第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦。闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属、资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘、涂香、鼓乐、众伎，随心所玩，皆令满足。
【药师七佛】
《药师七佛本愿功德经》中所说的七佛。指
东方光胜佛土，善称名吉祥王如来；
妙宝佛土，宝月智严光音自在王如来；
圆满香稷佛土，金色宝光妙行成就如来；
无忧佛土，无忧最胜吉祥如来；
法幢佛土，法海雷音如来；
善住宝海佛土，法海胜慧游戏神通如来；
净琉璃佛土，药师琉璃光如来，
共称为药师七佛，蓝琉璃光为法身（Dharmakāya）像。
此七佛住于东方去此四恒河沙乃至十恒河沙世界，尝于因位各各发愿拔济众生之苦恼。上述七佛名，出自《药师琉璃光七佛本愿功德经》卷上。然而在玄奘译《药师琉璃光如来本愿经》中，唯说东方药师一佛，未出七佛名。对此，古来多有议论，或就经题所称“药师琉璃光七佛”，谓前六佛乃药师之分身，且就《药师本愿功德经》所云：“造彼如来形像七躯。”认为此即谓将药师本身造为七体。或谓七佛为别尊，经题所称的“药师七佛”，乃言总意别云云。
另外，也有把开示此七佛法门之本师释迦如来加入而尊为“药师八佛”的叫法。
【日光菩萨】
梵语sūrya－prabhābodhisattva，汉译有日光、日光遍照、日曜等名。药师佛的左胁侍。与右胁侍月光菩萨在东方净琉璃国土中，并为药师佛的两大辅佐，也是该佛国中无量菩萨众的上首菩萨。日光菩萨与药师佛的关系甚深。在久远的过去世，电光如来行化世间时，有一位梵士，养育二子，因苦于世间之浊乱，乃发菩提心，誓愿拯救病苦众生。当时的电光如来甚为赞叹，劝梵士改名为医王，二子改名为日照，月照。这位蒙受电光如来咐嘱的梵士，成佛之后就是药师如来。两个儿子也就是两大胁侍。当时的日照，就是后来的日光菩萨。日光菩萨的名号，是取自“日放千光，遍照天下，普破冥暗”的意思。此一菩萨持其慈悲本愿，普施三昧，以照法界俗尘，摧破生死之暗冥，犹如日光之遍照世间，故取此名。日光菩萨与观世音菩萨的大悲咒也有密切关系。持诵大悲咒者，日光菩萨当会与无量神人来为作证，并增益其效验。凡是持诵大悲咒者，如能再持日光菩萨陀罗尼（收在《大正藏》第二十册六六零页），则能灭一切罪，也能辟除魔障及天灾，得不可思议果报。
【月光菩萨】
梵语candra－prabhābodhisattva，汉译有月光、月净、月光遍照等名。东方净琉璃世界药师佛之右胁侍。与左胁侍日光菩萨并为药师如来的两大辅佐。在药师佛的无量菩萨眷属里，他与日光菩萨是位居上首的最重要菩萨。两人都位居补处，秉持着药师如来的正法宝藏。关于月光菩萨的本生事迹，也与日光菩萨相同，都与药师佛有密切的关系。在久远的过去世，当电光如来住世时，有一梵士养育两子，一名日照，一名月照。梵士发心利乐有情、拯救浊世众生，其二子也随喜而发愿供养。梵士成佛之后，即是药师琉璃光如来。二子中之月照，就是月光菩萨。如同日光菩萨一样，月光菩萨与观世音菩萨的大悲咒也有密切的关系。凡是至心持诵大悲咒的修行者，月光菩萨也会与无量神人来增益其持咒效验。修行者在持捅大悲咒过后，如果能再加诵月光菩萨陀罗尼（收在《大正藏》第二十册六六零页），则月光菩萨当会来加庇护，使持咒者除去一切障难与病痛，并成就一切善法、远离各种怖畏。
【八大菩萨】
