗子弹击中了肩膀，肯尼借此强行把麦克阿瑟拉回到舰上。第二天，他们又上了岸，坐上一辆吉普车去寻找更多的麻烦。他们来到丛林深处，被一位澳大利亚军官挡住了去路。麦克阿瑟表示抗议，仍要往前走，但那位军官不听邪，就是不放行，还说这是他生平头一回看见一位总司令当尖兵。
结果，他们在附近转了一圈，最后觉得再没什么可看的了，才返回“博伊西”号。
6月12日，“博伊西”号经和乐岛和棉兰老北返。麦克阿瑟回到马尼拉后，正赶上哈尔西从莱特前来见他。这是他们一年来的首次晤面，自然异常高兴，一起共进了午餐，并谈起仍在进行的冲绳岛战役。麦克阿瑟批评这次战役代价太高，太浪费，认为与其用正面强攻去消灭敌人，不如以逸代劳，建立防御阵地，将敌人困死。哈尔西则批评斯普鲁恩斯对舰队的使用不当，认为他不是用其对日本本土进行战略袭击，而是束缚于冲绳附近进行消极防御。他们谈得非常投机，情绪都很激昂。
6月中旬，澳军在打拉根登陆成功后，开始准备在婆罗洲的巴厘巴板实施第二次也是最后一次登陆作战。巴厘巴板是著名的石油产地，日军在此建有最坚固的水际滩头防御工事，布设了大量水雷和障碍物，并在岸滩后面的高地上配置了火炮以封锁滩头阵地。为摧毁这些工事和障碍物，盟军在登陆前16天就开始了舰炮火力准备，共发射16万发炮弹，为西南太平洋部队实施预先火力准备时间最长、规模最大的一次。期间，扫雷艇和水下爆破队完成了登陆水域的清除任务。6月27日，麦克阿瑟为观看巴厘巴板的登陆情况而再次乘“博伊西”号南下。
7月1日，登陆跟行动刚开始不久，麦克阿瑟即命令马上派一艘汽艇来送他上岸。但负责作战的海军将领认为当时滩头正处于敌人的炮火之下，因此未按预定时间派汽艇来。麦克阿瑟让手下人告诉这位将军：“立刻派汽艇来！”5分钟后，汽艇果然来了。上岸后，他在一个离日军阵地不到200码的高地上驻足，与战地指挥官一起查看地图。这时，日军一挺机枪向他们射来，溅起一片尘土。其他人都卧倒在地，唯有麦克阿瑟仍站在那里若无其事、一动不动地还在看地图。末了，他把地图交还给那位军官，并指着附近的另一个高地说：“我们去那里看看。”当他们从高地上下来时，那挺机枪又扫射过来，打落了他们身旁树上的树叶。麦克阿瑟转身对那位指挥官说：“顺便提一下，我想最好派几个人干掉那挺机枪，免得它伤了什么人。”过后，美国的一家报纸以《卧倒，将军，卧倒！》为题，强烈呼吁麦克阿瑟下次再发生这样的情况，听到卧倒的命令后，可别再站着不动了，以免带来毫无意义的牺牲。该文还讽刺说：“您真以为危险是那么甜滋滋的，她的脸蛋是那么白哲，使您沉迷不能自拔吗？常识断定应该卧倒，您就要卧倒。您不必使您的士兵信服您是一位勇士。您不必使我们这些纳税人和战争债券的购买者信服。”
7月5日，麦克阿瑟返回马尼拉。在前一天，他已宣布菲律宾战役正式结束。实际上，克鲁格在吕宋的清剿作战还远未结束，他只消灭了10万余日军，还有6万多躲在吕宋北部山区，他们直到战争结束才投降。但这股几近弹尽粮绝、疲惫不堪的残敌，此时已构不成什么威胁。在菲律宾战役（包括莱特、吕宋和南部诸岛作战）中，日军共被击毙40余万人，而美军则只伤亡6．2万人（其中亡1．4万）。与日军的损失相比，美军的伤亡是微不足道的：每阵亡1人，就有30名日军被打死。在婆罗洲战役接近尾声时，麦克阿瑟还拟制了爪哇登陆计划，以夺取荷属东印度群岛，恢复荷兰人的殖民统治。但参谋长联席会议考虑到进攻爪哇在战略上没有什么意义，且盟军要全力用来准备对日本本土发动进攻，故未批准该计划。对此，麦克阿瑟认为这是一个严重错误，是政治在干涉军事。
