都可能遭受浅井军的攻击。京都变成了四面皆敌的险地，信长必须尽快离开京都，回归自己的本城岐阜。
五月十九日，放弃危机重重的大路，仅率从者十人翻山越岭回归岐阜的信长，在千草山中的椋木垰遭到刺客伏击。刺客是由六角义贤高价雇来的上位忍者杉谷善住坊。善住坊是甲贺五十三家之一的杉谷家当主与藤次之子，擅以铁砲狙击，人赞其“可轻易射落飞鸟”。他埋伏已久，手端铁砲，在距离信长十二、三间（二十多米）远处开火——“呯”的一声，子弹射穿了信长衣服的下摆。
杉谷善住坊此后遭信长通缉，逃往高岛隐居，三年后被降将矶野员昌搜出，信长下令将其埋在道路旁边，只露出脑袋，凡过路行人必须以锯锯其脖颈——善住坊嚎呼数日后终于惨死。
信长东返，留柴田胜家、森可成、佐久间信盛、中川重政等将守备江南各城，抵抗浅井、朝仓联军的进攻，其中胜家驻守的是要隘长光寺。当年六月，六角义贤聚集旧臣，煽动江南诸郡爆发国人一揆，进逼野洲川，打破长光寺外城，包围了本丸。
义贤命令切断长光寺城本丸的水源，使守兵陷入苦境。他以和谈为名，派家老平井甚助入内查看，此计被柴田胜家识破。谈判中，甚助起身如厕，请求舀水来洗手，胜家的侍从就捧过来一大盆水，等对方洗完手后，又把残余的水全部泼入庭院。甚助出城后向六角义贤禀报说：“城中存水尚足，最宜长久围困，不能硬攻。”
然而事实上，此时本丸食水已将告罄，于是柴田胜家将士兵们都集合在庭院中，把最后三瓶水摆放在他们面前。胜家大声鼓舞士气：“明日我们就杀出城去打败敌人，现在大家把这最后三瓶水喝掉吧！”一人一口水，竟然还有剩余，胜家毫不吝惜地拔出刀来，将水瓶劈碎，残水渗入泥地。
这是“破釜沉舟”之计。第二天一早，柴田胜家率领已抱必死决心的部下突然杀出，六角军猝不及防，很快全面崩溃。经此战后，柴田胜家遂被冠以“破瓶之柴田”的雅号。
此后又经过落窪之战，柴田胜家与佐久间信盛合兵，大败六角势和一揆军，六角重臣三云定持以下七百八十余人战死。南部近江的局面终于再度稳定下来。
虽然暂时无力一举消灭浅井和朝仓联军，但为了保障京都附近的安全，镇压因金崎撤退而在畿内此起彼伏的国人一揆，就在柴田胜家击溃六角军的同一月，信长率领大军从岐阜出发，再度踏入近江国。
此次信长动员了一万五千大军，并要求德川家康亲统五千三河兵赶来会合。六月十九日，近江坂田郡长比城主堀秀村投降信长，主动为织田军打开了城门。信长因此可以大踏步前进，杀至浅井本城小谷南方不远处的虎御前山。
信长二十一日到达虎御前山，命令士兵放火焚烧附近村庄田地，意图诱出浅井军主力与己决战，但自知兵微将寡的浅井长政却不为所动。长政已派快马前往一乘谷，要求朝仓氏出兵增援，相信等朝仓军赶到后，定可一举将敌人赶出自己的领土。
看到浅井持不战态度，信长决定改变策略，南下攻击要隘横山城。横山位于小谷与浅井重镇佐和山之间，只要攻克横山，就如同往敌人的心脏部位插入一柄尖刀，浅井势力即便不因此元气大伤，也无法再轻易南下骚扰京都附近地区了。二十二日，信长放弃虎御前山，移军东南，把横山城团团包围住。他同时将本阵设置在横山以北、姊川南岸的龙之鼻地方，以监视北军的动向。
著名的姊川合战，就此拉开帷幕。
姊川合战
织田信长离开虎御前山，派梁田左卫门太郎广正、中条将监家忠与佐佐成政三将率两千兵马殿后。浅井长政果然趁势追击，但在织田殿后部队的五百支铁砲攒射下无功而返。六月二十三日，织田军顺利完成战略转移，包围了横山城。
第二天，朝仓景健率越前援军终于赶到了小谷城，数量为八千人。浅井长政本想趁信长此次全力而来，就与他在小谷城下主力决战，一战彻底分出胜负，没想到堂堂朝仓家却只拿出不足半数人马，当主义景也并未亲自挂帅上阵。长政虽然怒可不遏，但横山城危在旦夕，形势已不容许他再等待不战了。
二十六日，浅井、朝仓联军进至草野川北的大依山上。此处到横山城直线距离不过三公里，但织田信长却并不急于撤除对横山城的包围，将全军排开面向敌人，不仅如此，本阵龙之鼻正位于横山城与浅井、朝仓联军的夹击线上。这或许是信长轻敌所致，或许是他认为以最快速度攻克横山是当前第一要务，或者他以身为饵，希望引诱敌人渡过姊川来进行主力决战。