《药师琉璃光如来本愿功德经》云：“若有四众比丘、比丘尼、邬波索迦、波邬斯迦及余净信善男子、善女人等，有能受持八分斋戒，或经一年或复三月受持学处，以此善根愿生西方极乐世界无量佛所，听闻正法而未定者，若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时有八菩萨乘神通来示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中自然化生。或有因此生于天上（中略），或为轮王统摄四洲，威德自在安立无量百千有情于十善道；或生刹帝利、婆罗门居士大家（中略），若是女人得闻世尊药师如来名号，至心受持，于后不复更受女身。”八大菩萨分别是：文殊菩萨、弥勒菩萨、观世音菩萨、大势至菩萨、宝檀华菩萨、无尽意菩萨、药王菩萨、药上菩萨，共八位大菩萨。
【十二神将】
指守护诵持《药师经》者之十二位护法神。又称药师十二神将、十二神王，或十二药叉大将。为药师如来的眷属。药师本愿功德经云：“此十二药叉大将，一一各有七千药叉以为眷属。同时举声白佛言：世尊，我等今者蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖，我等相率皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利、饶益安乐。”这十二位誓愿护持药师法门、饶益众生的神将，名称如次：（1）宫毗罗，（2）伐折罗，（3）迷企罗，（4）安底罗，（5）頞你罗，（6）珊底罗，（7）因达罗，（8）波夷罗，（9）摩虎罗，（10）真达罗，（11）招杜罗，（12）毗羯罗。依中、日佛典所载，这十二神将在昼夜十二时辰、及四季十二月份里，轮流率领眷属守护众生。
【药师三尊】
（东方三圣）
主尊为药师如来，及左胁士日光菩萨与右胁士月光菩萨之合称。其中，日光、月光二菩萨，在《灌顶经》（卷十二）中之译名为日耀、月净二菩萨。“药师如来”梵名Bhai&；#351；ajyaguruvaidūryaprabhārāja（药师琉璃光王），通称为药师琉璃光如来，简称为药师佛。能除生死之病，故名药师；能照三有之暗，故云琉璃光。是东方净琉璃世界的教主，率领着日光遍照与月光遍照二大菩萨等眷属，在东方净土化导众生。据《药师如来本愿功德经》所说、东方净琉璃世界纯一清净，无诸欲染，也没有三恶趣等苦恼之声。地是净琉璃所敷，城阙宫殿及诸廊宇，也都由七宝所造成。其庄严殊胜之处，恰好与阿弥陀佛西方净土，相互辉映。药师佛的弘法利生工作、系秉承成道以前所发的十二大愿而来。十二大愿中之较具体者，有“使众生饱满所欲而无乏少”、“使一切不具者诸根完具”、“除一切众生众病、令身心安乐、证得无上菩提”、“使众生解脱恶王劫贼等横难”等愿。这些誓愿的主旨，虽然也在促使众生早证菩提，但另一方面，也着重为众生求得现世的安乐。这与阿弥陀佛的偏向来生安乐者稍有不同。这也就是佛教界将药师法会视为现生者之消灾延寿法门的缘由。
【药师净土】
（净琉璃世界）药师净土是指药师佛（药师琉璃光如来）的净土。由于这一净土在十恒河沙国土以外的东方，所以又称为东方净土。又因该处以琉璃为地，因此又称净琉璃世界。这是可与阿弥陀佛的西方极乐世界相互辉映的佛国。依《药师如来本愿经》所说，此一佛土“一向清净，无女人形，离诸欲恶，亦无一切恶道苦声。琉璃为地，城阙垣墙，门窗堂阁，柱梁斗拱，周匝罗网，皆七宝成。如极乐国，净琉璃界庄严如是。”这是依药师佛因地本愿所证成的依报世界。在药师净土里，除了药师佛之外，另有日光、月光两大上首菩萨，以及八位引导众生进入净土世界的大菩萨。此外，还有誓愿护持药师法门的十二药叉神将。他们各率七千药叉眷属，在各地护佑受持药师佛名号的众生。
【五浊恶世】
