很难说明当时在现场的日本军队中到底发生了什么事，因为许多详情细节是在多年后的军事法庭审判中由松井和他的同事们交待的，或可能是由不可靠的人提供的，因此引用这些材料时需要谨慎。但是如果这些证言是可信的，那么情况就是这样的。警惕这个新到来的皇族成员滥用权力的潜在危险，松井对侵人南京的军队发布了一系列道义命令。他命令部队在距南京城墙几公里的地方停下来重新集结，只让少数纪律良好的大队进人中国的首都，完成占领任务，这样一来，这支军队将“使中国人眼前发亮，从而使他们对日本产生信任感。”他还在病床前召开参谋会议并宣布：
帝国军队进入一个外国的首都是我国历史上的一件大事……将为世界所嘱目。因此，不得让任何部队在纪律松懈的情况下进城……要让他们事前知道要记住的事项和城内各国权益之所在。绝对不许进行抢劫。必要时要布置岗哨。即使是出于大意而强占财物或引起火灾，也要严加惩处。要派许多宪兵队和辅助宪兵队与部队一道进城，以防止违法行为的发生。
但是在松井无法控制的地区到处都有不法事件在发生。12月5日，事情继续发展，朝香宫乘飞机离开东京，并在3天后到达前线就职。在离前线指挥部不远的靠近南京大约10公里左右的一座被遗弃的乡间别墅里，朝香宫见到了他在巴黎的同事中岛将军，他的左臀部的伤口正在痊愈。中岛告诉朝香宫，日军就要包围南京地区的30万中国军队，而且最初的谈判表明，他们准备投降。
朝香宫听了这个报告之后，据说他的司令部就发出了一系列加盖他私人印章的命令，并标有“绝密，阅后销毁”的字样。我们现在知道这些命令清楚地写道：“杀掉所有俘虏。”我们所不清楚的是，是否是朝香宫本人发布的这些命令。【朝香宫的情报参谋太宰治后来向朋友们承认是他自作主张伪造了这个命今。另一个日本军官田中隆吉说，在1938年4月，当时的日本陆军74大队队长太宰治给他讲了一个有趣的故事。太宰治告诉他，当他的部队在杭州湾登陆并向内地推进时，大约30万中国军队被切断了撤退之路，于是他们放下武器并向日军授降。据太宰治说，“要安置这么多的俘虏，要给他们食物，这是个大问题”。就像这个故事发展的那样，很快采取了一个方法去解决食物问题：“我立即命令所有的部队：‘我们必须全部杀掉这些俘虏！’于是我利用军事指挥官的名义，用电报发出这些命令。命令的文本要被销毁。”我们从不知道这个故事的真伪，但必须指出，即使太宰治的确擅自伪追了杀人命令，也不能免除朝香宫对这场大屠杀的责任。如果屠杀开始，朝香宫也能够发布一个命令取消这场大屠杀，并把他的情报参谋送上法庭。】
到日军进人南京之时，消灭所有中国战俘的命令不仅已被印成文件，而且已经散发到低级军官的手中。1937年12月13日，日军第66大队接到如下命令：
大队战地通讯员2点钟收到团指挥部命令：遵照旅指挥部命令，所有战俘要被杀掉。执行办法：把战俘分成每12人一组，一组一组枪毙。
下午3点半召开各连指挥官会议，就处理战俘问题交换意见。经讨论决定，把战俘平均分配给各连（1连，2连和4连），按50人一组从关押地带出去枪决。1连在驻地以南的庄稼地执行；2连在驻地西南的洼地执行；4连在驻地东南的庄稼地执行。
战俘关押区必须严加警戒。我们的意图绝对不能让战俘发觉。
各连要在5点前完成准备。执行行动从5点开始，7点半结束。
这道命令存在着残忍的逻辑。可以不给战俘食物，因为他们必定要被杀掉。杀死他们不但能解决粮食问题，而且减少了报复的可能性，因为死人是不可能组成游击队力量的。
但执行命令是另一回事。当日军在12月3日黎明前的几小时冲进城市，他们进入了一座人口远远超过他们的城市。后来的历史学家估计，有50多万市民和9万中国军队被围困于南京城内，而袭击这座城市的日本兵只有5万人。中岛将军意识到杀死10几万中国战俘绝非易事：“处置1千，5千、甚至1万人，即使只是解除他们的武装也是极其因难的……如果他们制造麻烦，后果将不堪设想。”杀害战俘由于人力有限，日军极力制造骗局。这种集体大屠杀的策略分成几个步骤：先是向中国人许诺，只要停止抵抗，就会受到良好待遇，哄骗他们向日本占领军投降，再把他们分成100…200人一组，然后把他们骗到南京附近的不同地方杀死。中岛认为，一且失去了进一步抵抗的可能性，大部分战俘都会极为沮丧并服从日本人的任何命令。