为彻底摧毁日本的战争潜力和日军的抵抗意志，创造进攻日本本土的有利条件，美军从3月份开始还加强了对日本的空中轰炸和海上封锁。3月9日夜，美军第20航空队在柯蒂斯李梅将军指挥下，从关岛出动334架B一29轰炸机对东京实施第一次低空大规模“火攻”，共投燃烧弹1667吨。东京顿时成为一片火海，1／4以上的市区被烧毁，8万多人被炸死或烧死，100万人无家可归。以后10天，李梅又出动轰炸机1595架次，对东京、大阪、名古屋和神户投燃烧弹9373吨，被称之为“火攻闪击战”。这种要命的“火攻”，其规模越来越大，并扩大到其他城市。到7月份，肯尼的飞机和哈尔西的舰载机也加入到这一轰炸行列。肯尼说，他几乎每天都以冲绳为基地出动600架以上的飞机对日本进行袭击。哈尔西自7月1日率第3舰队自莱特湾再次出海后，三次袭击东京、两次袭击北海道、三次袭击獭户内海。大轰炸使日本98座城市遭到程度不同的毁坏，轻者被毁一半，重者全部成为废墟；大轰炸给日本平民带来深重的灾难，数十万人被炸死，上千万人流离失所；大轰炸几乎使日本工业陷于瘫痪状态，飞机、电力和炼油工业分别下降65％、70％和80％，其他军工生产下降30％以上；大轰炸给日本的海、空军也带来极大的破坏，大量机场被摧毁，日本海军残部被基本消灭。这些连续不断而肆无忌惮的轰炸，几乎未引来任何报复性行动。日军大本营已把飞机（其中大部分是神3特攻机）隐蔽起来，一心准备在本土与美军决战。具有讽刺意味的是，若干年以后，策划并指挥了“火攻”的李梅将军因此被日本政府授予了勋章。
与此同时，美军从3月份起开始对日本本土实施大规模海上封锁，以切断其海上运输线，使日本列岛成为孤岛。美军除组织潜艇、航空兵和水面舰只袭击日本商船，实施破交作战外，还重点对日本本土实施了代号为“饥饿战役”的布雷封锁。布雷兵力主要由第20航空队的B一29轰炸机担任，由战术航空兵和潜艇协同。从3月27日起到战争结束的4个半月时间里，第20航空队共出动飞机1500余架次，向下关海峡、獭户内海以及各大海港投布水雷1．2万余枚，毁伤日本船只670艘，总吨位近140万吨，使日本本土与其西南诸岛、中国和朝鲜之间的海上交通基本被切断。结果，在轰炸和封锁的共同打击下，日本经济陷于崩溃，许多工厂关闭，物资补给中断，军需生产停顿，油料枯竭，飞机和舰船停航；全国陷于混乱、恐慌和饥饿之中。
此时，在美国国内，决策者们正设法寻求使日本无条件投降而又不必进行计划中的进攻日本本土的途径。为夺取小小的冲绳岛而付出的可怕代价，使预计中的进攻日本本土的伤亡数字加码到100万大关了。常规轰炸和海上封锁看来不足以使日本尽快接受无条件投降，唯一的办法是使用即将研制成功的原子弹。6月1日，杜鲁门总统收到由陆军部长史汀生领导的临时委员会的报告，建议尽快使用原子弹，加速结束太平洋战争。在6月18日总统召集的一次会议上，杜鲁门接受了进攻九州的计划，并初次讨论到使用原子弹的可能性。史汀生和马歇尔都主张使用原子弹，轰炸一个能明确显示其威力的目标。陆军助理部长麦克洛伊则强调，在使用原子弹前，应给日本人以适当的警告和投降的机会。当7月16日杜鲁门抵达柏林参加代号为“终点站”的波茨坦会议时，他接到第一颗原子弹试爆成功的喜讯，这使他信心倍增，“简直要指挥整个会议”。丘吉尔在得知这一消息后，也感到无比兴奋，认为进攻日本已没有必要。在会议的前两天，斯大林向杜鲁门透露了日本人曾请他出面调停，但他未作肯定答复，并问杜鲁门是不是应该置之不理。实际上，杜鲁门从军方所截收的莫斯科与东京之间的电报中，已知道了这一情况，但由于他此时手中已有原子弹这张王牌，不想接受日本人的任何投降条件，因此让斯大林自行其是。于是，驻莫斯科的佐藤大使便被告知，由于天皇的建议含糊不清，苏联无法作出答复。
刘建业就是在这样的一个背景下再一次的来到了马尼拉。
还是在那间被布置得充满了东方色彩的房间。
麦克阿瑟将军也依旧叼着那支成为了他个人商标的玉米芯烟斗。