因应织田军的这一态势，六月二十七日晨，浅井、朝仓联军故意翻下大依山北麓，伪装成将要撤退的样子。在确定计谋没有被敌人识破后，于午夜突然转道南下。二十八日天亮前，浅井军从野村方向，朝仓军从三田村方向，突破姊川防线，对织田军发起了突然袭击。
但其实这个时候，织田信长已经察觉到了敌军的动向，虽然事起仓促，但“亡羊补牢，未为晚也”，他立刻将围城部队逐一调往姊川南岸。还好德川军的主力一直没有参加攻城战，而在龙之鼻西面北向列阵，天亮时首先接触的，正是德川军与当面杀来的朝仓军。
朝仓有军八千，德川本队不过三千而已，兵力明显处于劣势。但三河兵素以能耐苦战知名，在德川方大将酒井忠次的指挥下，连续数个小时阻遏敌军，使其不能前进。十时以后，浅井、织田两军也开始正面遭遇，浅井有军六千，而信长驻扎在姊川南岸的本队却不过五千之数。恶战中，浅井方大将远藤直经一马当先，率八百骑直插信长本阵，他相信只要取下了信长的首级，天下局势就会立刻改观。
包围横山城的织田方部队陆续赶到前线，从后切断了远藤直经与浅井长政本队的联系，希望将敌深入部分包围吃掉。为了接应远藤直经，猛将佐和山城主矶野丹后守员昌挥舞长枪，大喝着冲入敌阵。据说他先后突破了织田军十一段阻击兵马，甚至击溃由坂井政尚率领的信长马廻众，杀死政尚之子久藏——年仅十六岁。虽然最终未能救出远藤队，但矶野员昌气势所迫，织田军已濒临崩溃的边缘。
可惜就在这一关键时刻，朝仓军却先自溃散了。本来朝仓以优势兵力打击德川，浅井以相对劣势攻击信长本队并抵御住源源不断杀来的包围横山城的部队，乃是以下驷对上驷，以上、中驷克中、下驷的巧妙部署，然而以寡击众的浅井军几乎得手，以众凌寡的朝仓军却没能占到一点便宜。身在危机中的信长非常清楚，己方援军陆续开到，只要熬过暂时的劣势，定能最终获得胜利，但如果德川军崩溃，朝仓军就可直插自己侧翼，那时定然大势去矣。为此他让刚刚赶到战场的丹羽长秀等人前往援护德川家康。得到生力增援的德川军开始反击，大将榊原康政突破朝仓军侧翼，杀死朝仓猛将真柄直隆父子，终于将敌军赶回姊川北岸。
到了此时，一往无前的浅井军已经是强弩之末了，而羽柴、柴田、佐久间等织田将领纷纷赶至前线，确保了本阵的安全。脱离险境的信长立刻下令全力反击，务必将浅井军全数歼灭在河滩上。
在击退朝仓军以后，德川家康挥军向东移动，以策应织田信长，夹击浅井军，如果浅井长政继续战斗下去，下场肯定是相当悲惨的。但就在这个时候，稻叶一铁的千人队来到阵前，配合德川军自西向东挺枪杀入。这一形势变化，促使浅井长政终于下定了决心，勒束部下脱离接触，缓缓渡回姊川北岸。信长看敌人退军严整，无隙可乘，于是也下令收兵。
石山战争的开端
姊川合战是织田氏与浅井氏的大决战，但却并没有收到决战的应有效果。双方损失，一说浅井、朝仓方为五千人，织田、德川方为三千人，一说比例类似，但总数不超过三千。总之织田信长以优势兵力，恶战半日，所赢得的战果并不很大，并且朝仓军最终崩溃，浅井军却在浅井长政的指挥下安全脱离战场，织田军无法得到追杀残敌，扩大战果的机会——事实上，双方基本上算打了个平手。
虽然从战役层次来说，姊川合战胜负难决，但从战略角度来考虑，织田信长却是当然的赢家，因为朝仓、浅井主力退去，暂时不敢再来，他遂得以调动全部兵力攻打横山城，并终于迫其开城投降。
织田信长派羽柴秀吉守备横山，然后南下攻击琵琶湖东岸的坚固要塞——佐和山城。佐和山若被攻克，则虎御前山以南就不复为浅井家的领地，织田军可以无后顾之忧地攻击其本城小谷。守备佐和山城的，正在姊川合战中曾给织田军以重大打击的猛将矶野员昌。信长知道要攻克此城，绝非一朝一夕之功，于是命丹羽长秀在城东、市桥长利在城北、水野信元在城南、河尻秀隆在城西，构筑鹿砦，重重包围，做好长期战斗的准备。
信长本人则于七月四日回归京都，向幕府将军足利义昭报告战胜的消息——这并非表面文章，乃是为了警告义昭及呼应他的畿内党羽，最好别轻举妄动。四天后，信长回归美浓岐阜城。