这一切比日本人事先预料的更容易。只发生了零星的抵抗；实际上几乎没有抵抗。当日军围攻这座城市时，许多中国士兵丢下武器弃城而逃，后来向日军投降，希望获得良好待遇。一且这些人缴械投降并束手就擒，剩下的事情就好办了。
中国士兵的不抵抗行动在一个前日本士兵东史郎的日记中得到了更详尽的说明，他描述了南京陷落后不久中国军队投降的场面。当他们突然接到围赶大约2万名战俘的命令时，他所在的部队在市中心不断派出岗哨和分配宿营地。
东史郎和其它日本兵到9；10公里之外搜寻这些战俘．夜幕降临时，日本兵终于听到了像青蛙发出的隆隆声，他们还看到无数烟头在黑暗里一闪一闪。“那是一个宏大的场面”，东史郎写道：“7，000名战俘都集中在一个地方，聚集在两面白旗之下，那旗子挂在一个枯树枝上在夜空中飘动。”战俘们衣衫褴褛，乱七八糟，有的穿着蓝色棉军服，蓝色棉外衣，带着帽子。有的用毯子盖着脑袋，有的拎着粗布袋，有的还背着棉褥子。日军让战俘排成4队，队前竖着白旗。这几千名中国士兵耐心地等待着日本人把他们带走，并告诉他们投降过程中的下一步该做什么。
这些中国部队不愿进行抵抗使东史郎震惊。对这个成长于军国主义文化中的人来说，飞行员只能用刺刀，而不能使用降落伞，最后宁可自杀也不能被俘，因此当看到中国人不愿与敌人战斗而死时，他感到不能理解＿当他发现被俘的人数超过抓俘虏的人数时，他对中国人就越发鄙视了。
“当我想象他们是如何聚在一起到处找白布，然后把它绑在枯枝上并前来投降时，真是又可笑义可怜”，东史郎写道。
我在想，他们怎么能变成俘虏呢？他们有那么多人——超过两个营——竟然一点也没有尝试抵抗。这些部队一定有许多军官，但一个也没有留下，我想是全都逃之夭夭了。尽管我们只有两个连，而且那7000名俘虏已被解除了武装，但是如果他们决定站起来反抗，那我们的部队就彻底完了。
一种纷乱的情绪侵扰着东史郎，他为中国士兵感到难过，这些饥渴而又惊恐的人不断要水喝，并再三要求得到他们不会被杀死的保证。但同时他又对他们的懦弱嗤之以鼻。东史郎突然感至羞愧，因为在以前的战斗中他曾暗暗害怕中国士兵，一股不由自主的冲动使他把这些战俘看成是没有人性的昆虫和动物。
他们成群地走着，就像地上爬的蚂蚁。
他们看上去就像一群无家可归的人，脸上带着愚昧无知的表情。
像一群无知的羊，无规无矩，在黑暗中行进，并相互耳语着。
他们根本不像就在昨天还向找们开枪并给我们制造麻烦的敌人．根本不可能相信他们曾是敌方的士兵。
认为我们会战死在这些无知的奴隶军队手中的想法实在是太傻了。即使他们当中有些是20…30岁的男青年。
日军把战俘带到附近的村庄。东史郎回忆说，当一些中国人被赶进一个大房子时，他们犹豫不肯进去，认为这地方就像是“一个屠宰场”。但后来他们还是屈服了井排队进了大门。只有当日本人企图要把中国俘虏的毯子和草垫拿走时，他们才拼命争夺。第二天早上，东史郎和他的同事接到了去另一个地区巡逻的命令；他们后来才知道，当他们巡逻时，这些中国战俘被两三百人一组分配给几个连，然后被杀害了。
在南京暴行中，最大规模的一次集体屠杀战俘的事件或许要算发生在幕府山附近的那次。该山就在南京正北面，位于南京城和长江南岸之间；估计有57，000市民和前士兵在这里遇害。
杀人是秘密分阶段进行的。12月6日，《朝日新闻》的记者横田报道说，日本人在靠近青龙山和幕府山的炮兵要塞俘虏了14；777名士兵，而仅仅是这么多的战俘就成了问题，“日军遇到了最大的困难，因为这是他们第一次抓获这么多战俘”，横田写道，“连处理这些战俘的人手都不够。”
根据前日本陆军下士栗原保存的有关这个事件的日记和笔记所说，日本人解除了数以千计的俘虏的武装，除了衣服和毯子，抢走了他们身上的每件东西，并把他们押送到一排临时搭起的茅棚中。当12月17日日军接到杀死这些战俘的命令时，他们极为谨镇地行动。那天早上日军宣布他们要把这些中国战俘转移到长江中的一个叫八卦洲的小岛上。他们对这些战俘解释说他们需要特别谨慎地行动，并反绑起战俘的双手——仅这个任务就花了一上午和大半个下午。