“我不得不承认，琉球这一仗我们虽然最终取胜了，但是打得并不漂亮。尽管我个人极度的厌恶甚至憎恨日本人，但是，从客观中立的角度上来说，日本人这一次打得确实很不错。日军十万守军，面对我们绝对优势的海空兵力和地面部队，在近乎孤立无援的情况下，坚持战斗三月有余，显示了日军抗登陆能力之高，战斗意志之顽强。日军主要凭借坑道、天然岩洞和山地反斜面阵地，尽量削弱我们的火力优势，并积极开展近战、夜战，组织小部队频繁实施猛烈反击，消耗我们的有生力量。我们虽然拥有绝对优势兵力，掌握了制海制空权，选择了有利的登陆地段；但是，在具体的战术上很呆板；尤其是陆军部队表现的畏惧夜战、近战和攻坚战，而且没有及时进行海上迂回，从日本守军的侧后方对其实是有力的打击。我想在这场战役里表现得最好的不是我们陆军，也不是海军陆战队，而是那些后勤部队。参战部队总数高达五十余万，所有这些部队的物资供应，从飞机、大炮到炸药和汽油，甚至卫生纸、可口可乐到冰淇淋和口香糖，一切都是经过太平洋从美国本土运来的，工作量惊人之庞大，分配数量之多，都是前所未有的。能够顺利地完成这些任务，实在是一个奇迹。首先夺取庆良间列岛，并将这个群岛建设成后勤前进基地，为参战舰艇提供就近的维修、补给和休整，也是非常明智而卓有成效的。当然，我还有必要说一句，随着战火越来越接近日本本土，日本人的抵抗只会越来越疯狂。现在他们正在本土疯狂的征召部队，准备打一场本土反登陆作战。日本本土上的地形，想必将军也是有所了解的。那里的山峰和森林是非常多的，而且那里的疯子数量也远比瓜达尔卡纳尔岛，菲律宾，硫磺岛和琉球岛更多。如果我们依旧试图通过一场大规模的登陆战来彻底打败日本人，以现有的力量，我们完全可以做得到，但是，损失也将是极为巨大的，很有可能会是一个天文数字。”刘建业一边抽着醇香的菲律宾雪茄，一边对麦克阿瑟将军说道。
“我想你说的也正是我担忧的。陆军部和参谋长联席会议都认为如果要直接登陆日本本土来实现彻底打败日本人的目标，盟军所要付出的伤亡代价至少要100万。这是我们绝对无法忍受的一个数字。我可以告诉你一个秘密的消息，国内正在设法寻求使日本无条件投降而又不必进行计划中的进攻日本本土的途径。”麦克阿瑟将军思考了一阵，对刘建业说道。
“是不是准备使用一种特别的炸弹？”对于麦克阿瑟将军所说的话，刘建业立即联想到了原子弹。
“我只能对你说，这是一种威力前所未有的强力炸弹。只要这种炸弹一经使用，日本人就只能选择投降，别无他路。”麦克阿瑟将军遮遮掩掩的说道。
“如果我没有猜错的话，肯定是贵国的原子弹工程取得了最后的成效。”尽管麦克阿瑟将军的话含含糊糊，但是作为从后世回来的人，刘建业显然不会忘记美国著名的曼哈顿工程。
1939年8月，美、英、法等国科学家和从纳粹德国逃出来的一些著名犹太科学家在美国召开了一次研究原子理论方面的会议。会议在爱因斯坦原子物理理论的基础上，提出了以铀裂变方法制造原子弹的构想。
会议结束后，美国总统罗斯福的科学顾问亚历山大萨克斯带着爱因斯坦等著名科学家的亲笔签名信拜见了罗斯福总统。信中，几位科学家向罗斯福总统介绍了当时原子科学发展的状况，描述了原子科学研究成果运用于军事可能会给战争带来的巨大影响，并提醒罗斯福总统，德国人已着手进行这方面的研究，也许有一天希特勒会拥有一种威力惊人的武器。
1941年12月6日，美国正式制定了代号为“曼哈顿”的绝密计划，并赋予该计划“高于一切行动的特别优先权”。
“曼哈顿”计划规模大得惊人。由于当时还不知道分裂铀235的3种方法哪种最好，只得用3种方法同时进行裂变工作。这项复杂的工程成了美国科学的熔炉，在“曼哈顿”工程管理区内，汇集了以奥本海默为首的一大批世界各国的科学家。科学家人数之多简直难以想象，在某些部门，带博士头衔的人甚至比一般工作人员还要多，而且其中不乏诺贝尔奖得主。“曼哈顿”工程在顶峰时期曾经起用了53。9万人，总耗资高达25亿美元。这是在此之前任何一次武其实验所无法比拟的。
曼哈顿计划的最终目标是赶在战争以前造出原子弹。虽然在这个计划以前，决策层就肯定了它的可行性，但要实现这一新的爆炸，还有大量的理论和工程技术问题需要解决。在劳伦斯、康普顿等人的推荐下，格罗夫斯请奥本海默负责这一工作。为了使原子弹研究计划能够顺利完成，根据奥本海默的建议，军事当局决定建立一个新的快中子反应和原子弹结构研究基地，这就是后来闻名于世的洛斯阿