药师如来的名号大家都曾听闻，但却较少人知道药师七佛法门的由来。在印度有八个圣地，为二千五百多年前，本师释迦牟尼如来弘扬正法的主要地点，其中之一为广严城，城中有一棵巨大的树，叫做“乐音树”。这树所覆盖的范围很广大，坐于树荫下就似坐在密林之中。当年有众多的比丘、菩萨及居士等在树下聚集听闻佛陀开示。有一次，曼殊室利法王子（即文殊师利大士）恭敬地向佛发问，祈请释迦牟尼佛为了后世的众生而讲述其他佛陀的名号与本愿。曼殊室利法王子知道在正法期过后，五浊恶世中的众生福薄根钝，故在此时受了佛陀之加持而应机发问，而本师则随求开示了对五浊中的苦难众生最具利益之药师七佛法门（见于《药师琉璃光王七佛本愿功德经》）。
药师如来
要了解药师法门之殊胜，我们有必要明白“五浊恶世”的概念。“五浊”是“劫浊”、“见浊”、“烦恼浊”、“众生浊”与“命浊”共五种末法时代的现象。“劫浊”指末法中天灾人祸频生，仿佛大自然之定律变得大乱似的；“见浊”指在末法中，与正法相违矛盾之邪见充斥世间；“烦恼浊”是指末法中之众生贪嗔痴极重而增长；“众生浊”是指末法中之众生不信因果善恶、不忠不孝等普遍现象；“命浊”是说末法期中众生横死、短命、夭寿之现象多见，这是因为众生之不善共业所致。我们现在所处的时代，正是佛陀所说的末法时代及五浊恶世，以上五种现象举目皆是。
药师七佛曾经发大弘誓要利益五浊恶世中之苦难众生。七位如来共发四十四本誓。由于佛陀不会作妄言，故应着他们的誓愿，在末法时代中的我们最宜依止药师七佛了。
药师七佛分别为：东方琉璃世界药师如来、法海雷音如来、无忧最胜吉祥如来、金色宝光妙行成就如来、宝月庄严光音自在如来、法海胜慧游戏神通如来及善名称吉祥王如来，各有其庄严佛土，以药师佛为首共称“药师光王七佛”，但亦有把开示此七佛法门之本师释迦如来加入而尊为“药师八佛”的叫法。
七佛之弘深本愿不可尽言，他们对救度五浊恶世中之末法众生是最有能力与因缘的。最重要的是，佛陀释迦牟尼是特别为了我们这个世代的众生而开示药师七佛法门的。这个药师法门是藏传佛教中最为尊崇的一个法门。常常有人以为藏传佛教就是“密宗”。依分类来说，西藏盛行的药师法门实际上属藏传佛教的显宗法门中之一个，足证藏传佛教绝非就等于“密宗”！很多人知道殊胜的阿弥陀佛西方极乐净土，却对这个同样殊胜的药师如来东方琉璃净土不太了解。
【药师法门】
当前，修弥陀法门，念“阿弥陀佛”的信众很多。而同是净土的药师法门修者极少，有的佛教信众甚至从未听过“南无药师琉璃光如来”圣号，真是佛教之悲。本师释迦牟尼佛大慈大悲，晚年讲《药师琉璃光如来本愿功德经》，反复阐明像法、末法时期的诸多问题。更让人痛心的是个别修弥陀法门的人就有抵触药师法门的现象，既不知药师本愿，也不知广博多闻，更不知往生西方极乐世界所需的福德资粮与智慧资粮。当代高僧弘一法师、印光法师慈悲为怀，为药师经版留下的文字，足以看出两位大德对药师经的推崇。
一、弘一法师当年答佛学书局的一封信：承前惠书，谓今药师如来圣诞，才疑别刊行专号撰文以为提倡，近多忙碌未暇撰文，谨拙见如下，以备参考焉，余自信佛法以来，专宗弥陀净土法门，专宗弥陀净土法门，但亦当讲《药师如来本愿功德经》，讲此经时所最注意者三事：一若犯戒者，闻药师名号已还得清净。二若求生西方极乐世界，而未定者，得闻药师名号。三现生种种厄难悉得消除。故亦劝诸缁素应读诵药师功德经，并执持药师名号，而于求生东方净土琉璃世界之文，未极详释，谓为别被一机也。今者佛学书局诸贤，欲弘扬药师圣典，提倡求生东方胜愿，大心甚可钦佩，但依拙见，唯可普劝众生诵经，持名，至于求生何处，宜任其自然亦可发心诵药师经并持名号，而与本愿无违。因经中谓求生极乐者，命终有八大菩萨示路，又东晋译本云，若欲得生兜率天上见弥勒者，亦当礼敬药师琉璃光佛，如是弘一则范围甚广。可以群机并育矣，略陈拙见，敬乞有以教之，幸甚。
二、印光法师（净土法门的第十三祖师）《药师如来本愿经重刻跋》
佛与众生心体是一，而心之相用则天渊悬殊，由相用悬殊故，其所受用者，亦复天渊悬殊也。
佛则唯以无缘大慈，同体大悲，渡脱众生为怀，了无人我彼此之心，纵度尽一切众生，亦不见能度所度之相，故得福慧具足。为世间