下午4点到6点之间，日本人把这些战俘分成4队向西走去，绕过几座小山后停在江边。”这些战俘在等待了3、4个小时后，不知道发生了什么事，也看不出任何准备过江的准备”，这个下士写道，“此时天渐渐黑了下来，他们还不知道日本士兵已经沿江水形成新月状包围了他们，许多机枪己向他们瞄准。”
当发出射击的命令时，这些中国人再想逃走已为时太晚。“突然各种机枪同时开火”，栗原写道，“机枪声和绝望的叫喊声交织在一起。”中国人痛苦地挣扎了1小时，终于听不见从人群发出的声音了。然后日军用刺刀一个一个地刺戳中国人的身体，从晚上一直干到天亮。
处理尸体是日军的另一个大问题。在幕府山的大屠杀中，被杀死的人数只是日军在南京城内外杀死的总人数的一小部分，但清理尸体的工作也花了数日。掩埋尸体是一种处理方法，但中岛将军在日记中抱怨很难找到地力挖掘足够掩埋七八千人尸体堆的大坑。焚尸是另一种方法，但日军经常缺少足够的燃料去完成这个任务。例如，在幕府山的大屠杀之后，日本人在尸体上浇了几桶汽油焚尸，但还没等尸体烧成灰烬，汽油就用光了。“结果是一大堆烧焦的尸体”，日本下士写道。
许多尸体就被扔进了长江。
屠杀平民
在士兵们大规模投降后，实际上已经没有人来保卫南京平民。日军对这一点是了解的，于是在1937年12月13日大量涌进南京，占领了政府所在地、银行和仓库，并在大街上随便开枪杀人，有许多人是在逃跑时从背后被击中的。日军用机关枪、左轮手枪和步枪向成群的伤员、老妇和儿童开枪，他们集中在中山北路和中路的大道及附近的胡同里。日军还在城市的每个地区杀害中国市民：无论是在大街小巷，在防空洞，还是在政府建筑物，在城市广场，他们到处杀人。随着一个接一个的牺牲者痛苦呻吟或叫喊着倒下，这座沦陷的首都的大街小巷、沟沟渠渠血流成河，许多人奄奄一息，但无力逃脱。
日本人在南京挨家埃户地搜查寻找中国士兵，也就一家接一家地杀害这座城市的居民。但他们也在市郊和乡村屠杀中国人。在城墙外，在河边（河水早已被染成红色），在池塘和湖边，在小山旁和大山脚下，到处尸体成堆。在南京附近的村庄里，日本人向任何一个过路的男子开枪，因为他们怀疑他过去可能是个中国士兵。但是他们也向明明不可能是中国士兵的人开枪，例如老人和妇女，如果他们对用日语发出的命令表示犹豫或不理解而走错了路，就要遭到枪杀。
12月的最后10天，日本人的摩托车队开始在南京巡逻，同时日军扛着步枪把守所有街道、大路和小巷的人口处。日军换家挨户也要求市民打开大门迎接胜利的部队，但是店主只要一开门，日军就向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后把这些商店洗劫一空，对他们没用的东西则付之一炬。
日本的记者
这些暴行使随军到南京的日本记者感到震惊。一位恐惧的《每日新闻》记者亲眼看到，日军让中国战俘排队站在中山门附近的城墙上，然后用步枪上的刺刀向他们猛刺过去。“俘虏们一个接一个地摔落在墙外”，这位记者写道，“鲜血四溅，阴森恐怖的气氛真使人毛骨悚然，四肢颤抖。我站在那里丢了魂，茫然不知所措。”
不止是他一个人有这种反应。其他许多记者，甚至是身经百战的战地记者们，对这种疯狂的暴行也感到畏缩，于是他们把感受倾注于文字。下面是一位日军记者今井正冈的记述：
在下关码头，死尸体堆成了黑糊糊的山。大约50到100个人在那里干苦活，把尸体拖下来扔进长江。尸体还淌着血，有些人还活着并虚弱地呻吟着，他们的四肢还在抽动。苦为们一声不吭地干着活，像是在演哑剧。在黑暗中人们很难看到长江的对岸。在微弱的月光照射下，码头上是一大片闪着微光的污物。哇！那全是血！
过了一会儿，这些苦力干完了拖尸体的活，日本士兵就让他们沿江边站成一排，砰！砰！砰！我听到了机关枪的开枪声。苦力们朝后栽进长江，被汹涌的江水吞没。哑剧到此结束。
现场的一个日本军官估计有2万人被杀害。
下面是一位日本战地记者小俁行男亲眼目睹中国俘虏被带到下关并沿江排队的情景：
第一排人被杀了头，第二排人被迫将这些尸休投入江中，然后他们自己也人头落地。这种屠杀从早到晚不停地进行着，但他们用这种方法只杀