他此次出兵，前后不到一个月，只不过避免信长包围网当头罩下，无法脱身而已，却最终未能将其撕破。浅井、朝仓联军既已受挫，暂时不敢南下，那么他此时需要做的，就是保障京都西侧的安全。京都往西，最令信长头痛，并且如欲攻击京都，可以朝发夕至的势力，是三好残党，以及石山本愿寺。
本愿寺是日本佛教一向宗的总本山，一向宗属于净土真宗，由净土宗始祖法然的弟子亲鸾所开创，提倡简化清规戒律，宣扬只要怀有对佛的虔诚心，不需出家亦可修行，因此这种便捷法门深受中下层人民的欢迎，在战国时代信徒很多。亲鸾死后，净土真宗分裂为十个支派，其中的东本愿寺派与西本愿寺派结合起来，就形成了一向宗。
一向宗当第八代法主莲如在位时势力大为扩展，信徒遍及日本各地，而以北陆、畿内最为繁盛。本愿寺不但经常煽动各地一向宗徒起事，攻击领主，并且逐渐拥有了自己的强大武装，总本山石山本愿寺也是天下知名的坚固城堡。从某种意义上来说，本愿寺不过是披着宗教外衣的封建大名而已。
本愿寺第十一代法主显如（光佐）在位的时候，响应将军足利义昭的号召，开始联合三好残党，阻挠织田信长的畿内统一战，由此爆发了长达十一年的“石山合战”。
织田信长回归岐阜后不过一个月，八月二十日再度发兵。此次进攻的目标为野田、福岛（都在今大坂市内）等城砦，都是“三好三人众”与斋藤龙兴在得到本愿寺、浅井、朝仓等势力的暗中支持下，攻入摄津国而修筑的。
二十六日，信长在天王寺布下本阵，指挥大军包围了野田和福岛两城。细川昭元、三好长逸、斋藤龙兴、长井道利等敌将虽然聚兵号称八千，却多是乌合之众，龟缩在城中不敢出战。守城诸将中香西佳清与三好政胜两人早就暗通信长，在阴谋败露后，于二十八日逃出城去，前往天王寺谒见信长。这一事件使城守军士气更为低落，被迫提出和谈的请求。但信长希望经此一战，可以基本上解决三好残党问题，因此拒不应允。
为了威慑本愿寺，使其放弃对三好残党的增援，信长致信本愿寺显如，要他交纳贡钱，作为织田军的军费。其实信长并不在乎这一点点军费，他要的是显如立刻表态：“支持我，还是与我为敌。”然而显如上人却毫无转寰余地地一口拒绝了。
九月十三日深夜，石山本愿寺内警钟突然鸣响，划破寂静的长夜——信长在明了了显如上人的真意以后，为防对方增援野田、福岛两城，决定抢先下手，终于对这座宗教圣地发起了猛烈的进攻。织田军动用了大口径铁砲（大铁砲）轰击本愿寺，显如上人派根来、杂贺、汤穿等纪伊国擅长使用铁砲的家族，以三千支铁砲与织田军对射，一时间硝烟弥漫，震动天地。
激战中，织田军的先锋、铁砲大将佐佐成政身负重伤，野村越中战死。毛利秀赖和兼松又四郎虽然杀死了敌军下间丹后守麾下骁将长末新七郎，却因一片混乱而无法取下首级。“石山合战”的这一场序曲虽然激烈，可谓势均力敌，谁都没能占到便宜。
硝烟京墼
为了救援三好党和本愿寺，浅井、朝仓联军于九月十六日大举南下，杀入坂本口。这一险恶态势，是信长预先未能料到的。守备宇佐山城的织田方大将森可成立刻挥军与敌交战，虽然取得了一场小战斗的胜利，却在三天后被敌人分割包围，壮烈战死。
森氏是织田家重臣，森可成勇猛善战，曾因抵御侵入东美浓高野口的武田军，而被信长誉为“天下一流的勇士”。森可成的战死，对织田军是一个重大打击，信长被迫放弃对野田、福岛两城的包围，并且脱离与本愿寺兵马的接触，以柴田胜家、和田惟政殿后，匆忙退回京都。
打败森可成的浅井、朝仓联军，很快就攻陷了宇佐山城，然后长驱直入，纵火焚烧大津的马场、松本等地，二十一日杀至京都附近的醍醐、山科地方。二十四日，织田军再度从京都出发，迎战浅井、朝仓联军。联军即在比睿山内的蜂峰、青山、局笠山等地布防，严阵以待。
比睿山延历寺是日本佛教天台宗的总本山，由最澄大师于九世纪初创建，历史悠久，它的军事力量虽然不可和本愿寺同日而语，宗教神圣地位却只有更高。知晓浅井、朝仓联军在比睿山布阵的织田信长，立刻开出条件，只要延历寺肯加入本方，就交还前此被近江大名侵夺的山门领，同时威胁说，若不服从，“包括根本中堂在内的三王二十一社等所有庙宇，我都会一把火将其烧为灰烬”。然而延历寺轻视信长的行动力，断然拒绝了这一要求——这就埋下了次年信长火烧比睿山的伏笔。
此时的浅井、朝仓联军